| 基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测 |
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| 引用本文： | 吴建盛,谢建明,周 童,翁建洪,孙啸.基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测[J].生物化学与生物物理进展,2007,34(7):724-731. |
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| 作者姓名： | 吴建盛 谢建明 周 童 翁建洪 孙啸 |
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| 作者单位： | 东南大学生物电子学国家重点实验室,南京,210096 |
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| 摘 要： | 随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的基础,选取了绝对密码子使用频率(FCU)作为序列特征,主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息,支持向量机利用这些信息进行水平转移基因分析和预测,可以提高预测的准确性.另外,提出了基于分链的水平转移基因预测新方法,即将细菌基因组前导链和滞后链上的基因区别对待,分别进行水平转移基因预测.结果显示,基本预测方法要优于目前预测结果最好的Tsirigos等提出的基于八联核苷酸频率的打分算法,命中率的相对提高率最高达31.47%,而基于分链的方法对水平转移基因的预测取得了更好的结果.
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| 关 键 词： | 细菌基因组 水平转移基因 支持向量机 绝对密码子使用频率 |
| 收稿时间： | 2006/12/1 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2006-12-01 |
Support Vector Machine for Prediction of Horizontal Gene Transfers in Bacteria Genomes |
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| WU Jian-Sheng,XIE Jian-Ming,ZHOU Tong,WENG Jian-Hong and SUN Xiao.Support Vector Machine for Prediction of Horizontal Gene Transfers in Bacteria Genomes[J].Progress In Biochemistry and Biophysics,2007,34(7):724-731. |
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| Authors: | WU Jian-Sheng XIE Jian-Ming ZHOU Tong WENG Jian-Hong and SUN Xiao |
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| Institution: | State Key Laboratory of Bioelectronics Southeast University, Nanjing 210096, China;State Key Laboratory of Bioelectronics Southeast University, Nanjing 210096, China;State Key Laboratory of Bioelectronics Southeast University, Nanjing 210096, China;State Key Laboratory of Bioelectronics Southeast University, Nanjing 210096, China;State Key Laboratory of Bioelectronics Southeast University, Nanjing 210096, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | bacteria genomes horizontal gene transfer (HGT) support vector machine (SVM) codon use frequency (FCU) |
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