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张利珍;李前忠;杨林源;武成艳 《植物研究》2011,31(5):563-568
利用二倍体蒙古黄芪种子为材料,以低能氮离子束为诱变源,将化学诱导与物理诱变相结合,探索出一套高效的多倍体诱导新方法。研究结果表明:氮离子注入种子后表现出明显的生物学效应;氮离子注入与秋水仙素联合诱导黄芪多倍体的效果很明显。氮离子注入剂量为2.6×1016 N+/cm2,秋水仙素浓度为100 mg·L-1,培养5 d诱导率最高为44.4%;氮离子注入剂量为5.2×1016 N+/cm2, 秋水仙素浓度为150 mg·L-1,培养10d的诱导率最高为46.2%;二者均高于对照组秋水仙素浓度为100 mg·L-1培养15 d的最高诱导率13.9%。利用细胞染色体计数鉴定多倍体为四倍体。 相似文献
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基于果蝇polⅡ启动予的序列特征,利用结合了离散增量和位置权重矩阵的贝叶斯判别函数对果蝇启动予进行了预测。对预测算法进行10交叉检验。通过比较不同大小训练集对结果的影响,说明了参数选取的合理性和算法的预测能力。同时比较了不同参数的选取对预测结果的影响,从而获得最佳启动子预测结果。预测结果显示成功率达到93%,相互关联系数达到83%。 相似文献
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统计了大肠杆菌sigma70启动子在不同基因间的分布。计算了683条大肠杆菌sigma70启动子的每个位点六联体的保守性M6(l)值及涨落限,以大于涨落限7.2的21个保守位点的六联体频数作为参数,利用离散增量理论对大肠杆菌全序列进行启动子搜索。结果显示683条启动子序列被全部正确预测且得到126条预测序列,利用启动子在不同基因间的分布和TSS到TIS的距离分布进行二次筛选,推测其中的84条序列是实验未测定的启动子序列。 相似文献
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分析启动子区域内调控元件是阐明基因转录起始机制的重要前提.利用从PlanPromDB数据库下载的植物Pol-ⅡTATA和TATA-less启动子数据,深入分析了两类启动子GC偏好、位点结构保守性、序列碱基组分、保守模体分布、TATA box位点分布及关联位点保守性等特点,统计出两类植物启动子许多特有的序列组分和结构规律,这些规律对进一步揭示植物Pol-Ⅱ启动子的转录调控机制有一定的帮助.通过构建能够同时考虑位点保守性和关联性的位点关联性权重矩阵扫描模型(PCWM), 利用相应打分函数(Score)对两类启动子进行区分,得到了较好结果, 说明PCWM的预测性能要优于单碱基的位点权重矩阵(PWM). 相似文献
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蛋白质亚细胞定位的识别 总被引:5,自引:2,他引:3
根据蛋白质的亚细胞定位,将蛋白质分为12类,用离散量的数学理论,以蛋白质中400个氨基酸二联体数目构成离散源,通过计算离散增量预测蛋白质的亚细胞定位,用Self-consistency和Jackknife两种方法测试均获得较高的预测成功率。结果表明:Self-consistency方法预测成功率为84.5%,Jackknife方法预测成功率为81.1%。 相似文献
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用离散量的方法,对2208个分辨率在2.5I以上的高精度的蛋白质结构中四类超二级结构进行了识别。从蛋白质一级序列出发,以氨基酸(20种氨基酸加一个空位)和其紧邻关联共同为参数,当序列模式固定长取8个氨基酸残基时,对“822”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到78.1%,jack-knife检验的平均预测精度达到76.7%;当序列模式固定长取10个氨基酸残基时,对“1041”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到83.1%,jack-knife检验的平均预测精度达到79.8%。 相似文献
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拟南芥和线虫基因序列及剪切位点的理论预测 总被引:6,自引:1,他引:5
将拟南芥(A.thaliana)和线虫(C.elegans)基因组按外显子、内含子及基因间序列区分为3类。分别选取64、40、20种三联体的概率作为信号参数构建离散源,根据离散增量预测序列所属类型。结果表明:拟南芥各条染色体标准集总预测成功率达到82.19%,检验集为87.95%;线虫各条染色体标准集总预测成功率达到79.67%,检验集达到81,93%。另外,将两种基因序列中的外显子分别划分成3类,用外显子剪切位点、翻译起始和结束位点附近的三联体的3个位点作为3条子链,以各条子链的12个参数构建离散源,用离散增量对3种序列类型进行预测,预测成功率都达80%以上。 相似文献