丙型肝炎病毒分片段抗体检测蛋白质芯片质控参比品的建立及质量验证

建立能同时检测丙型肝炎病毒(HCV)嵌合抗体、核心抗体和NS3、NS4、NS5抗体的蛋白质芯片质控参比品,对质控合格的芯片进行质量验证。用3种HCV EIA试剂分别检测从3家医院收集的丙型肝炎病毒感染患血清及其他非HCV感染患血清,从3种EIA试剂同时阴性或阳性的血样中挑取阳性和阴性血清,然后用RNA hyb PCR试剂进行检测,从中再选取部分样本用RIBA3．0进行检测,确定HCV分片段抗体检测蛋白质芯片质控参比品。经质检合格的芯片用中国药品生物制品检定所的HCV参比品进行检定。通过490例临床标本的检测对芯片的质量进行进一步的验证。从收集的240份丙型肝炎病毒感染患血清及其他非HCV感染患血清筛选出30份血样(15份阳性,15份阴性)作为HCV分片段抗体检测蛋白芯片质控参比品。中国药品生物制品检定所的80份HCV参比品检定结果表明,混合抗体阳性检出率为39／40,阴性符合率为40／40,总符合率为98．7％;核心抗体阳性检出率为27／40,阴性符合率为40／40;NS3抗体阳性检出率为26／40,阴性符合率为39／40;NS4抗体阳性检出率为19／40,阴性符合率为40／40;NS5抗体阳性检出率2／40,阴性符合率为40／40。490例临床标本的检测结果表明,对于194例HCV阳性标本,蛋白质芯片混合抗体与ELISA的符合率达99．5％,分片段抗体符合率达97．4％,两种方法检测结果不符的标本经RIBA试剂确认,蛋白质芯片与RIBA试剂的符合率高度一致。对于296例各种HCV抗体阴性标本,蛋白质芯片检测结果全部为阴性。以上结果表明,制备的丙型肝炎病毒分片段抗体检测蛋白质芯片质控参比品可用于芯片生产的质量控制,经质控合格的芯片符合国家标准的要求,可用于临床检测。     

神经芯片技术的研究进展

神经芯片是一种用硅微加工技术制造的微机电器件.活体的哺乳动物神经元细胞在神经芯片上培养存活,通过外加电路的控制,人们可以方便地对活体神经元进行检测,研究其在外加激励模式下的响应,整个研究过程是选择性的、实时的、连续的.简要评述了神经芯片技术的研究进展,并对其前景作了展望.     

随机SNP在全基因组关联研究人群分层分析中的应用

在复杂疾病的全基因组关联研究中,人群分层现象会增加结果的假阳性率,因此考虑人群遗传结构、控制人群分层是很有必要的。而在人群分层研究中,使用随机选择的SNP的效果还有待进一步探讨。文章利用HapMap Phase2人群中无关个体的Affymetrix SNP 6.0芯片分型数据,在全基因组上随机均匀选择不同数量的SNP,同时利用f值和Fisher精确检验方法筛选祖先信息标记（Ancestry Informative Markers,AIMs）。然后利用HapMap Phase3中的无关个体的数据,以F-statistics和STRUCTURE分析两种方法评估所选出的不同SNP组合对人群的区分效果。研究发现,随机均匀分布于全基因组的SNP可用于识别人群内部存在的遗传结构。文章进一步提示,在全基因组关联研究中,当没有针对特定人群的AIMs时,可在全基因组上随机选择3000以上均匀分布的SNP来控制人群分层。     

MiR-26b是前列腺癌中的抑癌微RNA

microRNAs（又称miRNAs或miRs）是一类长度为19-24个核苷酸的单链非编码RNA分子。miRNA通过与其靶向的mRNA分子序列特异性互补配对,调节mRNA表达水平,抑制转录后的蛋白翻译。miRNA在肿瘤中既可作为致癌因子也可作为抑癌因。本研究前期已报道miR-26b在前列腺癌细胞系中低表达,并且抑制细胞自噬。本研究进一步全面揭示miR-26b对前列腺肿瘤细胞的作用。我们发现过表达miR-26b能够在体外抑制前列腺癌细胞的增殖和侵袭,并抑制裸鼠体内原位异种前列腺肿瘤的生长。为了探究miR-26b对前列腺癌细胞增殖和侵袭的潜在调控机制,我们进行了表达谱芯片鉴定miR-26b调控基因。表达谱芯片分析表明,在前列腺癌细胞系PC-3中过表达miR-26b后,显著上调的基因57个,显著下调的基因55个（变化倍数均大于2,且P值小于0.05）。差异基因的功能多与细胞增殖、凋亡调控、蛋白磷酸化和泛素化修饰调控过程相关,并且富集在多种信号通路中,例如TNF和TGF-β信号通路。在这些筛选出的基因中,CEACAM6表达水平下调2.17倍;序列分析及实验验证表明,CEACAM6的3’UTR区存在miR-26b的互补序列,是miR-26b的直接靶标。本研究证明了miR-26b能够靶向结合抑制CEACAM6的表达,从而抑制前列腺癌细胞在体外和体内的细胞增殖和侵袭活性,miR-26b是前列腺癌中的抑癌microRNA。     

基于IPA分析自噬对大鼠肝再生中树突状细胞的调节作用

为探讨自噬对大鼠肝再生中树突状细胞(Dendritic cells, DCs)的调节作用,文章通过Percoll 密度梯度离心结合免疫磁珠分选分离大鼠DCs,Rat Genome 230 2.0芯片检测大鼠肝再生中自噬相关基因表达变化,利用IPA等软件分析自噬在DCs中的生理活动。结果表明,LC3、BECN1、ATG7和SQSTM1等关键基因在部分肝切除后不同恢复时间段有明显表达变化;芯片中对应的自噬相关基因为593个,其中210个基因发生了有意义的变化。比较分析自噬生理活动情况,发现自噬在再生早期和晚期阶段增强,增殖期减弱。与自噬相关的生理活动主要有RNA表达、RNA转录细胞分化和增殖,其中涉及的信号通路主要有PPARα/RXRα激活、急性期反应、TREM1 信号通路、IL-6 信号通路、IL-8 信号通路和IL-1 信号通路等,它们在肝再生阶段发生了不同程度的上调或下调。Cluster 分析还发现,P53和AMPK信号参与调控DCs的自噬活动,在肝再生早期主要是AMPK信号,在肝再生末期P53和AMPK信号共同参与自噬的调节。以上研究结果说明DCs自噬可能在肝再生早期激活细胞免疫反应和后期清除DCs等方面发挥着重要作用。     

肺癌循环肿瘤细胞的单细胞EGFR基因突变检测

循环肿瘤细胞（Circulating tumor cells,CTCs）是从肿瘤原发病灶脱落并侵入外周血循环的肿瘤细胞。由于CTCs存在较大的异质性,其与癌症发展转移密切相关,但目前尚缺乏有效的CTCs单细胞异质性检测方法。鉴于此,本文发展了在单细胞层面对CTCs进行基因突变的检测方法并用于单个肺癌CTC的EGFR（Epidermal growth factor receptor）基因突变检测。首先用集成式微流控系统完成血液中稀有CTCs的捕获,接着将CTCs释放入含有多个微孔的微阵列芯片中,得到含有单个CTC的微孔,通过显微操作将单个CTC转入PCR管内完成单细胞基因组的放大,并进行单细胞的EGFR基因突变检测。以非小细胞肺癌细胞系A549、NCI-H1650和NCI-H1975为样本,通过芯片与毛细管修饰、引物扩增条件（复性温度、循环次数）的优化,结果显示在复性温度59℃、30个循环次数的条件下,引物扩增效果最优。利用该方法成功地对非小细胞肺癌（Non-small cell lung cancer, NSCLC）患者的血液样本进行了测试。从患者2 mL血液中获取5个CTCs,分别对其EGFR基因的第18、19、20、21外显子进行测序,发现该患者CTCs均为EGFR野生型。研究结果证明此检测方法可以灵敏地用于单个CTC基因突变的检测,在临床研究上具有重要的指导意义。     

结直肠癌患者血清基质金属蛋白酶水平及其临床意义

目的:探讨结直肠癌患者血清基质金属蛋白酶水平及其临床意义。方法:采用Bio-plex200悬浮芯片系统检测33例结直肠癌患者(其中13例为结直肠癌转移患者,20例为结直肠癌非转移组)和30例正常对照组血清中基质金属蛋白酶(MMP)-1、2、3、7、8、9、10、12、13的浓度。结果:与正常对照组相比,结直肠癌患者血清MMP-2、MMP-7、MMP-8、MMP-9、MMP-10、MMP-13的浓度显著上调(P0.05),而MMP-1、MMP-3、MMP-12的浓度并无显著性差异(P0.05);与结直肠癌非转移组患者相比,结直肠癌转移组患者血清MMP-2和MMP-7的浓度显著升高(MMP-2:P=0.029;MMP-7:P=0.002)。结论:基质金属蛋白酶可能在结直肠癌的发生、发展过程中起重要作用;MMP-2和MMP-7可能成为结直肠癌发生和转移的预测和评估指标。     

质粒pCAMBIA1301的检测

用引物延伸芯片法实现对转基因水稻中 生物芯片技术是生物技术和微制造技术的融合, 已广泛用于生命科学的研究及实践、医学科研及临床、药物设计、环境保护、农业、军事等各个领域。而基因芯片是生物芯片中的一种,是指将大量基因探针分子固定于支持物上,然后与标记的样品进行杂交,所以一次可对大量核酸分子进行检测分析,从而解决了传统核酸印迹杂交技术操作复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少、效率低等不足。文章探讨了用基因芯片这一新的检测手段对转基因植物的初步检测,采用一种新的反应机制－引物延伸芯片法（arrayed primer extension）,实现了样品扩增和杂交的一步化,而在传统的基因芯片检测中要需要两步来完成,从而为目前基因芯片中大片段样品的检测提供了一种可能性。 Abstract: Biochip technology which had emerged from the fusion of biotechnology and micro/nanofabrication technology at the end of 1980s has been widely used in life science ,medicine,clinical diagnosis,durg design,agricμLture,envioment pretection and strategics. DNA microarray (also call gene chip,DNA chip),one kind of biochips,is small chip containing many oligonucleotide probe .It can hybridize with labelled sample which makes it possible to detect large numbers of oligonucleotides at one time.So DNA microarray can overcome the disadvantage of traditional hybridization technology such as complexity,low automatization,poor efficiency and amount of detcting molecμLes. This paper describes a new method to detect transgenic plant with gene chip.We have developed a novel arrayed-primer extension technique. It combines hybridization and PCR at one step, while two separate steps are needed in the ordinary DNA microarray, therefore our method provide a feasibility to detect long DNA fragment .     

染色质免疫沉淀技术在研究DNA与蛋白质相互作用中的应用

在后基因组时代,DNA-蛋白质的相互作用是研究基因表达调控的一个重要领域。与其他方法相比,染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是一种在体内研究DNA-蛋白质相互作用的理想的方法。近年来这种方法与DNA芯片和分子克隆技术相结合,可用于高通量的筛选已知蛋白因子的未知DNA靶点和研究反式作用因子在整个基因组上的分布情况,这将有助于深入理解DNA-蛋白质相互作用的调控网络。总结了染色质免疫沉淀技术的方法,特别介绍了使用这些方法取得的最新进展。