基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选

以菲律宾蛤仔转录组测序所得拼接序列为基础,采用MISA软件进行微卫星分析,对其中的145个微卫星位点进行引物设计,得到具有清晰扩增条带的微卫星位点58个。对大连庄河野生蛤仔群体的扩增结果表明,18个位点显示单态性,40个位点表现为多态性。该群体40个多态性微卫星位点得到的等位基因数在2—6之间,平均等位基因数为3.4250±0.9718,观测杂合度和期望杂合度分别在0.0000—1.0000和0.0615—0.7996之间,平均值分别为0.2727±0.2272和0.4739±0.1902,群体平均Nei指数为0.4664±0.1872。多态信息含量(PIC)在0.0586—0.7529之间,平均值为0.4148±0.1707,其中16个微卫星位点的PIC值大于0.5,为高度多态性,15个位点0.25PIC0.5,为中度多态性,其余9个为低度多态性。经Sequential Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验,有10个位点尚未偏离平衡。基于转录组平台筛选微卫星标记的方法,在很大程度上推动了DNA分子标记的开发。研究开发的微卫星标记可用于蛤仔群体遗传学、遗传连锁图谱构建及其他相关研究,为蛤仔分子标记辅助育种及群体种质保护等工作提供技术支持。     

中国特有种爆杖花的微卫星分子标记开发与评价

爆杖花（Rhododendron spinuliferum）是中国西南地区特有的观赏和药用植物。为了研究爆杖花和碎米花之间的杂交物种形成过程,本研究利用FIASCO方法对爆杖花进行微卫星引物开发,从100对引物中筛选出28个微卫星标记,其中22个为多态。利用爆杖花两个居群共24个个体对22个多态性位点进行分析,结果显示：每个位点具有2～5个等位基因,平均为3．4个,其观测杂合度和期望杂合度分别为0．083～0．792和0．153～0．744。对筛出的28个微卫星标记在碎米花的两个自然居群中也做了检测,结果显示：有22个微卫星标记成功扩增,其中20个有多态性;每个多态位点有2。6个等位基因,平均为3．2个,其观测杂合度和期望杂合度分别为0．000～0．833和0．117～0．736。开发的微卫星标记可用于爆杖花及其近缘物种的居群遗传学分析和杂交物种形成研究。     

中国特有种爆杖花的微卫星分子标记开发与评价

爆杖花（Rhododendron spinuliferum）是中国西南地区特有的观赏和药用植物。为了研究爆杖花和碎米花之间的杂交物种形成过程,本研究利用FIASCO方法对爆杖花进行微卫星引物开发,从100对引物中筛选出28个微卫星标记,其中22个为多态。利用爆杖花两个居群共24个个体对22个多态性位点进行分析,结果显示：每个位点具有2~5个等位基因,平均为34个,其观测杂合度和期望杂合度分别为0083~0792和0153~0744。对筛出的28个微卫星标记在碎米花的两个自然居群中也做了检测,结果显示：有22个微卫星标记成功扩增,其中20个有多态性;每个多态位点有2~6个等位基因,平均为32个,其观测杂合度和期望杂合度分别为0000~0833和0117~0736。开发的微卫星标记可用于爆杖花及其近缘物种的居群遗传学分析和杂交物种形成研究。     

紫扇贝与海湾扇贝通用SSR的检测及其在杂交子代鉴定中的应用

以紫扇贝DNA为模板,用已开发的147个海湾扇贝微卫星标记引物扩增,结果表明100个微卫星标记能成功扩增,其中有47个表现出多态性,等位基因数目从2到9不等.观测杂合度范围为0.128 0～1.000 0(平均0.660 4),期望杂合度范围为0.503 1～0.862 1(平均0.671 9),有6个位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05).用7对引物分别对紫扇贝、海湾扇贝及其种间正反杂交F1各30个个体进行PCR扩增,发现它们可明确区分紫扇贝与海湾扇贝,且所检测60个杂交子代均同时含海湾扇贝与紫扇贝的相应种特异性条带,证明全部为种间杂交子代.将该7对引物的扩增产物克隆测序,发现这些位点在两种扇贝中的序列同源率为40.22%～91.95%,其中3个位点在紫扇贝中的扩增产物仍然含有微卫星.     

基于SLAF-seq技术的沙带鱼(Lepturacanthus savala)微卫星标记开发以及在近缘种中的通用性

沙带鱼是带鱼科中一种重要的海洋经济鱼类,广泛分布于印度-西太平洋海域。近年来,过度捕捞和渔业生态环境变化使沙带鱼的自然资源和种群结构受到了严重影响。因此,为了制定出科学合理的资源保护和管理措施,急需开发出大量多态的沙带鱼微卫星位点以促进其种群遗传学研究。本研究采用SLAF-seq技术,首次在沙带鱼基因组DNA中筛选出28个多态性微卫星位点。每个位点的等位基因数为2~18,平均值9.11;观测杂合度和期望杂合度分别为0.077~0.871(平均值0.634)和0.151~0.942(平均值0.711);各位点多态信息含量为0.137~0.919,平均值0.670。经过Bonferroni校正后,有3个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡(HWE),并显示出较高的近交系数和无效等位基因频率,其余25个位点均符合HWE。这些多态性微卫星DNA标记可为沙带鱼的种群遗传资源研究提供有效的分子标记和技术支撑。此外,跨物种扩增结果表明,有19个微卫星标记在4种带鱼属鱼类中具有较好的通用性,这些标记可为阐明带鱼科属间或种间的系统进化关系提供新的研究手段和视角。     

花鲈微卫星标记分离及其多态性分析

该文利用FIASCO法(fast isolation by AFLP of sequences containing repeats)和GenBank数据库搜索法开发花鲈微卫星标记,并对筛选的标记进行多态性检测.两种方法共获得54条能够设计引物的序列,扩增结果显示15对引物具有多态性,多态性微卫星位点的等位基因数为2～10个.15个多态性位点中,4个位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;各位点间没有连锁不平衡现象;仅位点SP52可能存在无效等位基因;除SP17和SP468外,其余引物的P1C值均在0.5以上,可用于花鲈群体遗传分析等研究.     

基于转录组测序的大熊猫多态性微卫星标记筛选

结合已公布的大熊猫Ailuropoda melanoleuca基因组和本实验室所测6只大熊猫的转录组数据,筛选多态性微卫星位点并分析其组成及特征。结果显示:共获得326个多态性微卫星位点,其中二碱基多态性微卫星最多,共228个,占69.93%;三、四、五、六碱基所占比例分别为9.51%、14.11%、5.21%、1.22%。根据分析结果中缺失率与标准差2项指标以及位点序列长度,选取20个多态性二碱基微卫星位点,用于25只大熊猫个体血液DNA进行PCR验证并做后续分析。结果表明:不同位点的等位基因数为2~8,平均等位基因数为3.70,观测杂合度、期望杂合度分别为0~1.000、0.280~0.784,平均值分别为0.472和0.532。在Bonferroni校正后,证实4个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,所有位点未观察到显著连锁不平衡(P>0.01)。20个位点多态信息含量(PIC)在0.246~0.734,其中具有高度多态性的位点9个(PIC>0.50),11个位点呈中度多态性(0.25相似文献   

近缘种扩增法对黑叶猴微卫星位点的筛选及特征分析(英文)

微卫星位点近缘种筛选法使得在探讨各种灵长类种群遗传结构和生殖策略上更加便捷。我们利用138条人类微卫星引物在黑叶猴中进行筛选,得到了23个具有多态性位点。在28个检测个体中,每个位点的等位基因数为3到9个,期望杂合度为0.62,观测杂合度为0.50,其中有7个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,9个位点存在无效等位基因现象。但是各位点之间均未检测到连锁不平衡现象。这些位点将在黑叶猴种群遗传结构的研究中发挥重要作用。     

采用高通量技术开发花鲈二碱基重复微卫星标记

花鲈是中国重要的捕捞和养殖对象之一。本研究利用高通量测序法开发花鲈微卫星标记,共获得60632个二至六碱基重复微卫星序列,从52747个二碱基重复序列中随机挑选150个位点进行引物合成及多态性检测,最终开发出27个具有多态性的微卫星标记。群体遗传学检测结果显示,27个微卫星标记的等位基因数为6~22(均值12.667),观测杂合度(Ho)为0.323~1.000(均值0.614),期望杂合度(He)为0.723~0.934(均值0.861),多态信息含量(PIC)为0.665~0.915(均值0.830),各位点PIC值均大于0.500,表明所开发的二碱基重复微卫星标记均具有较高的多态性。哈迪-温伯格平衡(HWE)检测结果显示,14个标记符合HWE,其中LM2-11与LM2-2、LM2-16之间存在连锁不平衡(p<0.050),其他符合HWE的标记间不存在连锁不平衡。Wilcoxon检验结果显示,花鲈群体并未偏离L-shaped分布,表明其经历过近期的遗传瓶颈效应。本研究开发的27个微卫星位点可为花鲈的分子标记辅助育种、增殖放流遗传效应评估、群体遗传学等研究提供有效的分子标记。     

微卫星标记对WHBE兔封闭群、日本大耳白兔和新西兰兔的遗传分析

目的分析比较大耳白黑眼兔（WHBE兔）封闭群与日本大耳白兔（Jw兔）、新西兰兔（NZW兔）基因组存在的微卫星结构,研究WHBE兔封闭群的微卫星多态性。方法利用21个微卫星位点,通过微卫星分子标记技术对WHBE兔封闭群、Jw兔和NZW兔进行遗传多样性检测和对比。结果根据初步结果,在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对引物。WHBE兔封闭群在每个位点上的等位基因数为3～8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为2．0402个,平均杂合度为0．4810;Jw兔在每个位点上的等位基因数为2～8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为3．6077个,平均杂合度为0．5039;NZW兔在每个位点上的等位基因数为3～9个不等,11个位点的平均有效等位基因数为2．6537个,平均杂合度为0．5334。WHBE兔封闭群在11个微卫星位点上的平均多态信息含量（PIC）为0．6005,多位点累积个体识别率达到100％,多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9613,而在得知任一亲本信息的情况下,CPE值高达0．9973。在11个微卫星座位中,9个位点上出现了WHBE兔封闭群特有等位基因,其中在Sat2、Sat5、Sat7、Sat12、Sat13、Sat16、S0144和INRACCDDV0003八个位点上WHBE兔封闭群的特有等位基因为一个,在sat8位点上为两个。结论WHBE兔8个位点的平均杂合度、平均有效等位基因数均比JW兔及NZW兔低,说明WHBE兔群体的基因纯合度高于其他两个品系,具有更优的遗传稳定性。9个WHBE兔特有的等位基因可作为区分WHBE兔封闭群和其它两个品系实验兔的分子标记。     

丁坝对鱼类栖地的影响范围评估

利用磁珠富集法和5’锚定PCR法开发背瘤丽蚌的微卫星标记,将获得的多态性引物用于群体的遗传多态性分析,以期在比较两种开发微卫星标记方法的基础上同时获得一批有用的微卫星引物。从磁珠富集法获得的微卫星序列阳性克隆率为69.2%,重复次数超过10的占总数的70.2%,从设计的28对引物中筛选得到多态性引物11对,开发效率为39.3%。这11对引物用于养殖群体的遗传多样性分析,结果显示,等位基因数范围为4～13,观测杂合度、期望杂合度范围分别为0.205～0.738、0.566～0.839。而5’锚定PCR法获得的微卫星序列阳性克隆率为97.8%,重复次数超过10的占总数的24.7%,从设计的56对引物中筛选得到多态性引物19对,开发效率为30.4%。这19对引物用于养殖群体的遗传多样性分析,结果显示,等位基因数范围为3～10,观测杂合度、期望杂合度范围分别为0.208～0.894、0.431～0.896。实验结果表明,磁珠富集法所获微卫星序列质量高,开发微卫星标记效率较高;而5’锚定PCR法实验操作更简便,所获得的引物遗传多样性指数更高。两种方法开发的引物均可用于背瘤丽蚌和近缘种的野生种质资源遗传多样性研究。     

鲤科鱼蓝黑鲮微卫星位点的种间扩增(英文)

本研究使用105对微卫星引物对7种鲤科鱼类进行跨越种间PCR扩增,共得到14个多态性微卫星位点.其中9个扩增效果较好的位点用于分析来自帕吉勒提河(Bhagirathi, n=20)和戈达瓦里河(Godavari, n=25)的蓝黑鲮(Labeo calbasu)样品的遗传多样性.结果显示,前者在每个位点的平均等位基因数为7.33,而后者为8 1,期望杂合度介于0.795(Bhagirathi)和0.801(Godavari)之间;4个位点MFW11* (Godavari)、R1*(Godavari)、R3* (Bhagirathi) 和 Lr38*(Bhagirathi和Godavari)都表现出明显的杂合子缺失和哈迪温伯格平衡偏离;而任意两位点间都未观测到连锁不平衡现象;位点R3*极可能存在无效等位基因.上述结果表明这些多态性微卫星位点作为共显性标记在蓝黑鲮群体遗传学研究中有着较好的应用前景.     

三叶木通微卫星分子标记开发及评价

为了获得适于三叶木通遗传多样性和遗传结构研究的微卫星分子标记,该研究采用磁珠富集法构建了三叶木通微卫星富集文库。结果表明:在150个阳性克隆中发现了70个微卫星位点,富集效率为46.67%,其中含双碱基重复单元的序列占比为79.37%,三碱基和四碱基重复含有量较少。共设计引物63对,其中筛选出16对高多态引物,对1个三叶木通自然居群48个个体进行了遗传分析,结果显示位点的等位基因数为10~22个,观察杂合度和期望杂合度分别为0.370~0.792和0.724~0.936,多态性信息指数为0.725~0.919,表明以上引物均为高多态性引物。其中,12个位点偏离哈迪-温伯格平衡,呈现出纯合子过剩状态,这可能与哑等位基因和其它因素有关。综上结果表明,该研究所开发的16对引物能够用于三叶木通遗传多样性和遗传结构评价工作。     

中国重要农业害虫韭菜迟眼蕈蚊多态性EST-SSR标记的开发

【背景】韭菜迟眼蕈蚊是我国重要的农业害虫,然而它的遗传资源有限。本研究旨在开发韭菜迟眼蕈蚊EST-SSR标记,为研究不同地区的韭菜迟眼蕈蚊种群结构和遗传多样性奠定基础。【方法】从韭菜迟眼蕈蚊的表达序列标签(EST序列)中设计16对简单重复序列(SSR)引物,进一步筛选出9对具有多态性的SSR引物。【结果】从42095条unigene中确定了3383个SSR位点。利用查找到的SSR位点共设计出16对引物,进一步检测筛选发现9对引物具有多态性,引物的每个位点平均有3.33个等位基因。利用9对引物对30头韭菜迟眼蕈蚊进行检测,共获得30个等位基因,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0000~0.6875和0.0370~0.6877;其中,9个位点中有5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。【结论与意义】本研究成功从迟眼蕈蚊EST序列中筛选出9个具有多态性的微卫星位点,这为进一步分析该害虫种群的遗传结构和遗传多样性奠定了基础。     

大鼠及小鼠微卫星引物在社鼠中的跨种扩增

利用微卫星引物在同一属、科、目不同种之间具有通用性的特点,通过PCR扩增、聚丙烯凝胶电泳和银染技术对社鼠(Niviventer confucianus)近缘物种大鼠(Rattus norvegicus)、小鼠(Mus musculus)中已知的70个微卫星位点引物进行跨种扩增,筛选适合社鼠相关研究的多态微卫星引物.结果发现,40个位点引物出现扩增条带,21个位点引物能够稳定扩增,其中15个位点杂合,13个位点具有多态性;PCR扩增的Mg2+浓度主要集中在1.5及2.0 mmol/L,退火温度在50～60℃之间不等.虽然部分扩增产物有影子带的存在,但并不影响等位基因的判读.总体来看,利用大、小鼠的微卫星引物扩增社鼠的微卫星位点是可行的.     

中国重要农业害虫韭菜迟眼蕈蚊多态性EST-SSR标记的开发（英文）

【背景】韭菜迟眼蕈蚊是我国重要的农业害虫,然而它的遗传资源有限。本研究旨在开发韭菜迟眼蕈蚊EST-SSR标记,为研究不同地区的韭菜迟眼蕈蚊种群结构和遗传多样性奠定基础。【方法】从韭菜迟眼蕈蚊的表达序列标签(EST序列)中设计16对简单重复序列(SSR)引物,进一步筛选出9对具有多态性的SSR引物。【结果】从42095条unigene中确定了3383个SSR位点。利用查找到的SSR位点共设计出16对引物,进一步检测筛选发现9对引物具有多态性,引物的每个位点平均有3.33个等位基因。利用9对引物对30头韭菜迟眼蕈蚊进行检测,共获得30个等位基因,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0000~0.6875和0.0370~0.6877;其中,9个位点中有5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。【结论与意义】本研究成功从迟眼蕈蚊EST序列中筛选出9个具有多态性的微卫星位点,这为进一步分析该害虫种群的遗传结构和遗传多样性奠定了基础。     

不同地理飞蝗种群的遗传多样性

用GenBank中飞蝗Locusta migratoriaL.的序列来设计微卫星引物,并对这些引物的有效性进行验证。结果表明,在所设计的3对引物中,只有1对为有效引物,可扩增出微卫星位点。序列分析表明本位点是一个不连续的重复微卫星位点。该多态微卫星位点含有14个等位基因,不同飞蝗地理种群的等位基因数目、大小和频率都存在较大的差异。对该位点各等位基因型进行χ2检验,基因型频率的观察和期望杂合度分别为0.4578和0.8836,该位点不属于Hardy-Weinberg平衡位点(χ2=733.12,P=0.0000)。该微卫星位点表现出高度的多态性说明是分析飞蝗种群遗传多样性的优良分子遗传标记。     

秦川母牛群体遗传特性的微卫星标记研究

为了从DNA分子水平揭示秦川牛群体遗传多态性和群体遗传结构,寻找可用于秦川牛的微卫星标记,本研究选择了12个普通牛（Bos taurus）微卫星标记检测了90头秦川母牛各微卫星位点的遗传变异及多态性。结果表明,在秦川母牛群体中,12个微卫星位点共检测到了247个等位基因,各位点的等位基因数在13（INRA005）～33个（HEL13）之间,平均每个微卫星位点的等位基因数为21个;总有效等位基因数和平均每个位点平均有效等位基因数（Ne）分别分为142．6229和11．8852。各位点平均基因频率取样方差（V（pij））为2．6036×10^-4。12个微卫星位点平均观察杂合度（Ho）和平均期望杂合度（He）在0．7842（INRA005）～0．9775（BM315）和0．7952（BM315）～0．9446（HEL13）之间。12个位点平均多态信息含量（PIC）在0．7653（INRA005）～0．9420（HEL13）之间,平均为0．8965．12个微卫星位点均属于高度多态位点,这表明秦川母牛群体中所检测各微卫星位点具有丰富的遗传多态性,具备较大的选择潜力。12个微卫星位点的平均固定指数（F）为-0．0076,即各位点杂合子的缺陷度不高,即偏离Hardy—Weinberg平衡的程度不大。     

濒危植物华木莲核基因组微卫星引物开发研究

华木莲（ Sinomanglietia glauca）是在江西宜春和湖南永顺发现的一种珍稀植物。为进一步探讨华木莲群体遗传学特征,本研究采用FIASCO法（fast isolation by AFLP sequences containing repeats）开发了七对华木莲微卫星引物,选取华木莲4个野生居群16个样品对每个位点进行多态性初步检测。结果发现,七个微卫星位点的等位基因数目（NA）为2～7个,观测杂合度（H0）0．079～0．989,期望杂合度（HE）0．187～0．600。另外,使用九个华木莲近缘种对七对引物进行通用性检测,发现这些引物在醉香含笑中通用性最低（28．5％）,在观光木中通用性最高（85．7％）。本文开发的多态性微卫星标记将用于华木莲的繁育系统、群体遗传学等研究,同时也将用于木兰科其它近缘种的群体遗传学研究。     

大口鲇微卫星标记在三个鲇形目鱼类种群间适用性研究

研究分析了12对大口鲇(Silurus meriaionalis)微卫星标记引物在兰州鲇(Silurus lanzhouensis)、鲇(Silurus asotus)及革胡子鲇(Clarias fuscus)各群体间通用性。结果表明,大口鲇微卫星标记引物除位点DQ223147、DQ223160扩增无特异性条带,位点DQ223149、DQ223159无多态性外,其余8对在这几种鲇形目鱼类中具有较高的通用性,每个位点等位基因数为2—15个不等;不同重复拷贝类别的位点以富含AC重复单元的等位基因数较多,多态性比较丰富。4个群体平均观测杂合度为0.7571,平均期望杂合度为0.6870,平均多态性信息含量0.6441,均为高度多态,说明这8个位点适用于鲇形目鱼类的遗传学研究。采用Nei’s遗传距离(D)绘制NJ系统发育树,4个群体聚成两大类,兰州鲇与鲇群体先聚类后和大口鲇聚为一大类,革胡子鲇聚为另一大类。8个有效微卫星位点中3个具有特异基因型的稀有等位基因位点(DQ223146、DQ223151与DQ223173),可区分4种鲇形目鱼类,作为其种质鉴定的标记位点。借用已有鲇形目鱼类遗传标记资源,增加同目鱼类遗传连锁图谱上遗传标记的密度,将对今后开展鲇形目鱼类种质资源保护及分子育种奠定坚实基础。