动物基因组选配方法与应用

基因组选择(genomic selection, GS)是利用覆盖基因组的分子标记预测动物个体的估计育种值,可以提高选择的准确度和选择强度,缩短世代间隔,做到早选、准选,使动物育种发生了巨大变革。过去的10多年间,基因组选择技术应用于奶牛等动物的育种中,使种用动物的选择更为准确,遗传进展得到大幅提高。但基因组选择通常重视目标性状的遗传进展,而忽略了配种亲本个体间的遗传关系,因此也没有考虑到后代群体中近交程度的增加、遗传多样性的降低以及有害基因的纯合等问题,因此难以维持长期的遗传进展。2016年,一种具有可持续性的遗传选择方法被正式提出,称为基因组选配(genomicmating,GM)。该方法利用待选种用个体的基因组信息实施优化的选种和选配,可以控制群体近交的增长速率,实现长期且可持续的遗传进展。因此基因组选配方法比基因组选择的方法更适合于现代动物育种,尤其适用于地方品种的保护和遗传改良。本文综述了基因组选配的基本概念、方法和应用,并通过模拟的方法比较了6种选配方案的选择效果,旨在为动物育种方法的应用提供参考。     

牛SNP芯片分型检出率和分型错误率对基因型填充准确率的影响

SNP芯片已被广泛应用于动植物的遗传研究和生产实践,其基因分型的准确性至关重要。但在实际应用中,常有一定数量的基因型因缺失而需要去估计(填充)。此外,由于各种原因,又常常需要在不同芯片的基因型之间相互填充彼此没有的SNP基因型,或从低密度SNP填充到高密度SNP基因型。因此,基因型填充准确率直接影响后续数据分析的准确性和可靠性。为深入了解基因型填充准确率的影响因素,本研究利用20 116头美国荷斯坦牛的50K SNP芯片基因分型数据,在SNP分型检出率与错误率存在相关和没有相关两种情形下,分别评估了上述两个因素对下游基因型填充准确率的影响。当两者不相关时,模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率由0%提升到50%。当两者存在相关时,基因分型的检出率和错误率之间的关系是基于一个实际数据中这两个变量之间的线性回归方程来确定,即模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率从0%升高到13.35%。最后,采用5折交叉验证的方法评估基因型填充的准确率。结果表明,当原始数据的SNP分型检出率与错误率彼此独立发生时,基因型填充的错误率受原始SNP分型检出率影响不大(P0.05),却随着原始SNP分型错误率的升高而显著提高(P0.01)。当原始数据的SNP分型检出率与错误率存在负相关时,基因型填充的错误率随着原始SNP分型检出率的降低而显著提高(P0.01)。在这两种情形下,建议SNP分型检出率应在90%以上,基因型填充准确率才能不低于98%。该结果可为提升实际的SNP分型和下游数据分析的质控提供参考依据。     

选择作用下家鸡淀粉酶的遗传多态性研究--基因频率分化、相关效应估计和标记辅助选择试验

对“三黄”鸡4个品系的血液淀粉酶（Amy-l）基因频率进行了估计,结果表明：Amy-l基因频率具有明显的品系特异性,父系Amy－lA高;母系Amy-lB频率高．人工选择可能是导致两个具有相同遗传来源的品系（Ⅱ系和Ⅲ系）Amy-l基因频率发生分化的原因．利用线性模型估计了Amy－l基因的加性效应,结果表明：Amy-lB有利于产蛋性能,而Amy－l4有利于体重和蛋重的提高。标记辅助选择试验结果表明,选择Amy-l传型来改变家禽品系类型是可能的,但效果有限,因此,对Amy-l的选择应结合于综合的选择方案之中．     

选择作用下家鸡淀粉酶的遗传多态性研究—基因频率分化,相关效应估计和标

对“三黄”鸡４个品系的血液淀粉酶基因频率进行了估计,结果表明：Ａｍｙ－１基因频率具有明显的品系特异性,父系Ａｍｙ－１＾Ａ高;母系Ａｍｙ－１＾Ｂ频率。     

鸡胚部分去壳离体培养的效果与发育观察

将２５枚产后不到２４ｈ的种蛋,依次用碘酒和７０％酒精擦拭消毒处理,去掉其钝端外壳三分之一,然后用保鲜膜封口,并以２５枚正常种蛋作为对照,按常规方法进行孵化。重复实验３次。第１次孵化,实验组的孵化率显著低于对照组（Ｐ〈０．０５）,仅为４％;第２次孵化,两组的孵化率比较接近（分别为７２％和８０％）;第３次孵化,实验组的孵化率（７６％）稍低于对照组（８８％）。３次孵化的平均孵化率,实验组和对照组分别为６     

鸡囊胚细胞嵌合体制作技术研究及其应用前景

家鸡X期囊胚细胞(BCs)嵌合体技术,既是利用转基因技术进行家鸡品种改良和凭借转基因家鸡生物反应器生产医用蛋白等研究领域的关键技术,也是利用BCs冻存家鸡和珍稀鸟类双亲种质资源实现鸟类品种资源多样性保护、利用和挽救珍稀濒危鸟类的重要途径。从家鸡BCs嵌合体制作技术的基本过程：(1) 羽色嵌合体家鸡模型的建立;(2) 囊胚的分离与消化;(3) 受体种蛋的致弱处理;(4) 受体种蛋的开窗（包括部位、方法及封口技术等）;(5) 供体细胞导入受体胚（显微注射或简易操作）;(6) 孵化（常规方法或换壳培养）等几个方面的研究进展、目前存在的问题以及研究方向等进行了系统阐述。Abstract: The technology of producing chicken chimeras using blastodermal cells is very important not only in the field of transgenic chicken bioreactor but also in searching for efficient ways to conserve avian genetic resource. The basic processes for producing chicken chimeras consist of: (1) Setting up the color model; (2) Separating and dissociating of donor embryos; (3) Compromising of the recipient embryos; (4) Windowing and recovering the recipient eggs; (5) Cells injecting; (6) Method of hatching. The progress, obstacles and prospects of producing chicken chimeras via BCs were discussed in this paper.     

闭锁繁育乌骨鸡群体的RAPD指纹分析

随机抽样测定了一个长期闭锁繁育和一个开放繁育雪峰乌骨鸡群体的早期生长和成活率,并藉ＲＡＰＤ分析比较了２个乌骨鸡群体的遗传学特征,结果表明：闭锁繁育群体ＲＡＰＤ标记的平均共带系数和平均带纹频率显著高于开放群体．标记效应估计结果表明随机引物Ｓ１０２扩增的ｂ４（１８２０ｂｐ）和ｂ５（１９３０ｂｐ）片段和Ｓ１０５扩增的ｂ９（１８４９ｂｐ）和ｂ１０（４１０４ｂｐ）片段作为遗传标记对于体重（尤其是３５日龄和７０日龄体重）具有很高的负向相关效应,因此,该４个ＲＡＰＤ标记可以作为近交衰退候选指示标记加以深入研究,最终结论有待于在大样本、多群体、多世代资料中验证．     

“三黄”鸡采精量和受精率的方差组分估计

用4种方法(Henderson方法Ⅰ、 MIVQUE、ML、REML)估计了两个“三黄”慢羽系的公鸡采精量和种蛋受精率的方差组分,并计算了它们与产蛋性状间的遗传相关。结果表明,采精量为中等到高遗传力性状(h2=0.29-0.3 9);受精率的遗传方差在品系之间存在着较大的差异,L系受精率性状的遗传力低,而Ⅰ系受精率为中等到高遗传力性状。采精量和受精率与开产日龄、 43周龄蛋重以及64周龄产蛋量间遗传相关不显著。此外,还对4种方差组分估计方法和两种数值转换方法的实际效果作了比较。     

选择作用下家鸡淀粉酶的遗传多态性研究 ――基因频率分化、相关效应估计和标记辅助选择试验

对“三黄”鸡4个品系的血液淀粉酶(Amy-1)基因频率进行了估计, 结果表明: Amy-1基因频率具有明显的品系特异性, 父系Amy-1A高; 母系Amy-1B频率高。人工选择可能是导致两个具有相同遗传来源的品系（Ⅱ系和Ⅲ系）Amy-1基因频率发生分化的原因。利用线性模型估计了Amy-1基因的加性效应,结果表明：Amy-1B有利于产蛋性能, 而Amy-1A有利于体重和蛋重的提高。标记辅助选择试验结果表明, 选择Amy-1遗传型来改变家禽品系类型是可能的, 但效果有限, 因此, 对Amy-1的选择应结合于综合的选择方案之中。 Abstract　Gene frequencies at Amy-1 locus were estimated in 4 grand-parent lines of yellow broilers. The results indicated that the male lines exhibited higher frequency of Amy-1A while the female lines were featured by higher frequency of Amy-1B. Differentiation in gene frequencies at Amy-1 locus in line Ⅱ and Ⅲ, which were of identical origin, might be attributable to varied history of selection. Estimation of genotypic and gene effects suggested that Amy-1B was associated with higher laying performance, while Amy-1A was favorable for increased body and egg weights. It was also revealed that changing types of poultry lines by means of altering genotypes at locus Amy-1 was feasible, but its effect was limited. Accordingly, it is preferable to incoporate biochemical marker-assisted selection into complex programs of selection.     

PCR-RFLP和测交方法对进口祖代蛋鸡异性个体间的遗传同质性检测

对进口Ｘ祖代鸡Ｂ系和Ｄ系共１４３羽异性公鸡的Ｋ座位羽速型作了Ｋ座位隐性测交,杂合子占４１．９６％,慢羽纯合子占３５．６６％,另有９羽和２羽公鸡分别因后裔数少于７羽或是后裔快慢羽鸡比例严重偏离１：１而被判为无效,对８羽进口祖代Ｄ系异性公鸡的ＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析的结果表明,６羽公鸡为Ｋ座位显性纯合子（仅检到１４５０ｂｐＤＮＡ片段）,２羽为杂合子（检到１４５０ｂｐ、１０６８ｂｐ和３８２ｂｐ共３条带）。通