甜瓜种质资源遗传多样性的SRAP分析

为研究甜瓜材料之间的亲缘关系及其分类, 更有效地利用种质资源, 为培育新品种提供依据, 文章采用 SRAP (Sequence-related amplified polymorphism)技术对61份甜瓜种质资源的遗传多样性进行研究。结果表明: 从42对引物组合中筛选出16对扩增条带清晰、多态性高的引物组合分析供试材料, 共检测出452个位点, 其中265个为多态性位点, 多态性比率达58.63％, 平均每对引物组合产生28.56个位点和16.56个多态性位点。61份材料间的相似系数为0.48～0.93, 平均为0.73。这些结果说明, 供试甜瓜材料具有较为丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明, 61个甜瓜品种中首先可分为薄皮甜瓜与厚皮甜瓜两大类, 彼此亲缘关系最远。以遗传相似系数0.74为截值, 可把供试材料分为5个类群。在生态区域中, 新疆厚皮甜瓜的Nei’s基因多样性指数(0.2231)和Shannon’s信息指数(0.3422)最高。     

新疆枸杞种质资源遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP分子标记技术对新疆枸杞种质资源遗传多样性及亲缘关系进行研究,为新疆枸杞种质资源分类和杂交育种提供理论依据。结果显示:(1)筛选出的12对SRAP引物共扩增出310个位点,其中多态性位点264个,多态性比率平均为84.61%,引物多态性信息含量(PIC)变化范围为0.76~0.93,平均为0.83;观测等位基因(Na)、有效等位基因数(Ne)、Neis基因多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.846 1、1.386 9、0.228 0和0.352 0。(2)聚类分析表明,供试材料间的遗传相似系数为0.590 3~0.903 2,在遗传相似性系数为0.70和0.76时,可将30份样品分别分为2大类和5个亚类;主坐标分析结果和聚类结果基本一致。研究表明,新疆枸杞种质资源遗传多样性较丰富,且野生种与栽培品种(系)间的遗传差异较大,表现出较远的亲缘关系,而栽培品种(系)间的遗传差异相对较小,表现出较近的亲缘关系。     

基于SRAP标记的甜瓜耐盐种质资源遗传多样性分析

研究不同耐盐程度甜瓜种质资源的亲缘关系和遗传多样性,为甜瓜种质资源有效利用提供理论依据。该试验以不同耐盐程度的27个甜瓜品种为材料,利用SRAP标记分析甜瓜种质资源的遗传多样性,从364对引物组合中筛选出24对扩增清楚且多态性丰富的引物,共扩增出415个清晰的位点,其中多态性位点241个,多态比率达58%。平均观测等位基因数(Na)为1.588 0,平均有效等位基因数(Ne)为1.347 0,平均Nei's基因多样性指数(H)为0.201 3,平均Shannon's信息指数(I)为0.301 0,表明供试甜瓜具有丰富的遗传多样性。UPGMA聚类结果显示:遗传相似系数在0.36～1.00之间,遗传相似性系数在0.72时,可将27个甜瓜品种划分为4个类群,耐盐型甜瓜在其中3个类群有分布,中等耐盐型甜瓜在4大类群中均有分布,盐敏感型均集中在第Ⅰ类群,表明耐盐型和中等耐盐型甜瓜种质的遗传多样性比盐敏感型种质丰富。遗传相似系数与UPGMA聚类结果的Cophentic矩阵相关系数为0.749,说明聚类分析结果较准确。研究认为,耐盐型甜瓜的遗传多样性较丰富,要得到耐盐的杂种优势品种,需要融入更多遗传关系较远的新种质。     

用ISSR标记分析红麻种质资源的遗传多样性

为明确红麻种质资源的遗传多样性和亲缘关系,以20个国家的32份红麻(Hibiscus cannabinus L.)种质资源为材料,从90个ISSR引物中筛选出22个多态性引物对供试材料进行PCR扩增,最终选用条带最清晰、多态性明显的13个引物的扩增数据进行统计分析.结果表明:(1)13条ISSR多态性引物共扩增出谱带总数59条,多态性条带总数为47条,多态性条带比率达79.66%,其遗传多样性较丰富;(2)在切割线L1取值为0.73时,可将供试材料分为一个由22份栽培品种构成的L1-1大类群,以及由8份野生材料和2份古老地方品种构成的3个独立的个类和3个不同小类群.(3)当切割线L2取值为0.77时,又可将第1个大类群L1-1中22份栽培品种根据其亲缘关系,重新划分为I1、I2、I3、I4 4个不同的亚类群,各亚类群表现出明显的地域性特点.(4)聚类结果显示,红麻多数栽培品种之间的遗传差异较小,亲缘关系较近,其遗传多样性比野生材料明显狭窄.     

基于SRAP和TRAP标记的河北野生狗牙根种质遗传多样性分析

以SRAP和TRAP 2种标记技术对36份狗牙根材料的遗传多样性及亲缘关系进行了分析,其中包含34份河北省野生狗牙根种质资源。分别由238对SRAP和85对TRAP引物组合中筛选获得具有多态性的SRAP和TRAP引物组合各10对,PCR扩增总条带分别为186和161条,多态性条带156和132条,平均每对引物扩增出多态性条带各15.6和13.2条,多态性位点比率分别为83.4%和81.0%。2种标记合并进行聚类分析,所有供试的36份狗牙根材料遗传相似系数GS=0.519~0.983,平均为0.7。当GS=0.68时,可将36份供试材料分为4个类群。本研究结果表明河北野生狗牙根种质资源存在较丰富的遗传多样性,可为种质资源保护和选育优良狗牙根新品种提供科学依据。     

新疆枸杞种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

利用SCoT分子标记对新疆枸杞种质资源进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,为杂交育种和种质鉴定提供理论依据。结果显示:9条SCoT引物扩增出条带256条,其中219条为多态性条带,多态性比率达85.62%,多态性信息含量(PIC)值变化范围在0.77~0.91之间,平均值为0.85,观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)的平均值分别为1.8562、1.4350、0.2611、0.3989,聚类分析表明,遗传相似系数变化范围在0.5938~0.8398之间,在遗传相似系数为0.66和0.71处,可将30份材料分别分为2大类和4个亚类,主坐标分析结果和聚类结果基本一致,同时利用5条多态性SCoT引物构建了30份材料的DNA指纹图谱。新疆枸杞种质资源遗传多样性水平较高,且SCoT分子标记适于新疆枸杞种质资源遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建,该研究结果为新疆枸杞种质资源评价、鉴定和新品种选育奠定了基础。     

青花菜及其近缘种亲缘关系SRAP标记分析

利用SRAP分子标记技术,对青花菜与其近缘种进行遗传多样性分析。28对SRAP引物共产生302条谱带,其中多态性谱带203条,多态率为67.22%,表明种质间存在较高的多态性。相似系数分析表明,其变异范围为0.461 5-0.900 6,平均遗传相似系数为0.693 6。‘绿地’和‘矮抗青’之间的亲缘关系最远,遗传相似系数为0.461 5;‘Wzvcst-09-224’和‘Wzvcst-09-225’亲缘关系最近,遗传相似系数为0.900 6。聚类分析可将16个材料分为两大类,第Ⅰ类包括芸薹属甘蓝种蔬菜,第Ⅱ类为芸薹属白菜种。揭示了青花菜及其近缘变种间具有部分相似的遗传基础,亲缘关系较近。结果表明,同一地域或来源的材料间具有较为相近的遗传背景,亲缘关系相对较近。研究结果有助于青花菜与其近缘种间种质资源分类和优异基因利用,加速青花菜新品种选育进程。     

基于SRAP标记的大花蕙兰种质资源遗传多样性分析

采用SRAP技术分析了来源于不同国家和地区的42个大花蕙兰品种及4个国兰原生种之间的遗传亲缘关系。34对引物组合中筛选出29对带型稳定、多态性较好的引物组合,共扩增出398条谱带,其中387条为多态带,多态性比率97.2%,平均每个引物组合扩增多态性带13.3条。46份种质之间的相似系数变化范围为0.60～0.99,平均为0.76。基于29个SRAP标记的扩增结果,利用NTSYS 2.10e软件计算Dice遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明:在遗传相似系数0.69处将供试材料分为4类,较好地揭示了大花蕙兰品种及国兰原生种间的遗传多样性与亲缘关系,可为大花蕙兰种质资源利用及杂交育种中亲本选择提供科学依据。     

新疆石榴种质资源遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术,对21份新疆石榴品种的遗传多样性与亲缘关系进行分析。从36对引物组合中筛选出16对扩增条带清晰、多态性高的引物组合分析供试材料,共检测出271个位点,其中194个为多态性位点,多态性比率达71.59%,平均每对引物组合产生16.94个位点和12.13个多态性位点。21份石榴样品间的相似性系数为0.63~0.89,平均为0.77。UPGMA聚类结果显示,在相似性系数为0.776时,21份材料可被分为5个类群。新疆石榴品种间平均观察等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Neis基因多样性指数(H)及Shannons信息指数(I)分别为1.712 2、1.352 8、0.199 9及0.310 5。研究表明,新疆喀什地区石榴品种的遗传多样性最为丰富;SRAP聚类结果与石榴的表型特征存在一致性,且SRAP分子标记技术是研究石榴遗传多样性简单而有效的手段。     

罗汉松遗传多样性的SCoT分析

采用SCoT分子标记技术对8份罗汉松种质材料进行遗传多样性研究。结果表明,从80条引物中筛选出10条重复性好、条带清晰的引物进行PCR扩增,共产生136条带,其中多态性带122条(占88.97%),8个罗汉松种质间的遗传相似系数范围在0.39～0.80说明罗汉松的遗传多样性丰富。利用UPGMA进行系统的聚类分析显示,将8份罗汉松材料分为2大类;主成分分析结果与聚类分析结果相一致。可见,利用SCoT分子标记可有效的分析罗汉松种质资源的遗传多样性,为罗汉松种质亲缘关系的鉴别和分类提供理论依据。     

Genetic diversity among Chinese Hami melon and its relationship with melon germplasm of diverse origins revealed by microsatellite markers

Thick-skinned melon called Hami melon is the most widely cultivated and exported type of melon in China, and mainly grown in Xinjiang province. Here the genetic variation of 64 melon genotypes including 43 Xinjiang Hami melon accessions was analyzed using 36 simple sequence repeat (SSR) markers yielding 145 alleles. The polymorphic information content of SSR markers ranged from 0.09 to 0.83 (average 0.45). Based on the SSR markers, the melon accessions were clustered into 2 major groups (thick and thin-skinned melons). In addition, the sub-cluster analysis based on SSR markers partitioned different botanical groups, even separating similar agronomic trait groups (Xinjiang landraces var. ameri and var. inodorus). SSR analysis showed that 4 SSR markers (CMBR150, CMCTT144, CMBR84 and CMBR12) produced polymorphic bands of different sizes between these two botanical groups. Those four molecular markers might be related to melon fruit maturing time. A considerably low level of genetic diversity was detected in Xinjiang melon accessions. Genetic distances indicated the relatively narrower genetic base but specific taxonomic status of Xinjiang landraces compared with foreign reference accessions.     

SRAP标记技术在甜瓜品种亲缘关系和种子纯度鉴定上的应用

利用SRAP分子标记对12份甜瓜材料进行亲缘关系鉴定和F1代杂交种进行纯度检测。结果表明:从40对引物中筛选出13对多态性好的引物,共扩增出78条带,多态性带的比例为50%;聚类分析结果显示,12份甜瓜材料的相似系数在0.263～0.921之间,可将该12份甜瓜材料分为2大类,进一步细分为5类。利用引物Me15-Em7和Me3-Em16对‘红绿早脆’100S杂交种进行纯度检测,杂交种纯度为77%。研究为甜瓜品种间亲缘关系及种子纯度检测提供了可靠的理论依据。     

应用SRAP标记对莲藕资源的聚类分析

利用一种新的分子标记SRAP技术对17个莲藕品种进行了DNA多态性分析。选取7对引物扩增基因组DNA,共获得168条带,其中159条为多态性条带,每对引物平均提供24个标记信息。由UPMGA方法得到的聚类分析结果表明了17个品种间的遗传关系:(1)亚洲莲与美洲莲之间有明显的差异;(2)在亚洲莲内部,藕莲和花莲有明显的遗传分化,在花莲内部亚洲莲与美洲莲的杂交后代和其它花莲品种之间存在明显的差异;(3)SRAP标记是作分子图谱的好标记,但很难区分遗传关系较近的品种。     

利用ISSR和SRAP标记分析细辛资源遗传多样性与亲缘关系

采用ISSR、SRAP分子标记对61份细辛资源进行遗传多样性与亲缘关系进行分析,结果表明:(1)ISSR标记平均每条引物可获得8.35个DNA片段,多态性比率为86.3%,SRAP标记平均每对引物可获得7.85个DNA片段,多态性比率为86.0%。(2)利用相同数量的引物,ISSR标记揭示的多态性略高于SRAP标记。(3)按照种质间相似系数得出聚类图,可将所有细辛资源分开,在依据ISSR标记聚类分析中,生物学上北细辛和汉城细辛的划分,其作用不如地域来源的效应。SRAP分子标记中,大部分资源的聚类与地域性有关,但有4份汉城细辛优先聚类,SRAP分子标记在揭示基因组差异方面有一定的优势。(4)2种分子标记的聚类图中,来自同一产地的北细辛和汉城细辛优先聚类,其亲缘关系更近。聚类图中未出现北细辛与汉城细辛分别聚类。分子标记分类与传统植物学分类不一致。     

瓜类枯萎病菌遗传多样性和亲缘关系的SRAP分析

尖孢镰刀菌可造成不同瓜类的枯萎病.为明确不同寄主、不同地区的瓜类枯萎病菌菌株间的遗传多样性及亲缘关系,采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对来源于不同地区、不同寄主的95株尖孢镰刀菌的基因组DNA进行多态性扩增.以筛选出的19对引物共扩增出238条带,多态性比率为100%,平均每对引物扩增出12.5个位点和12.5个多态性位点;尖孢镰刀菌苦瓜专化型共扩增出166条带,其中145条为多态性条带,多态性比率为87.4%,平均每对引物扩增出8.7个位点和7.7个多态性位点,说明尖孢镰刀菌的遗传变异较为广泛.瓜类枯萎病菌株间的遗传相似系数范围为0.68～0.99,样品间的平均Nei遗传多样性指数和Shannon指数分别为0.2390和0.3718.在遗传相似系数为0.74时,可将供试的95株尖孢镰刀菌划分为苦瓜、黄瓜、西瓜、甜瓜4个专化群.在SRAP聚类树中,同一寄主的尖孢镰刀菌聚在一个分支上,其中尖孢镰刀菌苦瓜专化型菌株间的遗传相似系数范围为0.78～0.99,Nei遗传多样性指数为0.1811,平均Shannon指数为0.2750,表明尖孢镰刀菌苦瓜专化型的遗传变异较大,且菌株的聚群与地理来源存在相关性.     

应用SRAP标记分析金丝瓜（Cucubitapepo L.）种质资源遗传多样性与亲缘关系

本研究应用SRAP分子标记技术对56份金丝瓜和32份南瓜属（包括西葫芦美洲南瓜、中国南瓜、印度南瓜）种质资源遗传多样性与亲缘关系进行分析。结果表明：（1）从285对SRAP引物中共筛选出50对多态性引物对供试品种基因组DNA进行PCR扩增,获得713条清晰可辨的标记,其中多态性条带634条,多态性比率达88.92%,说明出南瓜属种间遗传多样性较丰富;（2）在56份金丝瓜品种中,共扩增出586条清晰可辨条带,多态性条带350条,多态性比率为59.73%,说明金丝瓜品种间的遗传相似性较高;（3）通过分子聚类分析可将供试金丝瓜品种划分为5个亚类群。金丝瓜与西葫芦美洲南瓜的亲缘关系较近,与中国南瓜的亲缘关系较远,而与印度南瓜的亲缘关系最远;根据分子聚类分析结果证实初步鉴定应可以明确将金丝瓜划归为南瓜属中西葫芦美洲南瓜的一个变亚种。     

黔东南香禾糯AFLP遗传多样性分析与评价

香禾糯是我国侗族人民数百年来的传统主食,也是传统农业生态系统的重要组成部分。本文通过民族植物学调查与现代分子生物学试验相结合的方法,对黔东南侗族地区传统分类的香禾糯农家品种进行了评价,以便探讨香禾糯种质资源的遗传多样性变化。通过8对AFLP引物并基于遗传距离和遗传相似系数,对从黔东南侗族地区收集的95个香禾糯农家品种进行了分析。共检测到707个位点,其中多态性位点为619个,占87.55%,Shannon-Weiner多样性指数为0.3738,基因多样性指数为0.2446,遗传相似系数为0.7121~0.9958。当遗传相似系数为0.7546时,可划分为Ⅰ、Ⅱ两大类,外加1个特殊品种,其中Ⅰ类群有88个品种,Ⅱ类群有6个品种,来自相同和相邻侗寨或者形态性状相近的品种并没有完全聚在一起。结果表明黔东南地区香禾糯农家品种遗传多样性总体水平较高,特别是传统耕作文化保护较好的侗寨内,其遗传背景差异较大。香禾糯种质资源的多样性形成,在很大程度上与黔东南地区复杂多变的自然环境有关,还与该地区少数民族的传统耕作制度和民族传统文化延续密切相关。     

油莎豆SRAP指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用SRAP分子标记构建了14份不同地理来源、表型具有差异的油莎豆品系的分子指纹图谱并进行遗传多样性分析。结果表明100对引物中共有多态性引物42对,扩增出多态性带328条,平均每对引物7.8条。28对引物在12个品系上具有特征谱带,除品系4和14外,均可用1对引物进行鉴定;采用引物组合法仅用Me2/Em6和Me8/Em11这2对引物就可将14份材料区分开,并利用这2对引物构建了上述品系的数字指纹图谱。UPGMA聚类分析表明,所有参试材料间的遗传距离在0.12～0.75之间,平均为0.42,表明我国不同地理来源的油莎豆品系遗传差异较大,具有较为丰富的遗传多样性。