基于RNA-Seq高通量测序技术的牦牛卵巢转录组研究:进一步完善牦牛基因结构及挖掘与繁殖相关新基因

RNA-Seq作为近年来新发展起来的高通量转录组测序技术,为大规模转录组学研究提供了一种全新的且更为有效的方法.目前该技术已广泛应用于转录组学中多方面的研究,尤其近年来,该技术在进一步完善基因结构信息及挖掘新转录本及新基因方面的功能也逐渐受到关注.本研究以牦牛卵巢组织作为研究对象,应用RNA-Seq技术对其进行高通量转录组测序分析,经测序后得到了一个包含26826516条过滤后测序读数,4828772880 bp的卵巢测序文库,比对分析显示,有16992条牦牛基因发生表达,其中3734条基因存在不同类型的可变剪接.功能分析表明,这些表达基因涉及多种GO分类及KEGG通路.进一步分析转录组数据发现,共有7340个基因的5′或3′端在原有基因组的位置基础上发生了延伸,同时还发现了6321个新转录本,定位回基因组预测显示,外显子数量为1~84个,其中2267个新转录本预测具有编码蛋白的能力.比对分析显示,共有1200~4993条新转录本分别与Nt数据库、Nr数据库及SwissProt数据库中的基因比对上,其中与牛相似性基因最多(41.4%),其次为野牦牛(33.0%)、绵羊(6.3%)、人类(2.8%)及小鼠(1.6%)等其他物种.进一步对新转录本进行GO分类注释,结果显示,与繁殖发育相关的GO分类占有较大比例,其中繁殖类别(reproduction)所涉及的新转录本最多.本研究结果为描绘牦牛卵巢正常转录组图谱及进一步探析牦牛繁殖性能提供了基础,同时证实RNA-Seq高通量转录组技术在完善基因结构及挖掘新转录本及新基因方面的具有强大的优势,为进一步完善牦牛基因组结构信息及挖掘潜在的新基因提供了丰富数据.     

TTV的分子生物学特性及其致病性研究进展

TTV是1997年Nishizawa发现的一种与人类隐源性肝端正有关的新型肝炎病毒,TTV为单链DNA病毒,无包膜,基因排列与鸡贫血病毒CAV相似,可能为人类第一种环状病毒,基因序列全长3852bp,有3个开放读码框架,TTV按基因结构分G1-G9等9型,各型又分2-3个亚型,不同种属的基因分型有差异,TTV有血源性=肠源性等感染途径,感染者均伴有ALT的异常,但大部份无肝脏损害的生化、组织学证据,TTV在肝内复制,不整合于宿主的肝细胞中,确切的致病机理不详,关于TTV的研究有待深入。     

分子伴侣GroE系统能量传递机制的研究

用SwissPDBViewer软件对分子伴侣GroE系统与底物的相互作用进行了模拟 ,结果表明 :GroEL顶端结构域在GroES和靶蛋白结合之后发生了明显的变化 ;GroEL的cis环上有与三磷酸腺苷ATP相结合的位点 ,ATP水解之后形成的ADP与活性中心的残基相结合 ,而这种结合除导致残基Thr30的构型发生了变化之外 ,其它残基的空间位置和构型基本保持不变 ,暗示其它残基在能量传递过程中形成了刚性骨架 ,而与ADP分子磷酸键结合的残基Thr30则是能量传递的力点。     

伴刀豆球蛋白A-糖复合物的模拟分析

主要分析ConA与不同的糖特异性结合时其活性位点构象变化的特征。模拟分析了ConA糖结合活性中心氨基酸残基结构特征,同时对相应残基原子可及性表面进行了计算和分析。结果表明：（1）ConA在和不同的糖结合时,存在不同的结合方式;（2）不管ConA和什么糖结合,主要的作用是由活性中心的Tyr12、Asn14、Asp208和Arg228提供的;（3）无论是结合单糖还是寡糖,活性中心总是与第一个糖环起主要的结合作用。     

异裂菊属根际微生物群落结构及功能多样性

异裂菊属是广西喀斯特石山区典型的特有属,根际微生物是其能否有效吸收、有效利用土壤养分和适应石山恶劣土壤环境的最直接表征之一。该研究采用DGGE和Biolog两种方法对异裂菊属植物根际和非根际微生物多样性进行了研究。结果表明:(1)异裂菊属5个种根际pH、碱解氮等9个养分含量都高于非根际。(2)5个种的根际、非根际存在2个共有细菌类群,但在数量上存在差异,3个种的根际条带小于非根际;5个种的根际、非根际微生物群落较为相似,较易聚在一起。(3)绢叶异裂菊根际微生物对碳源利用能力最强,凹脉异裂菊非根际最弱,其他对碳源的利用能力较接近;异裂菊属种根际微生物利用碳源的能力都高于非根际,根际微生物多样性指数均高于非根际,优势度指数与非根际基本相同或略高于非根际,丰富度和均匀度指数与优势度指数规律相似;异裂菊属根际、非根际微生物利用的碳源主要是糖类、羧酸类和氨基酸类化合物,4个种根际微生物利用碳源的能力高于非根际。(4)阳离子交换量、黏粒含量百分率和碱解氮是影响异裂菊属根际微生物碳源利用模式的最重要因子。总体来说,土壤理化性质对异裂菊属植物根际微生物群落多样性具有重要影响,异裂菊属通过分泌羧酸、糖等多类化合物提高了根际微生物的活性,进而有效地提高了根际肥力水平。     

黄酒中多糖的提取和分析

本文利用单因素和正交试验探究了黄酒中多糖提取工艺条件,并分析了黄酒多糖的化学组分。单因素实验结果表明,乙醇浓度在低于80%时,粗多糖的提取量随着乙醇浓度的增加而增加,高于80%时,粗多糖的量变化不大;醇沉时间到达第8 h时粗多糖的提取量基本达到稳定;在醇沉温度为10℃时粗多糖的量达到最大值。通过正交试验得到的黄酒多糖的最佳提取工艺为:乙醇浓度为80%,醇沉时间为6 h,醇沉温度为5℃。进一步分析纯化后多糖的化学组分为中性糖含量为89.6%、糖醛酸含量为0.48%、蛋白质含量为4%。     

牛樟芝发酵碎红茶及其特性研究

牛樟芝是一种具有良好护肝功能的高等药用真菌,且具有浓郁的芳香。本文利用牛樟芝对碎红茶进行发酵,分析牛樟芝发酵茶风味特征以及对HepG 2细胞酒精损伤的保护作用。研究结果显示,青稞等淀粉质辅料能够促进牛樟芝在碎红茶上的生长。GC-MS分析显示牛樟芝发酵茶含有69种风味成分,主要含有醛类23种、醇类14种、酮类13种,酯类4种、呋喃类4种、吡嗪类3种以及其他5种等。HepG2体外活性分析表明,牛樟芝发酵茶水提物能够有效地保护肝细胞酒精损伤,与模型组相比细胞存活率提高了230%,细胞数量、形态以及贴壁性能得到显著改善。     

具有改善去卵巢小鼠钙磷吸收作用的益生菌筛选与鉴定

通过评价六株乳酸菌耐酸耐胆盐能力、细胞黏附能力以及抗炎能力,筛选出一株同时具有耐酸耐胆盐、高黏附以及抗炎能力的乳酸菌AR281。结果表明,AR281在p H为2.5、3.5和4.5或胆盐浓度0.1%、0.2%和0.3%的条件下处理后,存活菌数均高于107CFU/m L;AR281对HT-29细胞的黏附数量高达350.60个/100细胞;同时AR281处理LPS诱导的巨噬细胞后,细胞NO的产量降低了20.64μmol/L。通过动物实验研究这株乳酸菌对机体钙磷吸收的调节作用发现,补充乳酸菌AR281后,摘卵巢后小鼠体内骨钙和骨磷的含量分别增加了8.51%和19.14%,同时尿钙的水平下降了47.54%。经16s r DNA菌株鉴定,确定AR281为短乳杆菌。     

辣木资源利用中的悬浮细胞培养体系研究

辣木富含多种营养成分,在食品和药物开发方面有巨大的潜在开发价值。本文提供了一种可行的辣木细胞悬浮培养技术。由辣木的根诱导形成愈伤组织和叶诱导形成愈伤组织的合适细胞悬浮培养条件分别为MS培养基(MS)+1.0mg/L 2,4-二氯苯氧乙酸(2,4-D)+1.0mg/L激动素(KT)和MS+0.5mg/L 2,4-D+0.5mg/L KT,摇床转速均为50~100r/min,将愈伤组织添加到液体悬浮培养基中20d左右可得到大量悬浮细胞。本研究为辣木细胞水平的培养和研究提供了一条途径,为辣木潜在价值的开发利用提供新的思路。