| 基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选 |
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| 引用本文： | 闫路路,秦艳杰,闫喜武,王琳楠,毕成隆,张津源.基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选[J].生态学报,2015,35(5):1573-1580. |
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| 作者姓名： | 闫路路 秦艳杰 闫喜武 王琳楠 毕成隆 张津源 |
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| 作者单位： | 大连海洋大学,水产与生命学院,辽宁省贝类良种繁育工程技术研究中心 |
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| 基金项目： | 国家863计划(2012AA10A410-2);现代农业产业技术体系建设专项资金资助(CARS-48) |
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| 摘 要： | 以菲律宾蛤仔转录组测序所得拼接序列为基础,采用MISA软件进行微卫星分析,对其中的145个微卫星位点进行引物设计,得到具有清晰扩增条带的微卫星位点58个。对大连庄河野生蛤仔群体的扩增结果表明,18个位点显示单态性,40个位点表现为多态性。该群体40个多态性微卫星位点得到的等位基因数在2—6之间,平均等位基因数为3.4250±0.9718,观测杂合度和期望杂合度分别在0.0000—1.0000和0.0615—0.7996之间,平均值分别为0.2727±0.2272和0.4739±0.1902,群体平均Nei指数为0.4664±0.1872。多态信息含量(PIC)在0.0586—0.7529之间,平均值为0.4148±0.1707,其中16个微卫星位点的PIC值大于0.5,为高度多态性,15个位点0.25PIC0.5,为中度多态性,其余9个为低度多态性。经Sequential Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验,有10个位点尚未偏离平衡。基于转录组平台筛选微卫星标记的方法,在很大程度上推动了DNA分子标记的开发。研究开发的微卫星标记可用于蛤仔群体遗传学、遗传连锁图谱构建及其他相关研究,为蛤仔分子标记辅助育种及群体种质保护等工作提供技术支持。
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| 关 键 词： | 菲律宾蛤仔 转录组 微卫星 遗传多样性 |
| 收稿时间： | 2013/5/15 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2014/4/17 0:00:00 |
Development of microsatellite markers in Ruditapes philippinarum using next- generation sequencing |
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| YAN Lulu,QIN Yanjie,YAN Xiwu,WANG Linnan,BI Chenglong and ZHANG Jinyuan.Development of microsatellite markers in Ruditapes philippinarum using next- generation sequencing[J].Acta Ecologica Sinica,2015,35(5):1573-1580. |
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| Authors: | YAN Lulu QIN Yanjie YAN Xiwu WANG Linnan BI Chenglong and ZHANG Jinyuan |
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| Institution: | YAN Lulu;QIN Yanjie;YAN Xiwu;WANG Linnan;BI Chenglong;ZHANG Jinyuan;Engineering Research Center of Shellfish Culture and Breeding in Liaoning Province,College of Fisheries and Life Science,Dalian Ocean University; |
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