不同干扰素应答慢性乙型肝炎患者的基因组DNA甲基化谱差异分析

α干扰素,包括长效干扰素——聚乙醇化α干扰素(PEG-IFNα),是临床用以治疗慢性乙型肝炎的首选药物。但干扰素治疗通常只能在有限的患者中获得完全应答。目前干扰素治疗应答相关指标预测的灵敏度与特异度远未令人满意,因此继续寻找潜在的与干扰素疗效预测相关的分子标记仍是一个十分有意义的工作。为探讨慢性乙型肝炎患者基因组DNA甲基化状态与干扰素治疗疗效的关系,本研究采用RocheNimbleGen人甲基化DNA免疫共沉淀-芯片(MeDIP-chip)技术,分析20例不同干扰素疗效慢性乙型肝炎患者的血浆基因组启动子甲基化谱差异,并利用MeDIP-定量聚合酶链反应(MeDIP-qPCR)检验部分基因启动子区域DNA甲基化的水平。结果显示,与快速应答组相比,无应答组中有588个基因启动子区甲基化水平存在显著差异(P0.05)。这些基因主要涉及多个信号通路,即钙离子信号通路、细胞周期调节通路、肝脏代谢相关通路等。MeDIP-qPCR验证与芯片结果的一致性超过80%。本研究为探讨差异甲基化基因在干扰素应答中的作用及发现潜在的预测干扰素疗效的血液分子标记奠定了基础。     

生物芯片技术的原理与应用

生物芯片是指将大量生物讯息密码(寡核苷酸、cDNA、基因组DNA、蛋白质等)以预先设计的方式固定在玻片、硅片等固相载体上组成的密集分子阵列,可分为核酸芯片、蛋白芯片、芯片实验室三类.生物芯片技术的本质是生物信号的平行分析,它利用核酸分子杂交、蛋白分子亲和原理,通过荧光标记技术检测杂交或亲和与否,可迅速获得所需信息.高效、快速的生物芯片技术以其无与伦比的优势,已在医学、分子生物学等领域显现出巨大的应用价值,具有非常广阔的发展前景。 Abstract:Bio-chip is a molecular micro-array,which is composed of some biological message codes (e.g.ohgonucleotides,cDNA,genome DNA,protein,and so on) arranged on solid surfaces in light of a engineering design in advance.There are three kinds of Bio-Chips,i.e.,nucleic acid chip,protein chip,and chip “lab”.The essence of Bio-Chip technology is a parallel analysis for biology message.It is based on the principle of nucleic acid molecule hybridization or protein immunochemistry.The occurrence of hybridization/immunoreaction is detected by fluo-labelled technology.Then the needed message can quickly be obtained.Efficient and fast Bio-Chip technology has already exhibited enormous applied value in medical science and molecule biology field because of incomparable superority.Moreover,it possesses very wide development prospect.     

一种标记cDNA芯片探针的新方法

探讨mRNA长片段反转录PCR技术(RT-LDPCR)在cDNA芯片微量探针标记和信号放大中的应用.首先提取BEP2D细胞的总RNA,然后用两种不同的方法进行标记,一种为RT-LDPCR,用荧光素Cy3-dCTP进行标记;另一种为传统的RNA反转录,用荧光素Cy5-dCTP进行标记.将两种方法标记好的探针等量混合后与含有440个点(44个基因)的cDNA芯片同时杂交,发现二者具有很高的一致性(0.5＜Cy3/Cy5＞2.0).由于RNA反转录法为cDNA芯片探针标记的传统方法,从而验证了RT-LDPCR用于cDNA芯片探针标记的可行性.RT-LDPCR具有对样品总RNA的需要量少和可对样品中信号进行放大的优点,特别适合于对材料来源受到限制的RNA进行标记.     

生物传感芯片质谱及其在蛋白质组研究中的应用

目前蛋白质组研究技术在已有的研究基础上取得了长足进展 ,包括固相 ｐＨ梯度双向凝胶电泳、生物质谱技术、蛋白质双向电泳图谱的数字化和各种分析技术、蛋白质间相互作用分析的方法如酵母双杂交系统、噬菌体展示、表面等离子共振等。但均各有其利弊。目前质谱是进行蛋白质组成分鉴定的支撑技术 ,但是它在蛋白质间相互作用分析及结构与功能的关系分析方面显得无能为力 ,而生物分子相互作用分析技术 (Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎａｎａｌｙｓｉｓ ,ＢＩＡ)是进行蛋白质相互作用分析的较好技术 ,将两者结合起来在蛋白质组…     

用于寡核苷酸芯片制备载体的醛基载玻片的制备方法优化及性质研究

优化了醛基载玻片的制备方法 ,探讨了醛基修饰载玻片固定寡核苷酸探针的性质。研究发现氨基硅烷试剂的浓度是影响载玻片荧光背景的主要因素 ;2 %氨基化试剂处理 16min、戊二醛处理 30min可以得到荧光背景较低、固定效果较好的醛基载玻片。寡核苷酸固定过程中 ,末端氨基修饰没有明显的特异性 ,但是可以提高被固定探针的杂交容量。在较低的浓度 (小于 10 μmol L)时 ,探针的浓度与杂交信号趋近线性关系 ,浓度为 2 0 μmol L时杂交信号达到饱和     

PCR技术研究进展

PCR（Polymerase chain reaction)在生命科学研究及相关诸多领域已经得到了广泛应用。本文对PCR技术的是新进展作一简要综述,包括：热循环仪的改进,引物的软件设计及网络设计,各种DNA聚合酶体系及其特性,多种PCR（Multiplex PCR),DNAshuffling,PCR芯片,固相PCR和电子PCR（Electronic PCR)的原理和应用。     

组织芯片技术的初步应用

制作组织芯片并初步应用 ,探讨组织芯片技术的优缺点。应用组织芯片技术制成 12 0例胃粘膜疾病组织芯片 ,采用免疫组织化学技术检测胃粘膜病组织芯片中 13种细胞周期调控因子 (Ubipuitin、p16、p2 1、p2 7、p5 3、p5 7、cy clinA、cyclinB、cyclinD1、cyclinE、CDK2、CDK4、CDK6)的表达。胃粘膜疾病组织芯片包含了慢性浅表性胃炎、肠化生、异型增生、肠型胃癌 4种病变 ,每张组织芯片上12 0个样品 ,排列整齐 ,外形为圆形。仅用 13张芯片即完成了全部实验 ,获得了胃粘膜疾病中 13种细胞周期调控因子 (Ubipuitin、p16、p2 1、p2 7、p5 3…     

DNA芯片技术在植物功能基因组研究中的应用

DNA芯片技术是功能基因组学研究中应用非常广泛的高通量方法之一。随着该技术的不断发展,DNA芯片技术可广泛应用于植物重要性状的基因克隆,鉴别和功能分析,植物抗性机理,重要性状的遗传及杂种优势遗传机理等的研究,同时在诸如植物病原菌转基因产品检测等应用方面也将发挥重要作用。     

应用蛋白质芯片技术从血清中筛选肺癌标志蛋白

探讨用蛋白质芯片技术筛选肺癌病人血清中的特异性标志蛋白. 采用SELDI (surfaced enhanced laser desorption/ionization)蛋白芯片技术检测了30例肺癌(15例原发癌, 9例转移癌, 6例化疗后)病人血清和12例正常人血清中的蛋白质谱. 选用阴离子交换柱处理血清样品, 用5个不同pH的洗脱液和有机溶剂洗脱柱床, 通过改变洗脱液的pH值得到6个具有不同pI的蛋白质组分. 每个组分用IMAC-Cu和WCX2两种芯片检测. 采用美国Ciphergen 生物公司研制的蛋白质芯片阅读机读取数据, 获得的蛋白质谱采用Ciphergen 公司的Biomark Wizard软件分析. 结果显示, 肺癌病人与正常人的血清中有15个差异蛋白(标志分子)表达. 与正常人血清相比, 6个蛋白质在肺癌病人血清中高表达, 9个蛋白质在肺癌病人血清中低表达. 采用单一标志分子检测时, 敏感性为44.82%~93.1%, 特异性为85%~94.4%. 其中5个标志分子在两种芯片上被检测出来. 实验证明与肺癌相关的特异性标志分子可从病人血清中检测出来, 而且蛋白质芯片技术对于发现和筛选血清中的肺癌标志蛋白是一种有效、快速的工具.