科学出版社科学出版中心生命科学分社新书推介

分子系统发生学书号:978-7-03-033026-0/Q.2820作者:黄原定价:$120分子系统发生学是应用分子数据重建系统发生关系的学科.本书全面系统地论述了分子系统发生学的基础、原理、方法及应用.分子系统发生学是当前生命科学的一个热点领域,本书是作者20余年来在系统发生学领域研究和教学的     

基于分子数据的系统发生树构建

系统发生学是研究生物类群间进化关系的学科。随着测序技术、分析方法和计算能力的改进,分子数据被广泛应用,促进了系统发生学的快速发展。系统发生树已成为生态学和比较生物学等研究领域的有力工具。然而,许多研究在进行系统发生树构建时更侧重各种软件的使用,一些基本原则或注意事项有时会被弱化甚至忽视。该文详细介绍了基于分子数据进行系统发生树构建的工作流程和基本方法,包括类群取样、分子标记选择、序列比对、分区及模型选择、序列联合分析以及拓扑结构检验等关键步骤。此外,该文还为系统发生树构建常用的3种方法(最大简约法、最大似然法和贝叶斯法)提供了相应的软件操作流程和运行命令,以期为相关研究提供参考。     

中国近海牡蛎系统分类研究的现状和对策

探讨了中国近海沿岸牡蛎分类的诸多疑难和热点问题,回顾了国内外包括贝类等动物的分子系统发生学研究的主要进展,分析了中国近海牡蛎系统分类目前存在的问题,重点阐述了利用分子标记等手段解决形态相似种的鉴定和种系发生关系等问题的巨大潜力,报道了利用分子标记进行牡蛎分类研究所取得的最新进展。预期经典分类学和分子系统发生学研究的交叉综合,将大力推动中国近海牡蛎的系统分类和系统发生研究的发展。     

MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用--系统发生分析(五)

MATLAB 7.X生物信息工具箱为广大用户提供了一个用于系统发生分析的综合环境,它能利用数据库资源,方便获取DNA/蛋白质序列数据,所有操作简单高效,结果可视化程度高。在工具箱提供的开放环境里,用户还可以根据自己的目标来设计和利用分析工具。本文介绍MATLAB7.X生物信息工具箱在构建系统发生树方面的应用,以人科线粒体基因序列作为分子标记构建一株人科系统发生树为例,说明在MATLAB环境下对系统发生树的分析和处理。     

蕨类植物起源与系统发生关系研究进展

蕨类植物是一群非常古老的植物,在其漫长的演化历史中丢失了大量的系统发生信息,因此重建其系统演化关系是蕨类植物学家所面临的重要任务之一。近年来的分子系统学研究已经确立了一些类群的系统关系,但现存的蕨类分类系统和系统发生关系还有很多谜团有待揭开。化石记录表明蕨类植物最早出现于大约4亿多年前,但大部分现代真蕨类缺少足够的化石证据。它们的起源时间和方式及其内部各类群的系统发生关系等诸多问题的解决,还有待于大量形态学和不同分子水平上的实验数据的进一步积累,并结合其直接的化石证据进行综合研究。     

鸡形目鸟类系统发生研究现状

综合形态学、行为学、分子系统发生等方面研究成果,对世界鸡形目鸟类科的系统关系以及属、种间系统发生的研究进展进行了阐述,侧重介绍与我国鸡形目鸟类相关类群的系统发生研究现状。与传统的系统关系比较,新的研究结果主要有:凤冠雉科和冢雉科不再是互为姊妹群;传统分类中的雉族和鹑族被证明并非单源而是多源的;雉族的原鸡属与鹑族的竹鸡属有很近的亲缘关系;灰山鹑、火鸡和松鸡类的系统发生关系可能很近。分子进化的研究表明雉科各属的起源主要集中在上新世。     

《普通生物化学》(第5版)

<正>主编:陈钧辉张冬梅书号:978-7-04-039644-7出版日期:2015年1月定价:68.00元内容简介全书分4篇共21章。第一部分生物分子,包括糖类、脂质、蛋白质、核酸、酶、维生素和激素。第二部分生命活动的基本单位——细胞,包括细胞及其结构、生物膜的结构和功能,这为学习代谢提供方便。第三部分物质代谢及其调节,包括生物能学与生物氧化、代谢总论、糖代谢、脂质代谢、蛋白质的降解和氨基酸代谢、核酸的降解和核苷酸代谢、代谢的相互联系和调控。第四部分遗传信息的传递和表达,包括DNA复制、转录、翻译和基因表达调控。第五部分生物化学的前沿学     

蕨类植物起源与系统发生关系研究进展

蕨类植物是一群非常古老的植物,在其漫长的演化历史中丢失了大量的系统发生信息,因此重建其系统演化关系是蕨类植物学家所面临的重要任务之一.近年来的分子系统学研究已经确立了一些类群的系统关系,但现存的蕨类分类系统和系统发生关系还有很多谜团有待揭开.化石记录表明蕨类植物最早出现于大约4亿多年前,但大部分现代真蕨类缺少足够的化石证据.它们的起源时间和方式及其内部各类群的系统发生关系等诸多问题的解决,还有待于大量形态学和不同分子水平上的实验数据的进一步积累,并结合其直接的化石证据进行综合研究.     

二代测序技术分析2018年济南市污水中的人星状病毒基因特征

人星状病毒（Human astrovirus,HAstV）是引起急性胃肠炎的主要致病病毒之一，为了解HAstV的型别分布和遗传变异特征，本研究于2018年在济南市按月采集12份生活污水样本，浓缩处理后提取RNA，进行HAstV部分ORF2编码区的PCR扩增，阳性产物进行下一代测序（Next generation sequencing, NGS）分析，探索HAstV各型别的动态变化和系统发生学特征。结果显示所有污水中均检出HAstV核酸，NGS分析显示所测读长分属于HAstV-1至HAstV-6共6个型别，其中HAstV-1型占比最大（27.4%），但不同月份的优势型别有所差别。系统发生学分析显示HAstV-1、HAstV-2、HAstV-5型山东株序列属于多个遗传分支，提示这些型别有多个传播链在当地循环。本研究描述了2018年济南市本地流行的人星状病毒基因型分布和序列特征，研究结果证明基于扩增子NGS的环境监测是探索人群中HAstV分子流行病学特征的有效手段。     

基于核基因c-mos的鸫亚科部分鸟类系统发生关系

采用分子系统学方法对鸫亚科Turdinae 11属21种鸟类的核基因c-mos进行了系统发生分析.所测序列经对位排列后共572个位点,其中核苷酸变异位点111个,简约信息位点71个.以太平鸟Bombycilla garrulus作外群,采用邻接法、最大简约法和最大似然法分别构建其系统发生树.重建的系统发生树显示:所研究鸫亚科21种鸟类分成2个支系,第1个支系包括鸫属Turdus和地鸫属Zoothera.第2个支系包括红尾鸲属Phoenicurus、矶鸫属Monticola、水鸲属Rhyacornis、鸲属Tarsiger、溪鸲属Chainarrornis、石即鸟属Saxicola、燕尾属Enivurus、歌鸲属Luscinia和鹊鸲属Copsychus.红尾鸲属为并系类群,水鸲属和溪鸲属聚到这一支系;歌鸲属与燕尾属互为姐妹群,再与鸲属聚合构成另一支系;宝兴歌鸫Turdus mupinensis独立于鸫属及地鸫属之外,形成单独一个分支.     

新书介绍

正现代分子生物学技术及实验技巧本书系统介绍了现代分子生物实验技术。第1~6章包括质粒的提取和目的基因的获得、基因的克隆和重要分子的筛选以及目的基因的表达和检测;第7~14章涉及近年来发展起来的一些新技术,包括报告基因分析、差异基因表达谱分析、蛋白质-核酸相互作用技术、蛋白质-蛋白质相     

基于线粒体ND2和ND4基因合并序列探讨豹属的分子系统关系

为了探讨豹属(Panthera)物种间的系统发生关系,测定了虎(Panthera agm)、豹(Panthera pardus)和雪豹(Panthera uncia)的线粒体ND2和ND4编码基因序列,结合来自Ganebank的其他7种猫科动物的同源序列进行合并分析(2 417 bp).在2 417 bp比对位点中,其中有948个变异位点,632个简约信息位点.以犬为外群,分别采用最大简约法(Maximum Parsimony,MP)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯推论法(Bayesian In-ference,Bl)重建分子系统树.结果表明:豹属除包括传统的虎、豹、狮、美洲豹(Panthera onca)和雪豹外,云豹(Neofetis nebulosa)应并归于豹属,不支持将云豹另立为云豹属的观点;豹属各物种间的系统发生关系总结为:云豹(虎(美洲豹(豹(狮、雪豹))))     

《中国动物志》(昆虫纲 第二十八卷 同翅目 角蝉总科 犁胸蝉科 角蝉科)

本志由袁锋及周尧二位教授编著。科学出版社 2 0 0 2年 3月出版。ＩＳＢＮ 7 0 3 0 0 9882 Ｘ Ｑ .1 1 1 5。ｘｉｘ+ 5 90页 ,彩色图版 4幅。售价 :人民币 1 1 2 .0 0元。全书分为序、前言、总论、参考文献、英文摘要、中名索引、学名索引、寄主植物中名索引、寄主植物学名索引及图版共 1 0个部分。其中总论部分是全书的重点 ,包括 6章 (第一章分类地位和科学意义 ,第二章研究历史与分类系统 ,第三章体躯结构与分类特征 ,第四章生物学与生态学 ,第五章寄主植物与为害防除 ,第六章地理分布 )和各论 ,各论部分共记述中国角蝉 2 81种 ,分隶…     

“群落演替”一节的教学设计

1 教学分析 1.1 教材分析 浙江科学技术出版社必修3第5章第5节“群落演替”,是在学生学习了种群和群落的相关知识的基础上,向学生展现在群落层次上分析生命系统的发展变化.本节内容包括“什么是群落演替”、“原生演替和次生演替”和“顶极群落”3部分.可以看出本节内容既是群落的物种组成、群落结构和群落类型等知识的拓展和延伸,又为后面学习生态系统打下基础.同时,该内容与选修3“现代生物科技专题”中的第5章生态工程内容相关,因此学好本节内容对学习后面的有关知识是非常必要的.     

新书介绍

<正>现代分子生物学技术及实验技巧本书系统介绍了现代分子生物实验技术。第1~6章包括质粒的提取和目的基因的获得、基因的克隆和重要分子的筛选以及目的基因的表达和检测;第7~14章涉及近年来发展起来的一些新技术,包括报告基因分析、差异基因表达谱分析、蛋白质-核酸相互作用技术、蛋白质-蛋白质相     

甘肃马鹿myogenin基因克隆、序列结构特征预测及其分子系统进化分析

根据GenBank中公布的绵羊、水牛、猪、小鼠及人的肌细胞生成素基因(myogenin)DNA序列,设计了3对引物,采用PCR扩增和克隆技术,首次从甘肃马鹿血液基因组中获得了myogenin基因序列,并利用生物信息学方法对甘肃马鹿该基因核苷酸及其编码氨基酸序列的结构特征进行初步预测和分析,进一步基于该基因氨基酸序列构建了15个物种的分子系统进化树。结果表明,获得的甘肃马鹿myogenin基因序列大小为3168bp(GenBank登录号:FJ746497),包括3个外显子、2个内含子、部分5'UTR和3'UTR,其序列包括1个684bp的开放阅读框,编码227个氨基酸,myogenin蛋白理论分子质量为25.2493kDa,PI为5.68,不稳定系数是66.22,属于酸性不稳定蛋白质。进一步分析发现,该序列不含有信号肽和跨膜区域,含有11个广泛磷酸化位点,第1～136个氨基酸为甘肃马鹿myogenin基因bHLH保守结构功能域,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主。序列相似性及分子系统进化分析显示,甘肃马鹿myogenin基因与反刍动物山羊、绵羊和水牛的亲缘关系最近。甘肃马鹿myogenin基因的克隆及序列结构特征的生物信息学预测为进一步探讨鹿科动物肌肉生长发育的分子调控机理奠定了理论基础。     

苔藓动物18S rRNA基因的分子系统发生初探

本文对我国沿海较为常见的8种唇口目苔藓动物的18SrRNA基因进行了PCR扩增和序列测定。结合已知的其它苔藓动物（包括内肛动物和外肛动物）以及腕足动物和帚虫的相应序列,运用分子系统学方法,研究苔藓动物门的系统发生关系,结果表明,外肛动物和内肛动物构成苔藓动物分子系统树中的二大平行支;本文测定的大室膜孔苔虫与Giribet等测定的膜孔苔虫在系统树中的位置间隔较远。结果也支持外肛动物包含被唇纲和裸唇纲两大类群的形态划分,而关于裸唇纲特别是唇口目内部的系统发生关系。分子数据的分析结果和形态分类之间的分歧有待于进一步研究。     

基于线粒体ND4基因和核c-mos基因初步探讨广西拟水龟和艾氏拟水龟的系统发生

广西拟水龟和艾氏拟水龟的分类和系统发生多年来存在争议。通过测定广西拟水龟、艾氏拟水龟和黄喉拟水龟线粒体ND4基因和核c-mos基因部分序列,合并GenBank中拟水龟属其他物种的ND4基因和c-mos基因部分序列进行分析,从分子水平探讨广西拟水龟和艾氏拟水龟的系统发生。ND4基因数据分析发现NJ、MP和BI树中广西拟水龟与安南拟水龟的聚类分支相互交织聚为一支,二者种内遗传距离均为0.002～0.017,种间遗传距离为0.000～0.035,种间遗传距离明显小于同属内其他种间0.056～0.109的遗传距离,表明广西拟水龟与安南拟水龟可能为同一物种,可能是安南拟水龟的同种异名,或是作为安南拟水龟的一个亚种;NJ树、MP树和BI树均显示,艾氏拟水龟与黄喉拟水龟的位置和关系最为相近,二者间的遗传距离为0.020～0.035,明显小于拟水龟属其他物种间遗传距离,而明显大于同属各物种内遗传距离,艾氏拟水龟与黄喉拟水龟之间系统分类关系是介于种内与种间之间;乌龟、中华花龟、安南拟水龟等物种都是与拟水龟属中其他物种先聚成一支后再与同科的地龟属的地龟形成姐妹支,支持将乌龟属、花龟属和安南龟属并入拟水龟属的分类。c-mos基因数据分析发现,拟水龟属各物种间不存在明显的遗传距离,NJ树和MP树也未能对属中各物种的分子系统发生位置进行有效的界定,但在属及属以上阶元的分子分类系统中c-mos基因可以作为分类依据,并与线粒体基因数据有较好的一致性。     

啮齿动物分子系统地理学研究进展

系统地理学是研究种间及种内不同种群的形成、现有分布格局的历史原因和演化过程的一门学科。基于分子水平,能够更准确地界定物种分布格局,促进分子系统地理学的形成和发展。近年来,分子系统地理研究的开展,促进了对啮齿动物物种分布格局形成机制的理解。对啮齿动物的种内及种上分类阶元的系统演化关系、起源中心与演化历程、影响系统地理格局的因素、鼠害防控和保护生物学等分子系统地理学方面的研究进行了综述。并提出了啮齿动物分子系统地理学未来发展的四点展望:1)综合性系统地理学研究;2)区域系统地理学研究;3)物种演化的全面系统研究;4)新型分子标记和分析方法的发展。     

登革病毒的系统发生树

登革病毒在除欧洲以外的所有大陆都有流行,弄清登革病毒在全世界的流行趋势及其致病机理对控制登革流行非常重要。本文就登革病毒系统发生树的构建方法及系统发生树的登革病毒分子流行病学、致病机理研究中的应用作一综述。