新疆8个绵羊品种遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用10个微卫星标记,采用PCR扩增,12％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、Sanguinetti银染法显色,对新疆北疆地区8个品种、1个杂交一代绵羊群体遗传多样性进行了检测,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离。利用分子进化遗传分析软件,采用邻结法构建系统发生树;同时根据等位基因频率,利用PHYLIP(3．6)分析软件,采用最大似然法构建系统发生树,应用白举检验估计系统树中结点的白引导值,并进行了系统发生分析。结果表明：10个微卫星位点在9个绵羊群体中的多态信息含量除BMI824、MAF65为低、中度多态外,其余8个微卫星均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于各绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系的分析;所有绵羊群体的平均PIC(0．5631)、h(0．5721)和E(2．9)均低于国外其他品种的绵羊,其基因多态性和遗传多样性相对贫乏;新疆本地土种阿勒泰羊、哈萨克羊和巴什拜羊与国外引进绵羊品种及混有外血的本地培育品种遗传距离较远,他们聚为不同的两类,各绵羊品种的分子系统发生关系与其来源、育成史、分化及地理分布基本一致。     

应用微卫星标记分析中国地方鸡种的遗传变异

利用 8个微卫星位点对中国 9个地方鸡种和 1个引进品种进行了遗传检测。计算出了各品种的平均杂合度、平均多态信息含量 (PIC)及品种间的遗传距离 ,并进行了系统聚类。结果表明 :8个微卫星位点上共检测到了5 4个等位基因 ,每个位点上平均为 6 .75个。各位点平均多态信息含量为 0 .5 0 71～ 0 .74 34,均表现出了高度多态性。各群体平均杂合度较高 ,为 0 .5 5 6 4～ 0 .7135 ,说明我国地方鸡种有着较丰富的遗传多样性。地方鸡种间的遗传距离相对较远 ,10个鸡种共分为三大类。研究结果对我国鸡种资源的评估、保存和预测杂种优势具有一定的指导意义     

我国6个地方绵羊品种微卫星DNA多态性研究

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了我国蒙古羊、乌珠穆沁羊、哈萨克羊、阿勒泰羊、滩羊和藏绵羊 6个地方绵羊品种 17个微卫星标记的多态性 ,以探讨其遗传多样性、起源分化及群体间的遗传亲缘关系。结果表明微卫星标记不同位点间遗传多样性差异极显著 (P <0 0 1) ,群体间多态信息含量 (PIC)、近交程度 (Fis)和观察杂合度 (Obs .Het)差异不显著 ,但基因多样性 (genediversity)和期望杂合度 (Exp .Het)差异显著 (P <0 0 5 )。所研究的我国 6个地方绵羊品种与欧洲品种具有相似的遗传多样性 ,但具有较高的近交系数。个体和群体的聚类分析结果提示我国地方绵羊品种可能起源于两类祖先。群体间的聚类分析结果还表明 ,蒙古羊与乌珠穆沁羊分化不明显且具有较近的遗传亲缘关系 ,蒙古羊与藏绵羊间分化明显且具有较远的遗传亲缘关系。滩羊、阿勒泰羊以及藏绵羊间也具有较近的遗传亲缘关系。所研究的我国 6个地方绵羊品种的遗传分化 (Fst)与西班牙绵羊品种接近 ,但明显小于欧洲其他绵羊品种     

六个中国固有绵羊品种遗传关系的微卫星标记分析

用5对微卫星引物对哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊、同羊、大尾寒羊、小尾寒羊共6个中国固有绵羊品种基因组进行了扩增, 对扩增结果用7种聚类方法(欧氏距离、欧氏平方距离、夹角余弦、皮尔逊相关、车贝雪夫距离、街区距离、明考夫斯基距离)进行了分析.结果表明, 分布在我国西北部的绵羊品种哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊在大多数情况下总是先聚在一起, 相对分布于中原地带的同羊、小尾寒羊和西北部的3个品种间距离较远,同羊和小尾寒羊之间距离也很远,大尾寒羊和小尾寒羊之间没有明显的遗传关系, 此结果与《中国绵羊品种志》中记载的情况基本一致.同时, 本研究结果也说明7种聚类方法均适用于微卫星标记资料的遗传分析.     

小尾寒羊4个微卫星座位的克隆及序列分析

小尾寒羊是我国优良的地方绵羊品种 ,具有极高的繁殖力 ,平均每胎产羔 2 6只。利用与Booroola绵羊高繁殖力主效基因 FecB连锁的 4个微卫星座位 OarAE10 1、OarHH35、BM14 3和BMS2 5 0 8对小尾寒羊、多赛特羊、多赛特公羊×小尾寒羊母羊杂一代羔羊 3个绵羊群体 15 9只绵羊进行了遗传检测 ,证实了微卫星DNA的共显性遗传特性。用非变性 (中性 )聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物。对小尾寒羊 4个微卫星座位 6个克隆的PCR扩增片段测序获得的序列已被GenBank接受 ,登录号分别为AF394 4 4 5、AF394 4 4 6、AF394 4 4 7、AF394 4 4 8、AF394 4 4 9、AF394 4 5 0。本研究中小尾寒羊微卫星OarAE10 1的测序结果与GenBank登录的绵羊OarAE10 1序列的同源性为 98% ,小尾寒羊微卫星OarHH35的测序结果与GenBank登录的绵羊OarHH35序列的同源性为 99% ,小尾寒羊微卫星BM14 3的测序结果与GenBank登录的牛BM14 3序列的同源性为 95 % ,小尾寒羊微卫星BMS2 5 0 8的测序结果与GenBank登录的牛BMS2 5 0 8序列的同源性为 95 %。测得的小尾寒羊微卫星OarAE10 1、OarHH35、BM14 3和BMS2 5 0 8均为完全的微卫星 (TG) n。这些结果可为小尾寒羊种质特性研究提供分子基础数据     

体细胞克隆山羊微卫星DNA分析

用10对山羊微卫星DNA多态性引物对2只体细胞克隆济宁青山羊、青山羊供体细胞、受体奶山羊母羊以及具有亲缘关系的3只对照济宁青山羊进行微卫星DNA分析.结果表明有5对山羊微卫星DNA多态性引物,即SR-CRSP1, SR-CRSP5, SR-CRSP6, SR-CRSP7和SR-CRSP24,扩增产物有明显的多态性.扩增产物经过6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳后银染,结果2只体细胞克隆山羊的微卫星DNA指纹与供体细胞完全相同,而且不同于其受体母亲也不同于其他所有同品种不同个体的对照青山羊.证明体细胞克隆山羊基因组来源于供体细胞.     

山东省地方绵羊品种微卫星遗传多态性

利用24个微卫星标记,分析了山东省内原有地方绵羊品种的遗传多样性.结果表明,在来自4个品种共71个种群的164只绵羊中,共检测到等位基因467个,有效等位基因占49.59％,不同微卫星基因座之间的等位基因数差异大于品种之间的差异;发现特有等位基因123个,优势等位基因43个.在所有微卫星基因座中,89％处于Hardy-Weinberg不平衡状态,有50％属于中性基因座.不同品种的微卫星基因座多态信息含量呈高度多态（PIC＞0.5）,Shannon指数较高（I＞1.5）,平均观察杂合度（范围0.454～0.560）明显低于期望杂合度（范围0.831～0.849）,证明4个地方绵羊种群具有丰富的遗传多样性和广泛的遗传基础,但品种内存在着一定程度的近交.聚类分析表明,山东地方绵羊品种遗传进化关系明确,可划分为鲁西地区的小尾寒羊和大尾寒羊、鲁东地区的山地绵羊和洼地绵羊两大类群,其遗传距离与地理分布距离相一致.     

小尾寒羊微卫星与RAPD标记的研究

小尾寒羊是世界上具有非季节性发情和多胎特性的高繁殖率绵羊品种之一。选择4个位于绵羊6号染色体上且与FecB基因紧密连锁的微卫星标记,对小尾寒羊基因组进行PCR扩增后,采用最小二乘法估计各等位基因片段对产羔数的影响。分析结果表明,等位基因OarJIA-5、OarJIA-10、BM143-12和OarHH55-11可以作为小尾寒羊多胎位点的分子标记。从100条随机引物中筛选出18条引物,对小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊等4个绵羊品种和鲁北山羊的基因组进行扩增,共扩增出146条带,其中94条表现出多态性,占64．60%,同时扩增出每个品种的特异性条带。采用Nei氏标准距离和NJ聚类分析对不同品种的遗传关系进行分析,结果表明,4个绵羊品种亲缘关系很近,提示它们可能起源于共同的原始祖先。     

我国蒙古羊系统不同生态型绵羊品种遗传多样性及距离隔离机制的研究

以我国主要地方绵羊品种湖羊、同羊、小尾寒羊、滩羊和洼地绵羊为研究对象,检测位于不同染色体的微卫星位点的基因频率分布,进行比较分析.结果表明 1) 就本研究涉及的微卫星标记而言,湖羊处于Hardy-Weinberg极不平衡状态 (P ＜ 0.01),而其余群体包括同羊、小尾寒羊、滩羊和洼地绵羊却处于Hardy-Weinberg平衡 (P ＜ 0.05).2) 就本研究涉及的微卫星标记而言,平均杂合度、多型信息含量和有效等位基因数三个遗传变异指标的方差分析表明不同群体间杂合度、多型信息含量均不存在显著差异 (P ＞ 0.05),有效等位基因数遗传变异指标在、滩羊、湖羊、同羊和洼地羊相互之间以及洼地羊与小尾寒羊之间亦差异不显著(P ＞ 0.05),但是有效等位基因数在前3个群体与后2个群体之间存在显著差异 (0.01 ＜ P ＜ 0.05).5个绵羊群体的变异水平以小尾寒羊最高,其次为洼地绵羊、同羊和滩羊,最低的是湖羊.3) 本研究涉及的我国蒙古羊系统内5个绵羊群体间的系统发生关系不满足距离隔离模式,绵羊群体间的遗传分化关系的远近与其地理分布并未表现出紧密的线性相关.这与5个绵羊起源于不同时期的蒙古羊始祖群体,同时在品种间存在一定程度的基因交流,并在各自特有的生态环境中经历不同程度的自然选择和人为选择品种培育史实相符.     

微卫星DNA聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)银染法的改良

为了筛选和检测绵羊种群中具有较好表现的微卫星多态性,采用Touch-down PCR方法扩增绵羊基因组上的微卫星DNA序列后,经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,采用改良的银染法对微卫星位点进行多态性检测,染色结果与常规银染法相比,该方法具有灵敏度高、背景浅、污染小、条带清晰等突出特点,能有效地控制染色背景,显著提高检测分辨率,整个染色过程所需时间短,具有广泛的推广价值。     

Predictive potential of microsatellite markers on heterosis of fecundity in crossbred sheep

Small Tail Han (STH) sheep is a famous Chinese local breed and has perfect prolificacy performance, but it is inferior to imported mutton sheep breeds on meat production. In this study, six imported male sheep populations (White Suffolk, Black Suffolk, Texel, Dorper, South African Mutton Merino and East Friesian) were crossbred with STH female sheep respectively. The heterosis values of litter size, average daily gain (ADG) and feed conversion ratio (FCR) of crossbred sheep were analyzed for seeking the optimal cross. Meanwhile 28 microsatellite markers were used to measure the genetic distance between imported populations and STH population. Regression between the genetic distance and heterosis was analyzed for evaluating potential of microsatellite on predicting heterosis. Results showed a significant positive linear correlation (r = 0.892, P < 0.05) between heterosis of litter size and genetic distance D _A of six crosses. This implied that these microsatellite markers had moderate potential to forecast heterosis of litter size in sheep. Results of this study also indicated that South African Mutton Merino and East Friesian sheep would be the optimal sire breeds for the litter size and might bring the greatest economic benefit in six imported populations; Suffolk sheep could be prior consideration as sire breeds when breeding objective focused on ADG. Finally these results provided valuable information for Chinese sheep industry.     

3个山羊群体中4个微卫星DNA多态性及其与杂种优势的关系

利用4个微卫星标记（OarFCB11,OarAE101,McM218,McM38）对波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了遗传检测,并测定了波尔山羊与河北奶山羊及太行山羊的杂交效果。结果表明：4个微卫星标记在波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊3个品种中存在多态性,可以用于山羊遗传多样性的评估;从不同品种来看,太行山羊的遗传变异程度最大,而波尔山羊的遗传变异程度相对较小;波尔山羊与河北奶山羊的遗传距离大于与太行山羊,波尔山羊与河北奶山羊的杂种优势高于与太行山羊,与实际杂种优势测定结果相符。 Abstract: Gene frequency, polymorphism information contents, number of effective alleles, heterozygosity and genetic distances were studied in Boer goat, Taihang goat and Hebei dairy goat using four microsatellite markers（OarFCB11,OarAE101,McM218,McM38）. The crossing effects on Hebei dairy goat and Taihang goat with Boer goat were tested. The results indicated that there are genetic polymorphisms at four microsatellite markers in three goat breeds. Four microsatellite markers can be used for genetic diversity evaluation in goat breeds. The genetic variability of Taihang goat is the highest, and Boer goat is the lowest in three goat breeds. Genetic distances between Boer goat and Hebei dairy goat is bigger than that between Boer goat and Taihang goat. The heterosis between Boer goat and Hebei dairy goat is higher than that between Boer goat and Taihang goat. It accords with testing results on actual heterosis.     

我国主要地方绵羊品种随机扩增多态DNA研究

对蒙古羊、湖羊、滩羊、小尾寒羊、乌珠穆沁羊、藏绵羊、阿勒泰羊7个地方绵羊品种和无角陶赛特羊、德国美利奴羊、萨福克羊3个引入品种基因组DNA进行了RAPD分析。结果表明：（1）RAPD可作为一种有效的标记用于绵羊品种之间遗传亲缘关系的分析。（2）在所使用的43种随机引物中,有35种引物扩增出多态谱带,多态频率为66.24%,说明RAPD技术用于研究绵羊核DNA的遗传变异具有较高的检出率和灵敏度。（3）总群体平均遗传多样性指数（HSP)为0.9139,说明绵羊群体具有较为丰富的遗传多样性。（4）我国地方绵羊品种间的分子聚类关系与其所处的地理位置、考古学结果,以及细胞遗传学研究结果基本,引入品种间的分子聚类关系也与其育成史基本一致。     

河南地方山羊品种的遗传多样性

采用18个微卫星位点对河南省5个地方山羊品种（牛腿山羊、槐山羊、河南奶山羊、太行黑山羊和伏牛白山羊）的遗传多样性进行了评价.结果表明：18个微卫星位点在5个山羊品种均为高度多态;5个山羊品种的多态信息含量、群体杂合度、有效等位基因数值较高,说明其遗传多样性和各品种内的遗传变异比较丰富;聚类分析显示,牛腿山羊与太行黑山羊的关系较近,与河南奶山羊的关系较远.群体遗传分化系数和群体遗传距离表明,河南省地方山羊的变异主要存在于品种内,品种间的变异相对较小.结合5个山羊品种的实际生态地理分布,提出了避免近交,并有选择地进行品种间杂交的保种模式.     

Population structure in Indian sheep ascertained using microsatellite information

This study attempts to provide a comprehensive insight into the prevailing genetic status of Indian sheep breeds using microsatellite markers. Seventeen Indian sheep breeds from 3 agroecological zones were analysed using a panel of 25 microsatellite markers. All of the sheep breeds investigated were genetically diverse, as evident from the high allele (>6) and gene (>0.6) diversity values. The gene diversity values for all breeds ranged from 0.621 to 0.780. The within-population heterozygote deficit (F(IS)) varied from -0.098 to 0.234, reflecting significant levels for 12 of the 17 breeds investigated. The average genetic differentiation between all breeds (F(ST)) was 11.1%, revealing moderate discrimination between the indigenous sheep breeds. The genetic distance and principal component analysis revealed a separation of sheep breeds based on geographical propinquity. The Bayesian clustering approach suggested poor breed differentiation in the north-western arid and semi-arid region when compared to the breeds from the eastern and southern peninsular regions. The observed results mirror the divergent management strategies in the different agroecological regions, lack of specific selection policies, and intermixing of breeds in close proximity. Immediate steps to curb the intermixing and erosion of breed purity for some of these breeds need to be implemented, for example, by introducing measures like making proven rams available and ensuring their frequent exchange between flocks. The data generated here provides valuable information about the genetic structure of the 17 Indian sheep breeds and this can be used for designating priorities for their conservation.     

中国蒙系绵羊品种间的基因流动

利用结构基因座和微卫星标记分析了中国蒙系绵羊4个品种间的基因流动情况。结果显示, 由结构基因座得出的遗传分化系数在0.0164 ~ 0.0455之间, 由微卫星位点得出的遗传分化系数在0.0107 ~ 0.0239之间, 说明遗传变异绝大部分存在于品种内, 蒙系绵羊品种间的遗传分化水平很低。结构基因座(N_m = 7.971)和微卫星位点(N_m = 15.732)都反映出品种间的基因流通畅。品种间的遗传差异与地理距离之间无直接相关关系。初步推断我国蒙系绵羊品种间的遗传分化主要是自然选择(生境异质性)作用的结果。     

肉牛杂交优势预测、评估及其应用研究

利用微卫星标记技术分析了８个肉 要交样本群体的遗传结构和遗传变异,预测了要种优势。在此基础上肉牛发校组合的实际杂交效果利用个体动物模型进行了评估,并提出了筛选最优杂交组合的分子数量遗传学综合评选新方法。其最优杂交组合的评选结果为,在丰宁、隆化代表区域,以海伏特、利木赞和夏洛来为父本的组合最好;在赞皇代表区域,以利木赞、安格斯和海伏特为父本的组合最好,在抚宁代表区域,以海伏特、利木赞和皮埃蒙特为父本     

Phylogeography and Origin of Sheep Breeds in Northern China

With the establishment of modern sheep production systems in China, various forms of hybridization with Western breeds and between native breeds have been utilized for genetic improvement. At the same time, the progressive destruction or deterioration of sheep habitat has accompanied urbanization in China. Together these factors have accelerated the loss of genetic diversity, or even resulted in the extinction of some indigenous breeds. It is therefore important that efficient strategies for surveillance, evaluation, conservation and utilization of available genetic resources are developed for this species. In this study, a total of 30 microsatellite markers were used to assess genetic diversity for 12 native breeds and one Western sheep breed in Northern China. The high polymorphism information contents at the 30 markers, varying from averages of 0.519 to 0.666 for the 13 breeds, imply the retention of natural variation from source populations in the domestic breeds from different geographic regions in China. Analysis of genetic differentiation revealed substantial divergence among these breeds. Neutrality tests indicated that more than one third of the 30 loci were in departure from neutrality, implying that some evolutionary forces (e.g. selection and migration) had acted on these populations. Phylogenetic and phylogeographic analyses displayed a remarkable degree of consistency between geographic origins, breeding histories and the pattern of genetic differentiation.     

利用微卫星标记分析不同鹅种的遗传变异

应用微卫星标记技术以6个品种鹅(东北白鹅、籽鹅、皖西白鹅、豁眼鹅、莱茵鹅、朗德鹅)为实验材料分析不同品种鹅的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离D_S, 结果表明: 7个微卫星位在6种鹅群体中均表现为高度多态性, 可作为有效的遗传标记来分析各鹅群体的遗传多样性和系统发生关系。实验各群体的杂合度均较高, 平均杂合度在0.6617(莱茵鹅)~0.8814(籽鹅)之间。各品种的PIC值变动大小在0.6145(莱茵鹅)~0.7846(籽鹅)这与杂合度的高低一致。依据D_S遗传聚类进行UPGMA聚类分析结果6个品种被分为2类: 国内地方品种东北白鹅、籽鹅、豁眼鹅及皖西白鹅为一类; 外来鹅种莱茵鹅与朗德鹅为一类。表明微卫星标记可准确地反映6个品种的亲缘关系及其所在地域分布上的差异, 适宜于群体遗传结构及遗传关系的研究, 是畜禽遗传多样性研究与保护的有效分析手段。