一步法双重RT-PCR检测SARS冠状病毒技术研究

参照WHO公布的PCR检测SARS相关冠状病毒的引物序列,我们合成了4对引物,建立了一步法RT-PCR检测SARS相关冠状病毒的方法.利用该方法,对武汉市非典型肺炎疑似病例喉漱液进行了SARS相关冠状病毒检测,其中w20用4对引物检测均在相应的位置出现了DNA条带,W1只有BNIin-s/as引物出现预期产物.同时我们将样品W20的RT-PCR扩增产物进行了序列测定,结果显示该片段序列与其他地区和国家分离的SARS冠状病毒基因高度同源性,这进一步说明RT-PCR扩增的产物是SARS冠状病毒基因片段.在此基础上我们又建立了四种SARS冠状病毒一步法双重RT-PCR检测方法,在一个RT-PCR反应中用两套引物同时对SARS冠状病毒基因两个不同的片段进行检测,检测结果具有更高的特异性.     

在传染性非典型肺炎患者组织和血液中发现冠状病毒

用RT-PCR从广东两例传染性非典型肺炎(非典型肺炎)死亡病例的肺和脾标本中,以及北京、辽宁和宁夏非典型肺炎患者血清中,扩增出冠状病毒核苷酸序列。这些PCR产物为冠状病毒RNA聚合酶基因部分片段,所有测定的序列和国内外SARS病毒序列相同。这些发现提示,冠状病毒和非典型肺炎关系密切,有助于确定我国非典型肺炎的病因。所建立的套式PCR方法可以用于检测临床标本。由于血液中存在SARS病毒,进行血清操作时需要注意安全保护。     

4株SARS冠状病毒基因组5′端序列的分析与比较

利用5′RACE试剂盒对从中国不同地区、不同SARS患者体中分离的SARS—CoV基因组5′端序列进行RT-PCR扩增,并将扩增产物克隆至Teasy vector。扩增片段的序列测定结果表明：所分离的4株SARS—CoV基因组5′端非编码区的核苷酸序列和其他国家和地区报道的序列基本一致,而且所形成二级结构也完全相同,但与已知普通冠状病毒的差别较大。同时发现在依赖于RNA的RNA聚合酶起始密码子上游—197nt处有冠状病毒典型的转录调控核心保守序列5′-CUAAAC-3′。     

PCR条件对扩增SARS-CoV多聚酶部分基因的影响

目的：对该实验室已建立的检测SARS冠状病毒多聚酶基因的套式RT-PCR方法进行优化。方法：从SAPS病人的嗽口水标本中提取RNA,调整套式PCR的退火温度,扩增SARS冠状病毒多聚酶部分基因。扩增出的阳性片段连接入pGEM-T载体中,测序后比较其与已知SARS冠状病毒的同源性。结果：通过改变PCR条件,成功从一SARS病人的嗽口水中扩增出SARS冠状病毒多聚酶部分基因。结论：针对不同标本优化PCR反应条件非常重要。     

从粪便样品中检测动物冠状病毒的分子技术研究

目的 感染冠状病毒的动物向环境排毒主要是通过粪便,建立直接从粪便样品对动物冠状病毒进行检测的分子技术具有重要的公共卫生学意义。方法 通过计算机模拟和实验方法对已报道的2对针对冠状病毒pol基因的通用引物的通用性进行了验证。不经传统的病毒分离．直接从环境样品中提取病毒RNA,通过一步法RT-PCR进行检测,并通过分子杂交和Nested PCR扩增结合TaqMan探针实时荧光检测的PCR技术．提高对冠状病毒检测的灵敏度和准确度,并对猪、禽冠状病毒感染的临床样品进行分析检测。结果 2对引物可以覆盖所有已知的冠状病毒,包括SARS,RT-PCR产物通过测序可以确定冠状病毒种类;实时荧光定量NestedPCR有很高的灵敏度,可以灵敏地检出所有供试的阳性样品,而荧光增量实时监测可以排除凝胶电泳检查的假阳性。结论 该研究为从环境中普查和鉴定冠状病毒提供了可靠的技术方法。     

4株SARS冠状病毒基因组5′端序列的分析与比较

利用5'RACE试剂盒对从中国不同地区、不同SARS患者体中分离的SARS-CoV基因组5'端序列进行RT-PCR扩增,并将扩增产物克隆至T easy vector.扩增片段的序列测定结果表明所分离的4株SARS-CoV基因组5'端非编码区的核苷酸序列和其他国家和地区报道的序列基本一致,而且所形成二级结构也完全相同,但与已知普通冠状病毒的差别较大.同时发现在依赖于RNA的RNA聚合酶起始密码子上游-197 nt处有冠状病毒典型的转录调控核心保守序列5'-CUAAAC-3'.     

4株SARS冠状病毒基因组5’端序列的分析与比较

利用5′RACE试剂盒对从中国不同地区、不同SARS患者体中分离的SARS-CoV基因组5′端序列进行RT-PCR扩增,并将扩增产物克隆至T easy vector。扩增片段的序列测定结果表明:所分离的4株SARS-CoV基因组5′端非编码区的核苷酸序列和其他国家和地区报道的序列基本一致,而且所形成二级结构也完全相同,但与已知普通冠状病毒的差别较大。同时发现在依赖于RNA的RNA聚合酶起始密码子上游-197 nt处有冠状病毒典型的转录调控核心保守序列5′-CUAAAC-3′。     

一步RT-PCR检测水仙黄条病毒

目的:建立用于快速检测水仙黄条病毒(Narcissus yellow stripe virus,NYSV)的一步RT-PCR方法。方法:根据已报道的NYSV基因序列设计特异性引物,采用一步RT-PCR建立了快速检测水仙黄条病毒的方法。结果:该方法具有良好的特异性,能够从感染水仙黄条病毒的水仙样品上扩增出预期大小的特异性目的片段,而与其他病毒无交叉反应;一步RT-PCR产物序列测定结果表明,该产物的序列与NYSV序列高度同源,同源性达99%;灵敏度测定结果显示,一步法RT-PCR与两步法RT-PCR的灵敏度相当,可以检测稀释到10-4倍的RNA。结论:应用建立的一步RT-PCR对一批水仙样品进行NYSV检测,结果与两步法RT-PCR完全相同,说明该方法可准确用于NYSV的检测。     

SARS冠状病毒S基因序列克隆的构建

构建SARS冠状病毒S基因序列克隆p-SARS-S,作为自行设计、建立的RT-PCR检测方法的阳性对照,并为该基因的表达奠定基础.设计合成了位于病毒基因21 504～22 136位的长633 bp的序列片断作为模板进行PCR扩增;将PCR产物与T-Easy载体连接,经过转化提取重组质粒DNA.对构建的阳性克隆进行PCR、酶切、测序鉴定.对经EcoRⅠ酶切鉴定为阳性的重组表达质粒测序,结果显示插入片段大小、方向、碱基匹配与预期一致.构建的阳性对照克隆p-SARS-S有助于建立严格的SARS病毒基因室内质控措施.     

RT-PCR方法扩增白蛉热病毒M片段的研究

为建立扩增未知序列白蛉热病毒M片段的RT-PCR方法,本研究选取7个血清组成员和8个未分组血清型,共42株白蛉热病毒为RT-PCR检测对象.通过排列GenBank中已知的4型白蛉热病毒M片段氨基酸序列,选择保守区设计引物.根据保守区各已知病毒的cDNA特异序列合成寡核苷酸,将相同区的寡核苷酸等量混合成为"鸡尾酒"引物,用于RT-PCR.扩增产物经电泳检测,纯化后直接测序.引物对Ph-M-2FM和Ph-M-3RM扩增产物长度约为600bp,从42株病毒中扩增出34株,阳性率为81.0%.另一引物对Ph-M-2FM和Ph-M-4R2M扩增产物长度约为1400bp,扩增出22株病毒,阳性率为52.3%.测出序列经BLAST检索,与GenBank中已知白蛉热病毒同源.本研究首次成功地应用RT-PCR扩增不同血清型未知序列白蛉热病毒的部分M片段,并测出扩增产物序列,为白蛉热病毒属成员的基因鉴定和种系发生关系分析提供了实验手段,并将有助于白蛉热病毒感染的基因诊断.     

兔IFRG基因的克隆及表达分析

实验通过对兔子基因组DNA进行PCR获得兔IFRG基因,将其克隆到pGEM-T载体,双酶切鉴定和测序结果表明成功构建了重组克隆载体pGEM-T-IFRG。通过RT-PCR分析发现IFRG基因在兔不同组织中有不同程度的表达。将重组克隆载体pGEM-T-IFRG和表达载体pET-41（c）经过EcoR1和Xho1双酶切后连接构建重组表达载体pET-41（c）-IFRG,将双酶切鉴定正确的重组表达载体转化入E.coli BL21,IPTG诱导融合蛋白的表达,SDS-PAGE结果显示兔IFRG基因在大肠杆菌中得到了良好的表达。     

食品中脊髓灰质炎病毒RT-PCR检测体系的建立

目的:建立食品中脊髓灰质炎病毒的RT-PCR检测体系。方法:在脊髓灰质炎病毒基因组2A区保守序列设计引物,建立同时适于3种血清型脊髓灰质炎病毒的检测方法,并对人工接种病毒的贝类(生蚝、文蛤)、蔬果(草莓、樱桃和生菜)和水样等实际样品进行检测。结果:基于构建的分别适于3种血清型脊髓灰质炎病毒检测的参照分子,确定所建立方法的检测下限可达50拷贝参照分子DNA。针对各种食品基质建立的脊髓灰质炎病毒富集、RNA提取和RT-PCR方法检测3种血清型病毒可达10RT-PCR单位(RTU)。结论:建立的RT-PCR检测体系可用于食品中脊髓灰质炎病毒的检测。     

棉铃虫气味受体的克隆与组织特异性表达

气味受体在昆虫识别外界气味过程中起重要作用,对其的研究可以帮助我们了解昆虫对气味识别的分子机制。本文通过RT-PCR技术,在棉铃虫Helicoverpa armigera (Hübner)中克隆得到11条气味受体序列（GenBank登录号：EU599565～EU599568,EU818702～EU818706,FJ393455）。序列分析结果表明,HarmOR2为非典型气味受体,其他为典型气味受体。进化树显示,HarmOR10与黑腹果蝇Drosophila melanogaster DOR46a进化关系较近,而HarmOR4与果蝇味觉受体聚类在一起。棉铃虫其余气味受体与烟芽夜蛾Heliothis virescens气味受体单独或几个一起处于与黑腹果蝇气味受体进化关系较远的聚类中,而且彼此聚类关系较远。使用半定量RT-PCR对这些气味受体的表达谱进行研究,结果表明: HarmOR2在棉铃虫触角和喙中表达,表达量在雌雄间相当。其他受体则在成虫触角中特异表达,其中HarmOR3,HarmOR13和HarmOR14仅在雄性触角内表达; 雌性触角内HarmOR12和HarmOR20的表达量要高于雄性触角;其余气味受体雌雄触角间表达量则相当。     

水稻赤霉素代谢关键酶基因表达的检测分析

赤霉素(GA)与水稻矮化突变体的产生有密切的关系.根据GenBank数据库中水稻赤霉素代谢关键酶基因的cDNA序列,在保守序列区域设计引物,经过反应条件优化,建立了相对定量RT-PCR双标准曲线检测方法,并对中9B及其体细胞无性系矮化突变体SV9B的相关基因表达情况进行了检测.结果表明,该方法设计的引物特异性强,所构建的标准曲线相关性好,实验具有很高的可信度,可以应用于水稻赤霉素相关突变体的研究.     

柑橘叶片总RNA的两种提取方法比较

为了简便、快速提取高质量的柑橘(Citrus reticulata Banco)叶片总RNA,采用TRlzol法,对北京天根公司RNAplant Reagent和日本TaKaRa公司RNAiso Reagent两种RNA提取试剂进行比较并适当改进.结果表明:通过琼脂糖凝胶电泳,使用TaKaRa公司试剂提取的总RNA28S和18S条带清晰,紫外分光光度计检测分析A260/A280为1,820,A260,A230为2.088,RNA的浓度为2.840 μg μl-1,用于RT-PCR反应可成功克隆柑橘β-actin看家基因228 bp片段;采用天根公司试剂,琼脂糖凝胶电泳显示RNA带型较模糊,紫外分光光度计检测分析A260/A280为1.464,A260/A230为1.603,RNA的浓度为2.020 μg μl-1,达不到RNA的标准.TaKaRa公司RNAiso Reagent试剂提取的柑橘叶RNA纯度和完整性较好,能用于Northern杂交、cDNA文库的建立及基因克隆等分子生物学实验,为柑橘的进一步分子生物学研究奠定了基础.     

WRKY转录因子表达谱的研究进展

功能有关.     

糯玉米SW70和SW22是一类新的淀粉合成酶基因功能缺失多突变体

糯玉米是一类相对于粮食玉米的重要天然突变体,其淀粉合成的遗传机制复杂而又多样。以糯玉米自交系5形22、普通玉米自交系5003、SW22（♀）和5003（♂）的杂种定向选育的糯玉米自交系SW70（自交4代）为材料,研究了自交系授粉后1、2、4周时,SW22、SW70和5003籽粒中ADP-葡萄糖焦磷酸化酶（AGPase）、淀粉合酶（SS）、淀粉分支酶（SBE）和淀粉去分支酶（DBE）共4个家族21个成员编码基因表达水平的变化。结果表明：1）SW22中多个淀粉合成酶编码基因的表达动态与SW70及5003中有显著差异。差异主要存在于淀粉合酶SS和淀粉去分支酶DBE基因家族：2）SW22及SW70籽粒中有明显的阢转录产物累积,但累积水平均显著低于5003籽粒中：3）SW22及SW70中颗粒结合淀粉合成酶编码基因Gbssm和异淀粉酶型去分支酶编码基因Iso2完全不表达．意味着SW22胚乳中GbssIIb基因和Iso2基因的功能完全缺失。目前,有关玉米籽粒中GbSSIIb和异淀粉酶型DBEIso2同时突变或单个基因突变均未见报道。推测淀粉合成酶基因GbssIIb和异淀粉酶型DBEIso2功能缺失以及耽功能部分缺失．共同导致了SW22和SW70籽粒中直链淀粉合成部分缺陷。     

大熊猫辅酶Q-细胞色素C 氧化还原酶的辅酶Q连接蛋白基因cDNA 的克隆及序列比较

大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）是世界上极其宝贵的自然历史遗产,具有重要的学术研究价值,其生存和保护现状为世人所关注。而从分子水平上对大熊猫开展研究逐渐成为国内外研究的重点。目前,对大熊猫基因的研究多集中于线粒体（Zhang and Ryder,1994）和部分基因的克隆与分析（周荣家等,1998）,而涉及众多功能基因及其生物学功能探索相对较少,