白细胞介素-1的分子生物学

本文先简述了IL-1的来源及生物功能,接着对不同生物的IL-1α、IL-1β前体蛋白进行了同源性比较和分析,然后就人类IL-1β分子前结构与功能的关系及空间结构进行了探讨。     

rRNA同源性分析与细菌系统分类

目前,在系统分类学研究中最有用和最常用的分子钟是rRNAs。rRNA分子具有功能上的高度保守性,在所有细胞生物中都存在,其进化具有良好的时钟性质,其序列中不同的位置上变化的速度不同。上述性质使其可以用来测定几乎全部生物间的系统发育关系。对于形态简单,化石资料匮乏的原核生物来说,它     

首次从我国蚊虫中分离到类似广平病毒

为掌握云南省西双版纳州勐海县蚊媒病毒分布状况,用诱蚊灯采集蚊虫标本,用细胞培养法分离病毒,对阳性分离物进行分子生物学鉴定。2012年7月,在勐海县打洛镇采集蚊虫32批共1 468只,其中三带喙库蚊(Culex tritaeniorhynchus)28批1 383只,致倦库蚊(Culex quinquefascitatus)2批66只,按蚊(Anopheles)2批19只。用金黄地鼠肾细胞(Golden hamster kidney cell,简称BHK-21)和白纹伊蚊细胞(Aedes albopictus cell,简称C6/36)进行病毒分离,结果有2批三带喙库蚊标本(BNDL1205和BNDL1227)能引起C6/36细胞产生聚合病变,而不能引起BHK-21细胞病变。用黄病毒属特异性引物对这2株阳性分离物进行RT-PCR,扩增得到800bp左右的条带并进行核苷酸序列测定。对核苷酸序列的系统进化分析表明,这2株病毒与分离自越南的广平病毒(Quang Binh virus,QBV)VN180株亲缘性最近,处在同一进化分支;与VN180株的核苷酸同源性分别为83.4%和82.9%,而与既往国内外分离的18株蚊虫黄病毒的核苷酸差异较大。结果表明BNDL1205和BNDL1227病毒为类似QBV,此为国内首次报道。     

不同产地瓠瓜品种ITS序列的遗传多样性分析

对国产29个瓠瓜也Lagenariasiceraria（Molina）Standl.页品种的ITS序列进行了扩增及测序,并结合引自GenBank的国产9个瓠瓜品种以及国外6个瓠瓜品种和3个同属种类的ITS序列,对它们的ITS序列长度和GC含量以及变异位点进行比较,在此基础上构建系统发育树并对47个样本间的遗传关系进行研究。结果显示：供试47个样本的ITS序列均由ITS1、5.8SrDNA及ITS2组成,各样本间的ITS序列长度、GC含量以及变异位点差异明显。国产38个瓠瓜品种的ITS序列（包括ITS1、5.8SrDNA及ITS2）长度为619-627bp、GC含量为58.00%-63.32%;国外9个样本的ITS序列长度为591-626bp,GC含量为54.17%-63.26%。序列比对结果显示：国产38个瓠瓜品种的ITS序列同源率为84.6%-100.0%,包含221个变异位点;其中,来源于山东的品种‘砧木2’（‘ZhenmuNo.2’）的ITS序列包含的变异位点最多,与其他品种间的同源率也最低。在系统发育树上,国产38个瓠瓜品种可分为3个分支,来源于山东的品种‘砧木2’和来源于河南的品种‘西瓜砧木1’（‘XiguazhenmuNo.1’）各自聚为第1和第2分支;其余36个品种聚为第3分支。而供试的47个样本则可分为2个分支和5个亚组,第1分支可分为2个亚组,包括国产品种‘砧木2’和产自日本的2个品种;第2分支包含的44个样本则进一步分为3个亚组,国产品种‘西瓜砧木1’和产自法国的品种‘白花瓠瓜’（‘White-floweredgourd’）各自聚为第1和第2亚组,其余的42个样本聚为第3亚组。研究结果表明：供试的不同产地瓠瓜品种间存在丰富的遗传变异和地理分化现象,其ITS序列差异与地理分布有一定关系。     

中国狂犬病疫苗生产株CTN-1全基因序列分析

本文首次对我国现行狂犬病疫苗生产用毒株CTN-1进行全长基因组序列测定和分析,为CTN-1疫苗在我国实际应用中的优势提供理论基础。利用RT-PCR方法分段扩增CTN-1全基因组序列,随后将PCR产物克隆到T载体、测序、拼接,用MegAlign软件比较CTN-1全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组序列的同源性;再以糖蛋白(G)基因为模板,用ClustalX和MEGA4软件进行系统进化分析。测序结果表明CTN-1全基因组序列的长度为11925nt(GenBank登录号FJ959397),序列分析表明CTN-1为基因Ⅰ型;CTN-1株全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组之间的同源性是81.5%～93.4%;与美国蝙蝠分离株SHBRV18的同源性最低,仅为81.5%;与新近从中国国内分离的野毒株HN10株的同源性最高,达93.4%。系统进化分析结果表明,CTN-1与国内不同地区大多数分离的狂犬病街毒株聚类于同一组内;而我国另一疫苗株aG株与国外疫苗株如Flury、PM、PV、ERA、RC-HL和个别中国街毒株分在另一组内。G基因氨基酸对比也显示CTN-1株与国内大多数街毒株的同源性高于其他疫苗株,结果说明CTN-1株较其他疫苗株病毒更适合制备用于预防中国狂犬病的灭活疫苗。     

云南美味牛肝菌ITS区域结构特点

利用ITS的通用引物（ITS5-ITS4）对云南的美味牛肝菌（Boletus edulis）子实体的DNA进行PCR扩增,扩增产物回收后直接测序。序列的聚类分析表明,在ITS1—5．8S rDNA-ITS2区域,云南的美味牛肝菌与欧洲的夏牛肝菌（B．aestivalis）和铜色牛肝菌（B．aereus）同源性较高,但在ITS2区域夏牛肝菌和铜色牛肝菌分别有一段美味牛肝菌没有的大小分别为73bp和26bp的特征序列。     

念珠菌DNA同源性研究的方法及应用

念珠菌感染在临床的患病率和致死率都很高,研究念珠菌同源性有利于了解念珠菌的流行病学特点,为临床诊断和治疗提供帮助,本文就研究念珠菌同源性常用的方法：随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）,脉冲场凝胶电泳（pulsed-field gel electrophoresis,PFGE）,聚合酶链反应-单链构象多态性（PCR single—strand conformational polymorphism,PCR—SSCP）,聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR restriction fragment length polymorphism,PCR—RFLP）的原理、应用作一综述。     

In Silico Characterization and Homology Modeling of Thylakoidbound Ascorbate Peroxidase from a Drought Tolerant Wheat Cultivar

Ascorbate peroxidase,a haem protein (EC 1.11.1.11),efficiently scavenges hydrogen peroxide (H2O2) in cytosol and chloroplasts of plants.In this study,a fulllength coding sequence of thylakoid-bound ascorbate peroxidase cDNA (TatAPX) was cloned from a drought tolerant wheat cultivar C306.Homology modeling of the TatAPX protein was performed by using the template crystal structure of chloroplastic ascorbate peroxidase from tobacco plant (PDB: 1IYN).The model structure was further refined by molecular mechanic...     

新疆沙湾冷泉沉积物中免培养古菌多样性初步研究

【目的】了解新疆沙湾冷泉沉积物的古菌组成及多样性。【方法】采用免培养法,液氮研磨提取冷泉沉积物总DNA,使用古菌通用引物进行16S rRNA基因扩增,构建16S rRNA基因文库。对阳性克隆进行HhaI限制性酶切分型,选出具有不同酶切图谱的序列进行测序,将所得序列与GenBank数据库中序列比对并构建16S rRNA基因系统发育树。【结果】从冷泉沉积物古菌16S rRNA基因文库中随机挑选了121个阳性克隆,共得到22个不同的可操作分类单元,BLAST结果表明全部克隆子归属于泉古菌门(Crenarchaeote)中免培养类群。系统发育分析归类为Soil-Freshwater-subsurface group和MarinegroupI,2个亚群并且各占整个文库的50%。其中40%左右的克隆子与具有无机碳和硝酸盐同化能力的泉古菌有高的相似性。此外还发现40%的克隆子与低温泉古菌类群具有很高的相似性。【结论】新疆沙湾冷泉沉积物中古菌类群多样性较低,但存有大量高度适应此低温、贫营养环境的泉古菌类群。     

医院环境中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌检测方法及其同源性分析

目的分析医院环境中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的检测方法及细菌同源性。方法分别于2018年8月28日和9月26日对我院检出耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的住院患者周围环境进行采样,样本于环境消毒清洁前进行采集,随机采集物体表面、医务人员手样、医疗器材、医用织物相关样本。样本采用倾注平板计数法和肉汤增菌法检测,对分离出的CRKP进行同源性分析。结果 2018年8月28日用倾注平板计数法共检出CRKP 1株,检出率为1.6%。2018年9月26日用倾注平板计数法检出CRKP 2株,检出率为2.8%;同日用肉汤增菌法检出CRKP 9株,检出率为12.7%。不同类别标本CRKP检出率比较差异均无统计学意义(均P0.05)。2018年8月和9月从患者及环境物体表面分离到的14株CRKP的同源性相似系数为90.0%～100.0%,且均为A型。结论肉汤增菌法可提高医院环境中物体表面CRKP的检出率,可用于指导环境清洁消毒,降低耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌医院感染的发生。