TYR基因外显子1的序列变异

为了分析家猪与野猪的遗传多样性及起源,测定了来自１２个中国地方家猪品种、３个欧洲引进猪品种以及8个中国野猪和2个越南野猪共36个个体的酪氨酸酶基因（TYR）外显子1的序列,共检出６个单核苷酸多态性位点（SNPs）,且这6个位点的变异均为同义突变,根据这些变异可将酪氨酸酶基因DNA序列归结为４种单倍型。结合已发表的数据,构建了简约中介网络图。 在网络图中,单倍型TYR*2主要为欧洲家猪与欧洲野猪和三条亚洲家猪染色体。大部分亚洲家猪和野猪共享单倍型TYR*1,表明这是一个亚洲类型的单倍型;同时也有部分欧洲家猪与野猪携带这一单倍型。 而单倍型TYR*3和TYR*4为本研究检测到的稀有单倍型,这两种单倍型主要由中国家猪与亚洲野猪组成。这种网络图结构支持家猪的欧洲和亚洲独立起源学说,同时也表明相当部分的欧洲家猪品种受到亚洲猪的基因渗透,而少量中国家猪和日本野猪也受到了欧洲猪的基因渗透。     

婆罗门牛mtDNA D-loop变异及其遗传背景

对10头原种婆罗门牛mtDNAD-loop全序列912 bp测序,婆罗门牛遗传多样性丰富,检测到的9种单倍型兼有瘤牛(B.indicus)与普通牛(B.taurus)的遗传背景,核苷酸变异率为6.25 %,单倍型多态度为0.978±0.054 ,核苷酸多态度为0.014 30±0.008 68。所有单倍型聚为明显的两大分支,婆罗门牛的大部分单倍型为普通牛单倍型类群,并占绝对优势(90 %) ,仅Brah-6与亚洲瘤牛聚在一起,属于亚洲瘤牛线粒体单倍型,表明婆罗门牛的确是集亚洲瘤牛、欧洲普通牛等优良特性于一身(易产犊、产肉性能好、耐热与体表寄生虫等)的瘤牛品种之一。育种学家引种瘤牛的目的是改善当地牛的生产力与适应性,现代普通牛表现出明显又普遍的瘤牛渐渗现象。对现代的瘤牛品种而言,除亚洲瘤牛品种外,普通牛对其他瘤牛品种育成的贡献同样高。支持瘤牛(B.indicus)为独立驯化、起源于印度次大陆的假说。     

猪科的系统发育与系统地理分化

猪科动物是最为昌盛的哺乳动物之一，但它们的分类及系统发育关系却尚待解决。为此， 用PCR直接测序法测定了一个红河猪(Potamochoerus porcus)、一个马来西亚野猪(Sus barbatus)以及数头欧亚野猪(Sus scorfa)线粒体细胞色素b全序列1 140 bp。结合从GenBank中获得的其他猪科物种胞色素b序列，用邻接法和最大简约法构建了猪科物种的系统发育关系，其结果显示苏拉威西鹿猪与其他猪科物种为姐妹群的关系。非洲物种疣猪和河猪聚为一枝，而欧亚猪属物种聚为另一支。各物种在系统发育关系中的位置与它们的地理分布对应。猪属物种可以被划分为3个种组：分布于菲律宾群岛、苏拉威西岛及其邻近岛屿的猪属物种形成一个种组，包括苏拉威西岛疣猪、菲律宾疣猪和印度尼西亚疣猪；欧亚野猪种组，包括欧亚野猪和姬猪；须猪和爪哇疣猪形成一个种组。     

雷州半岛湿地水鸟区系组成及生态分布的初步研究

1998年10月至2000年6月,对雷州半岛湿地水鸟区系组成及生态分布进行了调查,结果表明,雷州半岛湿地水鸟56种,隶属7目9科,种类最多的是鹭类（Ardeidae)、鸭类（Antidae)和Xin鹬类（Charadriidae and Scolopacidae),共有41种,56种水鸟中,古北界成分35种,占绝对优势;东洋界、广布种分别只有13和8种。以冬候鸟为主,共有33种;留鸟、族鸟和夏候鸟分别占13、7和3种。冬候鸟主要是鸭类和Xin鹬种类,留鸟主要是鹭类,本地的鸥类（Laridae)几乎都是冬候鸟,受各种协定或法规保护的水鸟有38种。雷州半岛的水鸟主要人布在沿海滩涂湿地,共有49种,红树林是最重要的水鸟栖息地,分布在这里的水鸟有37种。     

猪科的系统发育与系统地理分化

猪科动物是最为昌盛的哺乳动物之一,但它们的分类及系统发育关系却尚待解决。为此,用PCR直接测序法测定了一个红河猪(Potamochoerusporcus)、一个马来西亚野猪(Susbarbatus)以及数头欧亚野猪(Susscorfa)线粒体细胞色素b全序列1140bp。结合从GenBank中获得的其他猪科物种胞色素b序列,用邻接法和最大简约法构建了猪科物种的系统发育关系,其结果显示苏拉威西鹿猪与其他猪科物种为姐妹群的关系。非洲物种疣猪和河猪聚为一枝,而欧亚猪属物种聚为另一支。各物种在系统发育关系中的位置与它们的地理分布对应。猪属物种可以被划分为3个种组:分布于菲律宾群岛、苏拉威西岛及其邻近岛屿的猪属物种形成一个种组,包括苏拉威西岛疣猪、菲律宾疣猪和印度尼西亚疣猪;欧亚野猪种组,包括欧亚野猪和姬猪;须猪和爪哇疣猪形成一个种组。     

婆罗门牛mtDNA D-loop变异及其遗传背景

对10头原种婆罗门牛mtDNA D-loop全序列912 bp测序，婆罗门牛遗传多样性丰富，检测到的9种单倍型兼有瘤牛(B. indicus)与普通牛(B. taurus)的遗传背景，核苷酸变异率为6.25%，单倍型多态度为0.978±0.054，核苷酸多态度为0.014 30±0.008 68。所有单倍型聚为明显的两大分支，婆罗门牛的大部分单倍型为普通牛单倍型类群， 并占绝对优势(90%)，仅Brah-6与亚洲瘤牛聚在一起，属于亚洲瘤牛线粒体单倍型，表明婆罗门牛的确是集亚洲瘤牛、欧洲普通牛等优良特性于一身(易产犊、产肉性能好、耐热与体表寄生虫等)的瘤牛品种之一。育种学家引种瘤牛的目的是改善当地牛的生产力与适应性，现代普通牛表现出明显又普遍的瘤牛渐渗现象。对现代的瘤牛品种而言，除亚洲瘤牛品种外，普通牛对其他瘤牛品种育成的贡献同样高。 支持瘤牛(B. indicus)为独立驯化、起源于印度次大陆的假说。     

黑色素皮质素受体1基因对水牛毛色遗传的影响

MC1R在很多动物的色素沉积过程中发挥关键作用。为了阐明MC1R基因是否与水牛毛色性状相关,本研究对216头遗传背景清楚的水牛进行了该基因编码区DNA序列测定。研究的样品包括49头黑色河流型水牛（包括摩拉水牛和尼里-拉菲水牛）,136头毛色为灰色或白色的沼泽型水牛（包括德宏水牛、滇东南水牛、德昌水牛、贵州水牛和西林水牛）和31头尼里-拉菲水牛或摩拉水牛与沼泽型水牛的杂交后代。序列分析发现在水牛群体中存在3个单核苷酸突变位点（SNPs）,其中SNP684是同义替换,而SNP310和SNP384为非同义替换,并分别导致p.G104S和p.M128I氨基酸的改变。只有基因型为河流型等位基因纯合子胪铲的个体毛色表型为黑色。对黑色河流型水牛与灰色沼泽型水牛的杂交后代基因型和毛色表型的分析进一步揭示：河流型等位基因E^BR或编码p.104S的等位基因对保证MC1R具有正常功能起重要作用。生物信息学功能分析显示,p.G104S和p.M128I两个氨基酸替换对MC1R的功能有显著影响,进一步支持矿。等位基因或编码p.104S的等位基因与水牛黑色性状相关。     

用6个微卫星座位研究BMY牛和婆罗门牛的遗传多样性和群体遗传结构

 对6个牛微卫星座位的遗传变异及多态性分析,以期了解BMY牛和婆罗门牛的群体遗传结构与育成情况。6个微卫星座位的多态信息含量为在0.524～0.752间,BMY牛、婆罗门牛两个群体的平均期望杂合度和观察杂合度值接近,分别为0.737 6和0.739 6,0.641 2和0.653 7,进入横交固定第二世代的BMY牛期望杂合度值较高,这与我们的育种进展相符。红安格斯的期望杂合度较低(0.460 9)接近日本和牛0.471,暗示红安格斯牛的同质性较高。