染色质免疫沉淀技术在研究DNA与蛋白质相互作用中的应用

在后基因组时代,DNA-蛋白质的相互作用是研究基因表达调控的一个重要领域。与其他方法相比,染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是一种在体内研究DNA-蛋白质相互作用的理想的方法。近年来这种方法与DNA芯片和分子克隆技术相结合,可用于高通量的筛选已知蛋白因子的未知DNA靶点和研究反式作用因子在整个基因组上的分布情况,这将有助于深入理解DNA-蛋白质相互作用的调控网络。总结了染色质免疫沉淀技术的方法,特别介绍了使用这些方法取得的最新进展。     

CYP2C19 基因多态性与冠心病危险因素对氯吡格雷抵抗的影响

目的:观察细胞色素P450系统药物代谢酶CYP2C19基因多态性以及相关临床因素对氯吡格雷抵抗的影响。方法:选择2010年11月至2011年5月我科拟行PCI术治疗的冠心病患者共145例,均给予氯吡格雷300mg负荷剂量,75mg维持剂量。①通过流式细胞仪检测血管舒张因子刺激酸磷蛋白血小板反应性指数VASP PRI(以VASP PRI≥50%,定义为氯吡格雷抵抗)分为氯吡格雷抵抗组和氯吡格雷反应组。②检测入选患者的药物代谢酶CYP2C19的基因型;根据不同等位基因功能缺失,分为快代谢基因型(*1/*1)、中间代谢基因型(*1/*2、*1/*3)和慢代谢基因型(*2/*2、*2/*3、*3/*3)。③观察CYP2C19基因型及相关临床危险因素对氯吡格雷反应性的影响,④观察氯吡格雷抵抗与临床不良终点事件主要临床不良终点事件[心源性死亡、再发心肌梗死、靶病变再次血运重建术(TLR)]和次要临床终点事件(支架内血栓形成、脑血管意外、大出血)之间的相关性。结果:检测出氯吡格雷抵抗的患者31例,其发生率为20.67%;检测出CYP2C19慢代谢基因型携带患者19例,所占比例为12.67%。慢代谢基因型患者与(快代谢基因型+中间代谢基因型患者)之间VASP PRI比为(49.20±8.45)%VS(44.17±5.41)%,P<0.05,氯吡格雷抵抗发生率之比为35.49%(n=11)VS16.81%(n=20),P<0.05。多元回归分析提示CYP2C19慢代谢基因型(OR:4.43;95%CI:3.28-8.37,P<0.05)和2型糖尿病(OR:2.76;95%CI:2.13-6.14;P<0.05)是氯吡格雷抵抗的两种危险因素。临床随访结果显示氯吡格雷抵抗组与氯吡格雷反应组主要临床不良终点事件的发生率比为6.45%(n=2)vs2.63%(n=3),P<0.05。结论:携带CPY2C19慢代谢基因型和患有2型糖尿病是导致氯吡格雷抵抗的两种重要的危险因素,氯吡格雷抵抗的发生增加了临床不良终点事件的风险。     

甲基丙二酰辅酶A 变位酶表达载体的构建及初步表达

目的:克隆表达甲基丙二酰辅酶A变位酶(MCM)蛋白,为进一步研究相关基因突变对功能的影响机制奠定基础。方法:自人外周血淋巴细胞中提取总RNA、逆转录,并与pET32a构建融合蛋白原核表达载体;优化蛋白表达诱导条件;经SDS-PAGE、WesternBlot检测目的蛋白的表达。结果:经酶切鉴定并经测序证实获得全长2210bp的甲基丙二酰辅酶A变位酶基因(MUT),并成功构建融合蛋白原核表达载体,SDS-PAGE在102 kDa处获得目的条带,Western Blot检测确定为MCM表达蛋白。结论:成功克隆表达出MCM表达蛋白。     

本体:生物医学大数据与精准医学研究的基础

在最近兴起的生物医学大数据和精准医学研究中,本体正发挥着不可替代的作用。但一大部分人对本体的定义、类型与应用比较混淆。这篇综述对这些问题进行了回答。具体而言,本体使用人和计算机都可以理解的术语及关系集来表述各种实体/概念以及它们之间关系。根据本体的作用,本体可分为三类:具有多关系模型的增强版控制术语集,反映某知识域的本体知识系统,和对元数据在语义上的约束与标准化的元数据本体。基于这些作用,本体被广泛地应用于生物医学数据的标准化、整合、检索与分析,已经知识的挖掘。当代本体学的研究发展迅速,我国刚刚起步,机遇与挑战并存。广泛地开展国内与国际有关本体的合作研究,将促进国内生物医学本体领域研究水平的整体提升,提高生物与临床科研大数据整合与精准医学研究的能力。     

黑白花牛INHA基因多态性与超数排卵性状关系

为了研究黑白花牛抑制素α基因(INHA)的遗传多样性和超数排卵效果的关联分析,找到一种能够作为黑白花牛超数排卵预测的候选基因,本试验以50头黑白花牛为实验材料,对其进行了超排处理并且采集了黑白花牛的血液样本提取基因组。采用PCR-SSCP技术,在INHA基因的第一外显子和第二外显子各设计了一对引物进行基因型检测,然后与超排性状进行关联分析。结果表明:黑白花牛INHA基因的177 bp处(+1为转录起始位点)存在一个A>G突变的多态性位点,AA和AG基因型的频率分别为0.62和0.38。与超排性状关联分析,结果显示AG基因型黑白花牛的排卵数和鲜胚数均显著多于AA基因型(p<0.05),这说明黑白花牛个体的超排性状可能与其本身的INHA基因的遗传特性有关。     

Ⅰ-ⅢA期非小细胞肺癌KRAS基因突变与ERCC1、TYMS mRNA 表达水平的相关研究

目的:探讨Ⅰ-ⅢA期非小细胞肺癌(NSCLC)KRAS基因突变与核苷酸切除修复交叉互补基因1(ERCC1)、胸苷酸合成酶(TYMS)mRNA表达水平的相关性及其与患者临床病理特征的关系。方法:收集空军总医院胸外科2010年06月至2014年10月符合入组条件的Ⅰ-ⅢA期NSCLC患者69例,肺癌组织标本均为手术中切取,KRAS基因突变应用x TAG-液相芯片法检测,ERCC1、TYMS mRNA表达水平应用分支DNA-液相芯片法检测。结果:在69例检测样本中,共有13例存在KRAS基因突变,突变率为18.8%(13/69);男性患者中KRAS基因突变率(29.3%,12/41)较女性患者(3.6%,1/28)高(P=0.007)。ERCC1 mRNA的表达水平与病理类型、吸烟史、有无淋巴结转移、临床TNM分期相关(P0.05),TYMS mRNA表达水平与患者各临床病理特征无关(P0.05)。KRAS突变型患者ERCC1 mRNA表达水平比KRAS野生型患者高(P0.05),KRAS基因突变与TYMS mRNA表达水平无关(P0.05)。结论:在Ⅰ-ⅢA期NSCLC患者中,男性患者更容易发生KRAS突变。KRAS突变型患者可能不能从铂类化疗药物中受益,有利于指导早中期NSCLC患者术后的个体化治疗。     

自制起搏电极在心脏电生理实验中的应用研究

本文探索了自制起搏电极在心脏电生理研究中的应用,通过选择适当的材料,分为三部分制作电极：极片部分、起搏器接口部分、焊封与绝缘。最后,将电极缝合于犬的心脏进行起搏。结论是自制起搏电极应用于动物实验进行心脏电生理的研究是可行的。     

关中-天水经济区生态足迹变化驱动因素

揭示影响关中-天水经济区生态足迹变化的驱动因素,对建立节能型产业结构,寻求经济与环境、生态与社会的协调发展具有重要意义。应用生态足迹和偏最小二乘法,在计算2005至2014年关中-天水经济区生态足迹的基础上,确定偏最小二乘法变量投影重要性和标准偏最小二乘法系数,比较了驱动因素的重要程度。结果显示,影响生态足迹变化较为重要的驱动因素有第三产业增加值、国内生产总值和社会消费品零售总额。相比之下,常用耕地面积与全区人口数对关中-天水经济区生态足迹驱动作用不显著。为此提出将优化产业结构与优化能源结构有机结合起来、转变能源利用方式、提升能源利用率、提高土地利用率、加强土地保护、提高土地生态承载力、引导低碳消费行为、推行低碳生活方式等对策建议。     

利用启动子缺陷型打靶载体敲除五指山小型猪GGTA1基因

目的:获得α-1,3-半乳糖基转移酶(GGTA1)基因敲除的五指山小型猪胎儿,为异种器官移植研究提供基础平台。方法:以新霉素磷酸转移酶基因(neo)为筛选标记基因构建启动子缺陷型打靶载体,打靶载体线性化后用电转染法将其导入胎儿成纤维细胞中,转染后的细胞经G418筛选后,用PCR法检测药物抗性的细胞克隆,对阳性细胞进行核移植构建重构胚胎及胚胎移植。结果:转染后,经筛选共得到176个具有G418抗性的细胞克隆,经PCR检测,其中2个细胞克隆发生了同源重组;以其中1个GGTA1+/-细胞克隆为供体细胞进行核移植,将重构胚移植到2头自然发情的受体母猪中,1头受体妊娠;第37 d将代孕母猪处死,获得2个胎儿,经PCR和Southern印迹鉴定,均为GGTA1单等位基因敲除胎儿。结论:构建了五指山小型猪GGTA1基因部分外显子4区域敲除的启动子缺陷型打靶载体,获得了GGTA1单等位基因敲除的胎儿,为培育GGTA1基因敲除的五指山小型猪奠定了基础。