玉米粗缩病毒基因组第七组份的cDNA克隆及序列分析

从采自中国河北滦城感病的玉米材料中提取玉米粗缩病毒(MRDV)的双链RNA。根据已知MRDV的部分序列设计引物,反转录、PCR扩增,克隆并测序分析了MRDV的第七片段(S7)cDNA序列。结果表明,S7 cDNA序列全长为1936bp,与国外所测的MRDV S7的序列长度相等,而且S7包含的两个阅读框(ORF1和ORF2)位置无变化。它们的核苷酸和最大开放阅读框(ORF1)同源性分别为877%和91.6%,然而,MRDV S7的片段与水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)S8片段的核苷酸和最大开放阅读框(ORF1)有更高的同源性,分别为95.5%和93.5%。     

三株散发性戊型肝炎病毒变异株的部分序列比较

对三株散发性戊型肝炎病毒Ｃｈ－Ｔ１１、Ｃｈ－Ｔ２１、Ｃｈ－Ｆ４０的部分基因组做克隆测序,经比较发现与其它国内外ＨＥＶ株ＯＲＦ２部分相应核苷酸序列同源性在７８．３－８１．３,Ｃｈ－Ｔ２１与Ｃｈ－Ｔ４０的核苷酸同源性９８．８％,而Ｃｈ－Ｔ１１与前两者的同源性则分别为８９．８％和９０．２％。Ｃｈ－Ｔ１１、Ｃｈ－Ｔ２１、Ｃｈ－Ｔ４０与其它ＨＥＶ株相应氨基酸序列同源性在９５．８－９７．９％,它们之间的氨基酸     

从胰岛素研究看等构相互作用在分子识别中的作用

蛋白质分子识别的结构基础是蛋白质的三维结构或折叠,其信息存在于氨基酸序列中。在比较功能已知或未知蛋白质的结构同源性时,常常是根据氨基酸残基的疏水性或亲水性。胰岛素定位突变的研究显示出了“等构相互作用”＾＃在考虑蛋白质同源性中的重要性。“等构相互作用”这一概念使得蛋白质结构与功能研究的视野更加开阔,同时在制药工业中开发多肽与蛋白质的类似物或模拟物有更多的选择。     

昆虫质多角体病毒研究的若干新进展

质多角体病毒隶属呼肠孤病毒科质多角体病毒属,病毒粒子为二十面体球形颗粒,具有3～5种结构蛋白,基因组由10或11个节段双链RNA构成。按病毒基因组RNA片段在聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶中电泳图谱的差异,将质多角体病毒分为15个电泳型。随着RNA病毒序列测定策略的逐步成熟与完善,质多角体病毒的序列测定方面取得一定的进展,家蚕质多角体病毒1的两个毒株（H株和I株）,舞毒蛾质多角体病毒1和14,及粉纹夜蛾质多角体病毒15的基因组全序列得到了测定,但质多角体病毒的进化与起源的研究因缺乏足够的遗传信息仍受到限制。     

野桑蚕卵黄原蛋白的鉴定及cDNA序列分析

利用SDS-PAGE和Western blot方法分析鉴定了野桑蚕Bombyx mandarina Moore卵黄原蛋白,发现该蛋白由大小两个亚基组成,分子量分别为175 kD和42 kD。利用昆虫卵黄原蛋白进化上的保守性,根据家蚕的卵黄原蛋白cDNA序列设计特异性引物在野桑蚕的总RNA进行RT-PCR扩增,对于3′和5′端进行RACE扩增,解析获得了野桑蚕卵黄原蛋白cDNA全序列(GenBank登录号AY 309967)。该序列含有5.754个碱基,由一个开放阅读框组成,编码1.780个氨基酸,卵黄原蛋白的氨基酸序列与家蚕的同源性达到97.6%。在特定的酶切位点(RSRR)处,即第364～367个氨基酸位置,卵黄原蛋白前体被酶切为大小两个亚基,根据氨基酸推算的相对分子质量分别为161.571 kD和40.794 kD,如果考虑到翻译后的修饰,这与SDS-PAGE的结果是吻合的。同源性分析表明,昆虫卵黄原蛋白一级结构分化基本上局限在同一目内,具有较高的保守性。     

假丝酵母同源性的研究*

用分光光度法测定了4株郎比可假丝酵母(Candida lambica)间的DNA—DNA．同 源性,结果：2．1182与LP012的同源性为90．4％,表明它们是同种的;2．1182与DX22为 77．5％,DX22与LP012为76．8％,表明它们虽是同种,担产生了一些分化：LP006与LP012 为63．2％,表明它们之间产生了较大的分化,接近种的范围,仍可认为是同种的。     

COPD患者口腔和呼吸道内牙龈卟啉单胞菌、齿垢密螺旋体和福赛坦菌的同源性分析

目的分析慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者口腔和呼吸道内牙龈卟啉单胞菌(Pg)、齿垢密螺旋体(Td)和福赛坦菌(Tf)的同源性,探讨牙周炎与COPD之间的关系。方法收集53例急性加重期COPD患者,采集龈下菌斑及呼吸道分泌物,同时进行牙周指标的检查。通过16S r DNA序列分析,构建患者口腔及呼吸道内Pg、Td和Tf的系统进化树,进行同源性分析。结果 53例患者中,5例患者口腔和呼吸道内Pg具有同源性,6例患者Td具有同源性,3例患者Tf具有同源性。结论 COPD患者口腔和呼吸道内Pg、Td和Tf具有同源性,COPD患者呼吸道内的这3种病原体均来自于口腔。     

茶树茶氨酸合成酶基因的酶活性验证与蛋白三维结构分析

针对NCBI上已登录的茶氨酸合成酶与谷氨酰胺合成酶基因序列进行克隆、原核表达与酶活性验证,利用多种生物信息学数据库和软件,对Cs TS与Cs GS基因进行结构、性质和功能预测,采用同源建模法对蛋白三维结构进行预测,比较并预测催化作用位点的差异;用系统进化树分析从裸子植物到高等被子植物的谷氨酰胺合成酶基因序列,推测其进化的演变过程;通过对原核表达的基因工程菌提取粗酶液进行酶活性测定。结果表明:尽管茶树TS与GS序列高度同源,但是原核表达后的融合蛋白仍然显示了不同的催化能力,蛋白一、二级结构分析显示Cs TS与Cs GS差异不大,但是通过同源建模形成的蛋白三级结构分析显示,Cs TS与Cs GS存在3个催化位点上的差异,这可能是导致其酶活性差异的关键。系统进化分析结果首次确定茶氨酸合成酶应为谷氨酰胺合成酶基因家族成员,按照其细胞定位预测应为胞质型GS,其亲缘关系与同为双子叶植物的葡萄、陆地棉、巴西橡胶树、拟南芥较接近。     

河南省猪戊型肝炎病毒HN-JY40的全基因组序列测定及分析

本文旨在测定猪戊型肝炎病毒HN-JY40株的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析。设计8对引物,利用RT-PCR、3′RACE和5′RACE技术得到了戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)河南分离株HNJY40的近似全基因组序列,命名为"HN-JY40";用Expasy、Megalign、Clustal X和MEGA 4等生物学软件进行序列分析、同源比对和进化树的构建。测序得到的HN-JY40序列去除polyA后全长7 223bp,5′UTR有9个碱基,3′UTR全长69bp。ORF1(5 124bp)编码1 707个氨基酸,ORF2(2 025bp)编码674个氨基酸,ORF3(345bp)编码114个氨基酸。全基因组相似性分析发现,HN-JY40为典型的基因4型病毒,且属于一个新亚型。猪HN-JY40ORF1的部分核苷酸(153~432bp)与人源HK104-2004同源性高达到96%,为揭示戊型肝炎的跨种传播提供了新的分子生物学依据。     

‘解放钟’枇杷香树脂醇合成酶基因ejAS保守区的克隆

以‘解放钟’枇杷(Eriobotrya japonica‘Jie Fang Zhong’)叶片为材料,采用改良SDS法提取总RNA,通过同源克隆和巢氏PCR方法首次从枇杷叶片中分离得到AS基因的保守区序列。结果表明:该AS基因保守区长854 bp,编码284个氨基酸残基,命名为ejAS(GenBank注册号:JX173279.1);经比对,与同为蔷薇科的嘎啦果的同源性最高,达98%,与辽东楤木、乌拉尔甘草、绿玉树等均有70%以上的相似性。