蛋白质质谱数据缺失值填补方法的比较与评估

基于质谱数据的蛋白质定量分析一直是目前高通量蛋白质组学的重要研究手段.但是基于现有质谱技术的限制,大规模蛋白质定量过程中往往会产生大量的缺失值,这在一定程度上影响了下游分析的准确性.尽管很多缺失值填补方法被不断提出,但是蛋白质组学领域对于不同情况下缺失值填补方法效力的综合评估仍然缺乏.本研究基于真实数据的分布特征,构建模拟数据集,在样本量、效应值以及缺失比例这三个维度上,综合评估了kNN、SVD、MLE、BPCA、LLS、Min、QRILC、Mean这8种缺失值填补方法的效力.结果显示,填补效力与样本量和效应值呈正相关,也与缺失比例呈负相关.同时,还发现在不同数据集中填补方法的效力有所差异,研究者需要根据数据集特征和自身需求选择适合的填补方法.本研究总结了不同数据集特征下的最优填补方法,供研究者进行参考和使用.     

酵母海藻糖酶缺失突变株的构建及其耐性

[目的]构建酵母海藻糖酶缺失突变株,并进行耐性分析,进一步研究海藻糖与酵母耐性之间的关系,为商业生产打下一定的基础.[方法]利用同源重组的方法,敲除了编码酸性海藻糖酶的ATH1基因和中性海藻糖酶的NTH1基因,构建了酸性海藻糖酶缺失突变株(△ath1)、中性海藻糖酶缺失突变株(△nth1)和双缺失突变株(△ath1△nth1),并进行了耐性分析.[结果]结合PCR和Southernblot的结果,验证了突变株构建的正确.所有突变株的海藻糖积累量和细胞密度均高于亲本,冷冻、高温、高糖和酒精耐性提高了.[结论]说明海藻糖含量与酵母耐性有一定的相关性.突变株耐性的改善,表明它们在酿造和烘焙产业中具有潜在的商业价值.     

金黄色葡萄球菌核酸酶基因的片段缺失与定点突变

金黄色葡萄球菌核酸酶R(SNase R)是金黄色葡萄球菌核酸酶(SNase A)的一种类似物,具有与SNaseA相同的酶活性,与SNase A唯一不同之处是在N端多出6个氨基酸残基。为了得到完整的SNase基因并使其在E.Coli中表达,我们利用单链U模板—单引物突变法,将为6个额外氨基酸残基编码的18个氨基酸残基删除,其突变率可达90％。进而,完整的SNase A基因被重组入表达载体pBV221。细菌表达产物的PAGE分析结果指出,SNase A在E.coli中得到高效表达。与此同时,我们利用两个不同的引物在单链U模板上同时介导两种不同类型的突变(片段缺失、碱基取代)其突变率可达83％以上,这为进行多种类型的高效突变提供一个有用的方法。本文也对影响突变率的某些实验因素进行了讨论。     

RNA编辑

ＲＮＡ 一种基因转录产物所包含的信息在转录中或转录后被改变的过程,从某种意义上是对中心法则的一种扩展。本文以Ｋｉｎｅｔｏｐｌａｓｉｄ线粒体ＲＮＡ为例,对ＲＮＡ编辑反应的基本过程是反应模型进行了综述,并对可能参与编辑反应的反式因子及ＲＮＡ编辑反应类型与进化意义作了简要介绍。     

β－内酰胺酶启动子C－17缺失对其强度的影响

通过酶学手段在β－内酰胺酶启动子间隔序列中造成Ｃ－１７的缺失突变,以氨苄青霉素为底物,检测突变前后β－内酰胺酶活力变化,并作了细菌的Ａｍｐ耐受性试验,实验结果表明,Ｃ－１７的缺失突变使启动子强度增加约６０％,含有突变启动子的细菌对Ａｍｐ的抗性明显增强,突变体生长的半抑制浓度为２８０μｇ／ｍｌ,而在此浓度下野生型菌体吸光度只有突变体的５０％左右,对启动子强度增加的原因进行了讨论。     

缺失Arg245和252对大肠杆菌ArgRS的影响

为研究大肠杆菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）精氨酰－ｔＲＮＡ合成酶（ＡｒｇＲＳ）的结构与功能的关系,用基因突变法将２４５和２５２位的两个Ａｒｇ分别缺失,得到了突变基因ａｒｇＳΔｒ２５２。对ａｒｇＳΔｒ２４５的表达和变种酶的性质进行了研究,野生型基因在大肠杆菌中以可溶性蛋白的形式表达,而缺失了Ａｒｇ２４５的突变酶ＡｒｇＲＳΔＲ２４５在大肠杆菌中形成了包涵体蛋白。包涵体蛋白复性后,酶的比活约为４０单位／毫克,为天然     

严重寡精症ICSI精子供体的DAZ基因拷贝缺失研究

DAZ基因拷贝缺失与人类的生精障碍有关。为了解中国正常生精男性和ICSI中严重寡精症精子供体DAZ基因拷贝缺失的分布, 探讨DAZ基因拷贝数检测在严重生精障碍精子供体遗传缺陷筛查中的意义, 本研究运用多重PCR和PCR-RFLP技术, 对128例严重寡精症ICSI精子供体和287个正常生精男性的DAZ基因缺失进行了研究。发现DAZ1/DAZ2、DAZ3/DAZ4和全部4个拷贝缺失等3种拷贝缺失类型, 其中全部4个拷贝缺失仅见于严重寡精症患者, 频率为11.7%; DAZ1/DAZ2缺失的频率在严重寡精症患者中显著高于正常男性(9.4% vs 2.8%, P = 0.004); 在严重寡精症患者中DAZ基因拷贝完全缺失与DAZ1/DAZ2缺失的总发生率为21.1%。DAZ3/DAZ4缺失的频率在两组人群中无显著差异(7.0% vs 3.8%, P > 0.05)。这些结果提示, DAZ基因全部拷贝缺失是严重寡精症患者生精障碍的常见遗传病因, 而DAZ1/DAZ2缺失则可能是一种高风险因素。鉴于上述DAZ基因缺失在严重生精障碍精子供体中较高的发生率, 在应用ICSI进行辅助生育前, 建议对严重寡精症的精子供体进行DAZ基因全缺失与DAZ1/DAZ2共缺失筛查, 以评估其男性后代患病的风险。     

异源基因片段在大肠杆菌克隆株中的缺失

在研究苏云金芽孢杆菌基因克隆和表达时,发现当把以色列亚种P19和cytA蛋白基因的重组质粒转入大肠杆菌MV1190后,cytA蛋白基因起始密码上游第18位碱基至下游第48位碱基之间缺失约30个碱基,导致cytA蛋白生物活性丧失。同样也发现,把大肠杆菌-苏云金芽孢杆菌穿梭载体pHT3101转化大肠杆菌TG1时,其载体中约1．6kb片段也发生类似缺失事件,说明大肠杆菌细胞对某些异源基因片段具有不相容性。     

Deficiency of DNA fragmentation factor 45 results in reduced oocyte apoptosis in response to doxorubicin

Dear Editor： Apoptosis plays a prominent role in ovarian development and function. During follicle development, the vast majority of follicles undergo atresia as a consequence of apoptosis of constituent oocyte or follicular cells, or both, failing to complete the maturation process. Atresia occurs at all stages of follicular development during the growth and development of follicles.[第一段]     

通过基因组相减从悬铃木突变体中分离缺失DNA

悬铃木（Ｐｌａｔａｎｕｓ ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ Ｌ．）突变体是其种子经γ射线辐射培育出的一种营养生长正常而开花发育过程受阻的不育植株。经过１０多年的观察研究证明：突变体的花芽不能形成是因为突变体细胞染色体有部分缺失。应用基因组相减技术分离这些在突变体中缺失但在野生型中存在的ＤＮＡ,经过４次循环富集缺失片段后克隆了１个２．０ ｋｂ 的ＤＮＡ 片段,ＤＮＡ 杂交证明此片段只存在于野生型基因组中而不存在于突变体中。将基因组相减方法应用在复杂植物基因组中获得成功的研究还未见报道     

玉米sk-A7110突变体的鉴定与基因定位

柱头是玉米的主要性器官,其正常发育与形态建成对种子的繁殖和产量具有决定作用。本实验室发现一个雌穗发育异常的自然突变体sk-A7110,该突变体雌穗的柱头完全缺失,无法授粉结实。遗传分析表明,sk-A7110突变体的柱头缺失性状属于隐性性状,受1对隐性核基因控制。利用集团分离分析法将控制对应野生型性状的SKA7110基因定位在2号染色体短臂上,位于物理距离约255kb的SAG21与IDP1453标记之间,研究工作为SKA7110基因的克隆与功能分析奠定了基础。     

肥厚型心肌病患者心肌mtDNA大片段缺失的探讨

应用Long PCR及Primer Shift Long PCR 技术对3例肥厚型心肌病(HCM)患者和10例正常引产胎儿的13份心肌标本予以线粒体 DNA缺失检测,结果在1例HCM患者心肌线粒体DNA中发现约5.0kb缺失,而在正常引产胎儿的标本未见该缺失,提示HCM的发生可能与mtDNA缺失相关.     

定点突变技术在DNA缺失改造上的应用

本实验采用寡聚核苷酸指导的定点突变法,缺失了分别存在于YFD42和YFD58中的a-因子信号肽序列与a-hANP基因和a-因子信号肽序列与a-1FN基因间接头区域的27和18个核苷酸。由于被缺失部分恰好含有一个酶切位点,利用这一特点,酶切检查初步筛选出缺失了一个HindⅢ酶切位点的突变子。经DNA序列分析,证实缺失的核苷酸序列和设计完全一致。     

Improved heterologous gene expression in Trichoderma reesei by cellobiohydrolase I gene （cbh1） promoter optimization

To improve heterologous gene expression in Trichoderma reesei, a set of optimal artificial cellobiohydrolase I gene （cbhl） promoters was obtained. The region from -677 to -724 with three potential glucose repressor binding sites was deleted. Then the region from -620 to -820 of the modified cbhl promoter, including the CCAAT box and the Ace2 binding site, was repeatedly inserted into the modified cbhl promoter, obtaining promoters with copy numbers 2, 4, and 6. The results showed that the glucose repression effects were abolished and the expression level of the glucuronidase （gus） reporter gene regulated by these multi-copy promoters was markedly enhanced as the copy number increased simultaneously. The data showed the great promise of using the promoter artificial modification strategy to increase heterologous gene expression in filamentous fungi and provided a set of optional high-expression vectors for gene function investigation and strain modification.     

人GDNF结构与功能关系

胶质细胞源性神经营养茵子（ＧＤＮＦ）在神经系统操作修复中具有重要作用。根据大鼠ＧＤＮＦ晶体结构结果,用ＰＣＲ方法改造人ＧＤＮＦ编码基因,在大肠杆菌中表达并纯化获得了一系列２ ＧＤＮＦ片段缺失及插入突变体,通过对脊髓神经元存活 测定来观察结构改造对人ＧＤＮＦ神经营养活性的影响。结果表明,ＧＤＮＦ分子内部的”胱氨酸结“结构对于ＧＤＮＦ分子构象的维持十分重要,ＧＤＮＦ分子中α螺旋、指状结构１区、指状结构     

甘蓝型油菜花瓣缺失基因的图谱定位

在无花瓣品系APT02和正常有花瓣品种中双4号构建的的F2分离群体中,运用AFLP和SRAP两种标记技术对甘蓝型油菜花瓣缺失基因进行分子标记和图谱定位。在两亲本间筛选20对AFLP引物和170对SRAP 引物,进一步通过BSA法筛选,获得了与甘蓝型油菜花瓣缺失基因WHB连锁的1个SRAP标记e8m3_4（600bp）和1个AFLP标记E3247_15（150bp）,标记与基因WHB之间的遗传距离分别为5 cM和13.5cM;构建了一个甘蓝型油菜(Brassica napus.L )的分子标记遗传连锁图谱,该图谱共包含213个AFLP标记、56个SRAP标记和1个形态标记,分布于17个主要连锁群、两个三联体和4个连锁对中,遗传图距总长2487.1cM,标记间平均距离为10.09 cM。通过图谱定位,控制花瓣缺失性状的基因WHB被定位到第4连锁群(LG4)上。     

电子商务活动中的诚信问题及其策略研究

伴随信息技术的发展和普及,我国电子商务快速发展,其进一步促进了生产力的发展,在优化资源配置,促进经济全球化起到了巨大作用。这一新的商务活动形式,在带来巨大效益的同时,虚假信息、商业欺诈、信息非法窃取等失信情况也愈演愈烈。电子商务出现了诚信危机,这已成为电子商务发展的一个瓶颈。