利用改良CTAB法快速小量提取微胚乳玉米基因组DNA

为了能快速小量提取微胚乳玉米基因组DNA,以微胚乳玉米幼叶为试材,采用改良CTAB法和传统CTAB法提取微胚乳玉米基因组DNA,并对所提取的DNA通过紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增等方法进行检测。两种方法所得基因组DNA的OD260/OD280在1.8~1.9之间,电泳条带清晰,无蛋白质和RNA污染,DNA无明显降解,其浓度和纯度都适合基因工程实验操作的条件。改良CTAB法与传统CTAB法相比更简便快捷,可实现大批量的不同样本基因组DNA的同时提取,提供了一种简便、快捷、有效和实用的微量提取微胚乳玉米基因组DNA方法,可满足以PCR为基础的分子生物学研究。     

蹄盖蕨科DNA的提取和几种因素对RAPD分析的影响

以黑龙江省牡丹江市4种蹄盖蕨科植物为材料,对其DNA提取及RAPD分析进行了研究,分别测试了模板浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、Mg²⁺浓度、dN TP浓度,确定适合蕨类植物DNA提取和RAPD分析的较理想的扩增条件,为RAPD分析应用于蹄盖蕨科遗传多样性研究打下良好基础。     

改良Chelex-100法快速提取转基因农产品DNA

旨在建立一种从转基因农产品中快速提取DNA的方法.分别采用改良Chelex-100法和常规CTAB法提取转基因大豆GTS40-3-2基因组DNA,测其浓度和纯度,PCR扩增其内源基因(Lectin)、启动子(CaMV35S)和品系特异性序列,对两种方法进行比较和评价,并研究两种方法提取的DNA在-20℃下保存一个月内的检测效果,以及改良Chelex-100法在玉米、小麦和水稻等其他转基因农产品的应用效果.结果表明,改良Chelex-100法能够快速在1.5h之内从样品中提取DNA,所提取的DNA直接用于PCR扩增反应,产物电泳条带清晰明亮.两种方法提取的DNA在-20℃下保存一个月内的检测效果未见明显差别.该方法在玉米、小麦和水稻等转基因农产品的应用效果稳定.因此,改良Chelex-100法提取的DNA可以作为PCR扩增模板用于转基因农产品检测.该方法具有经济、简便、快速、安全的特点,适合转基因农产品大规模筛选和鉴别.     

烟粉虱全基因组DNA四种提取方法的比较

获得大量、高质量的全基因组DNA是在DNA水平上研究许多生物的分子机制的基本前提。微小昆虫由于其体型微小,单头提取DNA浓度低,无法满足部分试验所需。为寻找一种方便、快捷、高效的全基因组提取方法,参考国内外单头微小昆虫基因组DNA提取常用方法,以烟粉虱为研究材料,选取醋酸钾(KAc)法、盐析法、氯仿-异戊醇法和苯酚提取法四种方法进行多头烟粉虱的全基因组DNA提取。通过微量核酸蛋白分析仪、基因组DNA直接琼脂糖凝胶电泳、甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)引物扩增产物的琼脂糖凝胶电泳对DNA样品进行检测,比较提取DNA的产量、质量,并综合分析各提取方法所需时间及所用试剂的毒性大小。结果表明,盐析法提取的DNA平均浓度为521 ng/μL,纯度能满足分子检测要求,用MSAP引物能得到较好的扩增结果,相比其它方法,盐析法更简便、快速且无毒。因此盐析法是多头烟粉虱全基因组DNA提取的最佳方法。     

宽叶缬草DNA的提取及正交优化RAPD反应体系

[目的]确定适合宽叶缬草RAPD分析的DNA提取方法以及建立最佳RAPD反应体系。[方法]比较宽叶缬草基因组DNA的两种提取方法(经典CTAB法、试剂盒法);采用正交设计L16(45),针对Taq DNA聚合酶浓度,d NTP浓度,Mg2+浓度,引物浓度,DNA模板浓度进行RAPD扩增,确立最佳RAPD反应体系。[结果]综合比较,试剂盒法较适合宽叶缬草基因组DNA提取;25μl最适宽叶缬草RAPD反应体系为:2.0 U Taq DNA聚合酶、0.4 mmol/L d NTP、4.0 mmol/L Mg2+、4.0μmol/L随机引物、60 ng模板DNA、2.5μl 10×buffer。[结论]试剂盒DNA提取法和正交优化的反应体系适用于宽叶缬草的RAPD分析,为进一步研究黔产宽叶缬草药材遗传多样性奠定了基础。     

5种常见植物DNA提取效率的比较

以小麦、玉米、甘蓝、花生、菠菜的幼嫩叶片为实验材料,采用高盐低pH值法、SDS法和CTAB法3种不同的DNA提取方法,提取其总DNA,用琼脂糖凝胶电泳检测和紫外分光光度法对所得DNA进行比较分析.结果表明:玉米和菠菜采用SDS法提取基因组DNA效果明显优于CTAB和高盐低pH法.CTAB法对高脂肪花生的DNA提取,所得浓度较高.而高盐低pH值法建议减少使用.     

利用CTAB法和子囊孢子破壁法提取冬虫夏草菌DNA

通过CTAB法从冬虫夏草菌株和天然冬虫夏草不同部位提取DNA,并用PCR扩增进行验证,证明了CTAB法适合从冬虫夏草子座、菌核和冬虫夏草菌培养物中提取DNA。首次报道1种将子囊孢子破壁直接进行PCR扩增的方法,并比较了该方法和CTAB法在提取冬虫夏草DNA方面的差异。2种方法获得的DNA用于PCR扩增均能得到较好的结果。     

磁珠法快速提取基因组DNA的实验研究

针对临床标本基因组DNA的提取方法缺乏广泛适用性,提取步骤繁琐,需要进行离心操作,并且提取过程中会用到苯酚、氯仿等有机试剂,会对操作人员有一定的危害性等不足,本研究拟建立一种适用于临床标本的基因组DNA快速提取方法。在传统的基因组DNA提取试剂和方法的基础上,本研究采用二氧化硅修饰的超顺磁珠设计了一种基因组DNA快速提取方法;探讨磁珠用量、裂解液p H、盐酸胍浓度等因素对基因组DNA提取效率的影响并采用凝胶电泳实验进行验证。当磁珠用量在50~100μg/100 mg样品,裂解液p H约为6,盐酸胍的浓度为6 mol/L时基因组DNA提取效果好、效率高,且磁珠的用量与吸附表面积成正比,但达到一定用量后不会增加提取量,对于100 mg肺组织,适宜的磁珠用量为80μg。此基因组DNA提取方法高效省时,简便快捷,性价比高,适用临床大量样本基因组DNA提取。     

粉蚧标本保存与DNA提取方法的比较

【目的】探讨适合粉蚧的标本保存及DNA提取方法。【方法】采用改良CTAB法、改良SDS法、Gen Mag Bio动物细胞组织/细胞基因组磁珠法以及Gene JET Genomic DNA纯化试剂盒法4种方法分别对新鲜活体4℃、无水乙醇﹣20℃和无水乙醇4℃3种保存方式且保存一年以上的扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis成虫进行DNA提取,并对不同提取方法所获取的DNA纯度与质量浓度进行分析比较验证。【结果】3种保存方式中,新鲜活体效果最好,其次为无水乙醇-20℃。无水乙醇4℃效果和无水乙醇﹣20℃无明显区别,均存在一定程度的降解。对于新鲜活体标本,以CTAB法提取的DNA质量最高,其次为Gen Mag Bio磁珠法和SDS法,Gene JET试剂盒法最差;对于无水乙醇﹣20℃和4℃保存时间较长的标本,磁珠法提取的DNA质量明显优于其余3种方法。【结论】无水乙醇﹣20℃可用于粉蚧长期保存,可满足后续分子研究需要;改良CTAB法对新鲜粉蚧成虫DNA提取效果较好,磁珠法对长时间保存DNA存在一定程度降解的粉蚧成虫效果较好。     

4种黑曲霉基因组DNA提取方法的比较

目的:筛选适合提取曲霉DNA的方法.方法:比较2个菌落培养时间段(3d内和10d左右)提取DNA质量的差异;运用氯化苄法、石英砂+CTAB法、Biospin法和微波法分别提取黑曲霉基因组DNA,然后用直接电泳、浓度测定、PCR扩增等方法比较所提DNA的浓度和质量.结果:培养3d内的菌落提取的DNA纯度较高,无需纯化即可用于后续实验;4种方法制备的DNA均可用于PCR等后续实验,其中以石英砂+CTAB法提取的DNA纯度好,产率最高.结论石英砂+CTAB法是一种适用于曲霉DNA提取的简便方法.     

A modified mini-prep method for economical and rapid extraction of genomic DNA in plants

Molecular markers for map-based cloning, marker-assisted selection in crop breeding, and genetic studies require DNA isolation from a large number of plants in a short span of time. Here we describe a modified DNA extraction method that is economical in terms of cost, time and labour. The method allows DNA extraction from as little as 0.2–0.3 g of leaves that are homogenized in zipper plastic bags, followed by DNA isolation in 1.5-mL Eppendorf tubes. By using the modified method, a DNA yield of 700–800 μg/300 mg leaf tissue was obtained from cotton and wheat samples. The quality of the DNA was quite suitable for PCR-based markers.     

工业化废水处理反应器污泥总DNA提取方法

根据工业化废水处理反应器污泥特性,对常规的溶菌酶-SDS-酚/氯仿环境样品总DNA提取方法进行改进,增强样品预处理,强化细胞裂解,提高杂质去除效率,获得了一种工业化污泥总DNA提取的通用方法,并采用该方法对石家庄若干实际运行的工业化厌氧、好氧反应器的污泥样品进行了总DNA提取研究.结果表明,该方法对所选污泥样品均有效,具有普适性.提取的污泥总DNA杂质含量少,纯度高,A260/A280在1.8左右;提取效率较高.总DNA产率都在0.7 mg/g以上,最大产率可达0.85 mg/g.所提取的污泥总DNA可以直接作为模板进行PCR反应,PCR产物直接进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),能够得到较好的DGGE谱图,表明该方法提取的污泥总DNA样品可满足后续分析研究的要求.     

一种快速高效提取病原真菌DNA作为PCR模板的方法

真菌rDNA-ITS序列分析适合于较高等级水平的生物群体间的系统分析。真菌DNA的提取采用传统的方法,步骤繁琐,需要较长时间。采用Chelex-100法提取真菌DNA,使用PCR扩增rDNA-ITS序列评价提取核酸的质量。结果显示,该方法具有经济、简便、快速、高效的特点,是一种比较理想的提取真菌基因组DNA作为PCR模板的方法。     

鳞翅目成虫乙醇保存标本基因组DNA的提取及在微卫星研究中的应用

高质量的基因组DNA样品是分子生态学研究的先决条件。本研究目的在于探索从东方粘虫Pseudaletia separata (Walker)成虫自然种群的乙醇保存标本中分离高质量基因组DNA的有效方案。在2 mL微型离心管中进行4种提取方案的实验比较,结果发现采用传统的苯酚抽提方法的2种方案提取腹部中段组织的基因组DNA,样品合格率只有7.69%~40%。但是,如果在苯酚抽提以前加入高浓度盐和十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）,就会使DNA样品合格率达到68.42%~95.28%,而且DNA平均产量达到5.59~10.04 mg/g,明显高于前者的2.83~5.78 mg/g （统计检验表明,在不同种群中差异显著或不显著）。研究结果还证明腹部组织比胸部组织更适宜提取DNA。对来自一个自然种群的99头东方粘虫DNA合格样品的统计分析表明,DNA提取总量（μg）与组织样品用量（mg）之间存在弱的正相关关系,平均DNA提取量（mg/g）与组织样品用量（mg）之间存在中度负相关关系。总之,在2 mL微型离心管中,用10~20 mg腹部组织,利用CTAB+苯酚抽提方法可以获得高纯度和高含量的基因组DNA样品。用该方案提取的基因组DNA能够顺利地进行微卫星位点的分离和基因分型。     

从土壤中提取DNA用于PCR扩增

设计、比较了5种直接从土壤中提取DNA的方法。实验结果表明这5种方法都可以从土壤中提取到长度大于15kb的DNA片段,但在不同方法间DNA的产量存在很大差异;初提的土壤DNA经进一步提纯后均可用于PCR反应,利用细菌16S rRNA基因和抗菌肽Shiva-1基因的引物都得到了相应的目的产物。其中方法5提取DNA产量最高,无明显降解,且重复性好,是一种从小量土壤样品中直接提取DNA的理想方法。     

Efficiency of DNA extraction methods on the evaluation of soil microeukaryotic diversity

The evaluation of microbial molecular diversity has been mainly based on the extraction of total DNA from environmental samples. The indirect extraction methods, which have been used for prokaryotes, have never been used to recover soil microeukaryotic DNA. We evaluated the efficiency of an improved indirect DNA extraction protocol developed herein and the direct lysis (the sodium dodecyl sulfate (SDS)-based method and commercial DNA extraction kit) on estimating the molecular diversity of soil microbial eukaryotes. DNA quality and quantity as well as denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) profiles were determined using three soil samples from different stations. The indirect method detected the highest DGGE bands in spite of the low DNA yield. The commercial kit detected a lower number of DGGE bands than the indirect method. The SDS-based method produced the lowest DGGE bands and DNA purity but the highest yield. Using the indirect method, we further evaluated the effect of freezing and air-dried preservations on estimating the microeukaryotic diversity. In spite of the low DNA yield obtained from the air-dried preservation, no significant differences were found in either the number of DGGE bands or the DNA purity between two manners. Our results indicate that the improved indirect method could obtain a high purity of intracellular DNA and high efficiency in the estimation of molecular diversity of soil microbial eukaryotes.     

一种快速、简单的琼脂糖凝胶DNA片段分离法

该方法利用Ｎａｌ溶解凝胶,硅胶颗粒吸附ＤＮＡ片段便之分离。有快速、不影响后续酶反应、高回收率等特点,可用于基因工程中酶切片段、ＰＣＲ产物的分离纯化。     

红豆杉属植物三种不同总DNA提取方法的分析比较

红豆杉属植物均为濒危物种,也是国家一级保护植物.以红豆杉属植物叶片为材料,利用三种不同的DNA提取方法提取总DNA,用分光光度计和琼脂糖凝胶电泳方法检测所得总DNA的得率和纯度,用PCR扩增的方法检测所得总DNA的质量,并对三种不同提取方法的结果进行了比较分析.结果表明:CTAB法提取的DNA纯度和得率均较高,可直接用...     

Semi-automated extraction of microbial DNA from feces for qPCR and phylogenetic microarray analysis

The human gastrointestinal tract (GI-tract) harbors a complex microbial ecosystem, largely composed of so far uncultured species, which can be detected only by using techniques such as PCR and by different hybridization techniques including phylogenetic microarrays. Manual DNA extraction from feces is laborious and is one of the bottlenecks holding up the application of microarray and other DNA-based techniques in large cohort studies. In order to enhance the DNA extraction step we combined mechanical disruption of microbial cells by repeated bead-beating (RBB) with two automated DNA extraction methods, KingFisher with InviMag Stool DNA kit (KF) and NucliSENS easyMAG (NeM). The semi-automated DNA extraction methods, RBB combined with either KF or NeM, were compared to the manual extraction method currently considered the most suited method for fecal DNA extraction by assessing the yield of 16S rRNA gene copies by qPCR and total microbiota composition by the HITChip, a phylogenetic microarray. Parallel DNA extractions from infant fecal samples by using the three methods showed that the KF and manual methods gave comparable yields of 16S rRNA gene copies as assessed by qPCR, whereas NeM showed a significantly lower yield. All three methods showed highly similar microbiota profiles in HITChip. Both KF and NeM were found to be suitable methods for DNA extraction from fecal samples after the mechanical disruption of microbial cells by bead-beating. The semi-automated methods could be performed in half of the time required for the manual protocol, while being comparable to the manual method in terms of reagent costs.     

高温环境样品总DNA直接和间接提取方法的比较

分别采用两种环境总DNA直接提取法和一种间接提取法从6种温泉菌席样品中提取总DNA,以DNA粗产物的纯度、能否用于后续PCR扩增及PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)所反映的微生物多样性为评价指标对两类方法进行比较和评价。研究发现,虽然间接提取法效率低下,但对于高温极端环境中生物量较小的样品,间接法能得到有研究价值的、纯度较高的环境样品总DNA,而直接法得到的DNA量小且不适于PCR扩增操作。在使用这2类方法都能得到可用于研究操作的DNA的情况下,间接提取法能更好的体现环境样品中微生物的多样性。