小鼠Hep.A肝癌染色质磷酸化非组蛋白的研究——Ⅰ.正常小鼠肝和Hep.A腹水肝癌染色质磷酸化非组蛋白的比较

研究了Hep.A腹水肝癌染色质磷酸化非组蛋白的变化。Hep.A肝癌染色质非组蛋白,磷酸化非组蛋白的含量以及非组蛋白被磷酸化的比例都较正常小鼠肝增加,分别达到正常肝的2.2,4.4和2.0倍。非组蛋白含磷量也增加,达到正常肝的1.36倍。结果表明HeP.A肝癌染色质非组蛋白磷酸化比例增加。但单位重量非组蛋白及磷酸化非组蛋白所含磷酸基团反而下降,仅分别为正常肝的65%和32%。Hep.A肝癌染色质磷酸化非组蛋白的SDS-凝胶电泳图谱显示分子量为69,000道尔顿的蛋白部份明显增加,此外还有一正常细胞缺乏的分子量为47,000道尔顿的蛋白部份出现。等电聚焦电泳表明等电点偏低的蛋白部份增加。氨基酸组成分析证明两种细胞磷酸基团的接受体基本相同。实验结果表明Hep.A肝癌染色质磷酸化非组蛋白与正常小鼠肝有质与量的差别。     

小鼠Hep.A肝癌染色质磷酸化非组蛋白的研究——Ⅰ.正常小鼠肝和Hep.A腹水肝癌染色质磷酸化非组蛋白的比较

研究了Hep.A腹水肝癌染色质磷酸化非组蛋白的变化。Hep.A肝癌染色质非组蛋白,磷酸化非组蛋白的含量以及非组蛋白被磷酸化的比例都较正常小鼠肝增加,分别达到正常肝的2.2,4.4和2.0倍。非组蛋白含磷量也增加,达到正常肝的1.36倍。结果表明Hep.A肝癌染色质非组蛋白磷酸化比例增加。但单位重量非组蛋白及磷酸化非组蛋白所含磷酸基团反而下降,仅分别为正常肝的65%和32%。Hep.A肝癌染色质磷酸化非组蛋白的SDS-凝胶电泳图谱显示分子量为69,000道尔顿的蛋白部份明显增加,此外还有一正常细胞缺乏的分子量为47,000道尔顿的蛋白部份出现。等电聚焦电泳表明等电点偏低的蛋白部份增加。氨基酸组成分析证明两种细胞磷酸基团的接受体基本相同。实验结果表明Hep.A肝癌染色质磷酸化非组蛋白与正常小鼠肝有质与量的差别。     

红海榄根部盐胁迫反应的比较蛋白质组学分析

红海榄(Rhizophora stylosa)是一种典型的红树林盐生植物.本研究利用蛋白组学技术对淡栽(R0)和3% NaCl盐栽(R3)处理后的红海榄根部总蛋白进行了比较研究.双向电泳图谱的结果表明,R0和R3分别有981和972个蛋白点,蛋白点主要集中在分子量28～70 kD,等电点4.0～8.5之间. R0和R3之间差异明显的有15个蛋白点.其中,8个蛋白的表达量在R0中表达增高（10倍）,而在R3中相对下降.另外,7个蛋白的表达量在R0中较低,而在R3中表达量显著增高.对这15个蛋白点进行肽质量指纹图谱分析,10个蛋白点找到匹配蛋白.功能预测分析发现,在盐水栽培上调的蛋白质一般与逆境胁迫有关,淡水栽培上调的蛋白质一般与基本代谢有关.这些研究结果为进一步研究红海榄的耐盐机理提供了有意义的线索.     

醛脱氢酶(ALDH)蛋白家族的信息学比较分析与修饰预测

以ALDH1~ALDH4为核心,利用生物信息学方法对比分析ALDH家族成员的蛋白理化性质、亚细胞定位、构建分析蛋白三维模型并绘制家族系统进化树。对不稳定蛋白进行修饰预测。结果表明:ALDH家族间的序列相似性较高但同源性相对较低,氨基酸序列差异较大。蛋白的GRAVY值(-0.284~0.01)和分子量(47 974.0~61 810.5)没有典型的规律性分布,但不稳定指数、脂肪系数和等电点差异显著。结构分析催化位点和结合区域有较大差异,这赋予了各家族成员不同的催化活性。最后就不稳定蛋白进行了理想的模拟突变与预测分析。分析结果可为ALDH蛋白的研究提供有价值信息,为进一步研究ALDH在人体内的疾病发生途径与作用机理提供依据。     

家蚕脂肪体蛋白质组学研究

通过高精度的双向电泳技术对家蚕末龄幼虫的脂肪体组织进行了研究,采用基质辅助质量飞行时间质谱对其中一些表达量较高的蛋白点进行了鉴定,并利用GPMAW软件结合家蚕基因组预测的蛋白质数据库构建了本地的肽质量指纹图谱数据库,对所得到的肽质量指纹图谱进行了分析。研究发现,经过双向凝胶电泳及其图象分析技术,银染可以分离出722个清晰蛋白点,这些蛋白质主要集中在分子量15～90kD区域,等电点pH4～8之间。MALDI-TOF-MS鉴定的41个蛋白点中都有较强的肽质量指纹信号峰,其中34个蛋白点得到了成功鉴定,其中包括了大量参与代谢的酶类、不同分子量的热激蛋白、重要的血液蛋白30K,Actin3等,这一结果对人们进一步认识家蚕脂肪体提供了有利的帮助。     

家蚕丝腺蛋白质组学研究方法的建立

通过高精度的双向电泳技术对家蚕中部丝腺组织的蛋白质进行分离,采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assistedlaserdesorption/ionizationtimeofflightmassspectrometry,MALDI-TOF-MS)对其中一些表达量较高的蛋白点进行鉴定,并利用GPMAW(GeneralProtein/MassAnalysisforWindows)软件结合家蚕基因组预测的蛋白质数据库构建本地的肽质量指纹图谱数据库,对所得到的肽质量指纹图谱进行分析。研究发现,经过双向凝胶电泳及其图象分析技术,硝酸银染色和考马斯亮蓝染色分别能分离出500个以上和100个以上的蛋白点。这些蛋白质点主要集中在分子量15~90kD区域,等电点pH3·5~7之间。MALDI-TOF-MS鉴定的25个考染蛋白点中有60%以上的PMF(PeptideMassFingerprint)的信号峰较强。在数据库检索过程中,利用家蚕肽质量指纹数据库所得检索结果与在Mascot的检索结果相比,前者不仅能够准确鉴定出一些已有研究报道的蛋白,从而验证检索方法的可行性,而且还能够对一些已经被家蚕基因组数据库所预测但未曾报道的新蛋白质进行鉴定,从而建立了一整套适合于家蚕蛋白质组研究的方法,并为其它绢丝昆虫蛋白质组研究提供了重要参考。     

水稻红莲型细胞质雄性不育系小孢子不同发育时期花药总蛋白质比较分析

采用双向凝胶电泳对水稻红莲型细胞质雄性不育的不育系小孢子发育单核期和二核期花药总蛋白进行了分离,通过银染显色,获得了分辨率和重复性较好的双向电泳图谱,且单核期和二核期花药总蛋白质在双向电泳胶上分布的图谱十分相似。PDQuest 2DE图像分析软件在等电点(pI)3.0~10.0、分子量(M.W.)9.0~98.0 kD之间可识别约1 800个蛋白质点。比较分析发现单核期和二核期花药中共有241个差异表达的蛋白质点,其中仅在单核期中表达的点数为125,仅在二核期中表达的为13点;表现为表达量差异的105点,其中在二核期表达下调的点数为70点,表达上调的为33点。还对蛋白质点集中的区域(pI 4.5~8.0,M.W.25.0~70.0 kD)中的41个差异蛋白质点进行了分子量和等电点分析。     

虎纹捕鸟蛛粗毒双向凝胶电泳分析及部分蛋白质点的N端序列测定

采用固相 p H梯度等电点聚焦 - SDS双向聚丙烯酰胺凝胶电泳对虎纹捕鸟蛛粗毒进行了分析 ,通过考马斯亮蓝与银染法显色 ,电脑软件识别出约 30 0个蛋白质点 .约有 35个含量较高的蛋白质点分布在分子量 1 0 k D以下区域 ,通过印迹法将凝胶上蛋白质点转移到 PVDF膜上以后 ,对上述分子量 1 0 k D以下的组分进行了 N端序列测定 ,鉴定到了虎纹捕鸟蛛毒素 HWTX- ,HWTX- ,HWTX- 和 SHL- 1在凝胶上的位置 ,同时发现了 5种新的肽类毒素组分 .     

肝癌中高表达基因fup1的克隆及其功能

原发性肝细胞癌是我国高发的恶性肿瘤之一，开展肝癌相关基因的研究具有重要的意义。从已经获得的在肝癌和正常肝对照中表达量有明显差异的EST片段入手，克隆了一个功能未报道的而可能与肝癌相关的基因。暂命名为fup1，该基因编码区全长1233bp，其产物的分子量约为46kD，等电点为5.48,可能是一个核蛋白。Northern 迹结果表明该基因在人类除心脏以外的多种正常组织中表达量很小，说明其分布具有一定的组织特异性，将整合有该基因的真核表达载体转染NIH3T3细胞后，MTT检测结果证明该基因的产物可能对细胞的增殖具有促进作用。     

乙肝相关性肝癌中新基因CHCHD2的生物信息学分析

应用基因芯片技术获取以稳定转染HBx基因的肝癌细胞HepG2(HepG2-X)及非转染的肝癌细胞HepG2的差异表达的基因,利用生物信息学方法对新基因CHCHD2进行初步分析表明,该蛋白开放性读码框长456 bp,编码151个氨基酸残基,相对分子量为15.55 kD,等电点9.43,是主要定位于线粒体中的亲水性蛋白,二级结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主要构件。同源性比较分析结果表明,其碱基序列与已经报道的其他17个物种相似性为64%-99%,且符合种属之间的进化关系。     

正常肝信息核糖核酸的翻译和对离体肝癌细胞的逆转分化作用

正常肝信息核糖核酸是从肝聚核蛋白体抽提RNA,通过寡聚(dT)纤维素亲和层析制备。分离的正常肝mRNA在麦胚蛋白合成系统和爪蟾卵翻译系统检定,能够翻译白蛋白,由此证明是有生物学活性的。用正常肝mRNA在离体情况下对肝癌细胞进行逆转分化研究,发现:(1)小鼠正常肝mRNA能抑制小鼠腹水肝癌细胞核酸和蛋白质的合成;初步见到人的正常肝mRNA能轻度抑制人体肝癌细胞(BEL-7404)的生长。(2)相应的正常肝mRNA分别在小鼠腹水肝癌和人肝癌细胞诱导了白蛋白合成;在人体肝癌细胞内核蛋白体聚成聚核蛋白体。(3)人体肝癌细胞受刀豆凝集素(Con A)凝集的能力减弱,这种凝集特性的改变,可以维持至3次细胞传代。这些实验结果显示肝癌细胞并非固定不可改变的,在正常肝mRNA作用下能够向正常逆转分化;讨论了mRNA转化机理,认为可能是通过肝mRNA翻译的蛋白质或mRNA本身直接调节基因转录来实现的。     

东亚三角涡虫Rab蛋白cDNA序列的克隆与生物信息学分析

通过构建东亚三角涡虫(Dujesia japonica)cDNA文库,随机挑选重组阳性克隆进行测序,对部分序列进行引物步移法测序,获得1个三角涡虫新基因——Rab蛋白基因(DjR),涡虫Rab蛋白cDNA全长2 141 bp,开放性阅读框(ORF)621bp,编码206个氨基酸,相对分子量为23.1 kD,等电点6.59,属亲水性蛋白,主要定位于细胞质中,在氨基酸第20和21位之间有信号肽剪切位点。有8个磷酸化位点。含有小G蛋白家族5个保守的鸟苷酸结合区域。同源性比较分析结果表明,其碱基序列与已经报道的其他23个物种的相似性为53%-90%,且符合种属之间的进化关系。     

原发性肝癌快速康复手术治疗对照实验研究

快速康复手术结合数个基于实验证据调整后的技术,在许多手术中显示出了其加速病人康复、降低发病率和缩短住院时间的优势。本研究比较了FTS或常规手术(CS)治疗的肝癌部分肝切除术的短期结果。为了比较FTS和CS局部肝切除治疗肝癌的短期效果,从2010年9月至2012年6月,本研究对接受局部肝切除治疗肝癌的患者实施了一项随机对照实验。在接受局部肝切除治疗之前,患者被随机分为FTS组(n=80)和CS组(n=80)。相比于CS组,FTS组具有显著较低的并发症(p<0.05),较短时间的恶心、呕吐、麻痹性肠梗阻和住院时间,较高的总体舒适度和术后1 d、3 d、5 d时较低的血清C反应蛋白水平。本研究表明,FTS相对较安全和有效,它能够减少术后应激反应,加速经局部肝切除治疗肝癌病人的术后恢复。     

人肝癌细胞系的糖蛋白质组学研究

糖基化是最重要的蛋白质翻译后形式之一,糖基化蛋白的糖链部分影响着蛋白质的折叠和稳定性以及其生物学功能.许多恶性肿瘤组织与正常组织相比已显示出蛋白质糖基化的差异.采用蛋白质组学分析方法结合先进的糖蛋白荧光染色技术,研究了正常人肝细胞系(ChangLiver)和人肝癌细胞系(Hep3B)糖蛋白糖基化的差异.首先用细胞裂解法提取细胞总蛋白质,进行双向电泳(2-DE),然后用pro-QEmerald488糖蛋白荧光染料进行糖蛋白染色,得到两种细胞系糖基化蛋白表达谱,经2-DE分析软件Dymension分析2-DE图像,比较糖蛋白的糖基化程度,并对糖基化蛋白进行质谱鉴定.结果显示正常人肝细胞表达(74±2)个(n=3),而人肝癌细胞系表达(78±3)个糖蛋白(n=3).两者匹配的糖蛋白质点31个,Hep3B表达而ChangLiver不表达的糖蛋白质点47个,ChangLiver表达而Hep3B不表达的糖蛋白质点43个.两种细胞系糖基化程度存在明显差异,与正常人肝细胞相比,肝癌细胞发生糖基化改变的糖蛋白有25个,其中糖基化水平上调的有10个,下调的有15个,质谱鉴定出12个发生糖基化改变的糖蛋白.这些结果显示蛋白质糖基化改变可能在肝癌的发生和发展中起一定作用.     

HMG非组蛋白在基因表达调节中的作用——Ⅱ.正常大鼠肝和大鼠移植性BERH-2肝癌HMG非组蛋白比较研究

本实验通过5%过氯酸抽提、丙酮分级分离以及CM-Sephadex离子交换层析等步骤分别从正常大鼠肝和大鼠移植性肝癌(BERH-2)细胞核中获得了HMG蛋白,并且比较了它们的电泳和层析行为以及生物学作用,发现正常鼠肝和肝癌HMG没有明显的质的差别。比较了正常大鼠肝细胞核和BERH-2肝癌细胞核体外转录活性,并比较了DNA酶Ⅰ消化这两种细胞核的动力学和有限消化时释放出来的HMG和组蛋白H_1相对量的变化。发现肝癌细胞核转录活性明显高于正常大鼠肝细胞核;肝癌细胞核对DNA酶Ⅰ消化的敏感性大于正常肝细胞核;肝癌细胞核在DNA酶Ⅰ有限消化时HMG的释放较正常大鼠肝细胞核多。实验结果说明,在肝癌的细胞中HMG与正常肝细胞的HMG可能没有明显的质的差别,但与活性核小体结合的HMG量有所增加。这可能是肝癌染色质结构的改变,基因转录失常原因之一。     

单显性细胞核雄性不育油菜花蕾表达蛋白比较研究

以受1对显性基因控制的单显性细胞核雄性不育油菜为材料,运用蛋白双向电泳技术对初花期不育花蕾和可育花蕾中蛋白质表达差异进行分析.结果表明,可育花蕾中表达的蛋白质总点数高于不育系.不育花蕾和可育花蕾中共有的蛋白点为223个,不育花蕾特有的蛋白质点数为103个,而可育花蕾中特有的蛋白质点数为160个.可育花蕾中表达的特有蛋白质分子量主要分布在60kD以下的小分子量区域,30kD尤为丰富;不育花蕾中表达的特有蛋白按分子量分布相对均匀.两者表达特有蛋白都相对集中在pI6.0～7.5区域,多为中性蛋白.     

单显性细胞核雄性不育油菜花雷表达蛋白比较研究

以受1对显性基因控制的单显性细胞核雄性不育油菜为材料,运用蛋白双向电泳技术对初花期不育花蕾和可育花蕾中蛋白质表达差异进行分析.结果表明,可育花蕾中表达的蛋白质总点数高于不育系.不育花蕾和可育花蕾中共有的蛋白点为223个,不育花蕾特有的蛋白质点数为103个,而可育花蕾中特有的蛋白质点数为160个.可育花蕾中表达的特有蛋白质分子量主要分布在60kD以下的小分子量区域,30kD尤为丰富;不育花蕾中表达的特有蛋白按分子量分布相对均匀.两者表达特有蛋白都相对集中在pI6.0～7.5区域,多为中性蛋白.     

斜纹夜蛾核多角体病毒DNA XbaI 4.0 kb片段锌指蛋白基因及重复序列分析

测定了斜纹夜蛾核多角体病毒 (Spodopteralituranucleopolyhedrovirus,SpltNPV)中山大学分离株基因组DNAXbaI4.0kb片段全序列 ,该片段包括一个锌指蛋白基因及三个区域的DNA重复序列 (SR1、SR2、SR3)。该锌指蛋白基因读码框为 2 196个核苷酸 ,编码 731个氨基酸的蛋白质 ,分子量为 83 .0 9kD ,该蛋白的等电点为 4.6 1。在其 5′非编码区内有一个杆状病毒早期启动子基序GAGT及一个TATA盒 ,在其终止密码的下游有 5个真核生物转录mRNA时poly(A)加尾信号AATAAA。在 2 2 3～ 2 41氨基酸残基之间有一个锌指蛋白基序 ,这一基序属于锌指蛋白基序中的C3HC4类 ,即环指 (Ringfinger)类基序。在 32 3～ 340氨基酸残基区域为一个核定位信号。该蛋白可能为一个高度折叠的蛋白质。在该片段中存在三个DNA重复序列区域 (SR1、SR2、SR3) ,其中SR1与SR3区域存在更大量的重复序列 ,SR1区域其中的一个重复序列长达 41bp ,SR1、SR3重复序列区域可能作为该病毒转录的增强子 ,或者作为DNA复制的起始点。     

大豆C2H2型锌指蛋白基因SCTF-1的克隆及功能分析

锌指蛋白是一类具有手指型结构的蛋白质,其中一些锌指蛋白是转录因子,对真核生物的生长发育及非生物逆境胁迫的耐受能力都有着重要作用。文章从大豆(Glycine max(L.)Merr.)中克隆了一个新的C2H2型锌指蛋白基因SCTF-1(GenBank登录号:JQ692081),该基因包含一个699 bp的开放阅读框,编码233个氨基酸,无内含子,有两个典型的C2H2型锌指结构。锌指结构中有植物锌指蛋白特有的保守氨基酸序列QALGGH。经软件预测分析,其等电点pI=8.33,分子量24.9 kDa。农杆菌介导的洋葱表皮细胞GFP瞬时表达实验结果表明,SCTF-1蛋白能够定位到细胞核中。通过RT-PCR检测发现该基因在大豆叶和花中的表达量较高,在茎和根的表达量相对较低。在对大豆幼苗的低温胁迫中,SCTF-1基因的表达量明显增加。将SCTF-1基因转入烟草(Nicotiana tabacum L.)中,发现SCTF-1基因的过量表达能够明显提高转基因烟草的耐冷能力。     

发状念珠藻干旱胁迫响应基因NfGR的克隆与鉴定

该研究采用PCR技术,从发状念珠藻细胞中克隆了谷胱甘肽还原酶(glutathione reductase,GR)基因,命名为NfGR,其开放阅读框长1 374bp,编码458个氨基酸,蛋白相对分子量为49.42kD,理论等电点为5.49。氨基酸序列分析表明,NfGR蛋白具有NADPH结合位点超家族(NADB-Rossmann superfamily)和吡啶氧化还原酶二聚体超家族(Pyr_redox_dim superfamily)2个结构域,与点形念珠藻(Nostoc punctiforme)的相似性达93%。系统进化树分析表明,NfGR与点形念珠藻处在同一进化枝上,亲缘关系较近。qRT-PCR表达分析表明,在不同浓度PEG-6000处理下,NfGR基因均保持上调表达,其中,PEG-6000浓度为8%时,NfGR基因的相对表达量达到峰值(32.69)。研究推测,谷胱甘肽还原酶可能参与了发状念珠藻对干旱胁迫过程的响应。