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启动子预测是研究基因转录调控的重要环节,但现有算法的预测正确率偏低.在深入分析启动子生物特征的基础上,提出了一种基于支持向量机的枯草杆菌启动子预测算法,在启动子序列的组成特征、信号特征和结构特征中选取9种典型特征作为预测的依据,对于信号特征,除了利用保守模式的一致序列,还考虑了间隔距离的分布信息.首先通过特征描述模型分别计算每种特征在启动子序列和非启动子序列中的得分,将特征得分组合成9维特征向量,再利用支持向量机在特征向量集上进行训练和判别.对实际数据集进行的刀切法测试验证了算法的有效性.对σ启动予的预测,平均正确率达到了90.7%;对几种其它σ因子启动子的预测,平均正确率也超过了80%.算法不但有广泛的适用性,还有良好的可扩展性,能够方便的容纳新特征,使识别性能不断提高. 相似文献
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在对人SATB1基因进行生物信息学分析的基础上,采用PCR技术,扩增人基因组DNA中SATB1基因5'上游序列的-2955~-9片段,构建了3个分别由SATB1基因5'上游-2955~-9,-1727~-9和-760~-9序列片段驱动的报告载体-pGL3-SP2946-luc,pGL3-SP1718-luc和pGL3-SP751-luc,分别瞬时转染Jurkat T,K562,U937和HeLa细胞,通过测定荧光素酶的表达活性,观察SATB1基因5'上游序列片段3个删除突变体在不同细胞内活性的差异.结果显示,SATB1上游序列-2955/-9在4种细胞中的转录激活能力为U937>Jurkat T>K562,在HeLa细胞中基本无激活,提示SATB1的转录激活可能具有一定的细胞类型特异性.3种5'删除突变体转录激活性由大至小顺序为-760/-9>-2955/-9>-1727/-9,提示SATB1的核心启动子可能存在于其5'上游序列的-760至-9 bp区域中. 相似文献
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骨保护素 (OPG)成熟肽N端D1~D4结构域仅由 2个外显子编码 .以人基因组DNA作为模板 ,采用重叠延伸PCR得到N端D1~D4域编码序列 ,并在其上游引入 2×His密码子序列 ,然后克隆入载体pQE 30进行表达 ,SDS PAGE表明 8×His融合蛋白主要以包涵体形式存在 ,可被抗OPG抗体识别 .变性条件下通过Ni NTA金属螯合亲和层析对表达产物进行纯化后再经梯度透析进行复性 ,采用破骨细胞样细胞 (osteoclast likecell ,OLC)诱导分化实验来检测重组蛋白的生物活性 ,证实单核 巨噬细胞集落刺激因子 (M CSF)和破骨细胞分化因子 (ODF)可协同促进多核OLC的生成 ,但加入重组OPG片段后 ,OLC生成显著减少 . 相似文献
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小鼠脂联素受体2基因编码区的克隆及序列分析 总被引:3,自引:0,他引:3
构建小鼠脂联素受体2(mAdipoR2)基因cDNA克隆,并进行序列及基因结构分析,为进一步研究小鼠AdipoR2的表达和生物学活性奠定基础。用RT—PCR方法扩增mAdipoR2基因cDNA,获得的片段连接至pGEM-T载体,转化JM109大肠杆菌,经酶切鉴定后,进行序列测定。利用因特网生物信息学资源分析mAdipoR2基因序列。结果成功地构建了mAdipoR2基因cDNA克隆,其序列与GenBank登录序列一致。通过与小鼠基因组序列比对,分析了mAdipoR2基因结构,其编码序列由7个外显子组成,编码1个含7个跨膜区的膜蛋白,但该受体不属于G蛋白偶联受体家族(GPCRs)。mAdipoR2与人及大鼠蛋白的同源性分别为91%和95%。 相似文献
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【考点要求】本题考查的核心概念是基冈对性状的控制作用。由于蛋白质是生命的承担者,不同细胞的结构和功能不同,是因为细胞内合成的蛋白质种类和数量不同,而信使RNA是合成蛋白质的直接模板。本题也承载着对考生理解能力的考查一 相似文献
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在GIS和统计分析软件SPSS的支持下,利用数据插值、相关性分析和回归分析等方法,研究了枯水期和丰水期考洲洋养殖水域浮游植物数量的分布趋势及其与海水营养盐的相关关系。结果表明,枯水期浮游植物数量的分布较为均匀,其密集区分布于吉隆河口及其附近水域;而丰水期的数量变化幅度较大,密集分布区出现在湾口至盐洲岛北部水域,呈现出从湾西北部至湾口水域逐渐增加的分布趋势。两次调查相比,丰水期浮游植物的数量明显高于枯水期。相关性研究结果表明,调查期间浮游植物数量与无机氮和无机磷的相关性均不显著,但与活性硅酸盐呈显著相关,在枯水期两者之间呈显著正相关,而在丰水期则刚好相反,两者之间呈显著负相关。 相似文献