沉默DNA-PKcs对细胞信号转导相关基因转录的影响

利用RNA干扰技术构建DNA-PKcs表达抑制细胞模型,探讨DNA-PKcs对HeLa细胞信号转导相关基因表达的调控作用.通过观察细胞对辐射及顺铂的敏感性,鉴定细胞表型变化.用寡核苷酸芯片检测细胞信号转导相关基因的转录谱,并用RT-PCR方法和SEAP检测系统进一步验证基因的表达变化.所筛选出的DNA-PKcs表达抑制细胞对辐射及顺铂的敏感性升高,15个与细胞信号转导相关的基因表达升高,其中7个是与干扰素信号转导反应相关的基因.8个表达下降,包括有细胞增殖分化相关基因,如NFAT.RT-PCR检测结果与芯片结果相一致,利用SEAT报告系统检测,进一步证实NFAT转录活性下调.实验结果表明,DNA-PKcs除了参与DNA修复外,还调控细胞信号转导相关基因的表达,而且大多与细胞增殖分化相关.     

强直性脊柱炎差异表达基因的生物信息学分析

目的探讨强直性脊柱炎(AS)患者差异表达基因,并基于差异基因探讨强直性脊柱炎发病相关的可能生物学过程和信号通路。方法检索基因表达谱数据库(GEO)并筛选AS相关基因表达谱数据集。应用GEO在线分析功能GEO2R分析AS组和正常对照组的差异表达基因,用Cytoscape软件clueGO插件进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书分析,采用String蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据库分析差异表达基因编码蛋白间的相互作用;应用Cytoscape绘制蛋白相互作用网络图,并软件筛选信号通路关键基因分析。结果选取AS患者全血表达数据集GSE25101为研究对象,分析获得差异表达基因72个。72个差异表达基因分子功能主要为参与高迁移率族盒染色体蛋白1(HMGB1)转导机制;生物学过程主要富集于巨噬细胞迁移、骨髓细胞凋亡过程、线粒体呼吸链复合体装配、ATP合成偶联电子传输、线粒体ATP合成耦合电子输运等;细胞成分主要富集于呼吸链复合体、线粒体呼吸体等。信号通路富集于氧化磷酸化信号通路和帕金森综合征相关信号通路。PPI网络经过cytohubba插件筛选,ATP5J、NDUFS4、UQCRB、UQCRH、NDUFB3、COX7B、LSM3、ATP5EP2、ENY2、PSMA4被筛选为网络中的核心基因。结论通过生物信息学方法进行预测了AS的潜在机制,并筛选出10个潜在的与AS相关的重要分子,其中氧化磷酸化可能在AS发病机制中发挥了重要的作用。     

乳腺癌转移相关基因表达调控网络的线性微分方程模型的初步研究

初步构建乳腺癌转移相关基因表达调控网络的线性微分方程模型,并分析模型的可靠性和生物学意义. 采用基因芯片技术,分别对30例伴有淋巴结转移的乳腺癌组织及其相应淋巴结转移癌组织进行基因表达谱的比较,选择差异基因通过线性微分数学方法构建表达调控网络模型. 差异表达基因共27个,其中Ratio > 3的明显上调基因14个,而Ratio < 0.33的明显下调基因13个. 比较伴有淋巴结转移的乳腺癌组织和其相应淋巴结转移癌组织,分析筛选了27个表达差异基因,应用数学线性微分方程方法初步构建乳腺癌转移相关基因表达调控网络的线性微分方程模型,通过分析模型中重要节点、通路的生物学意义,判定网络的数学特性,初步表明,调控网络的可靠性和乳腺癌转移的形成是与多基因、多通路异常引起的细胞恶性转化相关.     

应用cDNA微阵列技术研究EB病毒LMP1介导的鼻咽癌中转移相关基因的表达

探讨EB病毒基因组编码的癌蛋白LMP1对鼻咽癌细胞中转移相关基因表达的影响.采用蛋白质印迹法检测在强力霉素(Dox)诱导下,鼻咽癌细胞系pTet-on-LMP1 HNE2(L7细胞)中LMP1表达的时效和量效关系.应用cDNA微阵列技术建立诱导性LMP1介导鼻咽癌细胞中转移相关基因差异表达谱;运用RT-PCR验证cDNA微阵列筛选差异基因表达的可靠性.与LMP1不表达的L7细胞比较,LMP1高表达的L7细胞中7个基因的表达显著上调,12个基因的表达显著下调.随机选择其中4个基因进行RT-PCR,结果显示,这些基因表达阳性,且与微阵列中的变化趋势一致.LMP1可能通过激活和/或抑制一些转移相关基因的表达而参与鼻咽癌转移过程.     

Affymetrix基因表达谱芯片在新疆维吾尔族与汉族胰腺癌组织样本间差异表达基因筛选中的运用

目的:运用基因表达谱芯片筛选并分析新疆维吾尔族与汉族胰腺癌组织样本间的差异表达基因。方法:收集我院2014年1月至2016年6月间行手术切除的维吾尔族与汉族胰腺导管细胞癌组织并提取总RNA,选取经Nanodrop 2000与Agilent 2100仪器质检合格的样本总RNA采用Affymetrix基因表达谱芯片筛选出差异表达基因并绘制统计图,运用基因本体(GO)分析及信号通路(Pathway)分析对这些差异表达基因的生物信息进行汇总分析。结果:通过基因表达谱芯片分析,新疆维吾尔族与汉族胰腺癌组织样本间共检测到1063个基因存在差异表达,在维吾尔族胰腺癌标本中显著上调表达的基因共281个,差异表达倍数最高的为IGLV1-44基因(差异倍数:9.99)下调表达的基因共782个,差异表达倍数最高的为CPB1基因(差异倍数:33.76);在Gene Ontology数据库中共检索到815个上述差异表达基因具有明确的GO分类,差异表达倍数最高的为CPB1基因(差异倍数:33.76);Pathway分析中共检测到30条信号通路包含有上述差异表达基因,共涉及196个基因,其中以FAK信号通路差异表达基因富集程度最高,差异表达倍数最高的基因为COL11A1基因(差异倍数:5.02)。结论:基因表达谱芯片分析结果显示,在新疆维吾尔族与汉族胰腺癌组织样本间存在大量的差异表达基因,这些基因与胰腺癌的增殖分化、侵袭转移及多药耐药等特性密切相关,且参与了多条生物体内重要信号转导通路的调控。     

HBV感染者肝细胞样本的关键基因和信号通路的生物信息学挖掘

为探究乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染后肝细胞基因表达和信号通路的改变情况,从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载了HBV感染者肝细胞样本制作的基因表达谱数据集GSE83148,进行质量检测、数据标准化后筛选出差异表达基因,进一步做GO和KEGG富集分析以及基因网络相互作用分析,筛选关键基因和信号通路。从HBV感染样本中筛选出fold change≥2,p-value0. 05的上调差异表达基因44个,GO分析获得关键基因BAK1和TP63,差异表达基因网络互作获得5个位于枢纽位置的基因:NDUFS1、NDUFS2、COX7B、ATP5B、OPA1。KEGG分析获得关键信号通路有:乙型肝炎信号通路、病毒癌变信号通路、Fox O信号通路、PI3K-Akt信号通路。本研究筛选出的多数基因与线粒体和氧化呼吸链有关,造成这一现象的具体机制还需进一步探究。     

5-氟尿嘧啶敏感与非敏感的人胃癌BGC-823细胞基因表达谱差异分析

利用化疗药物5-氟尿嘧啶(5-Fu)对胃癌细胞株进行筛选和诱导,建立具有耐药性的胃癌细胞株.与亲代细胞株对比生长特性及基因表达谱,初步探讨胃癌细胞的耐药机制.采用四唑盐比色法(MTT)测定5-Fu对胃癌细胞株BGC-823的半数抑制浓度(IC50);根据IC50设计5-Fu剂量,用大剂量的5-Fu逐渐递增间歇给药的方法,反复筛选,获得5株胃癌耐药细胞株.比较耐药细胞株和亲本细胞株的形态和生长特性,继而再用人类肿瘤基因芯片(human cancer arrays)比较测试亲本与耐药细胞株的基因表达谱差异;对其中189个上调基因和133个下调基因采用Gene Ontology中的BP(Biological Process)分析这些基因相关的功能,并用MAS2.0分析这些基因可能涉及的信号通路.结果提示,胃癌细胞株耐药(5-Fu)相关基因可能与转录因子信号转导、TNF受体介导的细胞凋亡和抗凋亡、细胞周期调节、细胞粘附及MAP激酶类的功能相关.对细胞周期、信号转导相关的6个基因采用定量PCR验证,结果与基因表达芯片结果一致.上述结果有利于进一步发现胃癌细胞的耐药基因和相关信号通路,探索抗胃癌治疗的耐药机制.     

n5-氟尿嘧啶敏感与非敏感的人胃癌BGC-823细胞基因表达谱差异分析

利用化疗药物5-氟尿嘧啶(5-Fu)对胃癌细胞株进行筛选和诱导,建立具有耐药性的胃癌细胞株.与亲代细胞株对比生长特性及基因表达谱,初步探讨胃癌细胞的耐药机制.采用四唑盐比色法（MTT）测定5-Fu 对胃癌细胞株BGC-823的半数抑制浓度（IC50）;根据IC50设计5-Fu剂量,用大剂量的5-Fu逐渐递增间歇给药的方法,反复筛选,获得5株胃癌耐药细胞株.比较耐药细胞株和亲本细胞株的形态和生长特性,继而再用人类肿瘤基因芯片（human cancer arrays）比较测试亲本与耐药细胞株的基因表达谱差异;对其中189个上调基因和133个下调基因采用Gene Ontology中的BP（Biological Process）分析这些基因相关的功能,并用MAS2.0分析这些基因可能涉及的信号通路．结果提示,胃癌细胞株耐药（5-Fu）相关基因可能与转录因子信号转导、TNF受体介导的细胞凋亡和抗凋亡、细胞周期调节、细胞粘附及MAP激酶类的功能相关．对细胞周期、信号转导相关的6个基因采用定量PCR验证,结果与基因表达芯片结果一致．上述结果有利于进一步发现胃癌细胞的耐药基因和相关信号通路,探索抗胃癌治疗的耐药机制．     

利用GenMAPP筛查鼻咽癌差异表达基因

利用GenMAPP软件对鼻咽癌和正常鼻咽上皮基因微阵列表达谱结果进行分析,筛查鼻咽癌差异表达基因. 结果显示：在17 000个基因中,与正常鼻咽上皮相比,在鼻咽癌中发生2倍以上差异表达的基因共有339个,其中有160个基因在鼻咽癌中表达上调,179个表达下调. 这些基因分别与细胞增殖、基因转录、凋亡、信号转导、DNA损伤修复、肿瘤分化和浸润转移及细胞周期调节等相关. 鼻咽癌的发生发展存在多基因表达调控的改变,对其差异表达基因的研究有助于阐明鼻咽癌发生发展机制.     

鼻咽癌组织中基因差异表达及蛋白互作网络分析

目的:利用生物信息学方法从鼻咽癌组织基因芯片中筛选差异表达基因,并分析它们之间的互相作用。方法:利用R语言程序包等相关软件分析鼻咽癌组织和正常组织中差异表达的基因,并对其进行在线GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。结果:从25例鼻咽癌组织样本和3例正常组织对照样本中共分析出1103个差异表达基因,包括600个上调基因和503个下调基因(P0.05)。GO分析结果显示,差异表达基因在生物过程中显著富集,包括细胞分裂、DNA复制、G1/S有丝分裂细胞周期的转变和有丝分裂核分裂;在分子功能中,包括与蛋白质结合、与ATP结合、蛋白同二聚化活性、与DNA复制起点结合以及与受损的DNA结合;在细胞组分中,包括细胞质、核质、胞外体和船体中部。KEGG通路分析显示,差异表达基因在细胞周期、DNA复制、癌症途径、p53信号通路、错配修复、小细胞肺癌、卵母细胞减数分裂、氨基糖和核苷酸糖代谢、基部切除修复和人T淋巴细胞病毒(HTLV-Ⅰ)感染等信号通路中显著富集。在蛋白互作分析网络中筛选出10个节点度最高核心基因CDC45、MCM10、MCM3、MCM5、MCM2、CDC7、CDT1、CDC6、SMC2和NCAPG。结论:通过鼻咽癌组织和正常组织的对比筛选,发现多个基因表达发生变化,为相关临床研究提供了重要的信息基础。     

定位于染色体9p21-22的一个新基因UBAP1的克隆测序及在鼻咽癌中的表达分析

 在染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失 (lossofheterozygosity,LOH)高频区 ,应用EST介导的定位 侯选克隆策略 ,用RT PCR及Northern杂交检测了 2 2个表达序列标记 (expressedsequencetag ,EST)在鼻咽癌细胞株HNE1和原代培养的正常鼻咽上皮细胞中的表达差异 ,并对其中一个在鼻咽癌细胞株HNE1中表达下调的EST检测了在鼻咽癌活检组织中的表达 .用生物信息学方法获得其全长cDNA序列 ,GenBank登录号AF2 2 2 0 4 3.该基因cDNA全长 2 70 1bp ,其开放阅读框 (openreadingframe ,ORF)编码一个含 50 2个氨基酸、分子量为 55kD的碱性蛋白质 ,在蛋白羧基端含有 2个连续的重要UBA功能域 (ubiquitinassociateddomain) ,属于遍在蛋白相关蛋白家族的一个新成员 ,经国际人类基因命名委员会同意 ,将其命名为UBAP1 (ubiquitinassociatedprotein 1 ) .Northern表达分析显示UBAP1在所检测的人组织中广泛表达 ,但在人的心脏、骨骼肌及肝脏中的表达较强 .UBAP1基因在63 2 % ( 1 2 1 9)的鼻咽癌活检组织中表达下调 .UBAP1基因作为一个遍在蛋白相关蛋白家族的新成员 ,结合其在 9p的重要定位信息 ,有必要进一步研究其表达下调参与鼻咽癌发生发展的可能机制 .     

鼻咽癌转移相关基因的比较基因组杂交和cDNA微阵列研究

为筛选在鼻咽癌转移中起重要作用的基因 ,应用比较基因组杂交 (CGH)和cDNA微阵列方法研究成瘤和转移能力不同的鼻咽癌细胞株 6 10B和 5 8F .CGH结果显示 ,2种细胞株在 5p、7q、8p、9q、11p、12q和 17p的一定区域存在差异性扩增 ,在 2q存在差异性缺失 ;cDNA微阵列显示 ,相对于非转移性 6 10B细胞株 ,高转移性 5 8F细胞表现一些基因表达的上调及下调 ,CGH和cDNA微阵列的结合是筛选转移相关基因较好方法     

Reexploring the possible roles of some genes associated with nasopharyngeal carcinoma using microarray-based detection

In gene expression profiling, nasopharyngeal carcinoma （NPC） 5-8F cells differ from 6-10B cells in terms of their high tumorigenicity and metastatic ability. Differentially expressed genes from the two cell types were analyzed by combining with MILANO （the automatic custom annotation of microarray results which is based on all the available published work in PubMed）. The results showed that five genes, including CTSD, P63, CSEIL, BPAG1 and EGR1, have been studied or mentioned in published work on NPC.Subsequently, we revaluated the roles of these genes in the pathogenesis of NPC by combining the data of gene chips from NPCs versus NPs and pooled cells from 5-8F, 6-10B and CNE2 versus NPs. The results suggested that the roles of BPAG1 and EGR1 are possibly different from those reported in previous NPC studies. These five genes are likely to be involved in the proliferation, apoptosis, invasion and metastasis of NPC. A reexploration of the genes will further define their roles in the pathogenesis of NPC.     

NGX6基因转染对鼻咽癌细胞基因表达谱的影响

鼻咽癌是我国南方的常见肿瘤 .NGX6是新近克隆的定位于 9p2 1 2 2 ,在鼻咽癌组织中表达下调的基因 .初步的研究结果显示 ,NGX6基因转染鼻咽癌细胞HNE1能够延缓其生长速度 ,使肿瘤细胞更多地停留在G0 G1期 .为探索NGX6基因在鼻咽癌发病机制中的作用 ,建立了高表达NGX6的鼻咽癌细胞系 .利用包含 14 0 0 0个基因的cDNA微阵列分析了NGX6基因转染对HNE1细胞基因表达谱的影响 ,发现NGX6基因的转染能够上调p2 9、APC7、NEU1、RNasek6、αE catenin和TFⅡEα等基因的表达 ;同时也下调properdinP因子、G0S2、BAZ2B、ZHX1,OS4和PBX3等基因的表达 .研究结果提示 ,NGX6基因对鼻咽癌细胞的生物学行为的影响可能与它对一些细胞周期调控因子和转录调控因子的影响相关 .作为一种高通量的分析技术 ,cDNA微阵列为新基因的功能研究提供了重要的线索     

一个有假基因特点的鼻咽癌相关基因的分离和克隆

用定位候选克隆法克隆了一个与鼻咽癌相关的基因,命名为NAG73基因,结构分析显示NAG73的基因序列无内含子,无典型的启动子序列,polyA尾,与人类生长激素促分泌因子基因的第4个外显子和3′端非翻译区同源,说明NAG73可能是人类生长激素促分泌因子基因的假基因,同时,实验证明NAG73在一些细胞和组织中活跃表达,在正常鼻咽上皮细胞,鼻咽癌上皮细胞和鼻咽癌活检组织,NAG73有表达差异,序列分析显示NAG73有编码翻译产物的可能,NAG73可能可编码产物,该产物在鼻咽癌的发病发展中发挥作用。     

鼻咽癌上皮细胞株HNE1差异表达基因的分离与鉴定

为了分离鼻咽癌差异表达基因 ,应用抑制性扣除杂交技术 ,在正向抑制性扣除杂交中 ,以鼻咽癌上皮细胞株HNE1cDNA作为检测子 ,以人胚鼻咽上皮细胞cDNA作为驱赶子 ;在反向抑制性扣除杂交中 ,以人胚鼻咽上皮细胞cDNA作为检测子 ,以鼻咽癌上皮细胞株HNE1cDNA作为驱赶子 ,分别通过抑制性扣除杂交 ,构建了鼻咽癌上皮细胞株HNE1表达下调和表达上调的两个扣除cDNA文库 .从鼻咽癌相关的扣除cDNA文库中随机挑取 1 2 0 0个克隆 ,采用菌落PCR扩增其插入cDNA片段 ,自动点膜制备成cDNA微阵列膜 ,分别用鼻咽癌上皮细胞株HNE1、人胚鼻咽上皮mRNA经逆转录标记cDNA探针 ,分别与cDNA微阵列膜杂交 ,通过杂交信号的自动扫描分析 ,对杂交信号存在 5倍差异的克隆进行测序 ,获得了 1 0个鼻咽癌差异表达基因的cDNA片段 ,其中 3个为新基因序列 ,其GenBank登录号为 :AF5 1 0 1 88、AF5 1 0 1 89和AF5 1 0 1 90 ,7个代表已知基因序列 .采用RT PCR证实S1 0 0A8,CK1 9和RBP1基因在人胚鼻咽上皮中高表达而在鼻咽癌细胞株HNE1中低表达 .这些结果显示上述基因可能是鼻咽癌发生的重要因素     

重组人内皮单核细胞活化多肽Ⅱ原对Saos-2细胞基因的表达调控

目的：将重组人内皮单核细胞活化多肽Ⅱ原（pro-EMAPⅡ）作用于Saos-2细胞,研究后者相关基因表达水平的变化。方法：在大肠杆菌中表达重组人pro-EMAPⅡ,并纯化获得目的蛋白;利用基因芯片技术研究重组人pro-EMAPⅡ对Saos-2细胞基因的表达调控。结果：获得重组人pro-EMAPⅡ;基因表达芯片分析表明,重组人pro-EMAPⅡ作用于Saos-2细胞后,后者有39个基因表达上调,29个基因表达下调,在这68个基因中有12个差异基因参与多个信号通路。结论：重组人pro-EMAPⅡ作用于Saos-2细胞,使其多个基因表达水平发生改变,有助于揭示pro-EMAPⅡ的调控机制及信号通路。     

基因芯片技术研究柽柳NaHCO3胁迫下基因的表达

运用基因芯片技术研究了NaHCO3胁迫下柽柳(Tamarix androssowii)基因的表达.将Cy5和Cy3两种荧光染料分别标记在NaHCO3处理和对照的柽柳cDNA上,将两种荧光探针混合,与载有柽柳基因的高密度芯片进行杂交并用芯片扫描系统进行扫描,通过Cy5与Cy3信号强度比值的计算研究基因的差异表达.共获得了89个差异表达的基因,其中,27个下调表达,62个上调表达.BlastX分析表明这些基因按功能可以分为光合作用、活性氧清除、渗透调节、信号传导与表达调控、代谢、发育相关、核糖体蛋白、蛋白质的分解与再生、转运类蛋白、水通道蛋白等几大类别.同时,发现了一些与盐胁迫相关的功能未知基因或未有任何功能信息的基因,这些基因可能在柽柳抗盐过程中具有重要作用.揭示了柽柳的抗盐胁迫涉及的几种重要途径,并获得了NaHCO3胁迫前后柽柳基因表达谱.