多维色谱-串联质谱联用技术分离和鉴定小鼠肝脏质膜蛋白质

采用自动在线纳流多维液相色谱 串联质谱联用的方法分离和鉴定蔗糖密度梯度离心法分离和富集的小鼠肝脏质膜蛋白质 .以强阳离子交换柱为第一相 ,反相柱为第二相 ,在两相之间连接一预柱脱盐和浓缩肽段 .用含去污剂的溶剂提取细胞质膜中的蛋白质 ,获得的质膜蛋白质经酶解和适当的酸化后通过离子交换柱吸附 ,分别用 10个不同浓度的乙酸铵盐溶液进行分段洗脱 .洗脱物经预柱脱盐和浓缩后进入毛细管反相柱进行反相分离 ,分离后的肽段直接进入质谱仪离子源进行一级和二级质谱分析 .质谱仪采得的数据经计算机处理后用Mascot软件进行蛋白质数据库搜寻 ,共鉴定出 12 6种蛋白质 ,其中 4 1种为膜蛋白 ,包括与膜相关的蛋白质和具有多个跨膜区的整合膜蛋白 ,为建立质膜蛋白质组学研究的适宜方法和质膜蛋白质数据库提供了有价值的基础性研究资料 .     

莲种子蛋白质提取方法比较与双向电泳分析

莲(Nelumbo nucifera Gaertn.)不仅是重要的水生蔬菜作物之一,而且是进行基础研究的好材料。本文采用4种蛋白质提取方法(新型TCA/丙酮法、传统TCA/丙酮法、改良的Tris-HCl法、Tris-饱和酚法)并结合双向电泳技术,对莲子蛋白质提取方法进行筛选与优化。双向电泳实验结果显示,所得蛋白质图谱与莲种子蛋白质组成分布特点一致。通过PDQuest软件分析表明,新型TCA/丙酮法适用于莲子叶和胚芽组织的双向电泳蛋白质提取,而传统TCA/丙酮法则适用于莲胚轴组织双向电泳的蛋白质提取。研究结果为进一步利用质谱进行莲子蛋白质组研究奠定了基础。     

大鼠2/3肝切除72 h后再生肝脏质膜比较蛋白质组学研究

大鼠2/3肝切除模型为研究肝细胞增殖和生理性血管生成提供了一个很好的活体内模型.为了揭示肝再生过程中与肝细胞增殖终止相关及与血管生成启动相关的质膜蛋白质,本研究对大鼠肝2/3部分切除72 h后的肝脏质膜进行了研究：利用两步蔗糖密度梯度离心法对切除组和假手术组的肝脏质膜进行纯化;然后通过双向电泳和质谱技术对肝切除样品进行了比较分析并对几个关键蛋白程序性凋亡相关蛋白-6和丝蛋白-A进行了免疫印迹验证.相对于假手术对照组(Sham组),21种蛋白质在切除后72 h的肝脏中上调,15种蛋白质下调.所鉴定的差异表达蛋白参与了血管生成、细胞分裂增殖和凋亡、细胞分化调控、肝脏组织重新构建、代谢及应急反应.本研究为肝脏再生及其血管生成的研究提供了理论依据.     

无明胶布氏菌活疫苗冻干稳定剂的筛选

目的为皮上划痕人用布氏菌活疫苗筛选存活率高、无明胶冻干稳定剂。方法以冻干活菌存活率为指标,对甘油、甘露醇、蔗糖、葡萄糖、乳糖、谷氨酸钠、甘氨酸、谷氨酸、脯氨酸和硫脲等10种稳定剂通过单因素筛选法,筛选出冻干存活率高的4种单因素稳定剂成分;将4种单因素稳定剂成分进行正交试验优化,筛选出最优稳定剂组合。结果单因素试验结果显示,甘油、葡萄糖、谷氨酸钠和硫脲4种稳定剂成分冻干后活菌存活率较高,对布氏菌活疫苗具有良好保护效果。通过正交试验筛选出最优稳定剂配方中四组分的质量分数分别为甘油1.5%、葡萄糖5%、硫脲1.5%、谷氨酸钠1.0%,该配方的冻干存活率可达81.5%。结论无明胶冻干稳定剂对布氏菌活疫苗具有较好的保护作用。     

D－半乳糖致衰老小鼠与幼龄小鼠的垂体差异蛋白质分析

脑垂体是控制动物生长发育衰老死亡非常重要的一个器官.随着机体的衰老,垂体功能退化是必然趋势.D 半乳糖致衰老模型已被广泛用于研究衰老机制和筛选药物靶标,然而其分子机制尚未清楚.本研究采用差异蛋白质组学方法,以寻找D 半乳糖致衰老小鼠和幼龄小鼠垂体的差异蛋白质,为弄清其功能障碍的分子机制提供新的研究方法和线索.基于双相电泳和质谱结合的方法,本研究发现了46个大于2倍的差异蛋白质,其中32个得到可靠的鉴定（P <005）. 对差异蛋白质功能分析发现, 这些显著差异蛋白质主要分布于糖代谢通路,可能与线粒体功能紊乱有关.我们的研究数据为更好地理解D 半乳糖致衰老小鼠垂体功能障碍的内在机制提供了线索.     

鼠肝质膜蛋白质组研究的方法评估

细胞质膜是细胞中重要的细胞器, 在肝功能的发挥中具有非常重要的作用. 使用蔗糖密度梯度离心纯化细胞质膜, 通过电子显微镜观察和免疫印迹法检验膜的纯度. 结果显示, 与组织匀浆成分相比, 质膜富集了20倍, 线粒体的污染减少了约50%. 提取的蛋白质用二/一维凝胶电泳(2DE/1DE)分离、胰酶酶解、电喷雾四极杆飞行时间质谱(ESI-Q-TOF)和基质辅助激光解吸飞行时间串联质谱(MALDI-TOF-TOF)鉴定, 或者提取的蛋白质直接进行溶液内酶解、液相色谱串联电喷雾离子阱质谱(LC-LTQ)(鸟枪法)鉴定. 一共鉴定了547个非冗余蛋白质, 其中34%为质膜或质膜相关蛋白质. 优化和评估了质膜蛋白质组研究的方法, 且对鼠肝质膜蛋白质组进行了系统的分析.     

不同分化程度的鼻咽癌细胞系质膜差异蛋白质组分析

本研究以CNE1和CNE2为材料,采用亚细胞蛋白质组研究方法研究不同分化程度鼻咽癌细胞系的差异蛋白质．首先用Percoll密度梯度离心法获得高纯度质膜,通过双向凝胶电泳分离、PDQuest软件分析后找出在肿瘤细胞中表达变化的蛋白质点,再用基质辅助激光解析电离飞行时间串联质谱（MALDI-TOF/TOF-MS）进行鉴定,共鉴定到9个具有2倍或2倍以上差异的蛋白质.这些表达差异的蛋白质参与了细胞分化、代谢及细胞信号传导过程．我们对其中5个蛋白质进行了实时定量PCR分析,对其中4个蛋白质的表达进行了免疫印迹验证．本试验为研究不同分化程度的鼻咽癌提供了一种蛋白质组研究方法,并且找到了galectin-1、annexin Ⅱ等一些可能与分化相关的蛋白质.这些数据对于研究鼻咽癌的生物学特性具有非常重要的意义．     

小分子有机化合物与DC-SIGN相互作用的荧光光谱分析

采用实验和理论化学研究相结合的方法研究分子间相互作用,这种在计算机上进行“模拟实验”与传统“有机化学实验”相辅相成的研究策略,正在成为有机化学研究的重要手段.本论文利用荧光光谱分析法来研究小分子有机化合物与蛋白底物之间的相互作用机制.利用先进的分子模拟软件,结合分子力学、量子力学和神经网络等方法与分子对接等理论化学手段,建立和优化相互作用的分子间形成复合物的空间构象,并且预测分子间相互作用的稳定性.用荧光光谱分析法对12种小分子有机化合物与DC-SIGN(DC-specific ICAM-3 grabbing nonintegrin)之间的相互作用进行了研究,结果与理论分子模型计算十分吻合.在这12种化合物中,1-脲基氨基甘露糖与DC-SIGN络合的效果最好.这一发现可能对研究新一代抗艾滋病药物有重要意义.     

大鼠海马细胞质膜的分离及其蛋白质组学分析

运用差速离心和连续蔗糖密度梯度离心的方法分离纯化成年大鼠海马组织细胞质膜并用Western blotting对质膜样品进行检测.结果表明,在蔗糖密度梯度离心介质中,膜片主要集中于蔗糖浓度为32%~42%的区段(密度约1.13~1.18),其次是20%~25% (密度约1.08~1.10)的区段.39%(密度约1.17)层面上质膜浓度和纯度最高.一维SDS-PAGE分离和CapLC-MS/MS分析后,通过数据库搜寻从大鼠海马组织细胞质膜样品中共鉴定出135种蛋白质, 其中质膜蛋白和与膜相关的蛋白质共70种(占51.9%), 主要包括Na⁺/K⁺-ATPase、Glutamate/aspartate transporter、Lipophilin、GLAST 1a等. 为研究海马组织细胞的功能和大鼠海马组织细胞质膜蛋白质数据库的建立积累了有价值的资料.     

利用磺基异硫氰酸苯酯化学辅助方法鉴定磷酸化肽修饰位点

利用MALDI-OF质谱结合磺基异硫氰酸苯酯(SPITC)化学辅助的从头测序（de novo sequencing）方法,将用固相金属离子亲和色谱(immobilized metal affinity chromatography,ＩＭＡＣ) 选择性地从混合物中亲和提取的磷酸肽进行磷酸化位点测定,该方法只有肽键断裂产生的带C端的碎片离子系列（y^＋ 离子系列）出现在质谱图中,图谱背景清晰,信噪比高,单纯的y^＋ 片段离子系列使得谱图解析变得非常容易,对于多磷酸化肽的磷酸化位点,不需借助于任何软件,只需简单地计算两峰之间的分子量之差即可确定.