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根据已知非核糖体肽合成抗生素操纵子的保守序列设计引物,从对棉花立枯病有很好拮抗作用的枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)MH25菌株中克隆相关操纵子.获得了枯草芽孢杆菌MH25的一个非核糖体肽合成抗生素操纵子序列,其包括4个ORF(ORF1,ORF2,OKF3,ORF4),与枯草芽孢杆菌RB14的ituD,ituA,tiuB和ituC的同源性分别为99%,98.70%,98.99%和99.48%,4个ORF编码的氨基酸序列与ItuD,ItuA,ItuB,ItuC的相似性分别为98%,98.54%,98.69%和98%.然后将4个ORF分别进行结构域分析,ORF3的14 779~14 963序列与ituB相对应区域的相似性为86.24%.该操纵子的启动子区为TATACACA-16bp-TAGGAT,与σA-10和-35(TTGACA-17bp-TATAAAT)不同.枯草芽孢杆菌MH25的Iturin A操纵子序列已在GenBank中注册,登陆号为EU263005. 相似文献
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目的研究不同来源HBV病毒株的基因同源性。方法在CenBank中调取中国各地递交的HBV病毒株的全基因序列24个,使用ClustalW1.83生物软件,对各HBV病毒株的全基因序列进行同源性比较,并建立基因进化树,分析其特点。结果不同地区的HBV病毒株的全基因序列并不一致,同一地区来源的HBV病毒株的全基因序列亦并不一致,甚至差别很大。结论不同地区间和地区内的HBV病毒株的全基因序列具有很大的异质性。 相似文献
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分别在2004年、2005年和2006年洱海鱼腥藻水华暴发时期,分离优势种,获得藻株EH-A、EH-B和EH-C,通过形态学特征和16S rRNA基因序列分析鉴定了藻株的种类.选用藻丝的形态、气囊的存在与否、异形胞和孢子的位置、各种细胞的形状以及营养细胞、异形胞和孢子的大小等传统的分类特征描述藻株的形态.依据形态特征,初步判断这3个藻株可能为卷曲鱼腥藻(Anabaena circinalis)或 A.crassa株系成员.利用16S rRNA基因序列构建邻接树分析了藻株间的系统进化关系,分析表明:藻株EH-A、EH-B和EH-C序列的同源性达到100%,且与A.circicular 和A.crassa藻株组成一个群(cluster),其藻株间的序列相似度高达100%,进一步说明藻株EH-A、EH-B和EH-C为相同的物种,且均为卷曲鱼腥藻(A.circinalis)或A.crassa. 相似文献
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摘要:以国内某3家SPF鸡场的SPF鸡胚成纤维细胞提取的基因组DNA为模板,参照已发表的序列,设计合成了4对检测内源性白血病病毒引物,分别检测gag基因、pol基因、env基因和LTR片段,结果显示4者检出阳性率很高(gag,29/46;pol,27/46;env,24/46;LTR,31/46).设计合成了8对引物,选取4片段检测均为阳性的样品之一,经PCR成功扩增出了8段连续的、相互部分重叠的目的DNA片段,分别连接入T载体进行克隆测序.用DNAstar软件对测序结果进行拼接,从一个鸡胚得到了内源性白血病病毒前病毒全基因组序列.比较分析发现,该序列env基因与已知的E亚群内源性病毒代表株env基因的核苷酸序列同源性在98.5%以上,全基因组序列同源性在99.1%以上,而与其他亚群代表株同源性相对较低,env基因同源性仅为56.3%~91.5%. 相似文献
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127.
斜纹夜蛾核型多角体病毒(Spodoptera litura multinucleocapsid nucleopolyhdrovirus, SpltMNPV)X17株是采用活体克隆法自SpltMNPV日本小笠原株分离的病毒克隆。为了揭示X17病毒株基因型, 根据已发表的SpltMNPVⅡ基因组全序列(GenBank登录号: NC_011616)设计引物, PCR扩增多角体蛋白基因(polh), 并与SpltMNPV不同基因型及37种其他核型多角体病毒(NPV)作分子进化比较。系统发育树显示: SpltMNPV分为SpliNPV(A)型、 SpltMNPV(B)型和SeMNPV(C)型3种基因型, 此结果与前人利用基因组酶切图谱的研究结果一致。X17与SpltMNPV-1和SpltMNPVⅡ处于一个分支, 属于SeMNPV(C)基因型, 与A型和B型相距较远。此外, 扩增了X17病毒基因38.7kD,Lef-1,Lef-9,fp,p10和p74, 并与SpltMNPV, SpltMNPVⅡ, SeMNPV和SfNPV的同种基因进行同源性比较。结果表明, 基于这6个ORF, X17与SpltMNPV同源性最低, 其中Lef 9的氨基酸序列一致性最高, 也仅为69%, 38.7kD的氨基酸序列一致性只为26%。多数基因X17与SpltMNPVⅡ和SeMNPV的同源性较高, 其中fp25K的氨基酸序列一致性最高, 分别达95%和96%; 但也有些基因同源性较低, 如38.7kD的氨基酸序列一致性均为64%。因此, X17应是SpltMNPV C基因型的一种新毒株, 命名为SpltMNPVⅡ-1。该研究为X17病毒株的进一步研究利用奠定基础。 相似文献
128.
我国部分地区H9亚型禽流感病毒血凝素基因序列比较与遗传发生关系分析 总被引:23,自引:3,他引:20
为从分子水平掌握我国H9亚型AIV的遗传变异情况和流行规律,本研究汇集近年来从我国12个省、市、自治区的发病鸡群中分离到的23株H9亚型禽流感病毒,通过RT-PCR方法和核苷酸序列测定获得了23个毒株的HA基因cDNA核苷酸序列。核苷酸和推导的氨基酸序列同源性比较结果表明,这些毒株HA基因的核苷酸序列同源性为94.1%~100%,氨基酸序列同源性为95.4%~100%;将这23个毒株和来自亚洲及世界其它地区的另外31株的HA基因cDNA序列同源性进行比较发现,分离自香港的HK170499株与日本的2个毒株关系较近;氨基酸序列分析发现,CKGS199、CKTJ196、CKTJ296、CKSH300和CKBJ197五个毒株各发生了一个潜在的糖基化位点的丢失。54株H9亚型AIVHA基因55bp~1152bp的氨基酸序列分析发现,裂解位点尽管有10种基序,但本研究中的23株和近年来从我国大陆和香港地区的分离的毒株则均为RSSR↓GLF;构成受体结合位点的191位氨基酸有一个规律,即所有中国大陆毒株与部分香港毒株都为N,其它毒株均为H,141aa~143aa处的糖基化位点有与191aa类似的规律,即:凡是191aa为N的毒株,该处均为NVS(CKBJ194除外),凡是191aa为H的毒株,则该处均为NVT;遗传发生关系分析,中国大陆毒株处于欧亚谱系的第一支。本研究结果表明近年来我国鸡群中H9N2亚型禽流感病毒的感染流行可能有一个共同的来源,这为制定防治该亚型禽流感流行的有效对策提供了重要的科学依据。 相似文献
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对未知功能的基因进行注释的通常的方法是依据序列同源性分析。近年来,出现了多种不基于序列同源性的基因注释的计算方法,这些方法不依赖于核酸或蛋白质序列的相似性,所能预测的基因的功能属性也有所扩展,如,能够预测基因间相互作用关系。这些方法有效地减少实验材料、时间消耗。该文综述了几种这样的计算方法,包括原理、方法评估及存在的问题。 相似文献