| MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用--系统发生分析(五) |
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| 引用本文： | 刘新星,李寿朋,王婧,杨英杰.MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用--系统发生分析(五)[J].现代生物医学进展,2008,8(11). |
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| 作者姓名： | 刘新星 李寿朋 王婧 杨英杰 |
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| 作者单位： | 中南大学生物冶金教育部重点实验室,湖南,长沙,410083 |
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| 摘 要： | MATLAB 7.X生物信息工具箱为广大用户提供了一个用于系统发生分析的综合环境,它能利用数据库资源,方便获取DNA/蛋白质序列数据,所有操作简单高效,结果可视化程度高。在工具箱提供的开放环境里,用户还可以根据自己的目标来设计和利用分析工具。本文介绍MATLAB7.X生物信息工具箱在构建系统发生树方面的应用,以人科线粒体基因序列作为分子标记构建一株人科系统发生树为例,说明在MATLAB环境下对系统发生树的分析和处理。
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| 关 键 词： | 生物信息工具箱 系统发生分析 系统发生树 |
The Application of MATLAB Bioinformatics Toolbox——Phylogenetic Analysis (5) |
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| LIU Xin-xing,LI Shou-peng,WANG Jing,YANG Ying-jie.The Application of MATLAB Bioinformatics Toolbox——Phylogenetic Analysis (5)[J].Progress in Modern Biomedicine,2008,8(11). |
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| Authors: | LIU Xin-xing LI Shou-peng WANG Jing YANG Ying-jie |
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| Abstract: | The Bioinformatics Toolbox of MATLAB 7.X provides an integrated software environment for phylogenetic analysis, it makes your work more efficient with the using of databases,all operations are simple and efficient,with high degree of visualization.In the open environment provided by the Bioinformatics Toolbox,you can customize for development and deployment of the analytical tools you will need.In this paper,the application of the Bioinformatics Toolbox of MATLAB 7.X in phylogenetic analysis of gene/pro- tein will be introduced..For instance,a phylogenetic tree is constructed from mitochondrial DNA (mtDNA) sequences for the family Hominidae and the phylogenetic tree is analyzed and processed by MATLAB. |
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| Keywords: | Bioinformatics toolbox Phylogenetic analysis Phylogenetic tree |
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