基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统

随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储、查询、分析具有重要的应用价值。本课题组通过集成一系列软件和工具包,并结合自主研发的其他功能,在底层维护的2个关键的参考数据集基础上另外追加了翻译注释信息最佳匹配的精细化筛选规则,构建具有流感病毒基因组信息存储、自动化翻译、蛋白序列精准注释、同源序列比对和进化树分析等功能的自动化系统。结果显示,通过Web端输入fasta格式的流感病毒基因序列,本系统可针对参考序列片段数据集(blastdb.fasta)进行Blast同源性检索,可以鉴定流感病毒的型别(A、B或C)、亚型和基因片段(1~8片段);在此基础上,通过查询数据库底层用于翻译、注释的基因片段参考数据集,可以获得一组肽段数据集,然后通过循环调用ProSplign软件对其进行预测。结合精细化的筛选准入规则,选出与输入序列匹配最好的翻译后产物,作为该输入序列的预测蛋白,输出为gbk,asn和fasta等通用格式的文件,给出序列长度、是否全长、病毒型别、亚型、片段等信息。基于以上工作,另外自主研发了系统其他的附加功能如进化树分析展示、基因组数据存储等功能,构建成基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统。本研究提示,系统高度集成系列软件以及自有的注释翻译数据库文件,实现从序列存储、翻译、注释到序列分析和展示的功能,可全面满足我国高通量基因检测数据共享化、本土化、一体化、自动化的需求。     

两步串联层析法纯化抗TNF-α单克隆抗体北大核心CSCD

旨在建立从重组CHO细胞发酵培养液中纯化抗TNF-α单克隆抗体的两步串联层析法。将含有抗TNF-α单克隆抗体的料液经两次离心、一步过滤的预处理后,用protein A填料捕获,阳离子填料Sourec30精细纯化。精细纯化过程中利用Do E的方法,采用CCF(Central composite face)设计,探讨了洗脱p H值及盐浓度对纯化的影响。纯化后的抗TNF-α单克隆抗体经HPLC以及毛细管电泳,检测其浓度、纯度以及多聚体含量。结果显示,亲和层析的最佳洗脱条件为p H4.0。通过DOE优化,为达到质量目标(回收率90%以上,纯度97%以上,多聚体0.3%),筛选出最佳洗脱范围为0.05-0.13 mol/L Na Cl以及p H5.7-6.0,选定p H6.0与0.10mol/L Na Cl作为Source洗脱条件,此时回收率94.3%,纯度97.3%,多聚体0.3%,其质量与参比制剂接近。     

围产期干细胞库质量管理体系构建

围产期干细胞库质量管理体系（QMS）建设是保障干细胞产品和服务健康发展的基础工作。本文比较分析美国输血协会（AABB）、细胞疗法认证基金会（FACT）和ISO 9001的标准的架构、内容和侧重点,重点论述围产期干细胞库QMS构建的方法、步骤和参考模式。参照权威机构标准建立和运行QMS,能够保障我国围产期干细胞库标准化、规范化和科学化的建设和管理,提升我国干细胞库能力和信任水平。良好的QMS进一步促进干细胞与精准医疗战略性新兴产业升级,为建设健康中国提供动力。     

火针联合外用5%米诺地尔酊对肝肾不足型斑秃患者外周血Th17细胞、Treg细胞和心理状态的影响

摘要 目的：观察火针联合外用5%米诺地尔酊对肝肾不足型斑秃患者外周血辅助性T细胞17（Th17）、调节性T细胞（Treg）和心理状态的影响。方法：选取2019年3月~2021年4月期间我院收治的102例肝肾不足型斑秃患者,按随机数字表法分为对照组和研究组,各为51例。对照组患者接受5%米诺地尔酊外用治疗,研究组患者接受火针联合外用5%米诺地尔酊治疗,治疗3个月后,观察两组疗效,对比两组外周血Th17细胞、Treg细胞占CD4⁺T淋巴细胞比例及相关细胞因子水平、心理状态、斑块面积的变化,记录两组毳毛长出时间、毳毛变黑时间以及治疗期间不良反应情况。结果：与对照组相比,研究组的临床总有效率明显更高（P<0.05）。两组治疗后Th17细胞比例、白介素-6（IL-6）、白介素-23（IL-23）水平较治疗前下降,Treg细胞比例较治疗前升高,且研究组变化程度大于对照组（P<0.05）。两组治疗后斑块面积均缩小,且研究组小于对照组（P<0.05）;研究组的毳毛长出时间、毳毛变黑时间均短于对照组（P<0.05）。两组治疗后焦虑自评量表（SAS）、抑郁自评量表（SDS）评分较治疗前下降,且研究组低于对照组（P<0.05）。两组不良反应发生率比较无统计学差异（P<0.05）。结论：火针联合外用5%米诺地尔酊治疗肝肾不足型斑秃,可有效改善患者临床症状,调节外周血Th17细胞、Treg细胞比例及相关细胞因子水平,有效改善患者焦虑抑郁情绪,安全可靠。     

正常草原兔尾鼠的血象

草原兔尾鼠是一种新开发的实验动物。本文首次报道了在人工驯养和繁殖条件下，测定了１１９只该鼠正常血象值及血细胞大小。血象结果，性别间、不同采血时间亦无显著性差异；不同年龄组，仅血小板值有显著性差异，高年龄组稍有增加。     

MiR-27靶基因的分析及鉴定

MicroRNAs(miRNAs)是一类约20～25nt的小分子核苷酸,在细胞内的多种生物学过程,如细胞增殖、凋亡、生长、分化和代谢等过程中具有重要的功能。已知miR-27在脂肪细胞和肌肉细胞的发育过程中起了重要作用,其在神经细胞中的表达调节至今仍不清楚。在本研究中,通过miRBase和TargetScan数据库分析了miR-27的靶基因,构建了miR-27的真核表达载体,改造了萤火虫荧光素酶和海肾荧光素酶报告载体,将miR-27的靶基因Bmi1的3′-UTR融合到报告载体中,转染神经胶质瘤细胞,利用双荧光素酶检测系统分析荧光素酶的活性。研究发现miR-27a和miR-27b共同的靶基因主要调节发育过程。MiR-27真核表达载体能产生成熟态的miR-27。MiR-27a、miR-27b或miR-27a和miR-27b联合与Bmi1的3′-UTR的正义序列共转染U343细胞能明显降低萤火虫荧光素酶的活性(分别P0.05,P0.05,P0.01),这提示了Bmi1可能为miR-27的靶基因。     

槲皮素对结肠癌细胞生长的影响

通过MTT试验观察槲皮素对结肠癌细胞系RKO生长的影响;通过流式细胞仪技术观察槲皮素对细胞周期和细胞凋亡的影响;采用RT-PCR和western印迹技术,确定槲皮素对p21、p27和p53表达的影响.MTT法显示槲皮素加药组生长抑制作用明显,且具有剂量依赖性;流式细胞仪分析结果显示,经5μmol/L槲皮素作用后细胞周期明显阻滞在G0/G1期;5、10、20μmol/L3个剂量组的细胞凋亡率分别为23.4%、24.2%、47.9%,而对照组为13.2%;p21和p27的mRNA及蛋白质表达水平上调,促凋亡蛋白p53表达水平上调.因此,槲皮素对RKO生长有明显的抑制作用,槲皮素可能通过上调p21和p27表达使RKO细胞周期阻滞于G0/G1期,可能通过上调促凋亡蛋白p53表达诱导RKO细胞发生凋亡.     

缺失数据下蛋白质多结构叠加的迭代方法

蛋白质三维结构叠加面临的主要问题是,参与叠加的目标蛋白质的氨基酸残基存在某些缺失,但是多结构叠加方法却大多数需要完整的氨基酸序列,而目前通用的方法是直接删去缺失的氨基酸序列,导致叠加结果不准确。由于同源蛋白质间结构的相似性,因此,一个蛋白质结构中缺失的某个区域,可能存在于另一个同源蛋白质结构中。基于此,本文提出一种新的、简单、有效的缺失数据下的蛋白质结构叠加方法（ITEMDM）。该方法采用缺失数据的迭代思想计算蛋白质的结构叠加,采用优化的最小二乘算法结合矩阵SVD分解方法,求旋转矩阵和平移向量。用该方法成功叠加了细胞色素C家族的蛋白质和标准Fischer’s 数据库的蛋白质（67对蛋白质）,并且与其他方法进行了比较。数值实验表明,本算法有如下优点：①与THESEUS算法相比较,运行时间快,迭代次数少;②与PSSM算法相比较,结果准确,运算时间少。结果表明,该方法可以更好地叠加缺失数据的蛋白质三维结构。     

遗传性先天无虹膜患者的PAX6基因新突变(c.1286delC)

摘要: 为了研究遗传性先天无虹膜(Hereditary congenital aniridia)患者发病的分子遗传学机制, 采用PCR扩增PAX6基因编码区的11个外显子(exon 4-13)及外显子和内含子相连接的区域、PCR产物直接测序的方法对1个遗传性先天无虹膜家系的所有成员进行了遗传突变分析。结果表明, 在家系中两个患者的PAX6基因exon 11均存在c. 1286delC新突变。此单个碱基的缺失造成了移码突变, 导致肽链自309位氨基酸开始产生一段含55个氨基酸的异常肽段, 并产生提前终止密码子(Premature termination codon, PTC), 使PAX6蛋白羧基端的59个氨基酸缺失。另外, 通过PCR-RFLP分析的方法对家系中所有正常成员和50名中国汉族健康对照个体基因组DNA进行分析均未检测到该突变。     

中国人类遗传资源共享利用的标准化研究

中国人类遗传资源平台是国家自然资源科技共享平台的一部分。为规范我国人类遗传资源的收集、整理、整合、保存及共享利用, 在我国相关法律法规的支持下, 作者参照国内外资源整合成功的经验, 对我国人类遗传资源的整理整合及共享利用的标准化进行了研究, 文中简要报道人类遗传资源整理整合、数据库建设及共享利用的标准化研究结果。