基于RNA-Seq高通量测序技术的牦牛卵巢转录组研究:进一步完善牦牛基因结构及挖掘与繁殖相关新基因

RNA-Seq作为近年来新发展起来的高通量转录组测序技术,为大规模转录组学研究提供了一种全新的且更为有效的方法.目前该技术已广泛应用于转录组学中多方面的研究,尤其近年来,该技术在进一步完善基因结构信息及挖掘新转录本及新基因方面的功能也逐渐受到关注.本研究以牦牛卵巢组织作为研究对象,应用RNA-Seq技术对其进行高通量转录组测序分析,经测序后得到了一个包含26826516条过滤后测序读数,4828772880 bp的卵巢测序文库,比对分析显示,有16992条牦牛基因发生表达,其中3734条基因存在不同类型的可变剪接.功能分析表明,这些表达基因涉及多种GO分类及KEGG通路.进一步分析转录组数据发现,共有7340个基因的5′或3′端在原有基因组的位置基础上发生了延伸,同时还发现了6321个新转录本,定位回基因组预测显示,外显子数量为1~84个,其中2267个新转录本预测具有编码蛋白的能力.比对分析显示,共有1200~4993条新转录本分别与Nt数据库、Nr数据库及SwissProt数据库中的基因比对上,其中与牛相似性基因最多(41.4%),其次为野牦牛(33.0%)、绵羊(6.3%)、人类(2.8%)及小鼠(1.6%)等其他物种.进一步对新转录本进行GO分类注释,结果显示,与繁殖发育相关的GO分类占有较大比例,其中繁殖类别(reproduction)所涉及的新转录本最多.本研究结果为描绘牦牛卵巢正常转录组图谱及进一步探析牦牛繁殖性能提供了基础,同时证实RNA-Seq高通量转录组技术在完善基因结构及挖掘新转录本及新基因方面的具有强大的优势,为进一步完善牦牛基因组结构信息及挖掘潜在的新基因提供了丰富数据.     

牦牛不同组织TLR3、TLR5 mRNA转录水平相对定量研究

参考牦牛TLRs基因序列设计荧光定量PCR特异性引物,建立检测牦牛TLRs相对表达量的荧光定量PCR方法,分析TLR3及TLR5基因在牦牛不同器官组织中的转录水平。结果显示两基因具有不同的表达谱及表达量,其中TLR3基因除在乳腺组织外,在其它组织器官中均有转录,其中在心、大肠、胃和肌肉组织中表达量较高;TLR5基因则在心、肺、大肠、小肠、胃、肌肉、卵巢组织中具有较高的表达量。该试验结果表明,TLRs在不同组织器官转录水平差异较大,可能与其对病原体的识别有关;同一个基因在不同组织中存在差异性,这可能与基因作用机理相关。     

牛诱导多能干细胞的建立及应用研究进展

诱导性多能干细胞（induced pluripotent stem cells,iPSCs）是指通过导入特定的转录因子将终末分化的体细胞重编程为可以无限增殖更新并具有分化为三胚层多种细胞类型的一类干细胞系。目前对人与小鼠的iPSCs研究已经取得了很多重要成果,但其他动物,如牛等经济型有蹄类家畜iPSCs的研究始终没有突破性的进展。如何将外源转录因子通过重编程载体高效安全地导入体细胞中并持续表达是生产牛诱导多能干细胞（bovine induced pluripotent stem cells,biPSCs）的主要瓶颈。本文就biPSCs建立中重编程系统的选择、诱导因子的选择、小分子化合物的添加等方面进行综述,以期为进一步完善biPSCs及牛胚胎干细胞系的建立提供参考。     

麦洼牦牛TLR3基因编码区的克隆及生物信息学分析

利用分子克隆技术成功获得麦洼牦牛TLR3编码区基因序列,采用相关分析及预测软件对基因及其编码的蛋白质进行基本理化性质、二级结构及结构域等分析预测。结果表明该基因包含了1个2 715 bp的开放阅读框,编码904个氨基酸;所编码的蛋白质二级结构主要由α螺旋及无规则卷曲为主;TLR3基因进化树及基因同源性比对结果表明TLR3基因及其保守,牦牛TLR3基因与黄牛、绵羊和马等哺乳动物遗传距离很近。