生物芯片技术及其在后基因组学研究中的应用

基因组学已经进入到后基因组学时代,破解基因功能是当前的主要任务。生物芯片技术具有高通量,并行性及自动化等特点,将在这一时期发挥重要作用。本文就生物芯片在后基因组学研究中的应用进展,及存在的尚待解决的问题作一综述。     

芸薹属植物比较基因组学研究进展

芸薹属(Brassica)植物是双子叶植物比较基因组学研究的重点对象。经过十几年的研究, 芸薹属植物比较基因组学研究已取得很大进展。宏观共线性和微观共线性两个层次的研究均发现, 芸薹属植物之间以及芸薹属和拟南芥之间都存在广泛的共线性, 表明拟南芥信息在芸薹属中具有重要应用价值。芸薹属作物基因组内存在着多个拷贝的共线性区域, 支持二倍体芸薹属作物起源于多倍体祖先的假设。     

芸薹属植物比较基因组学研究进展

芸薹（Brassica）植物是双子叶植物比较基因组学研究的重点对象。经过十几年的研究,芸薹属植物比较基因组学研究已取得很大进膜。宏观共线性和微观共线性两个层次的研究均发现,芸薹属植物之间以及芸薹属和拟南芥之间都存在广泛的共线性,表明拟南芥信息在芸薹属中具有重要应用价值。芸薹属作物基因组内存在着多个拷贝的共线性区域,支持二倍体芸薹属作物起源于多倍体祖先的假设。     

银染增强的纳米金标记探针对微量核酸的检测

本研究利用银染增强的纳米金技术建立了一种简单快速的核酸定量方法.该方法基于纳米金与烷巯基修饰的寡核苷酸分子共价键合作用,将纳米微粒报告基团标记在与靶核酸一端序列互补的寡核苷酸上,同时生物素化修饰另一端互补序列.靶核酸与两段寡核苷酸探针杂交后,借亲和素固定在酶标板孔内,通过纳米金催化的银染放大效应产生高灵敏的识别信号,适时记录其吸光度值从而实现核酸分子的定量.该检测方法检测单链核酸分子的灵敏度达0.1 fM,双链分子为10 fM.     

NanoString nCounter分析系统进行多基因表达计数的评价

目的:Nano String n Counter是近年发展起来的进行基因表达谱检测的新平台,它利用分子条形码直接对基因表达进行多重计数。本实验通过对m RNA表达量的检测,分析n Counter系统进行基因表达计数的可靠性。方法:应用Nano String公司提供的CAE Kit试剂盒,通过杂交(m RNA样品与报告探针和捕获探针杂交)、纯化(清洗未结合探针)和计数(读取m RNA的条数)三个步骤,检测由人参考RNA和人脑RNA构成的4个样品中48个目的基因的m RNA表达量;对获得的未进行标准化的原始数据,应用Excel 2007软件进行线性分析,从再现性、稳定性、准确性方面对n Counter分析系统进行评估。结果:再现性分析所有R2均大于0.998,线性拟合良好;试剂盒中阳性控制所有R2均大于0.99,高于质控要求的0.95;样品H70B30和H30B70的预期表达量与实测值线性R2大于0.999,预期值与实测值一致性良好。结论:n Counter分析系统稳定性好,准确性高,检测m RNA表达可靠。     

生物冰期避难所与冰期后的重新扩散

冰期（尤其是更新世冰期）对当今生物的空间分布格局和遗传结构产生了深远影响,研究生物冰期避难所对于了解不同生物区系间的关系、物种形成以及生物多样性保护具有十分重要的意义。生物冰期避难所的确定员韧是根据特有种的分布、化石、抱粉等证据推测而来,分子遗传标记为冰期生物避难所以及冰期后重新扩散路线的研究提供了有力的工具。本文以北美和欧洲为例,介绍了分子遗传标记在生物避难所以及冰期后再扩散路线研究中的应用和一些结论。我国存在许多东西走向的大山,减缓了冰期时低温对生物的影响,为许多生物提供了避难场所,但我国有关研究开展得很少。员后,对我国该领域提出了应优先开展的研究方向。     

水提取杜仲鲜皮活性成分工艺研究

以杜仲鲜皮作为原料,水为提取溶剂,采用单因素实验方法探讨料液比(1:5~1:60 g·mL~(-1))、提取时间(10~120 min)和提取温度(30~90℃)对杜仲皮总固形物得率及活性成分提取率的影响,并确定单因素实验最佳提取工艺为:料液比1:20,提取时间60 min,提取温度60℃。此条件下,总固形物得率为11.61%,其中活性成分绿原酸得率为0.073%,桃叶珊瑚苷得率为0.704%,京尼平苷得率为0.122%,松脂醇二葡萄糖苷得率为0.108%。水提取杜仲皮成分,方法简单,无环境污染和溶剂回收问题,本文为杜仲鲜皮活性成分提取和开发利用提供的实验依据。     

抗TNF-α单链抗体的表达及其纯化

克隆抗人肿瘤坏死因子(TNF-α)鼠源单抗的可变区基因以构建其单链抗体(ScFv)表达载体,实现在大肠杆菌的表达,并进行ScFv的可溶性纯化与鉴定。采用RT-PCR技术,以前导肽序列的引物从1个分泌抗人TNF-α的鼠单抗杂交瘤细胞系中克隆抗体轻链、重链可变区基因(VL,VH),构建ScFv基因,将ScFv基因片段与pGEX-4T-1表达载体连接,在大肠杆菌中表达并采用十二烷基肌氨酸钠(Sarkosyl)进行可溶性纯化,最后鉴定其生物活性。结果显示,得到了功能性重排的轻、重链可变区基因,分别构建了VH和VL不同连接顺序的HLL(VH-Linker-VL)和LLH(VL-Linker-VH)两种ScFv,LLH的表达量较HLL的高,但亲和力不及HLL。采用Sarkosyl溶解包涵体,对目的蛋白进行可溶性纯化,蛋白纯度达到90%,纯化后的蛋白经ELISA和WB证明ScFv维持了亲本抗体与TNF-α特异性结合的能力,且具有细胞毒中和活性。实验中研究探索了一种新颖的,操作简单,省时的裂解、纯化方案,实现了单链抗体经原核系统的表达后得以可溶性纯化。     

大肠埃希菌对化疗药物顺铂体外敏感性的探讨

目的通过体外细菌敏感性试验研究细胞周期非特异性化疗药物顺铂（Cisplatin,DDP）对条件性致病菌———大肠埃希菌的抑菌活性。方法分别用滤纸片法和96孔板法对顺铂的抑菌活性进行研究。其中,滤纸片法是以庆大霉素作为阳性对照,以生理盐水作为阴性对照,用直尺测不同浓度顺铂抑菌圈直径大小;96孔板法是用酶标仪测定吸光值,然后计算抑菌率。根据不同浓度大肠埃希菌的抑菌率曲线,利用origin 75拟合标准曲线做图并计算出能使50%大肠埃希菌死亡所需的顺铂使用剂量（IC50）。结果滤纸片法检测结果发现,5、2.5、1.25、0.625、0.313和0.156 mg/mL的顺铂对大肠埃希菌的抑菌圈大小分别为14、121、19、.678、.33和0 mm,而阳性对照6 670 IU/mL庆大霉素的抑菌圈大小为18 mm。96孔板法检测结果发现,顺铂对大肠埃希菌的抑制率均随用药剂量的增加而增大,呈＂S＂型曲线。用药后6、24、48和72 h时顺铂的IC50值分别为30.29、42.56、80.24和98.69μg/mL。结论顺铂对大肠埃希菌有抑制生长的作用;其抑菌作用随顺铂用药作用时间的延长而减弱。