一株中华绒螯蟹呼肠孤病毒RNA1 cDNA文库构建及其RNA聚合酶基因部分序列分析

在中华绒螯蟹体内分离一株呼肠孤病毒（命名为EsRV905株）,采用Trizol试剂提取病毒核酸,经聚丙烯酰胺凝胶电泳,碎胶法回收基因组各节段。随机引物法合成第一节段的cDNA文库,胶回收试剂盒去除小片段,平端连接于载体,化学转化,利用蓝白斑筛选阳性克隆子,酶切鉴定重组质粒。从基因组第一节段的重组质粒中选择2个插入片段为1.5kb的质粒测序,结果得到包括RNA聚合酶主要特征性结构的一段序列。结果说明,这株蟹呼肠孤病毒的RNA聚合酶定位于基因组第一节段。     

全长cDNA克隆的三种方法的比较研究

为了得到一段EST所在基因的全长,采用了快速扩增cDNA末端（RACE）、cDNA文库构建、λphage测序引物与特异性引物结合,非放射性探针进行噬菌体原位杂交等方法分别对该基因进行了克隆,结果得到了一致的全长cDNA,三种不同实验方法的应用,为更方便、有选择性地克隆全长cDNA基因奠定了基础。     

流式细胞分选技术在微生物表面展示文库筛选中的应用进展

流式细胞分选技术具有测量速度快、统计学精度高、可在分析的同时把具有指定特征的细胞分选出来等特点,已广泛应用到微生物(细菌、酵母、噬菌体和杆状病毒等)表面展示文库的筛选。筛选配基的类型涵盖抗原模拟表位、特异性单链抗体或单链T细胞受体、酶变异体以及蛋白酶抑制剂等。本文对这方面的研究进展作一综述。     

家蝇卵黄蛋白基因的克隆与结构序列分析

家蝇卵黄蛋白基因编码的卵黄蛋白是家蝇胚胎发育的重要营养来源 .根据 3种家蝇卵黄蛋白cDNA保守序列设计引物 ,用PCR技术从家蝇基因组DNA中扩增到大小为 76 8bp的mdYP1基因的部分DNA片段 .经地高辛标记成特异性探针 ,从构建的家蝇基因组文库中筛选出一个阳性克隆 ,并从该克隆中分离到大小为 3991bp的mdYP1基因组基因 .序列分析显示 ,该基因组序列含有约1 6kb的 5′ 上游区和 1 0kb的 3′ 下游区 ,编码区由一个 6 1bp的内含子和大小分别为 2 2 2bp和10 2 8bp的 2个外显子组成 .5′ 上游区含有典型的CAAT TATA盒 .     

应用酵母双杂交系统筛选与CIKS(151-574)相互作用的蛋白质

CIKS(ConnectiontoIKKandSAPK JNK)是最近发现的细胞蛋白 ,能激活IKK和SAPK JNK。应用酵母双杂交系统 ,将CIKS(15 1 5 74)插入载体pAS2 1作为诱铒 ,筛选人HeLa细胞MATCHMAKERcDNA文库 ,以期为阐明NFκB及JNK活性调控的分子机理提供新的线索。筛选得到 6个阳性AD 文库质粒 ,并用酵母双杂交实验验证了阳性AD 文库质粒与CIKS的相互作用。将阳性AD 文库质粒测序并对测序结果做BLAST分析 ,发现它们分别是RIKENcDNA 473340F0 3,PLAC8,CD2 7BP (Siva 1) ,CDC5L ,SnRNPsmB ,DVL2。CIKS能与这些功能各异的蛋白质相互作用 ,表明CIKS在细胞的多种生理活动中发挥作用。     

一种新的EST聚类方法

该研究发展了一种EST（expressed sequence tag）聚类方法（ESTClustering）,用于分析大规模EST测序中所产生的大量数据,以获得高质量,非重复表达序列,该方法在聚类过程中采用MEGABLAST工具对一致序列进行序列同源比较,并用phrap程序对每一EST簇进行拼接检验。这一聚类策略能降低测序错误带来的影响,有效识别基因家族成员,并避免选择性剪接的干扰,与NCB（National Center for Biotechnology Information）的UniGene clustering）方法相比,ESTClustering的聚类结果可以更好地反映表达序列的多样性,用ESTClustering对112256条拟南芥EST聚类测试,产生23581个EST簇,其中13597个EST簇有对应拟南芥基因组编码序列,与该基因组中有EST作为依据的预测基因数目接近。应用该方法对收集的147191条水稻EST序列进行聚类,形成33896个EST簇。     

高山植物黄管秦艽cDNA 文库构建与表达序列标签(EST) 分析

黄管秦艽( Gentiana officinalis) 是一种重要的藏药高山植物, 本研究构建了该物种开花期的cDNA 文库。经检测达到中等cDNA 文库水平, 文库滴度为1 . 2×107 pfu􊄯ml , 重组率95.9% , 插入片段平均长度大于500 bp。对343 个随机挑选的重组克隆进行部分测序, 获得的ESTs 经编辑后共有181 条有效序列。经生物信息学方法分析181 条表达序列标签(EST) 代表144 个单克隆序列, 其中55 个与已鉴定的基因同源, 35 个序列与未鉴定的EST 匹配, 54 个未找到同源序列; 后两者共有89 个EST 序列未发现功能相似的蛋白。对已鉴定的EST进行功能分析发现, 相关基因主要编码以下蛋白: 与蛋白表达相关的占35%; 光合作用相关的占22%; 新陈代谢相关的占18%; 抗性相关的占11%; 质膜运输和细胞分裂相关的分别占5% ; 染色体变化和细胞信号转导的分别占2%。根据有效EST 序列设计引物, 通过RT-PCR 进一验证了所得EST 的准确性。这些研究结果为将来研究黄管秦艽的功能基因以及该物种与相关物种的群体遗传学、进化生物学等方面提供了基础。     

淀粉酶链霉菌BAC基因组文库的构建及鉴定

提取淀粉酶链霉菌SM33基因组DNA,用Hind III部分酶解后回收40 kb～60 kb大小的高分子量DNA,与质粒载体pIndigoBAC536连接,电击转化EPI300感受态细胞,经蓝白斑筛选共挑取了5 184个白色克隆.从文库中随机挑选10个克隆,酶切检测平均插入片段约为50 kb,覆盖了32.4倍基因组.并且插入片段均具有9～15个Not I酶切位点,符合链霉菌基因组特征.通过对BAC文库的筛选,获得苹果酸脱氢酶基因(mdh)的保守序列,与已知的链霉菌mdh具有很高的相似性.淀粉酶链霉菌BAC基因组文库的建立,对基因克隆、基因组物理图谱、次级代谢途径、新抗生素的发现以及工业用酶的应用等研究均有重要意义.     

破色期番茄果实均一化cDNA沉默文库的构建和功能基因筛选模型的初步建立

番茄果实的成熟是由多基因精细调控的一个过程．利用破色期番茄果实,根据复性动力学原理在mRNA水平进行均一化操作使高丰度和低丰度的mRNA丰度接近．然后把均一化之后mRNA反转录得到cDNA,再与基因沉默载体pTRV重组,最后把构建好的载体通过电转化的方法转入到GV3101农杆菌中,从而建立起破色期番茄果实均一化cDNA沉默文库．通过番茄果实中病毒诱导基因沉默技术,对cDNA沉默文库进行初步筛选,从而确定功能基因筛选模型．在模型建立阶段,以番茄红素合成途径相关的PDS基因作为内标基因,在100个混合农杆菌样中,成功筛选到了PDS基因．