箭毒木种子蛋白质样品制备及双向电泳改良方法

建立箭毒木（Antiaris toxicaria）种子总蛋白的提取方法,以及可以对其蛋白质组进行分析的双向电泳条件。通过各种条件的优化与组合,建立了以TCA-丙酮为基础的Tris—HCl提取法提取总蛋白,第1向电泳为固相pH梯度等电聚焦,第2向电泳为垂直平板SDS-PAGE的双向电泳体系。通过对样品制备、样品溶解、等电聚焦电泳、SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳以及染色方法等关键步骤进行分析,获得了满意的双向电泳图谱。在探索适合箭毒木种子蛋白质组学研究双向电泳方法中,比较了三氯乙酸-丙酮沉淀法、和Tris—HCl法,以及对双向电泳过程中的关键步骤的改良,认为Tris—HCl法为最适方法,所得图谱背景清晰,蛋白质信息量最大,为箭毒木属植物的差异蛋白质组学的后续研究打下了坚实的基础。     

山黧豆叶片蛋白质双向电泳技术的建立

以山黧豆叶片为材料,比较分析了蛋白质的不同提取方法,在此基础上着重于样品制备。对IPG胶条的选择,第一向等电聚焦和第二向SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳的电泳程序及参数、染色方法等相关技术进行了比较和条件优化。结果显示：采用TCA-丙酮沉淀法提取蛋白质,裂解液中加入Tris-base作为蛋白酶抑制剂,等电聚焦电泳时延长低电压的电泳时间（30V、12h,500V、1h,1000V、2h）以促进盐离子泳出的方法对山黧豆叶片蛋白质进行双向电泳,并用考马斯亮蓝和银染复合染色法进行凝胶染色,能够获得蛋白点清晰的双向电泳图谱,说明用优化后的方法建立起的山黧豆叶片蛋白质双向电泳技术,蛋白质样品制备质量好,电泳分辨率高,完全适合于进一步的蛋白质组学研究。     

中枢神经蛋白质组分析中双向电泳技术的建立

建立和优化了中枢神经组织蛋白质组分析所需的双向电泳及相关技术.由于中枢神经组织结构的特殊性,样品处理非常困难.对样品液组成、样品处理、上样方式、上样量、IPG胶条和SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳染色方法和保存等相关技术进行了比较研究和条件优化后,以固相pH梯度等电聚焦为第一向和SDS均一胶（T=12.5%）的水平电泳为第二向,成功地得到了神经组织双向电泳图谱.     

结肠癌蛋白质双向电泳技术的建立

目的:建立结肠癌13cm和24cm非线性分离系统的2-D图谱,分析比较两者的分辨率.方法:提取结肠癌总蛋白,用pH3-10非线性干胶条对样品进行等电聚焦分离,并分别使用13cm和24cm电泳系统进行双向电泳,考马斯亮蓝G250染色,图像分析,比较对比两组2-D图谱,量化分析两种系统的分辨率差异.结果:在等点电3-10,分子量20-170 kD范围内分别分离得到蛋白质斑点873个(13 cm电泳系统)和1349个(24cm电泳系统).对于24cm电泳系统,1 mg蛋白质上样量的电泳图谱清晰,分辨率较好.结论:成功建立了高分辨率、简便易控的结肠癌蛋白质组双向电泳技术平台.     

双向电泳技术应用于消化道粘膜组织并优化

目的：初步建立并优化了组织蛋白质组分析所需的双向电泳技术;提高其分辨率及重复性。方法：以小鼠肠组织为例,并以固相pH梯度为第一向的双向电泳的关键因素与环节;如样品处理,上样量,电泳参数,凝胶浓度和SDS凝胶电泳染色方法等进行一系列的优化。结果与结论：以固相pH梯度-IPC胶条（pH3～10）进行第一向等电聚焦;以SDS均一胶（13%）的垂直电泳为第二向,成功地得到了肠组织的双向电泳图谱。     

蝴蝶兰叶片蛋白质提取及双向电泳体系优化

通过对蛋白质提取、IPG胶条选择、上样量、水化方式、聚焦条件等方面的优化,建立蝴蝶兰叶片蛋白质的双向电泳体系。结果表明,采用酚抽提法提取蝴蝶兰叶片蛋白质的纯度较高,复溶较完全;双向电泳优化体系选用24 cm pH 3～10 NL的IPG胶条,被动水化,上样量为1.35 mg,B1程序进行等电聚焦,12%分离胶进行第二向电泳,考马斯亮蓝G-250染色。该方法获得分辨率较高、重复性较好的蝴蝶兰叶片双向电泳图谱,蛋白数点多达1163个,可以满足蝴蝶兰蛋白质组学研究和分析。     

甘蔗叶片总蛋白提取及双向电泳条件的改进

针对甘蔗叶片中含有大量酚类和色素等干扰物质的现象．通过对甘蔗叶片蛋白样品制备、上样量和电泳条件等方面做了必要改进,建立了一套适用于甘蔗叶片蛋白质组分析的双向电泳（2-DE）方法。     

油松雌性不育系球果蛋白质双向电泳技术的建立

本文建立了油松雌性不育系雌球果蛋白质组研究中的双向电泳技术。第一向采用固定pH值梯度（IPG）胶条在IPGphorTM等电聚焦仪上进行等电聚焦,第二向在恒功率且恒温条件下于Ettan-DALTTMⅡ高通量电泳仪上进行SDS-PAGE电泳,以银染和考马斯亮蓝两种方法染色。通过对全蛋白的提取、胶条pH值和胶条肿胀等技术环节的优化和比较,得到了重复性很高,分离效果良好的蛋白质双向图谱。     

蒙古沙冬青叶蛋白质双向电泳体系的建立和优化

开展蒙古沙冬青叶组织的蛋白质组学研究,需要建立和优化叶的蛋白质组双向电泳体系。本研究以蒙古沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)叶片为材料,比较了不同总蛋白提取方法(TCA-丙酮法和Tris-饱和酚法)、不同染色方法(考马斯亮蓝染色和硝酸银染色)和不同蛋白质上样量对双向凝胶电泳蛋白质得率和等电聚焦效果的影响。结果显示,采用TCA-丙酮法提取蒙古沙冬青叶片总蛋白,蛋白质上样量500μg,以硝酸银染色SDS-PAGE胶,双向电泳的分辨率最高,图谱清晰。该方法的建立为开展蒙古沙冬青叶片蛋白质组定量和定性分析奠定了基础。     

砂藓总蛋白质提取方法的选取及双向电泳体系的建立

为进行砂藓(Racomitrium canescens)蛋白质组学的双向电泳工作,首要前提是获得质量较好的砂藓总蛋白质,并建立一套完整高效的适用于砂藓的双向电泳体系。本研究以砂藓为研究对象,比较了Tris-酚抽提法、TCA-丙酮法和试剂盒法3种蛋白质提取方法获得砂藓总蛋白质的浓度和完整性,并对砂藓中蛋白质双向电泳的运行条件进行了优化和比较。结果表明:在3种砂藓总蛋白质提取方法中,Tris-酚抽提法获得的砂藓总蛋白质浓度最高,SDS-PAGE电泳结果中条带清晰且较完整,双向电泳后获得的蛋白质点最多,是3种方法中提取砂藓蛋白质浓度最高完整性最好的方法;基于Tris-酚抽提法的基础上进一步对砂藓总蛋白质双向电泳体系进行优化,结果显示:利用pH值范围为pH 4～7的IPG胶条,蛋白质上样量为1 000μg的条件下,获得的砂藓蛋白质双向电泳图谱蛋白质点最多,图谱中可分辨的蛋白质点共(872±15)个,且低丰度蛋白质点清晰。本研究筛选出的方法获得了蛋白质点分布均匀、背景清晰、分辨率高、质量较高的双向电泳图像,建立了砂藓蛋白质组学研究体系的较好方法。本研究结果为砂藓蛋白质组学研究提供了良好基础。     

利用双向电泳技术分离大豆矮秆突变体相关蛋白

矮秆是大豆育种的重要目标性状之一。本实验以大豆野生型东农42和矮秆突变体东泽11为材料,利用近年来发展起来的双向电泳技术,在蛋白质水平对两个材料的差异蛋白质进行筛选,目的是鉴定与矮秆突变体相关的蛋白,为基因克隆提供依据。通过对酚(Phenol)法与TCA／丙酮沉淀法二种提取方法、100μg和200μg两种加样量、考马斯亮蓝染色和银染两种染色方法的比较,发现用丙酮沉淀法提取叶片可溶性总蛋白、加样量为200μg进行电泳,用考马斯亮蓝染色的效果较好,从而建立了大豆叶片总蛋白双向电泳技术优化体系。用该体系对野生型与突变体叶片全蛋白的差异分析,鉴定出９个蛋白差异点,其中６个上调表达,３个下调表达。     

红色红曲菌蛋白质组双向凝胶电泳体系的建立

红曲菌是一种具有较高食用和药用价值的丝状真菌,能够产生红曲色素、莫纳可林K等多种生理活性物质。通过分析比较培养基、蛋白质裂解液组成以及水化上样条件对双向电泳结果的影响,建立了红色红曲菌蛋白质组的双向凝胶电泳体系,为从蛋白质水平研究红曲菌及其次级代谢产物的生物合成提供依据。结果表明：用YES培养基培养红色红曲菌6 d,TCA 丙酮法提取菌体总蛋白质,蛋白质裂解液组分为8mol/L尿素,2mol/L硫脲,4 % CHAPS,1 % DTT和2 % Bio-lyte,可获得蛋白质样点数量多,清晰度高的双向电泳图像,为进一步研究红曲菌蛋白质组奠定了基础。     

High throughput two-dimensional blue-native electrophoresis: a tool for functional proteomics of mitochondria and signaling complexes

The recent upsurge in proteomics research has been facilitated largely by streamlining of two-dimensional (2-D) gel technology and the parallel development of facile mass spectrometry for analysis of peptides and proteins. However, application of these technologies to the mitochondrial proteome has been limited due to the considerable complement of hydrophobic membrane proteins in mitochondria, which precipitate during first dimension isoelectric focusing of standard 2-D gels. In addition, functional information regarding protein:protein interactions is lost during 2-D gel separation due to denaturing conditions in both gel dimensions. To resolve these issues, 2-D blue-native gel electrophoresis was applied to the mitochondrial proteome. In this technique, membrane protein complexes such as those of the respiratory chain are solubilized and resolved in native form in the first dimension. A second dimension sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis gel then denatures the complexes and resolves them into their component subunits. Refinements to this technique have yielded the levels of throughput and reproducibility required for proteomics. By coupling to tryptic peptide fingerprinting using matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry, a partial mitochondrial proteome map has been assembled. Applications of this functional mitochondrial proteomics method are discussed.     

莲种子蛋白质提取方法比较与双向电泳分析

莲(Nelumbo nucifera Gaertn.)不仅是重要的水生蔬菜作物之一,而且是进行基础研究的好材料。本文采用4种蛋白质提取方法(新型TCA/丙酮法、传统TCA/丙酮法、改良的Tris-HCl法、Tris-饱和酚法)并结合双向电泳技术,对莲子蛋白质提取方法进行筛选与优化。双向电泳实验结果显示,所得蛋白质图谱与莲种子蛋白质组成分布特点一致。通过PDQuest软件分析表明,新型TCA/丙酮法适用于莲子叶和胚芽组织的双向电泳蛋白质提取,而传统TCA/丙酮法则适用于莲胚轴组织双向电泳的蛋白质提取。研究结果为进一步利用质谱进行莲子蛋白质组研究奠定了基础。     

Identification of proteins overexpressed in papillary thyroid tumors

A modified method of proteome comparative analysis based on preliminary removal of cell structural proteins by extraction using salt buffer and subsequent separation of extracts by two-dimensional gel electrophoresis was developed. Identification of differentially expressed proteins by mass spectrometry has revealed three proteins with noticeably increased level of synthesis in most samples of papillary thyroid tumors compared to normal tissues. An increase in ubiquitin content was found for the first time. Oncomarker search efficiencies by two-dimensional gel electrophoresis and bioinformatic search were compared.     

Cytoplasmic and periplasmic proteomic signatures of exponentially growing cells of the psychrophilic bacterium Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125

The psychrophilic model bacterium Pseudoalteromonas haloplanktis is characterized by remarkably fast growth rates under low-temperature conditions in a range from 5°C to 20°C. In this study the proteome of cellular compartments, the cytoplasm and periplasm, of P. haloplanktis strain TAC125 was analyzed under exponential growth conditions at a permissive temperature of 16°C. By means of two-dimensional protein gel electrophoresis and mass spectrometry, a first inventory of the most abundant cytoplasmic and periplasmic proteins expressed in a peptone-supplemented minimal medium was established. By this approach major enzymes of the amino acid catabolism of this marine bacterium could be functionally deduced. The cytoplasmic proteome showed a predominance of amino acid degradation pathways and tricarboxylic acid (TCA) cycle enzymes but also the protein synthesis machinery. Furthermore, high levels of cold acclimation and oxidative stress proteins could be detected at this moderate growth temperature. The periplasmic proteome was characterized by a significant abundance of transporters, especially of highly expressed putative TonB-dependent receptors. This high capacity for protein synthesis, efficient amino acid utilization, and substrate transport may contribute to the fast growth rates of the copiotrophic bacterium P. haloplanktis in its natural environments.     

水稻蛋白质组双向电泳优化流程及方法

双向电泳是分析蛋白质混合物的一种有力手段, 已在蛋白质组研究中得到广泛应用。水稻(Oryza sativa)作为重要的粮食作物, 对其蛋白质组学研究开展较早。但由于技术复杂, 对实验操作要求高, 初学的研究者很难在较短的时间内掌握该实验技术。该文介绍了水稻研究中适合多个组织的双向电泳实验方法和优化流程。该优化流程能使新的研究者逐步优化实验条件, 更快更好地完成双向电泳实验。同时详细介绍了实验关键环节的操作方法。     

水稻蛋白质组双向电泳优化流程及方法

双向电泳是分析蛋白质混合物的一种有力手段,已在蛋白质组研究中得到广泛应用。水稻（Oryzasativa）作为重要的粮食作物,对其蛋白质组学研究开展较早。但由于技术复杂,对实验操作要求高,初学的研究者很难在较短的时间内掌握该实验技术。该文介绍了水稻研究中适合多个组织的双向电泳实验方法和优化流程。该优化流程能使新的研究者逐步优化实验条件,更快更好地完成双向电泳实验。同时详细介绍了实验关键环节的操作方法。