基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测

随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的基础,选取了绝对密码子使用频率(FCU)作为序列特征,主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息,支持向量机利用这些信息进行水平转移基因分析和预测,可以提高预测的准确性.另外,提出了基于分链的水平转移基因预测新方法,即将细菌基因组前导链和滞后链上的基因区别对待,分别进行水平转移基因预测.结果显示,基本预测方法要优于目前预测结果最好的Tsirigos等提出的基于八联核苷酸频率的打分算法,命中率的相对提高率最高达31.47%,而基于分链的方法对水平转移基因的预测取得了更好的结果.     

两种侵袭宿主方式的优势种马胃蝇飞行能力研究

为了解两种不同侵染宿主方式马胃蝇的飞行行为,本研究利用飞行磨系统测定了黑腹胃蝇Gasterophilus pecorum（以牧草为产卵载体）和肠胃蝇G. intestinalis（以宿主体毛为产卵载体）的飞行能力。结果表明:（1）肠胃蝇总飞行时间和距离均显著高于黑腹胃蝇,分别为后者的5.52倍和7.65倍,但平均飞行速度无显著性差异（P>0.05）。（2）黑腹胃蝇雌虫的飞行时间、距离和速度均略高于雄虫,而肠胃蝇雌虫除平均飞行速度外的飞行参数均低于雄虫。（3）肠胃蝇吊飞期间的体重消耗（24.38%）显著高于黑腹胃蝇（14.07%）;黑腹胃蝇雌雄成虫甘油三酯含量均显著下降,但两者差异不显著（P>0.05）。飞行距离差异反映了两种不同侵染宿主方式马胃蝇的飞行能力发生了适应性的变化,而总飞行时间为两种马胃蝇飞行距离差异的主导因素。     

几种中药DNA提取方法的比较研究

以丹参、绞股蓝、三七为材料,分别采取CTAB法和SDS法提取基因组DNA,并通过紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳对所提取的DNA样品进行检测,将它们在DNA产量、质量等方面的优缺点进行总结。结果表明,CTAB法能从丹参、绞股蓝中提取高质量的DNA,而三七的DNA更适合用SDS法提取。     

体外循环血栓非侵入在线电阻抗成像方法

目的 在体外循环系统中,血栓的在线检测和可视化具有重要意义。本文提出了基于电阻抗成像（EIT）的体外循环血栓非侵入在线检测方法。方法 首先通过联合仿真研究了传感器尺寸对成像效果的影响。其次,根据仿真结果设计了直径为20 mm的16铜质电极EIT传感器,搭建了循环流动实验平台,并设计了静态和循环流动实验。使用尺寸为3～6 mm的猪血块代替血栓,将血块置于新鲜猪血样本中,采用Tikhonov正则化算法进行成像。将3 mm和5 mm的血块分别置于循环系统中,重建血块在传感器截面的大小和位置图像,并与高速相机拍摄结果进行对比。结果 仿真结果显示当目标物与传感器面积比（AR）不小于0.01时,传感器直径为20 mm和30 mm对应的图像相关系数（IC）均大于0.06,成像效果较好。静态成像结果显示,相对尺寸覆盖率误差（RCR）小于等于0.1。循环流动实验显示,血块经过传感器时,检测到归一化后的相对电导率变化值分别为80和200,结果显示该方法能够检测到循环系统中的血块。结论 该方法具有实时性和非侵入的优点,有望应用于体外血栓的检测。     

G蛋白偶联受体及其类型的预测

G蛋白偶联受体是非常重要的信号分子受体,其功能失调会导致许多疾病的产生。在前期工作的基础上,作者将序列特征分析与支持向量机技术结合起来,通过分析序列的特征差异,对G蛋白偶联受体分子及其类型进行识别。首次提取了G蛋白偶联受体对应的mRNA序列的绝对密码子使用频率作为特征,这主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息。结果显示：在G蛋白偶联受体序列及其类型预测的问题中,设计支持向量机分类器时,最好选择使用包含基因序列绝对密码子使用频率和蛋白序列双联氨基酸使用频率两部分信息的组合特征作为特征,同时采用径向基核作为核函数。     

北京不同类型人工林中蛾类群落特征

近年来,绿化造林工程在北京市大规模展开,涉及林地生境类型多样.林地昆虫群落组成和多样性特征受林分树种组成、立地条件、管护方式的影响.通过对北京市5种人工林样地中蛾类群落结构、多样性和相似性及其时空动态特征的调查,探讨了蛾类多样性变化对生境类型的生态响应.结果 表明:共获得标本7046头,隶属于25科269种,以夜蛾科(...     

不同结构的蛋白编码基因的密码子偏性研究

利用聚类分析方法,对两类具有不同三级结构的75个蛋白的编码基因的密码子使用偏性进行了分析。75个基因样本序列按照对应蛋白的三级结构被很清晰的分成了两类,从而发现密码子的使用与蛋白质的三级结构有很大的相关性。这一重要结果证实了DNA的一维信息中蕴含着蛋白质的三级结构信息。