The Chloroplast Kinase Network： New Insights from Large-Scale Phosphoproteome Profiling

Protein phosphorylation is one of the most important posttranslational modifications in eukaryotic cells and affects almost all basic cellular processes. The chloroplast as plant-specific cell organelle with important metabolic functions is integrated into the cellular signaling and phosphorylation network. Recent large-scale chloroplast phosphoproteome analyses in Arabidopsis have provided new information about phosphorylation targets and expanded the list of chloroplast metabolic and regulatory functions that are potentially controlled by protein phosphorylation. Phosphorylated peptides identified from chloroplast proteins provide new insights into phosphorylation motifs, protein kinase activities, and substrate utilization. Phosphorylation sites in protein kinases can reveal chloroplast phosphorylation cascades that may network different functions by integrating signaling chains. Our review provides a meta-analysis of currently available chloroplast phosphoproteome information and discusses biological insights from large-scale chloroplast phosphoprotein profiling as well as technological constraints of kinase network analysis.     

鄂西南五种野生荚蒾属植物种群结构与动态特征研究

为探明鄂西南地区野生荚蒾属(Viburnum)植物的种群数量特征及区域分布状况，并揭示宜昌荚蒾(V.erosum)、桦叶荚蒾(V.betulifolium)、合轴荚蒾(V.sympodiale)、茶荚蒾(V.setigerum)、荚蒾(V.dilatatum)5种荚蒾属植物种群的生存现状及发展趋势，在鄂西南金子山国有林场、木林子国家级自然保护区及七姊妹山国家级自然保护区，共布设27 hm²固定动态监测样地对荚蒾属植物进行调查，通过对5种荚蒾属植物种群进行年龄结构、动态量化分析和静态生命表以及相关曲线等研究，探讨荚蒾属植物种群结构与动态特征及未来发展潜力。结果表明：(1)鄂西南荚蒾属植物在分布区域及种群数量大小上均存在明显差异。(2)种群结构与动态分析显示，5种荚蒾属植物种群年龄结构呈现为金字塔型，幼龄阶段种群个体数量较多，具有较强的增长潜力，但对外界干扰均具有较强的敏感性。(3)静态生命表显示，5种荚蒾属植物存活量均随着龄级的增加而单调递减；消失率与死亡率曲线变化趋势相似，但不同植物消失率与死亡率曲线波动具有差异性；种群存活曲线均趋近于Deevey-Ⅱ型。(4)4...     

水稻蒸煮品质相关QTL定位及候选基因分析

挖掘与稻米蒸煮品质相关的数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)，分析候选基因，并通过遗传育种手段改良稻米蒸煮品质相关性状，可有效提升稻米的口感。以籼稻华占(Huazhan, HZ)、粳稻热研2号(Nekken2)及由其构建的120个重组自交系(recombinant inbred lines, RILs)群体为实验材料，测定成熟期稻米的糊化温度(gelatinization temperature, GT)、胶稠度(gel consistency, GC)和直链淀粉含量(amylose content, AC)。结合高密度分子遗传图谱进行QTL定位，共检测到26个与稻米蒸煮品质相关的QTLs (糊化温度相关位点1个、胶稠度相关位点13个、直链淀粉含量相关位点12个)，其中最高奇数的可能性(likelihood of odd, LOD)值达30.24。通过实时荧光定量PCR (quantitative real-time polymerase chain reaction, qRT-PCR)分析定位区间内候选基因的表达量，发现6个基因在双亲间的表达量差异显著，推测LOC_Os04g20270和LOC_Os11g40100的高表达可能会极大地提高稻米的胶稠度，而LOC_Os01g04920和LOC_Os02g17500的高表达以及LOC_Os03g02650和LOC_Os05g25840的低表达有助于降低直链淀粉含量。这些结果为培育优质水稻新品种奠定了分子基础，并为揭示稻米蒸煮品质的分子调控机制提供了重要的遗传资源。     

辽宁省首株柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

研究引起辽宁地区手足口病的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5,CV-B5）基因组特征。对2018年从辽宁省688份肠道病毒核酸阳性的标本中分离到的1株CV-B5进行高通量测序，并对其全基因组进行遗传进化分析。结果表明，CV-B5辽宁分离株与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为78.5%～97%，氨基酸序列同源性为75.3%～96.7%。基于全基因组的进化分析将CV-B5流行株分为A～D四个基因型，辽宁分离株属于D基因型。通过重组分析发现其在P3区的3D区段发生重组。首次在辽宁地区手足口病患儿中分离出CV-B5，辽宁省分离株（LN2018-23-21/CHN/2018）可能为重组株。     

CD39的临床意义及其与肝癌浸润T细胞耗竭的相关性分析

摘要 目的：探索CD39分子（编码基因ENTPD1）在原发性肝细胞肝癌（Hepatocellular carcinoma, HCC）中的表达、临床意义及其与HCC中免疫浸润和T细胞耗竭的相关性。方法：TIMER、GEPIA、Kaplan-Meier Plotter、TCGA等数据库分析CD39在肝癌中的差异性表达、与免疫浸润的关系、相关基因的表达及其与肝癌患者预后的关系。免疫荧光染色、细胞测序和流式检测验证临床HCC患者的癌及癌旁组织中CD39的差异性表达及其和CD8⁺T细胞耗竭特性的相关性。结果：（1）生物信息学分析结果显示：CD39在多种肿瘤组织中表达上调（包括HCC）（P＜0.05）；且其表达水平与HCC的临床预后等显著相关（P＜0.05）；与CD39低表达组相比，HCC中CD39高表达组患者无复发生存期（relapse-free survival, RFS）（P=0.025）和无进展生存期（progression-free survival, PFS）（P=0.026）较短；CD39与HCC肿瘤微环境中CD8⁺T、CD4⁺T、巨噬细胞等免疫细胞浸润水平均有明显正相关。（2）临床HCC样本验证：免疫荧光和流式结果显示CD39在癌组织中的表达水平高于癌旁正常组织，与耗竭相关分子LAYN、TIM3、CTLA4等共表达，且在耗竭CD8⁺T细胞中表达比例显著高于非耗竭细胞。结论：CD39在HCC肿瘤组织及浸润的CD8⁺T细胞中高表达，与HCC的RFS、PFS、免疫细胞浸润等紧密相关，且参与CD8⁺T细胞耗竭。     

罗布麻和大麻状罗布麻UV-B光受体UVR8基因的鉴定及表达分析

在植物响应紫外线B(ultraviolet-B,UV-B)的过程中,UV-B光受体UVR8(UV Resistance Locus 8)对植物的光形态建成和生长代谢等过程具有重要调控作用。为探究罗布麻属植物UV-B光受体信息,该研究通过罗布麻(Apocynum venetum)和大麻状罗布麻(A. cannabinum)全基因组数据进行UV-B光受体UVR8的筛选与生物信息学分析,同时利用转录组数据分析UV-B胁迫处理下的UVR8基因表达模式。结果表明:(1)罗布麻有6个UVR8基因,大麻状罗布麻有5个UVR8基因,前者分布在1、7、9和11号染色体上,后者分布在1、8和9号染色体上。(2)UVR8蛋白为亲水性稳定蛋白,定位在细胞核,不存在跨膜结构和信号肽,二级结构主要由延伸链、无规则卷曲、α-螺旋和β-转角构成。AvUVR8b和AcUVR8a蛋白三级结构与拟南芥UVR8(AtUVR8)最为类似,并且与小粒咖啡(CaUVR8)和伊德斯种咖啡(CeUVR8)的亲缘关系最近。同时发现罗布麻AvUVR8b和大麻状罗布麻AcUVR8a基因和蛋白结构与AtUVR8基因及蛋白高度相似。(3)当以一定剂量UV-B(17.52 kJ·m^-2·d^-1)处理两种罗布麻植株时,AvUVR8b和AcUVR8a的表达量上调。据此推测在响应UV-B时,AvUVR8b基因在罗布麻中起主要作用,AcUVR8a基因在大麻状罗布麻中起主要作用。(4)顺式作用元件分析结果表明,UVR8的表达受光照、温度、水分、氧气和激素等因素的调控。该研究将为进一步研究罗布麻属UVR8的基因功能奠定基础,同时为解析罗布麻属植物适应UV-B的分子机制提供线索。     

土壤因子与华重楼生物量和药效成分含量相关性分析

为研究土壤因子对华重楼生长和药效成分积累的影响,该研究利用高效液相色谱技术(HPLC)以及相关性和多元线性回归分析方法,测定了华重楼不同产地土壤成分、样品的生物量和重楼皂苷的含量,分析了土壤因子与华重楼生物量和药效成分的相关性。结果表明:(1)不同产地土壤成分和华重楼产量及其重楼皂苷含量均有差异。(2)相关性分析显示,干重与有机质、全氮、碱解氮显著正相关,重楼皂苷Ⅰ与有机质和速效磷显著正相关,重楼皂苷Ⅱ与速效磷和速效钾显著正相关,而重楼皂苷Ⅶ与土壤各因子的相关性不显著。(3)多元线性回归分析显示,影响干重的主导因子为碱解氮,影响重楼皂苷Ⅰ的主导因子为有机质,影响重楼皂苷Ⅱ的主导因子为速效磷,而重楼皂苷Ⅱ与碱解氮呈线性负相关。综合分析认为,影响华重楼干重的土壤因子主要是碱解氮,而影响华重楼皂苷含量的土壤因子主要为有机质和速效磷,该研究结果为华重楼的人工栽培提供了理论依据。     

食品生物技术相关专利分析

随着生物技术在食品工业应用日益深入,以基因工程为先导,以发酵工程、酶工程技术为核心．包括蛋白质工程和生物分离工程在内的食品生物技术已成为提升我国食品工业技术含量、参与市场竞争的重要核心技术。本文以Derwent Innovation Index（DⅡ）数据库和Aureka数据库为基础,对上游（基因工程）、中游（发酵工程、酶工程与蛋白质工程）、下游（生物分离工程、食品安全检测）食品生物技术相关专利进行研究分析。     

晶体结构分析 技术稳步向前发展 新一代技术有望不要结晶

2009年春天,Astellas制药公司的高通量BL将在筑波的PF启动。2010年,微小晶体分析能力实现飞跃性提高的BL将在播磨SPring-8登场,使晶体结构分析中不可或缺的相位测定变得简单易行的BL也将在筑波PF登场。预计不再需要结晶的X射线自由电子激光（XFEL）将于2010年在播磨启动。     

孕妇肥胖与巨大儿出生关系的Meta分析

目的：探讨孕妇超重或肥胖与巨大儿出生的关系。方法：采用RevMan4.2.10版本软件中的Meta分析,检索Pubmed文献数据库中1980年～2008年有关巨大儿出生的孕妇超重或肥胖因素文献,并进行定量综合分析。结果：经检索、筛选后纳入的有关巨大儿出生的孕妇超重或肥胖因素文献14篇;经异质性检验,采用固定效应模型、随机效应模型进行定量综合分析。综合结果表明孕妇超重、孕妇肥胖对巨大儿出生的影响OR值分别为1.51（95%CI：1.48-1.55）、1.99（95%CI：1.77-2.24）。结论：孕妇因超重或肥胖的巨大儿发生率明显高于正常体重孕妇。