基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测

随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的基础,选取了绝对密码子使用频率(FCU)作为序列特征,主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息,支持向量机利用这些信息进行水平转移基因分析和预测,可以提高预测的准确性.另外,提出了基于分链的水平转移基因预测新方法,即将细菌基因组前导链和滞后链上的基因区别对待,分别进行水平转移基因预测.结果显示,基本预测方法要优于目前预测结果最好的Tsirigos等提出的基于八联核苷酸频率的打分算法,命中率的相对提高率最高达31.47%,而基于分链的方法对水平转移基因的预测取得了更好的结果.     

某院解热镇痛抗炎药使用分析

目的分析某院解热镇痛抗炎药的临床应用情况,为临床合理用药提供参考。方法回顾性分析2015年1~12月某院解热镇痛抗炎药的销售金额、DDDs、DDDc、排名比等项目,并进行统计分析。结果某院不同品规的解热镇痛抗炎药31种,季度销售金额突破万元的药品有10种;DDDc≤1元的药品占总品种数的38.7%,1元DDDc10元的药品占比38.7%,DDDc≥10元的药品占22.6%。结论某院解热镇痛抗炎药品配备基本合理,优质药品在临床使用广泛,临床用药宜综合考虑药品的安全性、有效性、经济性。     

动物进化稳定对策(ESS)及其研究进展

介绍进化博弈理论及进化稳定对策的原理及其在进化生物学的应用:简要述评动物进化稳定对策的研究进展及发展趋势。     

圆红冬孢酵母的密码子用法分析

运用CodonW等软件,分析了圆红冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因组中191个蛋白质编码基因的密码子使用模式,包括密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数和密码子使用频率。圆红冬孢酵母有效密码子数ENc值为38.9,密码子GC含量为63%,密码子第三位GC含量为78.3%,且偏好使用G或C结尾的密码子,确定了圆红冬孢酵母R. toruloides的21个高表达优越密码子。研究发现,圆红冬孢酵母与毕赤酵母、酿酒酵母、大肠杆菌和拟南芥在密码子使用频率上有较大差异,而与解脂耶氏酵母和果蝇差异相对较小。研究结果对提高外源基因在圆红冬孢酵母中表达效率及相关代谢工程和合成生物学研究有一定意义。     

基于ISSR-PCR对山东玉米多堆柄锈菌遗传多样性的研究及其初侵染菌源的推测

利用11对多态性ISSR引物对2014-2016年间采自山东、江苏、浙江、河南及海南等5省的60个玉米多堆柄锈菌菌株进行了种群遗传多样性分析。结果表明,分离自山东的玉米多堆柄锈菌菌株的遗传多样性丰富,多态性百分率（ P）达96.34%,与江苏、浙江、河南锈菌种群具有较高的相似性,遗传距离相对较近,其中与江苏的群体遗传相似系数最高（GS=0.7829）,遗传距离最近（GD=0.2447）,而与分离自海南的锈菌种群相似性最低（GS=0.0148）,遗传距离最远（GD=4.2999）。在相似性系数0.74水平上,供试60个菌株被划为3个群和多个亚群组,各群和亚群间表现出较明显的年度与地理分布上的差异。2015年采集的菌株之间 G_st值为0.8694,2015与2016年采集的菌株群体间的 G_st值为0.4562,说明病菌的遗传变异不仅表现在地域上,也体现在年度间。基于ISSR标记分析,作者认为发生在山东省的玉米南方锈病其初侵染菌源不是来自我国周年发生玉米南方锈病的海南省,而最有可能来自同样能越冬的菲律宾或我国台湾地区。     

云南肺癌易感性与HLA-A，HLA-B，DRB1，DQB1等位基因频率的相关性研究

目的:测定云南肺癌患者人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)-A、B、DRB1、DQB1等位基因出现频率,探讨HLA各等位基因位点与云南省肺癌发病易感性的相关性。方法:采用病例-对照相关分析方法,选取云南籍肺癌患者和健康个体各30例,应用序列特异性引物聚合酶链反应(polymerase chain reaction-sequence specific primer,PCR-SSP)对HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1及HLA-DQB1等位基因频率进行测定,与正常组对比测算相对危险因子(relative risk,RR)。结果:肺癌组的HLA-A~*02频率为90.0%(A~*0201为主),B~*46频率为40.0%,DRB1~*15频率为40.0%,较对照组的43.30%、0%、10.0%明显升高(Pc0.05,RR1)。肺癌组的HLA-A~*31频率为3.30%,A~*33频率为6.70%,B~*27频率为3.30%,B~*52频率为6.70%,DRB1~*03频率为0%,DRB3~*01频率为60.0%,DQB1~*02频率为0%,DQB1~*06频率为0%,较对照组的23.30%、26.70%、26.70%、26.70%、23.30%、86.70%、23.30%、26.70%降低明显,(RR1,Pc0.05)。结论:云南肺癌易感性可能与HLA-A~*02的频率(90%)具有相关性;而HLA-A~*31、HLA-A~*33、HLA-B~*52、HLA-B~*27、HLA-DRB1-~*03、HLA-DRB3~*01、HLA-DQB1~*02及HLA-DQB1~*06在肺癌患者中的频率较低,在云南肺癌发病中可能具有遗传拮抗作用。     

岩溶型铝土矿尾矿堆不同自然演替阶段苔藓植物多样性特征

按空间代替时间序列的方法,对贵州省修文县小山坝岩溶型铝土矿区尾矿堆5个不同自然演替阶段苔藓植物多样性进行了研究。结果显示：（1）苔藓植物共有11科18属31种,其中藓类9科16属29种,苔类2科2属2种。在演替过程中,苔藓植物生活型单一,仅矮丛集型（占67.7%）和交织型（占32.3%）,矮丛集型占优势地位。苔藓植物物种组成简单,纯群落较多,混合群落随演替阶段逐渐增多。（2）不同自然演替阶段苔藓植物群落Shannon-Wiener指数、Pielou均匀度指数和丰富度指数有所不同,裸岩阶段最低（0.196、0.283和-1.930）,草灌丛阶段最高（3.470、1.281和2.342）,乔灌木阶段逐渐下降（2.128、0.887和1.267）。苔藓植物种的替代速率与相似性变化趋势相反。小山坝岩溶型铝土矿区尾矿堆苔藓植物多样性在5个不同自然演替阶段呈先上升后下降的变化规律,多样性水平总体呈上升趋势,研究结果可为岩溶型铝土矿区生态恢复和生物多样性保护提供基础资料。     

构巢曲霉菌基因组中的数量可变重复序列的组成和分布

利用已经公布的构巢曲霉菌基因组测序结果,对该真菌已测序基因组(30．1Mb)中的数量可变重复(VNTR)序列进行了较为系统、全面地分析。结果表明,在已经公布的基因组序列中,共有4837个以1—6个核苷酸为基序的VNTR序列(长度大于15bp,匹配值大于80％),其碱基总数占整个基因组碱基数的0．31％,平均6．2kb碱基中分布有一个大于15bp的VNTR。其中数量最多的五碱基VNTR。数量达到1386个,其次为六碱基VNTR(1228个),三碱基VNTR(1199个),这3种VNTR总数达3813个,占VNTR总数的78．8％。数量最少的是二碱基VNTR,只有144个。在9541个开放阅读框架(ORF)中的VNTR总数为1683个,共分布于1356个0RF中。其中只有1个VNTR的ORF为1117个。与其他生物内VNTR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基VNTR和六碱基VNTR占绝对优势,在阅读框架中的VNTR中分别占到58．0％和52．9％。编码区的三碱基、六碱基VNTR分别为该菌基因组中相应VNTR总数的约44．4％和38．6％。由于编码区的碱基数占基因组碱基数的59．3％,所以这两种长度的VNTR在编码区中的密度略低于基因组中的平均密度。在编码区上下游300bp调控区,除在编码区数量较多的三碱基VNTR和六碱基VNTR外,其他各种长度的VNTR的比例都超过了10％。可见300bp的上下游调控区域是单碱基、二碱基、四碱基、五碱基VNTR的富集区。在上游区域中,单碱基、二碱基和四碱基VNTR的比例比下游区域中多,五碱基VNTR的数量则基本一致。     

裸子植物雄球花——纤细堆囊穗的修订

研究了采自中国东北晚三叠世羊草沟组的一种裸子植物雄球花——纤细堆囊穗。通过对新材料的研究,发现这种雄球花小孢子叶末端的裂片在形态上差异很大,这是原来没有发现的十分重要的特征。这些保存精美的化石对于纤细堆囊穗特征的阐明和修订以及物种复原很有帮助。将中国的标本与西伯利亚堆囊穗、小堆囊穗、乌尔马堆囊穗和被定为长叶拜拉的雄球花进行了比较,发现它们与纤细堆囊穗在特征上一致,故将它们处理为纤细堆囊穗的异名。修订后的纤细堆囊穗包括上面所提到的所有种。同时,也讨论了堆囊穗属可能的演化意义。它可能是银杏属的远祖,经过小孢子囊数目的减少和小孢子叶长度的缩短而演化到现在的银杏,而产自辽西早白垩世的辽宁银杏可能代表了堆囊穗和现代银杏在形态演化上的一个中间步骤。     

新疆3个民族3对性状的遗传学研究

通过对新疆地区汉族、维吾尔族和哈萨克族的利手、扣手及优势足这3对遗传性状的调查,比较这3对性状在3个民族间基因频率的分布。结果显示：除了汉族和维吾尔族在优势足上存在明显差异,这3对遗传性状在3个民族间差异较小。