Multivariate classification analysis of metabolomic data for candidate biomarker discovery in type 2 diabetes mellitus

Recent advances in genomics, metabolomics and proteomics have made it possible to interrogate disease pathophysiology and drug response on a systems level. The analysis and interpretation of the complex data obtained using these techniques is potentially fertile but equally challenging. We conducted a small clinical trial to explore the application of metabolomics data in candidate biomarker discovery. Specifically, serum and urine samples from patients with type 2 diabetes mellitus (T2DM) were profiled on metabolomics platforms before and after 8 weeks of treatment with one of three commonly used oral antidiabetic agents, the sulfonyurea glyburide, the biguanide metformin, or the thiazolidinedione rosiglitazone. Multivariate classification techniques were used to detect serum or urine analytes, obtained at baseline (pre-treatment) that could predict a significant treatment response after 8 weeks. Using this approach, we identified three analytes, measured at baseline, that were associated with response to a thiazolidinedione after 8 weeks of treatment. Although larger and longer-term studies are required to validate any of the candidate biomarkers, pharmacometabolomic profiling, in combination with multivariate classification, is worthy of further exploration as an adjunct to clinical decision making regarding treatment selection and for patient stratification within clinical trials. Electronic supplementary material  The online version of this article (doi:) contains supplementary material, which is available to authorized users.     

脑出血与脑缺血模型大鼠脾淋巴细胞的蛋白质组学研究

目的:通过比较正常与脑出血及脑缺血模型大鼠脾淋巴细胞蛋白质表达的差异,初步探讨细胞免疫功能与脑血管病之间的关系.方法:将SD大鼠随机分为正常组、脑出血模型组(采用VII型胶原酶诱导脑出血)和局灶性脑缺血模型组(采用线栓法造成大脑中动脉阻塞),分离大鼠脾淋巴细胞,提取总蛋白质后进行双向凝胶电泳,考马斯亮蓝染色,PDQUEST软件分析,对差异蛋白质点采用基质辅助激光解析电离质谱(MALDI-TOF-MS)技术进行鉴定并分析.结果:胶质细胞成熟因子γ等9个蛋白在脑出血和脑缺血模型组表达上调,膜联蛋白III在脑出血和脑缺血模型组表达下调.结论:建立了分辨率高重复性较好的脑出血及局灶性脑缺血脾淋巴细胞总蛋白的双向凝胶电泳图谱,并鉴定一些与脑血管病脑损伤相关的差异表达蛋白质,为深入研究脑血管病细胞免疫功能改变与脑血管病之间的关系奠定了基础.     

A组人轮状病毒全基因组克隆和基因型分析

运用基因克隆和重组技术,从一急性胃肠炎患儿样品中克隆到一株轮状病毒（RV）全基因组cDNA。核苷酸序列测定结果表明,该株RV基因组11条RNA共含有18613个核苷酸（3302bp—751bp）,编码5791个氨基酸。全基因组研究结果表明,该株RV（TB-Chen）为A组,II亚组,基因型为G2P[4]/NSP4[A]。这是首个A组人RV全基因组研究结果的报道,对研究和开发RV疫苗具有积极的意义。     

葡萄种类和品种鉴定技术研究进展

葡萄种类和品种的鉴定是葡萄种质资源研究和新品种保护的基础。本文介绍了鉴定工作中常用的形态学、孢粉学、细胞学、生物化学和分子标记等方法,并对这些方法在葡萄研究中的应用及存在的问题进行了总结。其中形态学鉴定是最基础、最普遍的方法。分子标记技术为葡萄种质资源鉴定工作提供了更为快捷和精确的依据,但目前在葡萄上的应用还较少。此外,本文还对果树品种鉴定方法的发展趋势进行了展望。     

脓癣伴急性丹毒样癣菌疹1例

报道1例由脓癣引起的急性丹毒样癣菌疹。患者女,68岁,因头皮多发性脓肿伴四肢肿痛入院。头发及脓痂真菌直接镜检阳性,真菌培养为犬小孢子菌。经口服伊曲康唑等药物治疗皮疹基本消退。     

黑龙江省蹄盖蕨科(Athyriaceae)植物的RAPD分析及其系统学意义

在形态分类研究的基础上,利用RAPD技术,对黑龙江省蹄盖蕨科植物6属9种共15个种群进行了遗传多样性分析,分析结果表明：（1）假冷蕨属应包括在蹄盖蕨属中（2）角蕨属与蹄盖蕨属,羽节蕨属与冷蕨属亲源关系较近（3）短肠蕨属为独立一属,与其它属亲源关系较远。根据黑龙江省蹄盖蕨科植物的DNA水平的研究结果,再结合其形态学特征,建议将黑龙江省蹄盖蕨科划分为3个亚科：冷蕨亚科(Cystopterioideae)包括2个属：冷蕨属(Cystopteris)和羽节蕨属(Gymnocarpium)。蹄盖蕨亚科(Athyrioideae)包括3个属：蹄盖蕨属(Athyrium)、假冷蕨属(Pseudocystopteris)和角蕨属(Cornopteris)。双盖蕨亚科(Diplazioideae)包括短肠蕨属(Allantodia)。     

原发性肝癌患者乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异的分析

目的:研究原发性肝癌患者乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异情况及与基因型的关系.方法:收集乙型肝病毒感染者血清132份,HBV DNA均阳性,用半巢式聚合酶链反应扩增HBV前C及c基因部分片段,产物纯化后直接测序,检测前C A1896联合BCP T1762/A1764变异.用S基因PCR-RFLP方法确定HBV基因型.结果:乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异在原发性肝癌组的阳性率为41.18%(14/34),显著高于慢性肝病组的11.22%(11/98)(P<0.01).前CA1896联合BCP T1762/A1764变异在B基因型检出率与C基因型相比,差异无显著性(P>0.05).结论:乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异与原发性肝癌关系密切,与基因型无相关性.     

禽流感抗原基因NA,HA的克隆及其表达载体的构建

HA和NA是禽流感病毒重要的保护性抗原基因,为了得到禽流感植物疫苗,本试验采用高保真PCR扩增方法得到目的基因,分别克隆到pMD18-T载体.经测序证实核酸序列正确后,克隆到含有GUS基因的高效植物双元表达载体pB1121上,获得含有HA/NA基因的植物双元表达载体pB1121-HA和pB1121-NA,采用冻融法将含HA/NA基因的植物双元表达载体转入根癌农杆菌LBA4404,菌液浸染生菜子叶,共培48小时后进行GUS基因表达检测,x-glue染色显蓝色,说明带有HA/NA的植物双元表达载体构建成功,为下一步的生菜转HA/NA基因研究奠定基础.     

中低温度热疗对人骨肉瘤SaoS-2细胞VEGF表达和分泌的影响

目的:探讨中低温度热疗对人骨肉瘤SaoS-2细胞株VEGF蛋白表达和分泌的影响.方法:经43℃中低温作用过后的SaoS-2细胞分别提取其全细胞蛋白和收集其培养上清,再使用Western Blot方法和ELISA方法分别检测SaoS-2细胞表达和分泌VEGF蛋白的状况.结果:43℃加热可以抑制人骨肉瘤SaoS-2细胞表达和分泌VEGF,并且其抑制效应随着加热时间的延长而逐渐增强.结论:中低温度引起的VEGF表达和分泌的降低,在中低温度热疗的抗肿瘤机制中可能发挥了一定的作用.