直系同源基因的识别方法与数据库

直系同源(orthology)是指由于物种形成事件而享有共同祖先的基因之间的关系,直系同源基因之间通常具有相似的结构和生物学功能.由于基因组和转录组序列的快速积累,精确的识别直系同源基因有助于功能基因的注释,比较和进化基因组学研究.综述了现有的识别直系同源基因的主要方法,并列举了由此构建的数据库.这些方法可以归纳为三大类,第一类是基于序列相似性的方法,具有识别速度快以及灵敏度高等优点;第二类是基于构建系统发育树的方法,具有准确性高和信息量大等优点;第三类是将上述两种方法结合起来的混合方法,更好地平衡了灵敏性和准确性.最后总结了识别过程所面临的问题.     

精恶唑禾草灵对不同品种柴胡茎秆力学特性的影响

为应用茎秆生物力学性质指标研究不同剂量除草剂对柴胡安全性的影响,以南柴胡和北柴胡茎秆为试验材料,精恶唑禾草灵为试验除草剂,分别在拔节期和开花期利用非金属材料万能试验机对茎秆基部第2节间的最大荷载、应力、应变、弹性模量、拉伸强度、剪切强度等力学指标进行测定和统计分析.结果表明:北柴胡的茎杆直径、最大荷载、抗拉强度等均高于南柴胡,最大荷载高了约13%,抗拉强度与茎杆直径呈线性相关关系(R=0.9194);南柴胡和北柴胡拔节期的茎杆拉伸强度和剪切强度均高于开花期;柴胡茎经中低剂量(0-1500ml/hm~2)的精恶唑禾草灵处理后,其抗拉强度和剪切强度无明显变化,但高剂量(3000ml/hm~2)的精恶唑禾草灵施用后显著降低了柴胡茎杆的抗拉强度和剪切强度,会直接导致柴胡抗倒伏能力降低,造成柴胡产量和品质下降.该结果可为柴胡田除草剂的安全施用及药材机械化收割技术的研发提供参考依据.     

应用DNA复合条形码技术研究秦岭水生动物多样性

基于新一代测序技术的DNA复合条形码技术,以其简便快捷和省时省力的特点,已经成为监测生物多样性的主要方法。采用这一技术,选取COⅠ和18S rRNA两个条形码标记,对秦岭5个淡水水域内,不同生境下10个样品的水生动物多样性进行了初步调查。区系组成结果显示:18S rRNA基因鉴定了9门42纲52目,COⅠ基因鉴定了5门11纲36目,而两个条形码标记共鉴定了10门48纲89目。群落组成分析结果显示:COⅠ分析得到样本中含量相对较高的类群是双翅目、毛翅目、基眼目、鞘翅目、蜉蝣目等;而18S rRNA分析得到样本中主要有节肢动物门、软体动物门和扁形动物门三个大门。此外,两者的分析结果也表明所选样地下游的类群数要高于上游。α多样性分析结果显示:金龙峡、沣峪口和石砭峪3个受人类影响较大样地的群落丰富度和群落多样性相对较高,而五台山和子午峪两个自然样地的物种丰富度和群落多样性相对较低,表明一定程度的外来干扰会对一个地方的水生生物多样性有明显的提高。β多样性分析结果显示,不同环境因素下样品的群落结构差异性较大,而相似环境因素下样品的群落结构差异性则相对较小。此外,在聚类分析时,环境相似性较高的样品首先聚集在一起,而且群落相似性也相对较高。     

非酒精性脂肪性肝病与代谢综合征组分的相关性研究进展

非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)在全世界人群中发病率逐年上升,成为新的全球公共健康问题,已越来越引起临床关注。其发病以胰岛素抵抗为基础,与肥胖、血脂紊乱、原发性高血压、2型糖尿病等代谢综合征各组分密切相关。NAFLD可进展至肝硬化、肝衰竭甚至肝癌,伴有代谢综合征一种或多种组分可能加速疾病的进展。NAFLD初期是一种可逆性过程,充分了解影响其发生、发展的相关代谢危险因素并及时纠正,可能导致疾病的逆转或延缓其进程。本文就NAFLD与代谢综合征各组分的相关调查研究进行综述。     

铜绿假单胞菌生物被膜与宿主免疫的关系

铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,P.aeruginosa)是一种常见的革兰阴性条件致病菌,能引起严重的院内感染,可从支气管扩张、肺囊性纤维化(CF)等患者体内分离。机体免疫系统可以通过识别不同的病原体相关分子模式(PAMPs)来抵御P.aeruginosa的感染,但P.aeruginosa生物被膜(BF)的形成可以导致这些成分被遮蔽从而引起免疫逃逸,导致疾病的迁延难愈。BF是一种与游离细菌相对立的生活方式,能帮助细菌有效适应外部环境,其可以通过藻酸盐的屏障作用,抵抗吞噬细胞的吞噬,干扰多核白细胞(PMNs)的激活,从而逃避宿主免疫。研究P.aeruginosa-BF的免疫逃逸机制,发现有效清除P.aeruginosa-BF的方法,从而为临床治疗P.aeruginosa引起的感染性疾病提供科学依据。现以P.aeruginosa为例对近年来国内外BF的免疫逃逸机制的研究进展进行综述。     

SPINK3促进体外培养的原代大鼠肝细胞增殖北大核心CSCD

肝病是威胁人类健康的主要疾病之一,而肝具有强大的再生能力,因此开发肝再生的药物靶标对肝病防治具有重大意义。本室前期采用大鼠全基因组芯片检测发现,丝氨酸蛋白酶抑制剂Kazal型Ⅲ(serine protease inhibitor Kazal typeⅢ,SPINK3)在大鼠肝再生中表达显著改变。研究表明,SPINK3是一类结构与表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)相似的生长因子,能够与表皮生长因子受体(EGFR)结合促进细胞增殖。本文通过基因过表达和干涉的方法处理原代大鼠肝细胞,通过CCK8法、Ki67免疫荧光法、PI单染法和Annexin V/PI双染法检测SPINK3表达变化对原代大鼠肝细胞活力、增殖、周期和凋亡的影响。结果显示SPINK3过表达时能够显著提高原代大鼠肝细胞的细胞活力,促进其细胞周期和增殖,并抑制其细胞凋亡,而干涉SPINK3表达则显著降低原代大鼠肝细胞的细胞活力,抑制其细胞周期和增殖,并促进其细胞凋亡。以上结果表明,SPINK3能够促进体外培养的原代大鼠肝细胞的增殖,并抑制其凋亡。     

果胶酶生产及工业应用进展

果胶酶是水解酶家族成员,也是生物技术领域的重要酶,其在全球工业酶市场中所占份额约为25%。果胶酶在工业生产中应用广泛,如植物纤维的脱胶、茶和咖啡的发酵、废水处理、纸浆漂白和动物饲料生产等。在果胶酶的天然来源中,由于微生物具有独特的理化性质,最常被用以生产果胶酶。然而,与许多其他工业酶一样,果胶酶也存在野生菌株产量低、工业生产率低等制约因素,因此,目前果胶酶的研究重点主要集中在如何提高工业规模的生产水平。主要介绍了果胶酶的天然来源,以及在这些来源的基础上通过基因工程改造以获得果胶酶高效表达的最新策略,并概括总结了果胶酶发酵工艺和工业应用,以期为生产具有高活性的果胶酶,提高工业生产的效益奠定理论基础。     

公园绿地可达性的客观影响因素

公园绿地可达性是衡量城市现代化发展水平、和谐人地关系的一个重要指标.了解公园绿地可达性客观影响因素及作用程度,对有效提高公园绿地可达性、充分发挥公园绿地的服务功能、促进城市健康发展具有重要意义.本文基于ArcGIS 9.3软件平台,运用网络分析法评价了沈阳市三环以内公园绿地服务面积及其服务效率,并分析了公园绿地服务面积及其服务效率随公园绿地面积、公园绿地形状、路网密度的变化规律.结果表明: 公园绿地面积与其服务面积呈显著正相关,与其服务效率呈显著负相关;公园绿地形状与其服务面积及服务效率呈显著正相关;路网密度与公园绿地服务面积呈显著负相关,与其服务效率没有显著相关关系;3个影响因子中,对公园绿地服务面积的影响程度依次为:公园绿地面积>路网密度>公园绿地形状,对公园绿地服务效率的影响程度依次为:公园绿地面积>公园绿地形状>路网密度;公园绿地面积是其服务面积及服务效率的最重要影响因子.     

引导式教学在医学微生物学教学中的经验

改变医学微生物学传统的教学方法,探索培养医学院学生的问题意识和创新精神的途径和方法。把基于问题的学习（PBL）和基于案例的学习（CBS）的引导式教学方法相结合,精心设计引导式教学内容,釆用以问题为中心的课堂教学方法,以培养学生提高分析问题和解决问题的能力为中心进行教学改革。引导式教学方法可激发学生的学习兴趣,启发学生的多向思维能力,取得了良好的教学效果,是提高医学微生物教学效果的重要途径。     

除臭生物滤池稳定运行期的微生物生态 DNA指纹研究

采用 DNA 指纹方法研究除臭生物滤池稳定运行期的微生物种群的动态变化, 通过扩增不同阶段的细菌 16SrRNA 基因的 V3 可变区 , 结合变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析除臭生物滤池的生物种群的结构变化, 并回收主要的 DNA 片段, 采用 PCR 测序, 并与 NCBI 进行比对。结果表明 , 不同阶段的除臭生物滤池, 微生物的多样性及其丰度存在较大差别 , DNA 指纹图谱存在明显差异 , 同时在滤池的不同层次上也表现出明显的空间多样性, 序列比对显示硫氧化细菌在除臭系统稳定运行期占有优势地位。这些研究为更好的处理恶臭气体提供可靠的科学依据, 同时也为生物除臭的应用提供一定的理论基础。