婆罗门牛mtDNA D-loop变异及其遗传背景

对10头原种婆罗门牛mtDNAD-loop全序列912 bp测序,婆罗门牛遗传多样性丰富,检测到的9种单倍型兼有瘤牛(B.indicus)与普通牛(B.taurus)的遗传背景,核苷酸变异率为6.25 %,单倍型多态度为0.978±0.054 ,核苷酸多态度为0.014 30±0.008 68。所有单倍型聚为明显的两大分支,婆罗门牛的大部分单倍型为普通牛单倍型类群,并占绝对优势(90 %) ,仅Brah-6与亚洲瘤牛聚在一起,属于亚洲瘤牛线粒体单倍型,表明婆罗门牛的确是集亚洲瘤牛、欧洲普通牛等优良特性于一身(易产犊、产肉性能好、耐热与体表寄生虫等)的瘤牛品种之一。育种学家引种瘤牛的目的是改善当地牛的生产力与适应性,现代普通牛表现出明显又普遍的瘤牛渐渗现象。对现代的瘤牛品种而言,除亚洲瘤牛品种外,普通牛对其他瘤牛品种育成的贡献同样高。支持瘤牛(B.indicus)为独立驯化、起源于印度次大陆的假说。     

福建省家鸭的遗传多样性及其与野鸭的亲缘关系

为了探讨福建省家鸭的遗传多样性和品种进化, 本研究测定了福建省4个地方家鸭品种的32个个体和野生斑嘴鸭(Anas zonorhyncha) 8个个体的线粒体DNA D-loop区667 bp序列, 分析了这4个家鸭品种的遗传多态性及品种进化。结果显示4个家鸭D-loop区序列的A、G、C、T碱基平均含量分别为25.5%, 15.2%, 33.5%, 25.8%。确定了8种单倍型, 其中Hap2(与GenBank中的A7一致)为家鸭的主体单倍型, 平均单倍型多样度为0.75202, 平均核苷酸多样度为0.21%。4个品种中金定鸭单倍型多样度、核苷酸多样度最高。4个品种之间的Kimura双参数遗传距离为0.00094–0.00395, 其中连城白鸭和金定鸭之间遗传距离最大。结合GenBank上已发表的绿头鸭(A. platyrhynchos)和斑嘴鸭序列, 共有30种单倍型, 共同构建系统发生树和网络关系图, 结果表明4个家鸭品种单一地起源于绿头鸭。     

我国部分黄牛品种线粒体D-loop区遗传多样性与起源分化

为了解我国地方黄牛品种线粒体DNA的遗传变异情况, 文章测定了16个地方黄牛品种206个个体线粒体D-loop区的全序列, 共检测到101个变异位点; 99种单倍型, 其中73种是普通牛单倍型, 26种是瘤牛单倍型; 平均核苷酸差异为22.6920, 单倍型多样度为0.9320, 核苷酸多样度为0.0227, 表明我国黄牛品种遗传多样性非常丰富。构建的NJ进化树显示16个品种来源于两大母系: 普通牛和瘤牛; 构建的Network图表明73种普通牛单倍型可以分为3大单倍型群; 26种瘤牛单倍型分为5种单倍型群, 推测我国瘤牛在迁移过程中, 至少经历了4次群体扩张事件。通过分析比较地方黄牛品种与内罗门牛共有的 H3单倍型, 发现其中只有16%的序列与内罗门牛的H3单倍型非常相似, 其余84%的序列均发生了鸟嘌呤变异, 推测这些变异很可能是我国瘤牛固有的变异。     

中国部分地方黄牛品种线粒体D-loop区的遗传变异与进化分析

测定了13个黄牛品种125个个体的线粒体D-loop区段的全序列,包括12个中国地方黄牛品种的123个个体和德国黄牛2个个体,并进行了分析。结果显示,共检测到93个变异位点,57个单倍型,平均核苷酸差异(average number ofnucleotide differences,k)为22.708,核苷酸多样度(nucleotide diversity,π)为0.0251±0.00479,单倍型多样度(haplotypediversity,Hd)为0.888±0.026,表明我国黄牛品种遗传多样性非常丰富。构建的Neighbor-Joining进化树显示这13个品种主要分成两大类型:普通牛和瘤牛;新发现的特殊类型Ⅲ只有一个西藏阿沛甲咂牛的个体,它与牦牛D-loop序列最相近,证明西藏地区的黄牛与牦牛之间存在基因渗入现象。普通牛和瘤牛在日喀则驼峰牛中占的比例分别是64.3%和35.7%,在阿沛甲咂牛中占的比例分别是50.0%和50.0%,证明了西藏的黄牛也有瘤牛类型。云南牛品种的单倍型非常丰富证明了云南在中国黄牛起源上的重要地位;在27个中国黄牛品种中(本研究11个品种以及GenBank上的16个品种)找到了中国瘤牛的核心单倍型i1,并且对它进行了讨论。同时证明了西藏瘤牛独立于中国瘤牛核心类群的特殊性。     

中国17个黄牛品种mtDNA变异特征与多态性分析

中国黄牛品种资源丰富,尚有28个地方固有品种.为了进一步深入了解这些宝贵遗传资源,本研究通过mtDNA变异特征与多态性分析揭示这些来自中国不同地域地方黄牛的母系起源与分子系统学特征.在17个品种84个体的mtDNA D-loop全序列中,一共检测到了102个核苷酸替代突变位.由此定义的53个单倍型被类聚为2个明显的单倍群：普通牛和瘤牛.mtDNA D-loop全序列变异的第一个特征是转换发生的频率远高于颠换;第二个特征是缺失与替代突变共存;第三个特征是缺失突变率比较高.所有D-loop全序列的核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.026 78±0.000 50和0.919±0.027.普通牛D-loop单倍型在北方牛种群中占有优势(80%～100%),而瘤牛单倍型在南方牛种群中占有优势(42.9%～100%),2种不同单倍型在中原牛种群中的分布也存在差异.2种不同单倍型在中国不同地域17个黄牛品种中的差异性分布揭示出了瘤牛mtDNA基因在中国黄牛中自南而北、由高到低的流动模式,这种基因流动模式的形成可能是由历史事件、地理隔离以及气候环境差异等造成的.     

基于nrDNA GapC基因内含子序列的资源冷杉遗传多样性研究

通过nrDNA GapC基因内含子序列的测序和分析,揭示资源冷杉遗传多样性水平和种群分化的强弱并推断其进化历史。资源冷杉3个种群的34个个体共获得70条GapC基因内含子序列,有8个核苷酸变异位点,鉴别出12种单倍型。银竹老山、大院和舜黄山种群分别有10种、6种和7种单倍型;有7个个体得到了2种以上的单倍型。资源冷杉物种水平的单倍型多样性（h）为0.817 0,种群的在0.683 3～0.883 1之间;物种水平的核苷酸多样性（π）为0.003 90,种群的在0.002 63～0.003 82之间。种群遗传分化研究结果（G_st=0.103,p<0.05）说明种群间存在显著的遗传分化,分子方差分析（AMOVA）结果也证明虽然大多数的核苷酸多态性（88.64％,p<0.001）来源于种群内个体间的变异,但是仍有显著性比例存在种群间（11.36%,p<0.05）。Tajima’s D、Fu &; Li’s D、Fu &; Li’s Fs中性检验结果都表明资源冷杉在物种和种群水平上都不拒绝中性进化。资源冷杉单倍型的谱系没有出现地区特异性谱系分支,核苷酸不配对分析（mismatch analysis）结果表明没有发生近期的群体扩张,资源冷杉的N_st（0.131）与G_st（0.103）没有显著性差异（p>0.05）,表明种群没有明显的地理结构。推测现存资源冷杉是相对较近的时间内片断化的产物。     

鲮鱼的微卫星位点筛选和群体遗传多样性初步分析

利用鲤科鱼类微卫星引物在鲮鱼中进行扩增,结果在24对引物中，13对引物能成功扩增，且在鲮鱼中的扩增产物表现稳定，其中11对有较高多态性,等位基因数在2—7个之间，扩增的条带符合孟德尔遗传规律。随后利用筛选的微卫星座位对鲮鱼野生和养殖群体遗传多样性进行了初步分析。分析结果显示：鲮鱼野生群体的平均等位基因数5.2个；观测杂合度在0.25与0.8之间，平均观测杂合度(Ho)是0.61±0.2，平均期望杂合度(He)是0.8±0.09；群体座位平均多态信息含量(PIC)为0.72±0.1。相比之下，养殖群体的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)都低于野生群体，分别是0.59±0.2、0.75±0.1。两群体间的遗传相似度为0.7774、遗传距离为0.2518。研究表明：用其他鱼类分离出的微卫星引物可以快速筛选到适用于鲮鱼遗传分析的微卫星座位。     

在中国云南发现狒狒化石

现存狒狒类(Papionin)生活于非洲(如Papio和Theropithoan)、 亚洲(如Macaca)和北非(M. sylvanas)。 在上新世和更新世，Theropithecus经历了从非洲到亚洲的扩散过程， 在印度发现了类似化石。 这次在云南中甸金沙江附近发现的下更新世狒狒化石(Papio)证明， 如同亚洲猕猴和现代人类祖先一样， 非洲狒狒类(Papio和Theropithecus)在同一时期从非洲扩散到亚洲。 所不同的是它们没有像猕猴和人类一样生存下来。 这次化石的发现对于研究以下生物学问题提供了重要依据： 1) 探讨旧大陆猴类在上新—更新世从非洲到亚洲的扩散过程； 2) 研究不同旧大陆猴类的进化和环境适应性； 3) 为现代人类祖先在非洲—亚大陆的扩散研究提供证据； 4) 由于化石产地包括有人类祖先和其他动物的化石， 因此， 狒狒在亚洲的生态适应研究将为探讨人类在同一时期的生态适应提供证据。     

基于线粒体控制区的序列变异分析中国东南部沿海凤鲚种群遗传结构

为了解中国东南部沿海凤鲚(Coilia mystus)的种群遗传多样性和遗传结构, 本文分析了长江口(CJ)、钱塘江口(QT)、闽江口(MJ)和九龙江口(JL)4个凤鲚地理群体的mtDNA控制区561 bp片段的序列变异。65尾样本共检测到28个单元型。4个群体总的单元型多样性和核苷酸多样性均较高(h = 0.9433 ± 0.0168, π = 0.0317 ± 0.0158), 但单个群体的核苷酸多样性水平却很低, 其中以CJ最高(π = 0.0080 ± 0.0046), MJ最低(π = 0.0015 ± 0.0013)。MJ与JL群体之间以及CJ与QT群体之间的平均K2P遗传距离很小, 分别为0.3%和0.8%; 而CJ、QT分别与MJ、JL群体之间的遗传距离均较大, 达到了6%。采用最大似然法(ML)、最大简约法(MP)和邻接法(NJ)分别构建的单元型间的系统发育树揭示, 4个凤鲚群体构成CJ-QT 和MJ-JL 2个支系, 且具有极高的支持率。单元型的网络分析也显示这两个支系间有高达28步的突变次数。AMOVA分析显示大部分的遗传变异来自这两支系群体间(90.77%), 表明凤鲚群体间存在着显著的地理分化。种群分化指数和基因流分析也表明, 支系间群体有着明显的遗传分化(F_ST > 0.9, N_m < 0.03)。所有分析结果支持所研究的凤鲚标本属于两个不同的地理种群, 且种群的分化至少已达到亚种水平。采用BEAST和TRACER软件得到凤鲚两个亚种的最近共同祖先约在0.34–0.46百万年前, 处于更新世晚期, 推测可能是第四纪晚期的气候旋回和海平面的升降导致了凤鲚的种群分化。     

中国荷斯坦牛和鲁西黄牛mtDNAD-loop序列多态性分析

为了从母系遗传角度深入阐明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛的群体遗传多样性以及起源进化,本研究采用PCR测序法测定了9头中国荷斯坦牛和11头鲁西黄牛的线粒体DNA D-loop区的部分序列,并经剪切后进行生物信息学软件分析.结果表明,20个个体D-loop区共711 bp,共检测到19种单倍型和50个多态位点.核苷酸多样性(Pi)为0.021 33±0.004 54,单倍型多样性(Hd)为0.994±0.019,平均核苷酸差异数(k)为15.146 20.构建的NJ网络进化树共分为两大支系,其中部分鲁西黄牛与瘤牛聚为一支,而中国荷斯坦牛和部分鲁西黄牛与普通黄牛聚为一支.说明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体遗传多样性均较高;鲁西黄牛同时含有瘤牛和普通黄牛的血统,而中国荷斯坦牛只含有普通黄牛的血统.     

务川黑牛mtDNA遗传变异及起源进化分析

目的:测定务川黑牛mtDNA D-loop区全序列,以了解其遗传背景。方法:采用PCR直接测序方法测定务川黑牛mtD-NA D-loop区全序列。结果:32个个体D-loop区的全序列中,四种碱基A、T、C和G含量分别为:33.1%、28.4%、25.0%和13.5%,A+T平均含量61.5%。经过序列比对,共检测到57个变异位点,占所测mtDNA序列总长的6.26%,其中转换54个,颠换3个;产生17种单倍型,其中6种是普通牛单倍型,11种是瘤牛单倍型;平均核苷酸差异为22.623,单倍型多样度0.901±0.039,核苷酸多样度0.0249±0.00147。结论:务川黑牛这一品种遗传多样性非常丰富,据此构建的NJ进化树显示务川黑牛含有普通牛和瘤牛的血统。     

大壁虎不同地理居群的遗传变异与分化

以线粒体细胞色素b (Cyt b) 基因作为分子标记，对中国广西12个地区，以及越南和老挝大壁虎(Gekko gecko) 进行序列测定，获得Cyt b基因424 bp的序列片段，共有7个单倍型。以白脊壁虎和沙虎为外群，用邻接法和最大简约法构建了大壁虎不同地理种群的系统发育关系，其结果显示中国广西4个不同单倍型黑大壁虎之间的平均遗传距离为0.20%—1.20%，越南红大壁虎与老挝红大壁虎之间的平均遗传距离为0.50%，广西宁明红大壁虎与越南红大壁虎和老挝红大壁虎之间平均遗传距离分别为1.70%和2.20%。广西黑大壁虎种群与红大壁虎种群之间的平均遗传距离为8.60%—9.50%，达到了亚种或种分化的差异。     

菲菊头蝠的下丘神经元基本声反应特性

自由声场刺激条件下，采用单单位胞外微电极记录方法，研究了一种未被研究过的恒频/调频(CF/FM)蝙蝠——菲菊头蝠(Rhinolophus pusillus)的下丘神经元基本声反应特性，其结果发现，在所得的110个下丘神经元中，发放类型包括相位型(54.5%)、紧张型(25.5%)、持续型(7.3%)、梳齿型(7.3%)和暂停型(5.4%)等5种类型。记录深度在208～1 855(829.0±328.1)μm之间，最佳频率在16.7～75.6(38.9±15.7)kHz之间，最小阈值在5～74(34.7±13.6)dB SPL之间，阈上10 dB SPL潜伏期在5.0～27.5(15.2±3.9)ms之间。最佳频率随记录深度的增加而增大(r=0.957 8，P<0.001)；记录的54个频率调谐曲线(FTCs)均为开放型，其中52个为单峰型，2个为双峰型。52个单峰型FTC的Q_10-dB值介于1.56～31.61之间，并且大部分是狭窄型(Q _10-dB值>5)，占69.2%(36/52)，少部分为宽阔型(Q _10-dB值<5)，占30.8%(16/52)。2个双峰型神经元FTC在低频处为宽阔型，高频处为狭窄型，Q _10-dB值分别为1.95、8和2.89、6.51。共获得34个神经元的强度－发放率函数(RIFs)，可分为单调型、非单调型和饱和型。结合先前所研究的FM蝙蝠——普通伏翼蝠(Pipistrellus abramus)下丘神经元的基本声反应特性，比较分析了CF/FM蝙蝠与FM蝙蝠下丘神经元的声反应差异及其行为学意义。     

三种共栖蝙蝠的回声定位信号特征及其夏季食性的比较

2005年6至9月，对桂林市郊区两个山洞中高颅鼠耳蝠(Myotis siligorensis)、菲菊头蝠(Rhinolophus pusillus)和黑髯墓蝠(Taphozous melanopogon)的回声定位叫声特征和食性进行分析，并结合其形态特征与野外观察，推断其捕食生境和捕食策略。研究结果发现：黑髯墓蝠体型最大，声音特征属短调频型多谐波，一般为4个谐波，能量主要集中在第二谐波上，主频率为(32.84±1.17)kHz，选择鞘翅目和双翅目昆虫为主要食物；高颅鼠耳蝠(长调频型)和菲菊头蝠(长恒频-调频型)，体型都较小，主频率分别是(84.44±8.13)kHz和(110.78±1.65)kHz，以双翅目昆虫为主要食物；而菲菊头蝠则以鞘翅目和双翅目昆虫为主要食物。上述结果证明，高颅鼠耳蝠、菲菊头蝠和黑髯墓蝠在声音和食物组成等方面出现了明显分化。     

中国地方黄牛的Y染色体遗传多样性及其进化起源

中国黄牛的进化起源与遗传多样性一直是国内外动物遗传学家感兴趣的课题之一.本文主要从Y染色体的形态多样性和Y染色体特异性微卫星标记遗传多态性两个方面对中国地方黄牛的遗传多样性和进化起源进行了综述.中国地方黄牛Y染色体具有中着丝粒、亚中着丝粒和近端着丝粒3种类型,这说明中国地方黄牛起源于普通牛和瘤牛.利用Y染色体特异性微卫星标记对中国地方黄牛Y染色体单倍型分布特征及Y染色体基因流模式的分析表明,北方种群中普通牛单倍型频率最高,瘤牛单倍型在南方种群中占优势;在中国不同地域,瘤牛Y染色体单倍型频率呈现自南而北、自东而西逐渐降低的趋势,这再次证实了中国黄牛主要来源于普通牛和瘤牛,这可能是这两类牛群在长期的历史进化过程中,分别从东南方向和西北方向进入我国,并在中原地区汇合的结果.本文为中国地方黄牛品种资源保护和杂交育种工作提供了参考依据.     

基于线粒体COI基因序列的文蛤属(软体动物门:帘蛤科)系统发育关系(英文)

测定了4种文蛤属贝类的15个个体的COI基因序列,并从GenBank下载了短文蛤 (M. petechialis)的相应序列。比对后的序列长度为574 bp,包括93个简约信息位点,A、T、C和G的平均含量分别为21.15%、44.71%、14.05%和20.09%。通过对序列的分析,共定义了12个单倍型：文蛤 (M. meretrix) 4个,斧文蛤 (M. lamarckii) 2个,丽文蛤 (M. lusoria) 3个,琴文蛤 (M. lyrata) 1个,短文蛤2个。以青蛤(Cylina sinensis)为外群,用MP法和贝叶斯法构建系统树。结果显示,短文蛤、丽文蛤和文蛤为亲缘关系较近的物种, 支持短文蛤和丽文蛤为文蛤的同物异名的观点。     

14.从Cyt b基因全序列分析中国10个黄牛品种的系统进化关系

基于Cyt b基因全长序列,对我国10个地方黄牛品种的遗传多态性和系统发育关系进行了分析.中国黄牛Cyt b基因序列富含碱基A和T,A+T平均含量为56.7%,密码子第3位点核苷酸表现出较强的碱基组成偏倚,该位点上G的含量最低,为 3.5%,而A的含量最高,为44.6%,核苷酸组成偏差指数为0.45.在47个个体1 140 bp的序列中检测到30个变异位点,约占核苷酸总数的2.63%,密码子第3位点的突变率(76.7%)远高于第1位点(16.7%)和第2位点(6.6%),第2位点的非同义替代率(100%)远高于第1位点(40%)和第3位点(4.3%).定义了15种单倍型.将10个品种作为一个大的种群分析时,发现中国黄牛Cyt b基因具有较高的单倍型多样性(Hd=0.783±0046)和一定程度的核苷酸多样性(Pi=0.00828±0.00030),这与中国黄牛地理分布广、种群庞大和起源复杂有关系.基于Kimura 2 parameter距离采用UPGMA法构建的10个黄牛品种分子系统树中将47个个体分别与瘤牛和普通牛聚在一起,说明中国黄牛主要起源于瘤牛和普通牛.北方牛受普通牛的影响较大,南方牛受瘤牛的影响较大,但是对于亲缘关系复杂的中原地区黄牛而言,瘤牛和普通牛对它们的影响力大小因品种而异,因而它们分别和北方牛和南方牛之间的亲缘关系远近程度也存在差异.不同品种之间的亲缘关系差异可能与它们的地理分布差异具有一定的关系.     

贵州黄牛mtDNA D-loop 遗传多样性研究

对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910 bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为2.16%～2.61%,单倍型多样度（H）为0.695～0.909,表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明,贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源,其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。      

中国板栗自然居群微卫星（SSR）遗传多样性

采用8对微卫星分子标记对中国板栗(Castanea mollissima)的28个自然居群进行了遗传多样性与遗传结构分析。在849个个体上扩增得到128个等位基因, 每位点平均等位基因数(A)为16。中国板栗居群的平均预期杂合度(H_E)为0.678, 平均观察杂合度(H_O)为0.590。华中地区的中国板栗居群遗传多样性最高(A = 8.112, H_E = 0.705, H_O = 0.618), 其次为西北地区和华东地区, 而西南地区遗传多样性最低(A = 6.611, H_E = 0.640, H_O = 0.559)。基于无限等位基因模型(IAM)和基于逐步突变模型(SMM)的遗传分化系数分别为F_ST = 0.120和R_ST = 0.208。分子方差分析(AMOVA)结果表明中国板栗野生居群的遗传变异主要存在于居群内(87.16%)。Mantel检测揭示遗传距离与地理距离之间无显著相关性, 表明基因流不是主导中国板栗居群遗传结构的关键因素。华中地区(尤其是神农架及其周边地区)是中国板栗遗传多样性的现代分布中心, 因而应该得到优先保护, 同时该区域的野生板栗居群可优先作为栽培板栗遗传育种的材料和基因库。     

短柄枹种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记方法对分布在浙江省境内的7个短柄枹种群的遗传多样性和遗传分化进行了分析。从100个引物中筛选出12个用于正式扩增的ISSR引物,在7个种群140个个体中共检测到132个位点,其中多态位点118个,多态位点百分率(P)为89.39%,各种群P平均为58.87%。短柄枹总的Shannon信息指数(I)为0.493 3、Nei指数(h)为0.334 7,各种群I平均为0.336 2、h平均为0.229 1。P、I、h均显示云峰种群最高,天台山种群最低。AMOVA分子差异分析表明,67.97%的变异存在于种群内,32.03%的变异存在于种群间,种群间的基因分化系数(G_ST)为0.315 4。短柄枹种群间的基因流为(N_m)为1.085 3。7个种群的平均遗传距离为0.173 9。利用UPGMA法对7个种群进行聚类,结果显示天台山和雪窦山种群聚成一类,其它5个种群聚成另一类。