SYBR Green实时荧光定量PCR快速检测口腔幽门螺杆菌

目的建立一种快速、灵敏、特异的鉴定幽门螺杆菌实时荧光定量PCR方法。方法利用SYBR Green实时荧光定量PCR反应体系对口腔幽门螺杆菌进行检测。鉴定结果与临床常规鉴定方法相比较,评价其敏感度、特异度及重复性。结果通过48例样品的检测,结果显示实时荧光定量PCR法检测标本的鉴定结果与常规PCR鉴定方法的结果对比,特异度为100%,敏感度为100%;最小能检测到102个拷贝数的重组质粒;批内重复试验和批间重复试验结果均与常规鉴定方法结果相符。结论实时荧光定量PCR法鉴定口腔幽门螺杆菌,特异度和敏感度高,重复性好,且快速、简便。该方法有望成为检测口腔幽门螺杆菌感染的一种快速有效的方法。     

C57BL/6小鼠幽门螺杆菌感染动物模型的建立

目的：建立幽门螺杆菌（Helicobacter pylori,Hp）小鼠感染模型。方法：建立Hp经口感染SPF级小鼠的动物模型,取小鼠胃粘膜组织,利用PCR技术、尿素酶实验、细菌培养等方法检测接种小鼠,对结果进行判定。结果：Hp可感染C57BL／6小鼠并在小鼠胃部定植。     

幽门螺杆菌在口腔中的特征性分布

目的:研究幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,Hp)在慢性胃炎患者口腔中的分布.方法:依据Hp尿素酶C基因和细胞毒素相关基因(cagA)设计引物建立PCR方法,从32例慢性胃炎患者口腔内多部位采集标本,检测和鉴定牙菌斑(每人采集6个牙的龈上和龈下菌斑)、含漱液、舌背黏膜、颊黏膜及腭黏膜表面中的Hp.结果:32例患者中有29例(90.6%)从口腔内牙菌斑、含漱液、舌背黏膜、颊黏膜及腭黏膜至少一处检测出Hp,其中28例(87.5%)从胃和口腔内同时检出Hp,口腔内各部位标本中Hp检出率依次为牙菌斑84.4%,口腔含漱液56.2%,舌背黏膜43.8%,颊黏膜28.1%,腭黏膜9.4%;在384份牙菌斑中,磨牙的牙菌斑Hp的检出率高于前牙(33.2%vs21.9%,P＜0.01);而上下牙的牙菌斑Hp的阳性率差异无显著性(29.7%vs29.2%,P＞0.05);在PD＞4 mm的牙周袋,菌斑Hp检出率显著高于PD＜4 mm的袋(P＜0.05),龈下菌班Hp的阳性率显著高于龈上菌斑(P＜0.01).结论:口腔多部位存在Hp,牙菌斑中居多,并呈一定的分布规律;口腔Hp可能是胃Hp感染的重要来源.     

聚合酶链反应检测人动脉粥样硬化斑中肺炎衣原体和幽门螺杆菌的DNA

肺炎衣原体和幽门螺杆菌能分别引起呼吸系统和胃肠道的持续感染,研究显示这些菌持续感染动脉可能引起动脉粥样硬化的发生.本文通过聚合酶链反应(PCR)检测动脉粥样硬化斑中肺炎衣原体和幽门螺杆菌(Hp)DNA,研究动脉粥样硬化与肺炎衣原体和Hp感染之间的关系.     

高效表达幽门螺杆菌UreB重组蛋白工程菌的构建

克隆表达幽门螺杆菌(Hp)的尿素酶B亚单位(UreB)重组蛋白,可为Hp疫苗开发和快速诊断试剂盒的研究奠定基础。用PCR方法由幽门螺杆菌染色体DNA扩增UreB基因片段,将其融合插入原核表达载体pQE30中,并在M15大肠杆菌表达。经酶切、测序分析,包括部分融合载体基因在内的重组UreB基因片段由1773bp组成。为编码591个氨基酸残基的多肽。SDS-PAGE分析显示重组表达的目的蛋白相对分子量约为66kD,表达量点菌体总蛋白的23．5％,并经免疫印迹分析证实被幽门螺杆菌感染的阳性血清可与纯化UreB重组蛋白发生特异性的结合反应。UreB重组蛋白具有良好的抗原性,将有可能成为一种有效蛋白质疫苗以及快速诊断试剂盒用于Hp感染的防治和检测。     

48例消化性溃疡患者幽门螺杆菌的耐药性调查

对幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori ,Hp)临床分离株进行药物敏感性试验及耐药性分析 ,为探求幽门螺杆菌感染的根除疗法提供依据。运用微需氧培养方法 ,从胃镜活检标本中分离幽门螺杆菌 ,利用琼脂稀释法测定幽门螺杆菌对抗生素的敏感性试验 ,将 2 1株Hp临床分离株进行 7种抗菌药物的敏感性及耐药性调查。从 4 8例消化性溃疡患者胃镜活检标本中分离出 2 1株幽门螺杆菌。 2 1株幽门螺杆菌对阿莫西林MIC范围 0 .5～ 8mg/L ,无耐药菌株 ;克拉霉素、替硝唑的MIC范围分别为 0 .12 5～ 0 .5mg/L和 4～ 8mg/L ,耐药率均为 4 .76 % ;四环素、利福平的MIC范围分别为 0 .5～ 1mg/L和 1～ 6 4mg/L ,耐药率分别为 4 .76 % ,9.5 2 % ;甲硝唑的MIC为 16～ 12 8mg/L ,红霉素的MIC为 0 .5～ 12 8mg/L ,耐药率较高 ,分别为 2 3.89%和5 7.15 %。此次分离的Hp对阿莫西林、克拉霉素、替硝唑有较高的敏感性 ;而对甲硝唑及红霉素耐药率高 ,应避免应用 ;阿莫西林、克拉霉素可作为本地区治疗Hp感染的主要药物 ;四环素、利福平可用于一线治疗失败后二线治疗 ;替硝唑可替代甲硝唑用于Hp的根除治疗。     

幽门螺杆菌在牙菌斑及胃粘膜分布研究

目的:探讨幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)在牙菌斑及胃粘膜分布状况。方法:采用聚合酶链式反应(polym erase chain reaction,PCR)技术对80 例慢性胃溃疡患者的牙菌斑及胃粘膜组织进行Hp 检测。结果:48 例胃粘膜Hp 阳性的患者中12 例牙菌斑Hp 阳性;胃粘膜Hp 阴性的患者无一例牙菌斑Hp 阳性;胃Hp 阳性检出率大于牙菌斑。结论:幽门螺杆菌不仅存在于胃粘膜组织中,也存在于口腔牙周组织中。提示牙菌斑可能是Hp 的重要寄居地。     

甘蔗杆状病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种能够快速、灵敏、特异的检测甘蔗杆状病毒(sugarcane bacilliform virus, SCBV)的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,针对SCBV的基因序列,设计了特异性扩增引物,利用构建的标准品建立和优化针对SCBV的荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行了特异性、稳定性、灵敏性等的测试,随后用于田间样品的检测。结果表明:将含有SCBV基因组序列的重组质粒进行梯度稀释制成标准品,利用标准品进行荧光定量PCR,获得标准曲线y=-3.482 1x+37.264,相关系数r~2=0.999 9,说明CT值与反应起始模板数量呈线性关系,可进行准确定量;组内和组间变异系数在0.19%～1.68%之间,表明检测方法重复性良好;建立的荧光定量PCR方法最低可检测到10个拷贝重组质粒/μL,是常规PCR检测灵敏度的100倍。使用建立的荧光定量PCR方法和常规PCR方法对采集的90份甘蔗叶片样品进行检测,常规PCR检出53份阳性样品,荧光定量PCR检出56份阳性样品,表明所建立的荧光定量PCR方法较常规PCR敏感性高,且准确性高。本研究建立的SCBV荧光定量PCR检测方法重复性好,灵敏度高,为构建甘蔗健康种苗体系提供了一种高效检测方法。     

藏绵羊子宫内膜炎主要致病菌多重PCR检测方法的建立与评价

本研究旨在建立一种多重PCR方法检测青海藏绵羊子宫内膜炎主要的病原菌。首先,提取5种标准菌株基因组,筛选出特异性引物;然后以标准菌株的基因组为模板,建立多重PCR方法。用无菌棉拭子涂抹藏绵羊子宫,置于LB培养液中培养并编号,48 h后提取样品基因组。运用单一PCR法对600份样品基因组进行检测,记录阳性样品;再挑取单一PCR法检测的阳性样品进行多重PCR检测,再次记录阳性样品,通过计算两种检测方法的符合率验证多重PCR方法;随机挑出30份阳性样品,进行病原菌分离鉴定菌种种类。单一PCR检测的样品中,无乳链球菌感染比例占47.33%,大肠杆菌占34.83%,金黄色葡萄球菌占6.5%,未检出沙门氏菌和化脓隐秘杆菌;多重PCR检测的阳性样品中,无乳链球菌感染比例占45.50%,大肠杆菌占33.50%,金黄色葡萄球菌占6.5%;两种检测结果相比较,多重PCR检测出的符合率均高于95%;分离鉴定的病原菌与两种PCR方法检测出的菌种结果基本一致。成功建立了多重PCR方法并检测出引起青海藏绵羊子宫内膜炎的主要病原菌为无乳链球菌、大肠杆菌和金黄色葡萄球菌。     

新型冠状病毒纳米PCR快速检测方法的建立

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染可导致致命性肺炎,且极具传染性。自2019年年末在我国出现以来,已在全球蔓延。为了建立一种灵敏、快速检测SARS-CoV-2的分子检测方法,本研究使用金纳米颗粒配合普通PCR检测方法,针对SARS-CoV-2核衣壳蛋白建立了SARS-CoV-2 NanoPCR新型分子检测方法。特异性结果显示,该方法对猪流行性腹泻病毒、牛冠状病毒、犬冠状病毒、水貂冠状病毒、猫传染性腹膜炎病毒均无交叉反应,表明该方法的特异性良好。敏感性结果显示,该方法的最低检测量为3.69×10⁴拷贝/μL,高于普通PCR最低检测量10倍,表明该方法的敏感性良好。使用建立的方法对3份临床样品进行检测,该方法与普通PCR方法结果一致,10倍稀释样品后,NanoPCR相比较普通PCR条带仍然具有较高辨识度。综上,本研究建立的灵敏、特异的NanoPCR方法可以对临床样品进行快速诊断和鉴定。     

幽门螺杆菌感染Beagle犬动物模型的建立

建立幽门螺杆菌感染Beagle犬动物模型 ,为进行临床治疗及预防Hp感染研究提供实验基础。对Beagle犬进行一定程序的预处理后 ,口服灌喂Hp液体培养悬液。在以后不同时间段通过胃镜观察、组织培养、酶试验、粪便全菌ELISA检测、14 C 尿素呼气试验、PCR以及抗体检测等方法对Hp感染Beagle犬情况进行检测 ,观察细菌所引起的病理改变及定植时间。Beagle犬感染Hp数月后胃镜观察动物大体标本仍有病理改变 ;组织培养、酶实验、全菌检测及其它检测试验均阳性。Hp可以长时间定植于犬胃粘膜上并引起相应的病理改变 ,Beagle犬可以作为Hp感染动物模…     

H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及其应用

H13亚型禽流感病毒以往只在海鸥、鸭等水禽中被发现,2018年,我们实验室报道了蛋鸡感染H13亚型禽流感病毒的证据,表明H13亚型禽流感病毒存在从水禽中溢出感染陆禽的风险,因而有必要加强对H13亚型禽流感病毒的监测。实时荧光定量PCR由于具有特异性强、灵敏度高、检测时间短等优点,在病原监测工作中得到了广泛应用。本研究以H13亚型禽流感病毒的HA基因作为靶基因,设计了一对特异性荧光定量PCR检测引物,通过特异性试验、敏感性试验等,建立了H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法,并应用建立的检测方法对海鸥粪便样品进行核酸检测。实验结果发现,该检测方法的灵敏度为1.60×10⁰拷贝/μL;该检测方法对H1、H3、H5、H6、H7和H9等6个亚型的禽流感病毒无交叉反应;该检测方法的敏感性是常规PCR的10倍;海鸥粪便样品中H13亚型禽流感病毒的核酸检测阳性率为18.8%。我们建立的H13亚型禽流感病毒实时荧光定量PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强等特点,该检测方法可用于大量临床样品的快速检测,为H13亚型禽流感病毒监测工作的顺利开展提供了技术支撑。     

幽门螺杆菌尿素酶B单位DNA疫苗的构建及鉴定

定植于人胃粘膜的幽门螺杆菌是导致慢性感染的最常见病原微生物之一 ,全世界约有 5 0 %以上的人感染过Hp。 1994年世界卫生组织 (WHO)把Hp列为一类致癌因子。目前用抗生素等治疗Hp感染存在一些缺陷 ,因此研制预防和治疗性Hp疫苗具有重要的意义。本研究首先用PCR法扩增获得了ureB基因 ,亚克隆至pMD 18载体 ,并最终将ureB基因克隆至真核表达载体pTCAE。对阳性克隆子pT ureB用PCR、酶切及测序的方法进行了鉴定 ,鉴定后的 pT ureB即为候选的Hp核酸疫苗。进一步将疫苗体外转染CHO细胞 ,用抗UreB多抗检测培养上清 ,证实了UreB蛋白的…     

一种实时荧光定量PCR检测Ⅱ型单纯疱疹病毒检测方法的研究

建立SYBR Green实时荧光定量PCR方法,用于快速、准确检测Ⅱ型单纯疱疹病毒(HSV-2)。设计特异性引物,PCR扩增糖蛋白G(g G)片段,构建p EASY-T1-g G2重组质粒作为标准品,绘制标准曲线,同时考察该方法的稳定性、灵敏性和特异性,并利用此方法检测HSV-2血清学确诊的生殖器疱疹临床样本。本实验获得的标准曲线R~2=0.997,相关性良好,灵敏度是普通PCR的1 000倍。用本方法检测HSV-2血清学确诊的生殖器疱疹临床样本均为阳性,符合率为100%,且每份样品检测结果的变异系数均小于2%。本研究建立的SYBR Green实时荧光定量PCR方法可用于临床HSV-2感染的检测。     

产肠毒素大肠杆菌快速检测方法的建立和评价

目的利用环介导等温扩增(LAMP)技术,建立产肠毒素大肠杆菌(ETEC)的快速、便捷、敏感、特异的检测方法,并对该方法的特异性和敏感性进行评价,为实验动物检测和细菌性腹泻的诊断提供技术支持。方法根据GenBank公布的产肠毒素大肠杆菌的LT毒素基因序列(S60731.1)设计外引物和内引物进行LAMP扩增,对LAMP特异性和敏感性与PCR方法做比较。结果建立的LAMP方法检测最低浓度为100 pg/μL,灵敏度是PCR的10倍以上并具有较高的特异性,利用该方法对27份猴腹泻样品进行LAMP和PCR方法检测,发现PCR检出率为33.3%,LAMP(60 min内)结果与PCR相同,而LAMP(90 min内)检出率为92.6%,约是PCR检出率的3倍。结论建立了一种用于检测肠毒性大肠杆菌(ETEC)的LAMP检测方法,该方法特异性强,灵敏度高,方便快捷,适合于ETEC临床快速检测。     

应用可视化基因芯片技术检测幽门螺杆菌感染个体化药物治疗相关基因

目的:建立一种能同时检测幽门螺杆菌克拉霉素(23S)、喹诺酮(gyrA)耐药位点和人PPI代谢相关CYP2C19的基因多态性情况的基因芯片检测方法.方法:通过分析筛选人基因组CYP4502C19 *2,CYP4502C19*3及幽门螺杆菌克拉霉素和喹诺酮类耐药位点的DNA序列,设计制备了HP感染个体化药物治疗检测基因芯片,并对其特异性、灵敏度、重复性进行了评价.结果:该芯片可以检测出不低于103 CFU/ml的幽门螺杆菌和不低于2ng/μl的人基因组DNA.196例临床标本的芯片检测结果与测序结果基本一致.结论:应用可视化基因芯片进行幽门螺杆菌感染个体化药物治疗相关基因检测具有较高的特异性和敏感性,结果准确且易判读,具有较好的应用前景,可以为临床医生提供用药指导.     

基于双探针杂交的AIV、NDV和FAV-4三重环介导PCR鉴别检测方法的建立及应用

本研究目的是建立禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)和禽腺病毒4型(FAV-4)三重环介导PCR检测方法,用于3种病毒混合感染的鉴别诊断。根据GenBank数据库中AIV的HA基因、NDV的F基因和FAV-4的Hexon基因序列保守性,分别设计两条序列相邻的特异性探针,标记于不同大小的拟南芥TOC1基因片段两端,作为报告基因,用于环介导PCR检测,成功建立了AIV、NDV和FAV-4三重环介导PCR鉴别诊断方法,扩增片段大小分别为200bp、270bp和360bp。特异性试验结果表明,环介导PCR对含有AIV、NDV和FAV-4核酸的样品可扩增出特异性目的片段,而含有IBDV、IVB、FPV和MDV核酸的样品则未见明显扩增,特异性良好;灵敏性试验结果表明,环介导PCR对AIV、NDV和FAV-4的最低极限浓度分别为25pg/μL、12.5pg/μL和12.5pg/μL的核酸样品,检测灵敏度高;多病原同时检测不影响环介导PCR检测特异性和灵敏性。利用该方法对117份临床样本进行检测,结果显示,环介导PCR对AIV、NDV和FAV-4阳性检出率分别为15.4%,27.4%和34.2%,分别高于常规PCR 12.8%,23.9%和32.5%,接近于SybrGreen实时PCR 15.4%,28.2%和35%;kappa一致性检验显示,环介导PCR、SybrGreen实时PCR两种方法对AIV、NDV和FAV-4检测结果高度符合,Kappa值分别为κ=0.93、κ=0.89和κ=0.94。本研究成功建立了AIV、NDV和FAV-4三重环介导PCR检测方法,适用于临床上3种病原的快速鉴别诊断。     

一种检测大鲵致病性嗜水气单胞菌的四重PCR法

建立一种快速诊断致病性嗜水气单胞菌的PCR法。根据嗜水气单胞菌的16S rDNA、外膜蛋白、溶血素及丝氨酸蛋白酶基因设计4对引物,经PCR反应条件优化后进行检测。结果表明,仅嗜水气单胞菌呈阳性,其检测敏感性高,可检测100 fg的DNA模板。20株大鲵源嗜水气单胞菌经四重PCR法检测时,有18株呈阳性。其中,毒力基因种类较多的阳性菌株经人工感染试验和胞外产物活性检测时显示出较高的致病性。利用该PCR法进行的其他检测中,还发现33份人工感染样本全部呈阳性,34份疑似样本有21份呈阳性,说明四重PCR法可应用于临床检测。本研究建立的四重PCR法具有高度敏感性和特异性,可用于嗜水气单胞菌快速诊断。     

WSSV和IHHNV二重实时荧光PCR检测方法的建立

根据基因库中对虾白斑综合征病毒WSSV(AF369029)和传染性皮下及造血器官坏死病毒IHHNV(AF218226)基因序列,设计了WSSV和IHHNV的两对特异性引物和两条用不同荧光基团标记的TaqMan探针。对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测WSSV和IHHNV的二重实时荧光PCR方法。该方法特异性好,对WSSV和IHHNV的检测敏感性分别达到2和20个模板拷贝数;此外抗干扰能力强,对WSSV和IHHNV不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测这二个病毒。对保存的30份经常规PCR检测仅为WSSV或IHHNV阳性的样品进行二重实时荧光PCR检测,结果都为阳性,其中1份为WSSV和IHHNV混合感染。本研究建立的二重实时荧光PCR方法用于WSSV和IHHNV的检测具有特异、敏感、快速、定量等优点。