慢性萎缩性胃炎患者舌苔菌群的 特异性菌属分析

目的通过对慢性萎缩性胃炎患者和正常人舌苔菌群的分析,寻找两者之间的差异菌属。方法研究分为两组:慢性萎缩性胃炎患者组(30例,CAG组,主要为薄白苔)和正常人舌苔组(30例,HC组,均为薄白苔),采用16S rRNA基因测序技术对舌苔的菌群进行研究。结果 (1)测序片段总长度约为253bp,片段有效率在90%左右。(2)正常组与慢性萎缩性胃炎组的群落组成在PCA图中各自汇聚成群,差异比较明显。(3)按照系统分类学的方法,采用LEfSe多级物种差异判别分析来寻找阶元系统(门、纲、目、科和属)上的差异菌,发现共有13种差异菌。慢性萎缩性胃炎在纤毛菌属、韦荣球菌属中的含量显著增加(P0.05);链球菌属的含量显著降低(P0.05)。(4)为了进一步寻找阶元系统中属水平的差异菌属,我们采用T-test统计分析法。结果表明慢性萎缩性胃炎组在韦荣球菌属、纤毛菌属、普氏菌属、罗思菌属、口腔杆菌属、口腔毛绒厌氧杆菌、Solobacterium和一种未确认种属的细菌其含量都显著增加(P0.05),而链球菌属的含量显著降低(P0.05)。结论从舌苔样本微生态测序中发现,慢性萎缩性胃炎患者的舌苔菌群发生变化,微生物的代谢产物可能与炎症相关,这些口腔微生物的变化可能成为某些全身疾病,尤其是消化系统疾病的微生物学指征。     

不同程度口源性口臭患者口腔菌群分析CSCD

目的收集不同程度口源性口臭(IOH)患者和健康者的唾液、舌苔、颊黏膜和颚黏膜菌群样本,探讨其口腔菌群组成差异。方法随机选取于2017年6月至2022年6月以口臭为主诉就诊于新疆医科大学第一附属医院门诊的7例IOH患者和于健康管理中心体检的3例健康者,按照口气值分为轻度IOH组(H1组)、中度IOH组(H2组)和口气正常组(C组)。采集3组人群唾液、舌苔、颊黏膜和颚黏膜菌群样本。采用16S rDNA测序对微生物群进行分类比较、多样性分析和组间物种差异分析。结果仅IOH患者唾液菌群多样性明显高于健康者,且H2组高于H1组(P<0.05)。Adonis分析显示,唾液和舌苔菌群组间差异显著(P<0.05),而颊黏膜和颚黏膜菌群组间差异不显著(P>0.05)。属水平上,H1组唾液和舌苔中梭杆菌属(Fusobacterium)相对丰度相比其他两组最高。LEfSe分析显示,H2组唾液中嗜血杆菌属(Haemophilus)和AF12,舌苔中奇异菌属(Atopobium)和巨球型菌属(Megasphaera)为主要优势菌。结论口腔菌群多样性增高可能是口臭加重的早期改变;唾液和舌苔菌群结构变化可能与IOH程度相关;梭杆菌属、嗜血杆菌属、AF12、奇异菌属和巨球型菌属可能是IOH加重的标志菌属。     

基于16S rDNA测序绝经综合征抑郁患者肠道菌群结构与功能性分析

目的 通过16S rDNA测序技术对绝经综合征抑郁患者肠道菌群分布、多样性和基因功能进行分析,探讨肠道菌群与绝经综合征抑郁发生的关联。方法 选取2021年6月至2022年3月就诊于我院妇科门诊的绝经综合征抑郁患者19例为观察组（A组）,同期绝经综合征患者10例为对照组（C组）。利用16S r DNA基因测序法对患者肠道菌群进行物种注释分析和功能比较,统计两组肠道菌群分布、多样性和基因功能的变化。结果 两组肠道菌群差异明显。GraPhlAn物种组成图显示,患者肠道菌群总体以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门组成。在门水平,与C组相比,A组放线菌门、变形菌门相对丰度较低,拟杆菌门相对丰度较高。在属水平,与C组相比,A组拟杆菌属、小杆菌属、巨单胞菌属、Lachnospiracea＿incertae＿se相对丰度较高,而Gemmiger、布劳特菌属、普雷沃菌属、粪球菌属、粪杆菌属、双歧杆菌属相对丰度偏低。进一步在属水平上选取了10种相对丰度差异具有统计学意义的菌群（P<0.05）：韦氏球菌属、消化球菌属、巨单胞菌属、史雷克菌属在A组的相对丰度较高（P<0.05）,柯林斯菌属、C...     

健脾渗湿汤对脾虚湿盛泄泻患者肠道微生态及舌部菌群影响的研究

目的观察中药健脾渗湿汤对脾虚湿盛泄泻的患者肠道微生态及舌象变化的影响。方法选取脾虚湿盛泄泻的患者90例及正常健康人30例为研究对象,90例患者随机分为健脾渗湿汤治疗组30例,双歧三联活菌制剂贝飞达治疗组30例,氟哌酸治疗组30例,30例正常健康人作为对照组;观察治疗前后的舌象等临床表现,测定粪便中4种肠道常驻菌及舌部菌群的变化情况。结果健脾渗湿汤组和贝飞达组总有效率明显高于氟哌酸组。90例脾虚湿盛泄泻的患者粪便中双歧杆菌比健康人明显减少(P<0.05),并且其舌部(腻苔)的菌群构成与健康人(薄白苔)差异有显著性。治疗后健脾渗湿汤组和贝飞达组粪便中双歧杆菌增加明显,白腻苔及舌部菌群改善明显,说明健脾渗湿汤和贝飞达均具有调整肠道菌群及舌部菌群平衡的作用。结论(1)健脾渗湿汤具有调整肠道菌群及舌部菌群失调的作用,治疗脾虚湿盛泄泻疗效显著。(2)健脾渗湿汤是一理想的微生态调节剂,可起到益生元的作用,与益生菌合用可达到合生元的效果;与抗生素合用,可起到边抗边调的作用,应用前景广阔。     

茶籽皂苷对高脂血症大鼠肠道菌群的影响研究

本实验旨在研究茶籽皂苷对高脂血症大鼠肠道菌群的影响。60只雄性Wistar大鼠适应性喂养1周后随机分为正常组(10只,C组)和造模组(50只)。C组饲喂基础饲料,造模组饲喂高脂饲料。造模成功后,将造模组大鼠按体重随机分为模型对照组(H组)、阳性对照组(P组)、茶籽皂苷高、中、低剂量组(TSH组、TSM组、TSL组),并进行灌胃。灌胃4周后,用16S rRNA测序技术检测茶籽皂苷对肠道菌群的影响。结果显示:与C组相比,H组大鼠肠道菌群的丰度和多样性显著降低,其群落结构从门到属均发生显著变化。灌胃茶籽皂苷后,肠道菌群的丰度以及从门到属的群落结构也均得到有效调节,有益菌群相对丰度提升,致病菌群得到抑制。结果表明茶籽皂苷对由高脂饲料诱发的高脂血症大鼠的肠道菌群起到正向调节作用。     

裕固族血脂异常人群肠道菌群结构特征分析

目的 探究生活在相同环境下的同一民族血脂异常人群与健康人群的肠道菌群差异，为血脂异常的精准预防和治疗提供参考。方法 收集甘肃肃南县裕固族血脂异常人群和健康人群粪便样本，提取细菌总DNA，通过16S rDNA高通量测序和生物信息学技术，分析2组人群肠道菌群的差异。结果 裕固族健康组人群肠道菌群分属26个门，73个纲，169个目，301个科，709个属，门水平上丰度>1%的物种有4个，属水平上丰度>1%的物种有22个。裕固族血脂异常组人群肠道菌群分属29个门，75个纲，280个目，304个科，702个属，门水平上丰度>1%的物种有4个，属水平上丰度>1%的物种有15个。裕固族血脂异常组人群肠道菌群与健康组间拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门水平以及F/B比值存在显著差异，Р<0.05的差异物种有5个，Subdoligranulum、Christensenellaceae＿R-7＿group及Dialister与血脂水平呈负相关，Lachnoclostridium、Parasutterella与血脂水平呈正相关。结论 肃南县裕固族血脂异常组人群肠道菌群结构与健康组存在...     

早产儿肠道菌群检测及其与脑损伤的关系CSCD

目的 对早产儿肠道菌群进行检测,并分析肠道菌群与早产儿脑损伤的关系。方法 选取2018年1月至2020年1月本院产科分娩的174例早产儿(胎龄≤34周)为研究对象,所有早产儿均于纠正胎龄40周时行颅脑MRI和早产儿肠道菌群检测,根据早产儿是否发生脑损伤,分为无脑损伤组(136例)和脑损伤组(38例)。分析无脑损伤早产儿和脑损伤早产儿的肠道菌群相对丰度、菌群物种丰富度(Chao1指数)及菌群群落多样性(Shannon指数)的差异,采用Pearson秩相关性法分析早产儿的肠道菌群相对丰度、Chao1指数、Shannon指数与脑损伤程度相关性。结果 脑损伤组早产儿的脑组织TMS评分(13.42分±1.03分)低于无脑损伤组(17.91分±1.81分),差异有统计学意义(t=19.724,P=0.000 1)。脑损伤组早产儿的双歧杆菌属丰度比(23.63%±1.24%)、乳杆菌属丰度比(16.58%±0.94%)、乳球菌属丰度比(15.73%±0.89%)和拟杆菌属丰度比(8.78%±0.64%)均低于无脑损伤组早产儿(28.43%±1.34%,22.43%±1.27%,17.81%±1.10%,9.81%±0.69%),差异均有统计学意义(t=27.163、16.871、20.764、26.917,均P<0.000 1),脑损伤组早产儿的链球菌属丰度比(13.92%±0.84%)、沙门菌属丰度比(5.74%±0.51%)、瓦氏菌属丰度比(4.86%±0.29%)、梭菌属丰度比(6.74%±0.54%)和葡萄球菌属丰度比(8.52%±0.60%)均高于无脑损伤组早产儿(5.81%±0.37%,4.28%±0.32%,3.94%±0.22%,2.18%±0.19%,1.98%±0.16%),差异均有统计学意义(t=34.261、22.914、19.084、24.807、27.043,均P<0.000 1)。脑损伤组早产儿的肠道菌群Chao1指数(281.55±17.71)和Shannon指数(2.74±0.32)均低于无脑损伤组早产儿(397.43±21.58,3.98±0.49),差异均有统计学意义(t=36.812、17.949,均P<0.000 1)。脑组织TMS评分与双歧杆菌属丰度比(r=-0.843)、乳杆菌属丰度比(r=-0.782)、乳球菌属丰度比(r=-0.815)、拟杆菌属丰度比(r=-0.708)、肠道菌群Chao1指数(r=-0.742)和肠道菌群Shannon指数(r=-0.743)呈负相关,与链球菌属丰度比(r=0.871)、沙门菌属丰度比(r=0.903)、瓦氏菌属丰度比(r=0.791)、梭菌属丰度比(r=0.782)和葡萄球菌属丰度比(r=0.793)呈正相关。结论 早产儿的脑损伤发生率仍然较高,与早产儿肠道菌群相对丰度、菌群物种丰富度和菌群群落多样性均有密切的相关性。     

基于16S rDNA测序的自身免疫性甲状腺疾病患者肠道菌群研究CSCD

目的 探讨Graves病患者、桥本甲状腺炎患者及健康人的肠道菌群结构、多样性和丰度差异。方法 选取2020年8月至2020年12月于湖北省中医院甲状腺疾病诊疗中心就诊的新诊断且未经治疗的Graves病患者(GD组)、桥本甲状腺炎患者(HT组)各15例以及15例年龄、性别相匹配的健康受试者(健康对照组)。采集参与者粪便样本,采用16S rDNA高通量测序法分析肠道菌群,比较各组对象肠道菌群物种组成及丰度差异。结果 与健康对照组相比,GD组患者肠道菌群Sobs指数、Ace指数、Chao指数偏低,Coverage指数偏高(均P<0.05)。GD组与HT组以及HT组与健康对照组比较,其肠道菌群Sobs指数、Ace指数、Chao指数、Coverage指数差异均无统计学意义(均P>0.05)。3组对象肠道优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、梭杆菌门。瘤胃球菌属、罗斯伯里菌属、罗姆布茨菌属、链球菌属等在3组对象中差异均有统计学意义(均P<0.05),其中GD组患者肠道乳杆菌目、链球菌属、链球菌科的相对丰度较高;HT组患者肠道瘤胃球菌属、消化链球菌科、消化链球菌—蒂氏菌目、罗姆布茨菌、梭菌科、严格厌氧梭状芽胞杆菌1、梭菌目的相对丰度较高;而罗斯伯里菌属、光冈菌属在健康对照组中丰度较高。GD组患者肠道中严格厌氧梭状芽胞杆菌1、Odoribacter、Phocea丰度低于HT组,而Streptococcus的丰度高于HT组(均P<0.05)。结论 Graves病患者、桥本甲状腺炎患者的肠道菌群与健康人群有显著差异,促进脂肪累积与能量吸收的菌群在Graves病患者中降低,而条件致病菌在自身免疫性甲状腺疾病患者中丰度增加,这些菌种变化可能通过破坏肠道稳态,干预免疫调节,促进炎症反应介导自身免疫性甲状腺疾病的发病。严格厌氧梭状芽胞杆菌1、Odoribacter、Phocea、链球菌属可能是Graves病和桥本甲状腺炎的关键差异菌属,但还需要进一步的研究以明确这些菌株介导疾病的机制。     

山西省东南部地区胃癌患者肠道菌群分布的配对病例对照研究

目的观察胃癌患者肠道菌群的变化,为研究其发病机制和治疗措施提供依据。方法按照1∶1配对原则(年龄、性别、民族、居住地等)在长治某医院根据胃镜检查结果分别选取尚未进行过治疗的10例胃癌患者(胃癌组)和10例健康人群(对照组),面对面调查填写基本信息表,留取粪便样本,采用微生物16S rDNA扩增子测定技术检测粪便菌群,使用QIIME2(2019.4)、R脚本等软件分析人群肠道菌群结构。结果胃癌组与对照组之间,肠道菌群多样性Chao1指数、Shannon指数、Simpson指数、Faith′s PD指数、Pielou′s evenness指数、Observed_species指数和Good′s coverage指数差异均无统计学意义(均P0.05),但距离矩阵与PCoA分析显示2组菌群分布差异存在统计学意义(P0.05)。在门水平上,2组粪便菌群都集中在厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门四类菌门上,胃癌组的变形菌门、梭杆菌门、互养菌门的丰度较对照组明显增加,差异有统计学意义(均P0.05)。在属水平上,胃癌组的乳杆菌属、克雷伯菌属、脱硫弧菌属、瘤胃球菌属的丰度较对照组明显增加,差异有统计学意义(均P0.05)。胃癌组瘤胃球菌科、Gemmiger和毛螺菌属的丰度较对照组明显减少,差异有统计学意义(均P0.05)。结论胃癌患者肠道菌群物种多样性和属的丰度发生了改变。     

甘肃省武威市胃癌患者肠道菌群分布

目的通过比较甘肃省武威市胃癌患者和健康对照人群肠道菌群的分布,探讨胃癌患者肠道菌群的变化与胃癌发生发展的关系,并寻找可能作为该地区胃癌患者的潜在生物标志物。方法收集24例胃癌患者和24例健康对照人群的粪便样本,提取DNA,采用16S rRNA基因高通量测序进行肠道菌群分析。结果分析2组研究对象肠道菌群的Alpha多样性,发现胃癌患者组和健康对照组肠道菌群的Chao1指数差异无统计学意义(Z=-0.907,P=0.364),胃癌患者组的Simpson指数升高且差异具有统计学意义(Z=-3.258,P=0.001),表明武威市胃癌患者肠道菌群多样性增加;物种差异分析表明,2组人群在门水平上,Fusobacteria、Patescibacteria、Synergistetes的相对丰度变化差异具有统计学意义(均P0.05),在属水平上,Bacteroides(拟杆菌属)、Lachnospiraceae_UCG-008、Lachnoclostridium、Blautia、Roseburia等34个菌属的相对丰度变化差异具有统计学意义(均P0.05)。通过菌属微生物关联网络图发现,在34个差异菌属中,Streptococcus、Erysipelotrichaceae_UCG-003等菌属的节性重要性较高;通过LEfSe分析和组间秩和检验分析发现,Lac_Lachnospira、Lachnospiraceae_UCG-004在健康对照组和胃癌患者组之间是显著差异的菌属。结论与健康对照组人群的肠道菌群比较,胃癌患者组的菌群多样性增加,胃癌患者肠道菌群的改变主要以Lachnospiraceae等益生菌属的相对丰度减少和Alloprevotella、Desulfovibrio等致病菌属的相对丰度增加为主。Lac_Lachnospira、Lachnospiraceae_UCG-004可能为武威市胃癌患者潜在生物标志物。     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.