一种基于新型再测序芯片的不明原因腹泻样品检测方法的建立和初步应用

本研究建立了一种基于新型再测序芯片(Resequencing Pathogen Microarray,RPM)的腹泻症候群多病原检测方法,能同时检测14种轮状病毒,7种杯状病毒,8种星状病毒,28种肠道病毒,16种少见致泻病毒。选取已验证的阳性病毒样本为模板来评估该方法的特异性。用克隆质粒和体外转录的RNA梯度稀释液来检验RPM的灵敏度,在20~2 000拷贝/μL水平时RPM仍能检测和分辨出相近的病毒亚型。通过调整参考品的浓度优化了阳性判定阈值,并改进了肠道病毒的检测流程以完成分型。对10份不明原因腹泻样品进行了筛查,从中检出6份腹泻病毒阳性样本。根据RPM结果对样品进行了单重PCR并且测序,RPM与测序结果一致。本研究建立了一种高通量,高特异性,灵敏度较高的RPM方法,对于不明原因腹泻病例的诊断和突发疫情的处理有巨大的应用价值。     

应用组织芯片技术检测果糖二磷酸醛缩酶在肝癌与胰腺癌组织中的表达

目的探究果糖二磷酸醛缩酶ALDOA在肝癌、胰腺癌组织中的表达及临床意义.方法采用组织芯片和免疫组织化学方法检测ALDOA在肝癌、胰腺癌及其相应的正常组织中的表达.结果ALDOA在肝癌组织中的阳性表达率为80%（24/30）,在正常肝组织中的阳性表达率为33.3%（2/6）,二者之间表达差异具有统计学意义（P〈0.05）.ALDOA在胰腺癌组织中的阳性表达率为66.7%（20/30）,在正常胰腺组织中的阳性表达率为0%（0/6）,二者之间表达差异具有统计学意义（P〈0.01）.ALDOA在肝癌、胰腺癌组织中的表达与性别、年龄、分化程度无关（P〉0.05）;胰腺癌组织中的ALDOA高表达与淋巴结转移无关（P〉0.05）.结论ALDOA在肝癌、胰腺癌组织中表达上调.     

庐山6种树木立地土壤溶液铝形态与溶解有机碳变化

于1999年夏季,采集了庐山植物园6种树木立地的不同层次土壤样品,提取土壤溶液,分析其溶液中的溶解铝和溶解有机碳。结果表明,尽管发育于同一发生性土类,不同立地下土壤溶液溶解铝含量有明显差异,而溶解性有机碳的差异相对较小,在6种树木立地中,香柏立地表层土壤溶解铝含量达4．95mg·kg^-1,为其它针叶林立地的2倍,是阔叶林立地的3倍。溶解铝积累与土壤酸化强度有密切关系,但溶解有机碳趋向于形成抑制毒性的单核铝,供试的不同立地土壤可以按溶液铝化学特点分为不同的生态化学类型。     

MELAS和MERRF综合征相关mtDNA突变位点检测集成芯片的建立

摘要: 文中建立了一种新型的寡核苷酸芯片, 用于线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作(Mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes, MELAS)和肌阵挛性癫痫伴发不规整红纤维(Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, MERRF)线粒体DNA所有已知突变位点的集成检测。将31对allele位点特异性的寡核苷酸探针包被在醛基修饰的载玻片表面, 以多重不对称PCR方法制备Cy5荧光标记靶基因。利用此芯片对5例MELAS患者、5例MERRF患者及20例健康对照进行筛查, 结果发现, MELAS患者均为MT-T1基因A3243G突变; 在MERRF患者组, MT-TK基因A8344G突变4例, T8356C突变1例; 健康对照组均未发现31种相关mtDNA突变。芯片检测与DNA测序结果完全一致。结果表明, 这种寡核苷酸芯片可以对MELAS和MERRF综合征已知突变位点进行同步快速检测, 具有较高的灵敏度和特异性。这一模式的基因芯片经过适当改装后也可用于其他人类线粒体疾病的基因诊断。     

染色质免疫沉淀技术在研究DNA与蛋白质相互作用中的应用

在后基因组时代,DNA-蛋白质的相互作用是研究基因表达调控的一个重要领域。与其他方法相比,染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是一种在体内研究DNA-蛋白质相互作用的理想的方法。近年来这种方法与DNA芯片和分子克隆技术相结合,可用于高通量的筛选已知蛋白因子的未知DNA靶点和研究反式作用因子在整个基因组上的分布情况,这将有助于深入理解DNA-蛋白质相互作用的调控网络。总结了染色质免疫沉淀技术的方法,特别介绍了使用这些方法取得的最新进展。     

质粒pCAMBIA1301的检测

用引物延伸芯片法实现对转基因水稻中 生物芯片技术是生物技术和微制造技术的融合, 已广泛用于生命科学的研究及实践、医学科研及临床、药物设计、环境保护、农业、军事等各个领域。而基因芯片是生物芯片中的一种,是指将大量基因探针分子固定于支持物上,然后与标记的样品进行杂交,所以一次可对大量核酸分子进行检测分析,从而解决了传统核酸印迹杂交技术操作复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少、效率低等不足。文章探讨了用基因芯片这一新的检测手段对转基因植物的初步检测,采用一种新的反应机制－引物延伸芯片法（arrayed primer extension）,实现了样品扩增和杂交的一步化,而在传统的基因芯片检测中要需要两步来完成,从而为目前基因芯片中大片段样品的检测提供了一种可能性。 Abstract: Biochip technology which had emerged from the fusion of biotechnology and micro/nanofabrication technology at the end of 1980s has been widely used in life science ,medicine,clinical diagnosis,durg design,agricμLture,envioment pretection and strategics. DNA microarray (also call gene chip,DNA chip),one kind of biochips,is small chip containing many oligonucleotide probe .It can hybridize with labelled sample which makes it possible to detect large numbers of oligonucleotides at one time.So DNA microarray can overcome the disadvantage of traditional hybridization technology such as complexity,low automatization,poor efficiency and amount of detcting molecμLes. This paper describes a new method to detect transgenic plant with gene chip.We have developed a novel arrayed-primer extension technique. It combines hybridization and PCR at one step, while two separate steps are needed in the ordinary DNA microarray, therefore our method provide a feasibility to detect long DNA fragment .     

用整合微流控芯片系统分析黄山松RAPD片段多态性

随机扩增多态DNA（randomly amplified polymorphic DNA,RAPD）标记可快速提供连锁信息,特别是在针叶树单倍体的大配子体中RAPD基因型也能得以确定［3］。在对多态性的RAPD片段进行分析时,传统的平板凝胶电泳分析法因人工操作,其有效的鉴别受到一定程度的限制,只能得到一些有关RAPD片段半定量信息。我们将整合微流控芯片系统作为一种新的工具运用于黄山松的多态性RAPD片段分析中。发现基于芯片的检测方法比琼脂糖凝胶电泳方法灵敏度更高,所需的样品量要少得多,所需的时间仅为其1/4。并且能自动对DNA片段进行定性、定量分析。它是一种高效、灵敏、迅速、重复性好的检测新技术。 Abstract:Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers quickly provide linkage information［1~2］,especially in conifers where haploid megagametophytes can be used for genotyping［3］.Traditionally use of slab gel electrophresis results in qualitative data that can be manually manipulated to gain semiquantitative information about the polymorphic RAPD fragments.We have proposed the use of an integrated microfluidic chip-based system as a new tool in the analysis of polymorphic RAPD fragments.The chip-based method was found to be very sensitive,requiring much less sample and only quarter the time compared to the agarose gel method.The automated data analysis sizes and quantitates the DNA fragments,thus yielding a more thorough,reproducible,sensitive,and rapid analysis.     

用于检测葡萄球菌肠毒素的免疫芯片技术

免疫芯片是指包被在固相载体上的高密度抗原或抗体微点阵 ,是继基因芯片之后提出的一种新型的生物芯片。在检测大分子物质葡萄球菌肠毒素 (SE)时采用双抗体夹心法。检测时将SEA、SEB、SEC加入反应池中 ,反应后清洗掉未结合的SE ,再加入相应的标记抗体 ,形成固定抗体 待测物 标记抗体的夹心式结构。对影响免疫芯片检测效果的条件进行了优化 ,按优化后的条件进行SEA、SEB、SEC的检测 ,结果表明荧光信号强度随待测物浓度的增加而增加 ,当浓度高于一定值时 ,荧光信号强度趋于一定值 ,本法最低可检测 0.0 1 μg ml的SEA和SEB及 0.1 μg ml的SEC。将此项技术应用于环境和食品中污染物检测领域 ,将会使卫生监督工作水平得到明显的提高。     

微流控芯片用于卵母细胞冷冻保存的实验研究

低温保存对卵母细胞造成渗透损伤、毒性损伤和冰晶损伤,使得细胞冻后质量难以提高.本文首次提出将微流控法添加-去除保护剂分别与三种冷冻载体(OPS、QC及Cryotop)搭配使用,对猪卵母细胞进行冷冻保存,并与传统冷冻法进行比较;然后,首次选用透明陶瓷和玻璃制作集成一体化芯片,对猪卵母细胞进行冷冻保存,以冷冻保存后的细胞存活率和发育率为判断依据,筛选出较好的方案;最后,对冻后卵母细胞的早期凋亡情况、胞内活性氧水平和线粒体膜电位水平进行分析.结果表明,微流控添加-去除保护剂组卵母细胞冻后存活率以及卵裂率都显著高于传统冷冻组,可以有效降低卵母细胞的早期凋亡率和胞内活性氧水平,减小线粒体损伤,提高细胞的冻后质量.透明陶瓷一体化芯片保存卵母细胞得到的存活率和卵裂率与传统OPS冷冻的保存结果无显著差异.微流控芯片技术为卵母细胞的低温保存提供新的思路,有较好的应用前景.