黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)的全基因组测序和基因组特征研究

黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)为国家二级重点保护野生动物、IUCN(世界自然保护联盟)红色名录的极度濒危物种(CR)。基于其样本数量极其有限,全基因组研究可以提供大量与重要性状相关的功能基因和分子标记,从而揭示其重要生命现象的遗传机制。采用二代测序技术于2018年5月完成了黄唇鱼基因组精细图的测序,分析结果表明,测序得到约202 Gb的高质量数据,总测序深度约为317×;组装得到的基因组大小为637.43 Mb,Contig N50约为88 Kb,Scaffold N50约为4.65 Mb;重复序列约142.72 Mb,占比22.39%,预测得到23743个基因、920个t RNA、85个rRNA、176个假基因;98.46%的基因可以注释到NR、GO等数据库中;有67个基因家族是黄唇鱼所特有的。本研究从单碱基错误率、核心基因完整性及二代Reads比对分析3个方面对黄唇鱼基因组精细图的组装结果进行了评估,结果显示所组装的基因区的完整性较好。黄唇鱼基因组序列图谱的绘制完成,对于黄唇鱼自然资源的保护和种质资源挖掘具有极其重要的科学意义。     

全球中华鲎资源保护现状及对策建议

鲎是古老的海洋节肢动物。中华鲎(Tachypleus tridentatus)是世界现存4种鲎中体型最大的一种, 是河口生态系统的标志物种, 同时其血液被用于生产医用检验试剂――鲎试剂。中华鲎的自然地理分布范围相当狭窄, 仅局限于日本濑户内海向南延伸至印度尼西亚爪哇岛北岸以北的太平洋西岸海域, 其中在中国东岸和日本南部海域的历史产量较高。自20世纪50年代以来中华鲎种群数量出现了显著减少, 2019年中华鲎在IUCN红色名录中的濒危等级正式更新为濒危(EN), 明确了中华鲎资源呈现全球性衰退的状态, 究其原因可归纳为鲎生境破坏和过度捕捞两个方面。在开展鲎资源保护的实践工作中, 作者深刻反思当前鲎资源保护在海洋保护区划定、增殖放流及科普和野生动物保护法宣传中存在的问题并提出相应建议, 包括加快完善种群基线数据, 制定标准化种群和生境基线监测指南, 构建科学放流体系等, 以期推进全球范围内的中华鲎资源保护与科学管理。     

盐度、温度对卵形鲳鲹选育群体肝抗氧化酶活力的影响

通过盐度渐变和温度骤变的方法,分别研究了不同盐度(10、20、30、40)处理和不同温度(18.0℃、21.0℃、24.6℃、29.0℃、32.0℃)处理对卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)选育群体肝超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)和谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)活力的影响.在实验结束时,盐度10组酶活力与对照组无显著差异(P＞0.05),盐度20组SOD活力极显著低于对照组(P＜0.01);盐度40组120 h时,SOD和GPX活力极显著低于对照组(P＜0.01),CAT活力与对照组差异不显著(P＞0.05).18.0℃和21.0℃ SOD活力在1、3、6、12、24 h这5个取样时间点均高于对照组,CAT活力在实验结束时(24 h)极显著高于对照组(P ＜0.01);29.0℃SOD和CAT活力在实验结束时(24 h)显著高于对照组(P＜0.05);32.0℃ SOD和CAT活力在5个取样时间点均显著低于对照组(P＜0.05).结果表明,适当的盐度或温度变化可以改变卵形鲳鲹肝抗氧化酶活力,达到机体耐受极限时酶活力下降.     

斜带石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交子代(青龙斑)消化系统的早期发育

本文研究斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)(♀)×鞍带石斑鱼(E.lanceolatus)(♂)杂交子代(青龙斑)仔、稚、幼鱼的消化系统发育,描述了其消化器官发育过程和组织学结构特征,充实青龙斑生物学研究文库,为其发育生物学研究和苗种培育提供技术支撑。青龙斑苗种培育于2012年6~8月期间进行。水温为(30±1)℃,盐度为28±1。利用形态学和连续组织切片技术,对出膜后0~40日龄幼鱼的消化系统进行了观察和研究。消化系统发育可划分为内源性营养、混合营养和外源性营养3个阶段:0至3日龄为内源性营养阶段,初孵仔鱼消化管为一简单的直形管,卵黄囊大,椭圆形,口和肛门尚未与外界相通;口腔中出现鳃弓的雏形,3日龄仔鱼食道由2~3层的复层立方上皮细胞组成,形成较低的褶皱;胃与小肠和食道的分界明显,上皮由单层柱状细胞组成;肠道分化,肛门开通体外,开始摄食;肝细胞团和胰腺细胞团形成。4~5日龄为混合营养阶段,6日龄之后进入外源性营养阶段,卵黄囊已经完全被吸收,前、中、后肠和直肠区分明显,肠黏膜上皮中出现少量的杯状细胞,由肠腔面向深层依次可以分为黏膜层、黏膜下层和浆膜层,肌层不明显。至25日龄,消化系统的结构和功能已经较为完善。38日龄时,胃、幽门盲囊、肠以及直肠各段分界明显,黏膜褶皱高度为前肠中肠后肠;肌层厚度为后肠前肠中肠;消化道和消化腺组织结构与成鱼基本相同。青龙斑的消化系统发育和分化是与其生理功能的逐步完善同步的。     

2017—2020年珠江口棘头梅童鱼的种群特征

为了掌握珠江口重要经济鱼类棘头梅童鱼的种群特征,根据2017—2020年春(3—4月)、秋(9—10月)两季在珠江口海域开展的底拖网调查及采集到的棘头梅童鱼样本,对其生物学特征和资源密度分布特征进行了初步分析。结果表明: 珠江口棘头梅童鱼体长、体重变化范围分别为22～168 mm、0.23～103.11 g,其中雌性个体的体长、体重均大于雄性个体,未见明显的小型化现象;性成熟体长集中在90～140 mm,未见性成熟提早现象。总体长体重关系式中的异速生长因子b值为2.9057,且年际变化小,而条件因子a值(3.029×10^-5)小于1988年该海域的调查结果,说明珠江口棘头梅童鱼整体生长发育良好,但栖息地环境质量(饵料供应、生长环境)下降。研究海域梅童鱼的开发率E为0.67,处于过度捕捞状态;梅童鱼资源密度平均值为77.73 kg·km^-2, 中西侧资源密度大于东侧,在纬度方向上总体分布均匀;根据4个资源密度高值区初步推测其产卵场在南沙港附近。2017—2020年的年平均资源密度比1980—1982年下降了93.5%,为持续利用该资源,建议条件成熟时可于春季在产卵场设立保护区,以保护补充群体与产卵群体。     

大亚湾鱼类群落嵌套分布格局

为保护大亚湾渔业资源,2015年4月(春季)、8月(夏季)、10月(秋季)和12月(冬季)对大亚湾进行了4航次底拖网渔业资源调查,结合距最近大陆距离、距最近大岛距离、水深、水温、盐度、叶绿素a、总氮、总磷、鱼类的最大体长和捕捞努力量(CPUE)这些参数,研究了大亚湾鱼类的群聚特征。结果表明,大亚湾鱼类呈嵌套分布格局,鱼类最大体长对嵌套格局的形成具有显著影响;大亚湾鱼类群落嵌套格局的形成支持选择性迁入假说;大亚湾鱼类全年与四季的嵌套最友好位点均在湾口杨梅坑和大辣甲北部海域,此两海域为大亚湾鱼类的主要群聚区,大辣甲北部海域是鱼类的产卵场繁殖区,杨梅坑海域是鱼类的主要育肥区,均应优先进行保护和管理,是开展大亚湾鱼类增殖放流的最适宜海域。     

4种理化因子对菌株XH1硝化效果的影响

【背景】基于硝化菌群的富集培养技术可高效稳定地去除养殖水体中的有害氮素,而当前在水产养殖领域有关硝化菌群定向培育及硝化功能菌株的研究较少。【目的】研究不同盐度、pH、温度、通气量条件下硝化菌群分离菌株XH1的生长及其对氨氮和亚硝氮的去除效果。【方法】设置不同梯度的盐度、pH、温度、通气量条件,通过计数菌量、测定氨氮及亚硝氮的浓度变化,比较不同条件下菌株XH1的生长及其对氨氮和亚硝氮的影响。【结果】菌株XH1可在盐度5‰-35‰、pH 6.0-9.0、温度15-45°C和通气量0.5-1 V/(V·min)的条件下生长良好,菌量最高可达2.34×109cells/mL;在盐度5‰-35‰、pH 6.0-9.0、温度15-30°C、通气量0.5 V/(V·min)的条件下,对氨氮的去除效果显著(P0.05),在第1-3天对培养液中氨氮的最高去除率可达86%-97%,但培养液中的氨氮浓度先降后升;对亚硝氮的最高去除率达68%。【结论】菌株XH1对盐度、pH、温度等主要环境因子具有良好的适应性,其对水体氨氮的去除效果良好,可作为中低盐度养殖池塘水体氨氮防控菌剂产品研发的备选菌株。     

荧光定量PCR与LAMP检测IHHNV的特异性和灵敏性比较

传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖对虾的重要病毒性病原之一,给对虾养殖业造成严重经济损失.研究建立了检测IHHNV的荧光定量PCR和环介导等温核酸扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)两种技术,并对它们的特异性和灵敏性进行了比较.结果显示,所建立的荧光定量PCR检测IHHNV的方法最低检测限度为6个DNA拷贝/反应,在待扩增DNA浓度为6.038×104-6.038×109cps/mL,范围时,模板浓度与循环阈值Ct之间的相关性良好,决定系数r2为0.99521;对5份白斑综合症病毒基因组DNA和10份健康对虾基因组DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阴性;这说明荧光定量PCR检测IHHNV方法具有灵敏度高、特异性高和精确性高等优点.同样,所建立的LAMP检测IHHNV的方法在60min反应时间内也可榆测到最低为6个拷贝的DNA模板,反应产物加入荧光染料SYBR Green Ⅰ后反应液呈现明显的亮绿色,且特异的检测IHHNV DNA模板;这说明所建立的LAMP检测IHHNV的方法具有荧光定量PCR方法相当的灵敏度、特异性和精确性.考虑到LAMP检测方法操作更为简单、方便,而且不需要昂贵的仪器,LAMP检测IHHNV的方法更适合于对虾养殖现场检测的推广使用.     

益生菌ZD02的分离及其在对虾集约化精养中的应用

从养殖环境分离纯化芽孢杆菌6株,对其进行消化酶活检测,根据检测的酶活指标选择ZD02作为待试验菌株并进行鉴定和热稳定性检测。结果表明:ZD02被鉴定为枯草芽孢杆菌,具有耐受高温的特性,90℃水浴10min存活率93%,95℃水浴5min存活率93%,100℃水浴5min存活82%,95℃和100℃水浴2min不影响芽孢菌存活,在调质温度102℃条件下,制粒后芽孢菌存活率94%;将经过鉴定的枯草芽孢杆菌发酵培养后应用于凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的集约化精养殖,试验组A在基础饲料中添加0.3%的芽孢杆菌。试验组B保持配方成本不变的基础上添加0.3%的芽孢杆菌,结果显示,试验组的成活率显著高于对照组(P0.05),试验组A、B的产量分别比对照组提高了43.0%和36.7%(P0.05),产值分别提高35.4%和21.0%(P0.05),饲料系数比对照组分别降低了9.9%和8.7%(P0.05);换水耗电、水质调节剂、内服药物3项费用合计,A组和B组较对照组分别节省了21.3%和22.3%(P0.05);实验组之间各项指标差异不显著(P0.05);表明,在对虾的集约化精养过程中合理利用益生芽孢杆菌可以增产增收。