大鼠RVLG cDNA的克隆、原核表达和小鼠抗RVLG蛋白多克隆抗体的制备

为了识别大鼠卵巢中的生殖细胞,在原核系统中表达和纯化RVLG蛋白并制备了多克隆抗体.采用RT-PCR方法从大鼠睾丸组织中扩增获得RVLG cDNA片段,然后克隆到pMD19-T载体上进行测序,经双酶切回收目的基因片段后,将其插入到原核表达载体pGEX-4T-1上,转入大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达.纯化后的GST-RVLG融合蛋白免疫昆明(KM)小鼠,最后给小鼠腹腔注射S180细胞制备抗RVLG腹水多克隆抗体.用Western blotting及免疫组织化学法鉴定RVLG腹水多克隆抗体的特异性,间接ELISA法测定该抗体的效价.序列分析表明,所克隆的RVLG cDNA片段比GenBank中报道的大鼠RVLG cDNA(NM_001077647)多60 bp,原因是由于RVLG的可变剪切方式造成的.本研究成功构建了重组表达质粒pGEX-RVLG,且GST-RVLG融合蛋白在大肠杆菌BL21(DE3)中高效表达,表达的目的蛋白占菌体总蛋白的10%以上.制备的抗体可特异性识别RVLG蛋白,其效价达1:20 000.获得的高效价、高特异性的小鼠抗RVLG蛋白腹水多克隆抗体为下阶段研究RVLG的特异性表达奠定了基础.     

内蒙古地区传统制作奶豆腐和乌日莫中乳酸菌多样性及分布特征

【背景】传统制作奶豆腐和酸性奶油(乌日莫)是内蒙古农牧地区最喜爱的食品,蕴含着十分丰富的乳酸菌资源,亟待开发利用。【目的】通过解析内蒙古农牧地区传统自制奶豆腐和乌日莫样品中乳酸菌多样性及分布特征,为优良菌株选育与利用提供资源和理论基础。【方法】采用稀释涂布法分离纯化乳酸菌,测定菌株16S rRNA基因序列鉴定种属关系,阐明乳酸菌系统发育、遗传分化及菌群结构。【结果】传统自制样品中共分离得到乳酸菌81株,主要归属于乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)、戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)、副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)、食二酸乳杆菌(Lactobacillus diolivorans)、奥塔基乳杆菌(Lactobacillus otakiensis)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、开菲尔乳杆菌(Lactobacillus kefir)、乳酸乳球菌(Lactoc...     

内蒙古典型草原区狭颅田鼠集群数量与被捕食风险的关系

2005年9月15日—30日,在内蒙古锡林郭勒盟西乌珠穆沁旗的典型草原上研究了狭颅田鼠(Microtus gregalis)冬季集群与来自艾虎(Mustela eversmanni)的捕食风险。采用鼠洞口数量作为狭颅田鼠集群大小的指标,分析了艾虎对不同大小狭颅田鼠集群的捕食优先选择偏好。对实验样地内狭颅田鼠的洞群洞口数进行了调查统计(样地内总共涉及102个狭颅田鼠有效洞群),并计数此期间的艾虎粪便堆数以及攻击掘开狭颅田鼠洞群的情况。运用非参数的Mann-Whitney U检验法进行数据分析,结果表明:从艾虎遗留的粪便痕迹来看,没有被艾虎访问过的田鼠洞群与被艾虎访问过的洞群之间差异达到极显著水平;另外,从狭颅田鼠洞口被艾虎掘开的痕迹来分析,没有被艾虎挖掘的洞群与被艾虎挖掘的洞群之间的差异也达到极显著的水平;另外,随着田鼠洞群洞口数量的增加,出现艾虎粪便和掘洞的频次和概率就越高。表明艾虎对狭颅田鼠集群洞口数的选择差异性非常显著,明显倾向于选择在洞口数量多的狭颅田鼠洞群停留,同时也更倾向于掘开洞口数量较高的狭颅田鼠洞群作为捕食对象。     

中国丝盖伞属丝盖伞亚属2个新种及8个新记录种

丝盖伞属Inocybe(Fr.)Fr.是伞菌中一个较大的属,目前国内对丝盖伞属真菌的种类和分布知之甚少。在进行丝盖伞科分类学研究过程中,发现2个新种,分别为长孢土味丝盖伞I.oblonga和拟暗盖丝盖伞I.phaeodiscoides,以及8个新记录种(变种),它们是卷鳞丝盖伞大果变种I.cincinnata var.major、暗毛丝盖伞沼生变种I.lacera var.helobia、暗毛丝盖伞灰鳞变种I.lacera var.rhacodes、突起丝盖伞I.prominens、多疣丝盖伞I.decemgibbosa、拟纤维丝盖伞I.fibrosoides、荫生丝盖伞橙色变型I.umbratica f.aurantiaca和接骨木丝盖伞I.sambucina。根据材料对新种和新记录种进行了详细描述,并提供了每个种的线条图。     

1982—2015年气候变化和人类活动对内蒙古草地净初级生产力的影响

研究1982—2015年气候变化和人类活动对内蒙古草地净初级生产力(NPP)的影响。结果表明: 1982—1998年和1999—2015年2个时期,内蒙古草地实际NPP(ANPP)增长速率分别为1.08和1.36 g C·m^-2·a^-1,草地以恢复为主,2个时期草地恢复面积分别占研究区总面积的81.6%和76.3%;草地退化面积有增加趋势,且气候变化和人类活动对不同类型草地的影响不同。2个时期气候变化对草地恢复贡献率分别为79.3%和94.1%,气候变化是草地恢复的主要因素,其中,ANPP与降水呈显著正相关,而与温度的相关性不显著,表明降水是影响草地恢复的主要气候因子。2个时期人类活动对草地退化的贡献率分别为83.3%和87.8%,说明人类活动是导致草地退化的主要原因。气候变化对内蒙古草地恢复起主导作用,而人类活动诸如放牧数量、耕地面积和造林面积的增加,加速了草地退化。     

关于高通量测序背景下生物信息学教学的一些建议

高通量数据背景下,生物信息学已成为解决生物问题一门必备知识和工具,本文从生命科学的现实背景出发,探讨了高通量测序时代关于生物信息学课程的教学内容、教学方式和教学目的方面的一些建议。期望通过现代生物信息学课程的设计和讲授,使学生及时掌握利用生物信息学处理前沿问题的能力,强化生物信息学实践教学中技能的培养,培养在获取、处理、开发和利用等方面有较强的研究能力和实践能力的生物信息技术人才,提高生命科学相关专业学生的社会就业竞争力。     

用支持向量机预测人类基因5''''/3''''选择性剪切位点

选择性剪切是调解基因表达的重要机制.识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作.本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5＇/3＇选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集.本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法.此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测.对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88.74%和90.86%,特异性分别为85.62%和81.19%.本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力.     

基于高遗传转化率及低幼苗玻璃化率的黑果枸杞叶片组合培养体系

【目的】建立高效稳定的黑果枸杞遗传转化体系,有效降低其再生幼苗玻璃化率,促进其基因功能研究和提高遗传改良效率。【方法】以黑果枸杞叶片作为外植体,利用农杆菌(LBA4404、EHA105)介导的遗传转化法,通过调整基础培养基类型并添加相应浓度的植物激素,筛选出最适愈伤组织诱导培养基、分化和选择培养基、生根诱导培养基,将黑果枸杞遗传转化率提高到65%以上,同时降低幼苗玻璃化率至10%以下。【结果】(1)黑果枸杞叶片高效组合培养体系中最佳农杆菌侵染浓度(OD₆₀₀)为0.6,侵染时间为25 min,在此条件下侵染叶片抗性愈伤诱导率达78.2%～96%;(2)黑果枸杞遗传转化中最适分化和选择培养基为：MS+肌醇50 mg/L+烟酸0.25 mg/L+维生素B₆ 0.25 mg/L+铁盐母液1 mL/L+甘氨酸1.0 mg/L+维生素B₁ 0.05 mg/L+6-BA 0.25 mg/L+蔗糖30 g/L+琼脂6 g/L+卡那霉素30 mg/L+特美汀300 mg/L (pH=6.0);最适生根诱导培养基为：WPM+IBA 0.2...     

用支持向量机预测人类基因5’／3’选择性剪切位点

选择性剪切是调解基因表达的重要机制.识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作.本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5＇/3＇选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集.本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法.此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测.对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88.74%和90.86%,特异性分别为85.62%和81.19%.本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力.