江西省2010年柯萨奇病毒A组24型变异株的全基因组序列分析

急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)是目前人类最常见的眼病之一,柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)是近年来报道引起该病的主要病原体。本研究选取10株来自江西省2010年AHC暴发疫情的CV-A24v,采用特异性引物扩增并测定其全基因组序列。对该10条CV-A24v的全基因组序列进行系统发育分析以及重组分析,计算本研究测定的江西10条以及GenBank中所有22条CV-A24v的全基因组序列的氨基酸置换熵值,并预测其正向选择位点。结果表明,在江西10条CV-A24v基因组序列中未检测到重组。基于全基因组序列构建的最大似然树表明江西10株CV-A24v属于GIV基因型,且分处于两条传播链。对上述32条CV-A24v序列的氨基酸置换熵值计算,共得到25个易突变位点(熵值>0.6),易突变概率最高的区段为2A区。基于Datamonkey中FUBAR和FEL模型分析,发现位于结构蛋白VP2区的234位氨基酸为两种模型共同获得的CV-A24v的正向选择位点。本研究分析了江西10株CV-A24v的全基因组序列特征,为CV-A24v引起的AHC防控工作提供了基础资料。     

丽水市早期新冠肺炎无症状感染者SARS-CoV-2全基因组序列分析

对1例新型冠状病毒肺炎疫情流行早期的无症状感染者临床标本进行SARS-CoV-2实验室鉴定和全基因组测定,在分子水平了解新型病毒的基因特点和变异情况,追溯病毒潜在来源.实时荧光定量PCR扩增丽水市庆元县首例确诊患者密切接触者的痰液标本SARS-CoV-2核酸,阳性RNA逆转录为cDNA构建文库后进行基于NGS的宏基因组深度测序,生物学软件分析处理数据.该密接无任何症状及体征,痰液标本SARS-CoV-2核酸阳性.测序数据包含有足够的病毒序列,组装成功后hCoV-19/Lishui/LS556/2020长29 887bp,G+C含量37.99％,在ORF1ab和N区域发现4个SNP,对应1个错义突变和3个同义突变.LS556与SARS-CoV-2参考序列核苷酸/氨基酸同源性在99.2％/97.4％以上,不同序列之间存在4～17个核苷酸差异,与蝙蝠病毒RaTG13核苷酸差异仅3.7％,存在1141个SNP,与穿山甲病毒Guangdong/1相似性90.9％.LS556属于β冠状病毒Lineage B谱系,与LS003和ZJU-06共享完全相同的病毒,与蝙蝠/穿山甲冠状病毒进化上最相关.结合流行病学、核酸诊断、病毒溯源判定其为无症状感染者.LS556组成和结构符合SARS-CoV-2典型的基因特征,为高覆盖率序列,在流行早期与其他SARS-CoV-2基因组具有高度的同一性,突变率保持在较低水平,多数导致氨基酸位点保守置换.     

草莓种苗壮苗指数模型的构建与质量评价

随着我国草莓栽培面积逐年增加,草莓种苗需求量越来越大,为了确保种苗育苗质量,亟需开展壮苗评价的研究。本研究以生长40 d的‘红颜’穴盘苗为对象,在测定地上部和地下部生长、鲜重、干重等16项指标的基础上,分别构建单项指标隶属函数,使用加权模糊评判法计算种苗综合评价指数;利用主成分分析筛选的关键指标组成多个壮苗指数模型,与种苗综合评价指数进行相关性分析后,确定最佳草莓壮苗指数模型并进行验证。结果表明: 随机选取的320株草莓种苗16项指标存在显著差异,综合评价指数为0.165～0.817,可作为壮苗指数模型构建和种苗质量评价的依据。主成分分析将16项指标划分为地上部相关指标、地下部相关指标和色素指标3个主成分,累计贡献率达到79.7%;从每个主成分中选择贡献值最大的3个指标随机组成27种壮苗指数模型,通过相关性分析筛选出与综合评价指数相关性最大的5个壮苗指数模型,其中“地上干重×根系表面积×叶绿素a”的相关性最高,用‘红颜’、‘香野’和‘甜查理’种苗验证相关系数均最大,分别为0.879、0.924和0.975,确定可作为草莓壮苗指数计算模型。以综合评价指数为种苗质量分级依据,可将种苗健壮程度分为3个等级:等级Ⅰ(综合评价指数≥0.5,壮苗指数≥4.0)为优质苗,等级Ⅱ(综合评价指数0.3～0.5,壮苗指数0.5～4.0)为合格苗,等级Ⅲ(综合评价指数≤0.3,壮苗指数≤0.5)为弱苗。研究结果可为草莓或其他种苗壮苗指数计算和种苗健壮程度评价提供理论依据与科学方法。     

A Self-Biomineralized Novel Adenovirus Vectored COVID-19 Vaccine for Boosting Immunization of Mice

Virologica Sinica - SARS-CoV-2 has caused more than 3.8 million deaths worldwide, and several types of COVID-19 vaccines are urgently approved for use, including adenovirus vectored vaccines....     

Longitudinal virological changes and underlying pathogenesis in hospitalized COVID-19 patients in Guangzhou,China

Science China Life Sciences - Prolonged viral RNA shedding and recurrence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients have been...     

Curvature-Dependent Cavity-Nanoparticle Scaffold-Based Clusters with LSPR Enhancement as SERS Substrates

Plasmonics - Tunable local surface plasmon resonance (LSPR) enhancement properties of cavity-nanoparticle scaffold-based clusters were investigated via finite-difference time-domain (FDTD)...     

FcγR基因多态性与牙周炎易感性的Meta分析

目的探讨FcγRⅡa、FcγⅢa和FcγRⅢb的基因多态性与牙周炎发病风险性的相关性。方法通过检索PubMed、Web of Science、中国知网和万方等中英文数据库,纳入2019年10月前所有符合纳入标准的有关FcγRⅡa、FcγⅢa和FcγRⅢb的基因多态性与牙周炎发病风险性的研究,共27项病例对照研究,其中包含2 105个病例和1 115个对照,采用RevMan 5.3软件进行Meta分析,利用优势比(OR)及95%置信区间(CI)评价效应强度。结果 Meta分析结果合并显示FcγRⅡa和FcγRⅢb的基因多态性与牙周炎的发病风险无显著相关性,但FcγⅢa的基因多态性可能增加慢性牙周炎发病风险(V vs. F,OR=1.93,95%CI 1.01～3.69)。根据种群进行亚组分析,FcγRⅡa H131R位点的突变型可能会增加亚洲人群慢性或侵袭性牙周炎的发病风险[慢性牙周炎:R vs. H,OR=1.22,95%CI 1.04～1.42,(HR+RR)vs. HH,OR=1.28,95%CI 1.03～1.59;侵袭性牙周炎:R vs. H,OR=1.60,95%CI 1.01～2.54],但可能会降低高加索人群慢性牙周炎的发病风险[(HR+RR)vs. HH,OR=0.66,95%CI 0.48～0.90]。FcγⅢa F158V位点的突变型可能增加高加索人群慢性牙周炎的发病风险[V vs. F,OR=1.73,95%CI 1.06～2.85,(VV+FV)vs. FF,OR=2.26,95%CI 1.06～4.82]。FcγRⅢb NA1/NA2位点的NA2等位基因可能会降低包含50%高加索人群的混合人群侵袭性牙周炎的发病风险[(NA1NA2+NA2NA2)vs. NA1NA1,OR=0.57,95%CI 0.34～0.94)]。结论 FcγRⅡa、FcγⅢa和FcγRⅢb的基因多态性与牙周炎发病风险性之间的联系可能存在着种族差异,需要更大样本、更高质量的研究来进一步证实。     

西伯利亚蝗抗菌肽基因的克隆及表达特性研究

[目的]扩增西伯利亚蝗Gomphocerus sibiricus抗菌肽(attacin)基因,并对其进行生物信息学分析,同时分析西伯利亚蝗不同组织中抗菌肽基因的差异表达.[方法]基于RACE技术从西伯利亚蝗中克隆得到抗菌肽,利用生物信息学软件对西伯利亚蝗抗菌肽的一级结构、二级结构、三级结构、系统进化和亚细胞定位进行分析.采用实时荧光定量PCR技术检测了西伯利亚蝗抗菌肽基因在马氏管、中肠、后肠、脂肪体和唾液腺中的相对表达量.[结果]克隆获得的抗菌肽基因的开放阅读框为282 bp,编码93个氨基酸,其编码蛋白预测理论分子量为9.98 ku,等电点为9.26.抗菌肽氨基酸序列中存在信号肽序列.基因定量分析显示,抗菌肽基因在西伯利亚蝗的中肠中表达量最高.[结论]attacin在西伯利亚蝗成虫不同组织中差异表达,提示其消化道在防御病原微生物的入侵中起着重要的作用.     

抑制ATR基因可提高HeLa细胞对烷化剂的敏感性

目的：探讨ATR基因的表达对HeLa细胞对烷化剂敏感性的影响。方法：采用RNA干扰技术抑制HeLa细胞ATR基因的表达,观察ATR被阻断后HeLa细胞对烷化剂敏感性的变化,从而确定ATR基因的作用。结果：筛选到表达针对ATR基因的短发夹RNA（shRNA）阳性克隆,Western印迹结果显示ATR基因表达受到明显抑制;HeLa细胞对烷化剂的敏感性实验提示,ATR shRNA^＋HeLa细胞对烷化剂的敏感性明显增强。结论：抑制ATR基因可明显提高HeLa细胞对烷化剂的敏感性。