猪胞内劳森菌感染的免疫应答与检测技术研究进展

胞内劳森菌(Lawsonia intracellularis, LI)常引起猪精神不振、食欲减退、血样下痢或突然死亡,严重损害养猪业。猪群感染该菌在肠道诱导免疫应答的研究较少。因该菌胞内寄生,基于细菌不同感染阶段动物免疫应答特点,检测方法会有所侧重。本文重点阐述了胞内劳森菌感染后机体免疫应答的特点,并对其检测技术进行综述,以期为新型检测技术研发及疫病防控提供参考。     

苹果果实β-半乳糖苷酶基因启动子的克隆与功能分析

根据已发表的苹果基因组序列设计特异引物,克隆得到苹果品种‘嘎拉’中β-半乳糖苷酶基因(Md-gal)的启动子。序列分析表明,该启动子除含有大多数高等植物启动子具有的保守元件外,还含有大量光响应元件和与激素相关的顺式作用元件,主要有赤霉素响应元件(GARE-motif和P-box)、茉莉酸甲酯(MeJA)应答元件(CGTCA-motif和TGACG-motif)和生长素响应元件(TGA-element);构建5个不同长度Md-gal启动子和GUS基因融合的瞬时表达载体,并进行苹果果实和烟草叶片转化试验,结果显示,5个启动子均具有启动子活性,在Md-gal启动子序列中激活与抑制调节元件并存,正调控元件位于-1206~-754bp区域,负调控元件位于-754~-597bp区域;对Md-gal启动子进行激素响应分析结果显示,激素处理可对其产生诱导作用,且MeJA处理后GUS活性最高。研究表明,Md-gal启动子具有真核基因启动子的基本结构特征和正负调控特性,可响应外源激素处理,可能在苹果果实生长发育和成熟软化方面具有一定的作用。     

苹果果实HD-ZipⅠ转录因子亚家族基因鉴定及表达分析

转录因子在调控苹果果实成熟衰老过程中起到至关重要的作用。利用生物信息学方法从苹果基因组数据库筛选出22个HD-ZipⅠ转录因子家族成员并进行分类。通过对不同组织基因表达特异性分析,筛选出6个在成熟果实中表达的基因,进一步分析其在果实成熟贮藏过程中的表达差异。实时荧光定量PCR分析结果表明,在‘富士’果实采后贮藏过程中,有3个家族成员的表达与乙烯存在不同程度的联系,其中 MdHZ 6在果实常温贮藏中的表达与内源乙烯含量变化有较高的相关性,且均在35 d达到峰值; MdHZ 15和 MdHZ 17在内源乙烯高峰之前有显著上调,预测三者与苹果的成熟衰老相关。     

西藏拉鲁湿地水体冬季可培养丝状真菌多样性及其与理化因子的关系

【背景】拉鲁湿地是我国海拔最高、面积最大的城市天然湿地。开展拉鲁湿地微生物群落结构分析,可为青藏高原生物资源的开发利用和保护提供理论依据,并为湿地生态系统的微生物多样性研究奠定基础。【目的】开展拉鲁湿地水体丝状真菌的多样性研究,探究影响该环境丝状真菌群落分布特征的主要理化因子。【方法】从拉鲁湿地11个水样中分离丝状真菌,应用nr DNA ITS序列分析,并结合经典分类学方法对获得的菌株进行鉴定,运用SPSS和CANOCO软件分析丝状真菌群落结构及其与环境因子的关系。【结果】从拉鲁湿地水体分离的丝状真菌菌株分属于6属13种。拉鲁湿地冬季水体丝状真菌优势属为Mucor、Cladosporium和Galactomyces,优势种为M.hiemalis、M.racemosus和G.geotrichum。总氮与拉鲁湿地水体丝状真菌数量呈显著负相关(P0.05),总氮和总磷对于丝状真菌的分布具有较明显的影响,这2种理化因子与M.racemosus的多度呈正相关性,而与M.hiemalis呈较强的负相关性。【结论】环境因子是影响高原湿地生态系统微生物群落结构的主要因素之一,探讨西藏典型脆弱生态环境中微生物多样性与环境因子的关系具有重要意义。     

牛巴氏杆菌病多重PCR检测技术的建立与应用

【背景】牛巴氏杆菌病是由血清型(A、B、E)多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)引起的一种严重危害养牛业的重要传染病,病原学聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)方法是诊断并防控该病的有效手段。【目的】建立检测血清型(A、B、E)多杀性巴氏杆菌的多重PCR方法,为临床诊断牛巴氏杆菌病和病原分型提供技术支撑。【方法】参考多杀性巴氏杆菌hyaD-hyaC基因、bcbD基因和ecbJ基因特异区域,设计3对特异性引物,以温度梯度PCR法确定适宜退火温度(T_m);采用棋盘试验优化引物浓度并初步建立多重PCR方法;采用重组质粒标准品及阳性菌株菌液确定其敏感性(最小检测量);以8种常见牛感染病原体[溶血性曼氏杆菌(Mannheimia hemolytica)C1655、大肠埃希氏菌(Escherichia coli)C237、产单核细胞李氏杆菌(Listeria monocytogenes)C1597、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)C3053、都柏林沙门氏菌(Salmonella dublin)C79351、副结核分枝杆菌(Mycobacterium paratuberculosis)C1625、牛传染性鼻气管炎病毒(bovine infectious rhinotracheitis virus)CAV1546和牛支原体分离株(Mycoplasma bovis)C65-1]核酸样本确定其特异性;制备3批诊断试剂,对敏感性和特异性样品进行批间和批内试验,确定其重复性;运用建立的方法使用3种不同型号的PCR仪检测敏感性和特异性样品,确定其适用性;通过检测临床样本及人工模拟感染样本评价临床应用效果。【结果】在T_m为55℃时,3对引物浓度分别为0.25、0.30和0.20μmol/L条件下建立多重PCR方法较优,可以同时检测多杀性巴氏杆菌血清A型(821bp)、血清B型(203bp)和血清E型(363bp);该方法敏感性高,对重组质粒标准品pMD-A、pMD-B和pMD-E检测限分别为43.080、3.710和4.350copies/μL,对阳性菌液最低检出限均为10²CFU细菌;其特异性强,仅对血清型(A、B、E)多杀性巴氏杆菌有特异性扩增条带,同时对其他病原体均无扩增条带;该方法重复性良好,批间与批内试验均一致;临床样本及人工模拟感染样本检测结果显示与病原分离鉴定符合率为100%。【结论】成功建立了一种可鉴定不同血清型的牛多杀性巴氏杆菌多重PCR检测方法。     

PDCoV、SADS-CoV与SVA三重RT-PCR检测方法的建立与应用

【背景】猪丁型冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)、新型猪急性腹泻综合征冠状病毒(swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)与塞内卡病毒A型(Seneca virus A,SVA)均为猪的新发病原,严重危害养猪业的发展。猪感染这3种新发病原难以根据临床症状诊断,因此亟须建立多重RT-PCR检测方法对疑似患病猪进行快速诊断,以降低经济损失。【目的】建立能同时检测PDCoV、SADS-CoV和SVA单一或混合感染的三重RT-PCR检测方法。【方法】参考GenBank中登录的PDCoV和SADS-CoV N基因、SVA L/P1基因保守区域,设计3对特异性引物,以温度梯度PCR法确定最适退火温度(T_m);采用方阵法优化其引物浓度;构建重组质粒PMD-PDCoV、PMD-SADS-CoV和PMD-SVA作为标准品确定最小检测量(limits of detection,LOD);以猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等6种常见感染猪的病毒核酸样本为模板,确定三重RT-PCR法的特异性;以批间和批内实验验证其重复性;经检测疑似感染的临床样本并与已报道的检测方法进行比较,评估其临床应用效果。【结果】最佳退火温度为58.3℃;引物最佳浓度分别为0.5、0.25和0.25μmol/L;其敏感性高,PMD-PDCoV、PMD-SADS-CoV与PMD-SVA最低检测限分别为1、1和10copies/μL;其特异性强,仅对PDCoV、SADS-CoV和SVA有特异性条带,对其他病毒均无扩增条带;该方法重复性好,批间和批内实验检测结果均一致。经临床样本检测PDCoV、SADS-CoV和SVA的阳性率分别为65.85%、30.49%和57.32%,与已报道的检测方法一致。最后从13份PDCoV、SADS-CoV和SVA均为阳性的样品中随机选取5份样品进行测序,并做同源性及进化树分析,结果显示5份阳性病料的PCR扩增序列之间相似性较高,而且和参考序列之间也具有较高的相似性,均可达到96%以上。表明本研究建立的方法在应用于临床样品检测中具有较高的准确性和可靠性。【结论】建立了一种能够同时快速检测PDCoV、SADS-CoV和SVA的三重RT-PCR方法,为临床上检测上述3种病毒提供了技术支撑。     

斑马鱼外源基因acta1-AcGFP重组及其最佳注射浓度初探

肌动蛋白纤维(actin filament)又称微丝(microfilament,MF),由肌动蛋白(actin)组成,是骨骼肌的重要组成部分.通过PCR从斑马鱼基因组DNA中分离得到大小为2 019 bp的α肌动蛋白1(α-actin1)启动子所在区域片段.序列分析表明,该片段序列与NCBI公布的α-actin1基因5′侧翼区相应序列的相似性为98.7%,并且含有多个MEF2,E-box等对肌肉表达起调控作用的顺式元件以及在转录中起重要作用的TATA-box.将该启动子片段与绿色荧光蛋白基因(AcGFP)重组,构建肌动蛋白特异性表达载体.采用显微注射法,将线性化表达载体注入斑马鱼受精卵中,获得转绿色荧光蛋白基因斑马鱼,平均表达率最高为16.5%.并初步确定400 ng/μl为外源基因(acta1-AcGFP)的最佳注射浓度.通过观察发现,AcGFP基因主要在骨骼肌中表达,且表达量随仔鱼肌肉的发育呈增长趋势.证明了分离得到的α-actin1启动子所在区域片段具有有效的驱动功能,为进一步开展转基因观赏鱼的研究与开发提供了依据.     

西藏拉鲁湿地水体酵母菌多样性及其与理化因子相关性

【目的】开展拉鲁湿地水体酵母菌多样性研究,探究理化因子与酵母菌群落结构的相互关系。【方法】采用原位培养法从拉鲁湿地11个水样中分离酵母菌,应用26S r RNA D1/D2区域序列分析,并结合经典分类法对获得的菌株进行分类鉴定,运用SPSS和CANOCO软件分析酵母菌多样性及其与环境因子相关性。【结果】从拉鲁湿地水体中分离得到169株酵母菌,鉴定分属为15个属31个种。优势种为Ustilentyloma graminis和Filobasidium magnum,优势属为Naganishia、Ustilentyloma、Filobasidium和Cystofibasidium。统计分析结果表明,化学需氧量(COD)是影响拉鲁湿地水体酵母菌数量的显著因素,另外,此理化因子是影响Ustilentyloma分布的重要环境条件。【结论】西藏拉鲁湿地酵母菌资源比较丰富,且存在明显的空间异质性。     

撤销发表：PDCoV、SADS-CoV与SVA三重RT-PCR检测方法的建立与应用

陈见兴、王豪杰、潘喻、刘弘毅、林欢、朱良全、陈洪岩、谢金鑫、夏长友、张贺、王玉娥的文章《PDCoV、SADS-CoV与SVA三重RT-PCR检测方法的建立与应用》[2022,49(12):5100-5111.DOI:10.13344/j.microbiol.china.220686],因作者主动提出在临床样品检测中关于临床检出率的计算方法存在问题,现撤销发表,特此声明。