汉坦病毒的基因分型及其序列分析

为了探讨从核苷酸水平耐汉坦病毒进行分型,设计两对型特异性引物,采用反转录和聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）,对亚太地区１８株汉坦病毒进行了扩增鉴定,并对其中７株汉坦病毒的ＰＣＲ产物进行了测序分析。ＰＣＲ的分型结果表明,Ⅰ型引物只能扩增血清Ⅰ型病毒的ｃＤＮＡ;Ⅱ型引物也只能扩增血清Ⅱ型病毒,其间无交叉反应。采用巢式ＰＣＲ和限制性内切酶验证了ＰＣＲ产物的特异性。序列分析结果表明,Ｒ３６Ｍ片段Ｇ１区的核苷酸序列与血清Ⅰ型病毒代表株７６－１１８的同源性为７８．４％,而与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性为６８．１％;Ｒ３６与汉坦病毒序列同源性的成对比较结果也表明,Ｒ３６与血清Ⅰ型病毒的同源性均高于血清Ⅱ型病毒;Ｌｅａｋｅｙ虽然能被Ⅱ型引物扩增,但其序列与血清Ⅱ型病毒Ｒ２２的同源性仅为４４．９％,故不属于血清Ⅱ型病毒。上述研究结果表明,反转录聚合酶链反应能对多数汉坦病毒准确分型,但最终结果尚有赖于序列分析。     

湖北省不同地区汉坦病毒M片段的分析研究

参考汉坦病毒（ＨＶ）的基因文库软件设计Ｍ片段Ｇ－１区型特异性引物,以ＨＶ　７６／１１８、Ｈ－１１４、Ａ－９及Ｒ－｛２２｝株ＲＮＡ为阳性模板,建立ＨＶ的分型方法──逆转录一半巢式聚合酶链反应（ＲＴ－ｈｅｍｉｎｅｓｔｅｄ　ＰＣＲ）,对湖北省不同地区分离的３０株ＨＶ进行分　型。结果显示：（１）建立的ＲＴ－ｈｅｍｉｎｅｓｔｅｄ　ＰＣＲ分型方法对ＨＶ两型的代表株７６／１１８（ＨＴＮ）、Ａ－９（ＨＴＮ）、Ｈ－１１４（ＨＴＮ）及Ｒ－｛２２｝（ＳＥＯ）ＲＮＡ进行了特异性扩增,其大小与理论值一致;此　法只能检测ＨＶ　ＲＮＡ,不能检测其它病毒ＲＮＡ。（２）分离于湖北省不同地区的３０株ＨＶ的分型结果　为汉滩型２１株、汉城型９株,其中长江以南汉滩型１２株、汉城型２株;长江以北汉滩型９株、　汉城型７株。这表明建立的ＲＴ－ｈｅｍｉｎｅｓｔｅｄ　ＰＣＲ用于ＨＶ的检测特异性好;分析湖北省不同　地区分离的３０株ＨＶ,显示湖北省ＨＦＲＳ流行为混合疫区;且在湖北地区具有一定的地理聚集性。     

Nested PCR在检测牛白血病病毒前病毒中的应用

用ＮｅｓｔｅｄＰＣＲ检测牛白血病病毒的前病毒形式。从牛白血病病毒基因ｇｐ５１上选择两对引物进行ＮｅｓｔｅｄＰＣＲ体外扩增,产物经２％ａｇａｒｏｓｅ凝胶电泳和用生物素标记的探针鉴定,证实其特异性。结果表明该方法能从两个ＢＡＴ－ＢＬＶ细胞内检测出ＢＬＶ的前病毒ＤＮＡ形式。     

肾综合征出血热病毒基因检测及分型的研究

根据流行于我国的两型ＨＦＲＳＶ代表株汉滩型７６１１８株及汉城型Ｒ２２株Ｍ节段的核酸序列,设计两型共同引物,建立了逆转录－聚合酶链反应（ＲＴＰＣＲ）方法,检测３９株从不同地区、不同宿主分离的ＨＦＲＳＶ感染鼠脑及细胞培养物;同时还建立了捕捉ＥＬＩＳＡ法（ｃＥＬＩＳＡ）,检测了３９株中的３６株,每份样本设复孔,以Ｐ／Ｎ≥２．１０且Ｐ－Ｎ≥０．１０者判为阳性。ＲＴＰＣＲ及ｃＥＬＩＳＡ两法的检出率分别为９７．６％与８２．４％,二者符合率８４．６％。此外,对ＲＴＰＣＲ产物进行酶切分型,３８份扩增产物中的１５份可被ＡｌｕＩ切开。根据所获酶切图谱的差异,可分为汉滩型及汉城型两型,显示了酶切分型的潜在价值     

巢－PCR分型检测人乳头状瘤病毒同源序列

采用Ｌ１通用引物ＭＹ１１／９介导聚合酶链反应,（ＰＣＲ）,从人生殖道疣,癌组织中扩增人乳头状瘤病毒（ＨＰＶ）同源序列得３９４－５５２ｂｐＤＮＡ片段,再以内引物ＧＰ５／６介导第二次扩增得１３９－１５４ｂｐ片段,然后根据ＲｓａＩ酶切扩增片段的电泳图谱来分出ＨＰＶ型别,无需特异型别的探针进行分子杂交,３５例宫颈癌和３０例生殖器疣ＨＰＶ同源序列检出率分别为８５．７５％和９６％;１２例卵巢腺癌检出ＨＰＶ同源     

棉花法呢基焦磷酸合酶cDNA克隆,序列分析及其在种子发育过程中的？…

根据法呢基焦磷酸合酶（ＦＰＳ）保守域设计简并引物,应用Ｎｅｓｔ ＰＣＲ和ＰＣＲ－９６孔板筛库技术分离到亚洲棉法呢基焦磷酸合成酶的ｃＤＮＡ。序列分析表明,该ｃＤＮＡ全长１２８０ｂｐ,开放阅读框共编码３４２个氨基酸残基,推断蛋白质分子量约为３９ｋＤ,推测的氨基酸顺序与拟南芥和青蒿的ＦＰＰ合酶序列同源性为７８．９％和８０．７％。应用ＲＴ－ＰＣＲ定量分析ｆｐｓ１基因在“苏棉６号”（Ｇ．ｈｉｒｓｕｔｕｍ Ｌ     

应用聚合酶链反应对我国不同来源肾综合征出血热病霉的型别分析

应用聚合酶链反应（ＰＣＲ）,对分离自不同地区、不同宿主来源的２６株肾综合征出血热病毒进行了分型,其中包括４个型别的国际标准株,用异硫氰酸胍－酚－氯仿方法从感染的Ｖｅｒｏ－Ｅ６细胞中提取总ＲＮＡ,设计了５对寡核苷酸引物,一对为汉坦病毒特异性引物;４对为不同型特异性引物。ＰＣＲ分型表明,２６株中除１株Ｒｒ可同时被汉坦（ＨＹＮ）和Ｓｅｏｕｌ（ＳＥＯ）两型特异性引物扩增外,其余２５株分别只被４个型别引物中的一个所扩增,依次为ＨＴＮ１６株,ＳＥＯ７株,Ｐｕｕｍａｌａ（ＰＵＵ）１株,ＰｒｏｓｐｅｃｔＨｉｌｌ（ＰＨ）１株。ＰＣＲ分型的结果与空斑减少中和试验完全一致,表明ＰＣＲ可以对肾综合征出血热病毒准成分型。应用限制性内切酶分析了扩增产物,结果与理论基本一致,证实了扩增产物的特异性。     

汉滩病毒A9株强毒和弱毒克隆M基因片段G1糖蛋白编码区核苷酸序列的分析比较

采用逆转录－ＰＣＲ方法,用３对引物分３个片段扩增强毒克隆（Ａ９ｖ）及弱毒克隆（Ａ３％）的Ｍ基因片段ｃＤＮＡ,并克隆入ｐＧＥＭ－Ｔ载体中。采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧法测定了Ａ３９ｓ、Ａ９ｖ病毒Ｇ１糖蛋白编码区的全序列,发现二者均由１９７８个核苷酸组成,比７６／１１８株少６个核苷酸,并发现Ａ３９ｓ在Ｇ１编码区有３３个碱基及８个氨基酸与Ａ９ｖ不同。进一步与７６／１１８、ＨＶ１１４的相关序列比较,发现Ｇ１编码区的第６０６、６１４位氨基酸的变异同Ａ３９ｓ病毒的减毒有一定相关。从Ａ３９ｓ、Ａ９ｖ、７６／１１８及ＨＶ１１４４株病毒Ｇ１糖蛋白编码区推导的氨基酸序列亲疏水性资料显示,在位于Ｇ１糖蛋白Ｃ末端的最大亲水区域的６００～６２０位氨基酸区域,弱毒株Ａ３９ｓ同强毒株Ａ９ｖ、７６／１１８、ＨＶ１１４的亲水性有明显不同,而这一差异又主要由第６１４位氨基酸的变异所引起。因此推测,Ｇ１糖蛋白Ｃ端亲水区域同汉滩病毒毒力相关,而第６１４位的精氨酸被谷氨酰胺取代,同Ａ３９ｓ病毒毒力的减弱可能有关。     

斑点杂交检测肾综合征出血热病毒核酸的研究

本研究用非放射性标记物—地高辛碱性磷酸酶标记肾综合征出血热病毒（ＨＦＲＳＶ）ｃＤＮＡ制备探针,检测恙螨、鼠肺中ＨＦＲＳＶＲＮＡ的ＲＴＰＣＲ扩增产物中目的片段。结果表明：ＨＦＲＳＶ抗原阳性鼠体螨５０只组、１０只组,游离螨５０只组、１０只组,ＨＦＲＳＶ抗原阳性鼠肺１０００ｍｇ、５００ｍｇ,抗原阴性鼠肺１０００ｍｇ检测结果为阳性,呈现明显紫褐色斑点,而ＲＴＰＣＲ检测时未能扩增出ＨＦＲＳＶ抗原阴性鼠肺１０００ｍｇ和游离螨１０只组中的目的条带。实验结果说明,斑点杂交检测方法比ＲＴＰＣＲ敏感。     

汉滩病毒A9株强毒和弱毒克隆M基因片段G1糖蛋白编码区核苷酸序列…

采用逆转录－ＰＣＲ方法,用３对引物分３个片段扩增强毒克隆（Ａ９ｖ）及弱毒克隆（Ａ３９ｓ）的Ｍ基因片段ｃＤＮＡ并克隆入ｐＧＥＭ－Ｔ载体中,采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧法测定了Ａ３９ｓ,Ａ９ｖ病毒Ｇ１糖蛋白编码区的全序列,发现二者均由１９７８个核苷酸组成,比７６／１１８株少６个核苷酸,并发现Ａ３９ｓ在Ｇ１编码区有３３个碱基及８个氨基酸与Ａ９ｖ不同,进一步与７６／１１８,ＨＶ１１４的相关序列比较,发现Ｇ１编码     

逆转录-聚合酶链反应结合限制性片段长度多态性分析对我国肾综合征出血热病毒分型的研究(英文)

建立准确、快速、灵敏的汉坦病毒基因分型方法,可弥补传统血清学方法的不足,对防治该病毒所致的肾综合征出血热(HFRS)具有重要意义。本试验采用逆转录－聚合酶反应(RT-PCR)和限制性片段长度多态性(RFLP)和限制性片段长度多态性(RFLP)方法,对流行于我国的两型汉坦病毒代表株??汉滩型(HTNV)76－118和汉城型(SEOV)R22株进行基因分析。根据病毒DNA序列的电脑软件分析,不同HFRSV囊膜糖蛋白编码基因M节段1199~1497间核苷酸序列上RsaI、TaqI和HindIII的酶切位点存在差异(Fig.1), 可用于进行限制性内切酶基因多态性分析,以确定HFRV的型别。首先,以一对引物扩增该片段(Fig.2)。然后,分别用这三种内切酶(Fig.3,4,5)进行酶切分型。共分析了从我国不同地区,不同宿主分离的毒株18株,及国际标准毒株2株,酶切图谱显示,这些毒株可以被分为三组(Table.1)：9株可定为HTNV型,8株可定为SEOV型,3株无法确定其型别(X型)。该法分型结果与血清学经典的空斑减数中和试验分型结果基本一致,说明该酶切分型方法具有一定的可行性。     

多聚酶链反应技术鉴别肾综合征出血热病毒血清型的初步研究

肾综合征出血热(HFRS)为一组抗原性密切相关的布尼亚科汉坦病毒引起的急性传染病。在我国存在至少两种临床表现、动物宿主及流行特征截然不同的血清型别,即血清Ⅰ型(汉坦型)和血清Ⅱ型(汉城型)。这两型病毒间的血清学定型已有报道。近年来,除啮齿类动物外,从临床病人以及非啮齿类动物体内也分离到了HFRS病毒。同时出现两类型别毒株共存,以及从家鼠体内分离到野鼠型毒株或从野鼠体内分离到家鼠型毒株的复杂情形。为此,准确检定并鉴别不同来源毒株型别,将为深入了解其病原学、流行病学以及制定疫苗生产策略提供重要信息。     

应用微卫星标记对雌核发育银鲫的遗传多样性初探

利用Crooijmans et al.(1997)分离的包含CA重复单元的普通鲤鱼（Cyprinus carpino.L)的8个微卫星DNA标记,对银鲫（Carassius auratus gibelio Bloch)的5个不同雌核发育系的24尾个体进行PCR扩增。分析电泳结果发现,除MFW28未能在银鲫中稳定地扩增出相应的同源序列,其余的7对引物扩增的重复性和稳定性都很好,随引物不同,各等位基因数为1-14个,大小在100-506bp。在MFW1、MFW4、MFW19、MFW20、MFW23和MFW246个微卫星的扩增图谱中,不同的雌核发育系扩增出各自独特的图谱,而同一系内的不同个体间具有高度的遗传同质性,但仍然在个别个体中检测到少量的多态片段。不同系间的扩增图谱呈现出高度的遗传异质性,共鉴定出23个可以用于有效区分5个不同雌核发育系的分子标记。这5个微卫星标记反映了银鲫5个雌核发育系间的相互亲缘关系,其中P和A系同属一个雌核发育系,F系起源于E系,A、D和E系可能分别独立地起源于不同的杂交事件,鉴定的微卫星分子标记为进行银鲫群体遗传学和进化遗传学研究,以及银鲫的分子标记育种和进行基因组作图提供了理想的工具。     

Prevalence of nim genes in anaerobic/facultative anaerobic bacteria isolated in South Africa

This study investigated the prevalence of nim genes (proposed to encode a 5-nitroimidazole resistance product) in 64 anaerobic/facultative anaerobic bacteria. Employing universal nim gene primers, 458-bp amplified fragments were recorded as presumptive positives in 22/64 strains at an annealing temperature of 52 degrees C and 15/64 strains at 62 degrees C, of which seven were propionibacteria. DNA sequencing confirmed the presence of nimA genes in Propionibacterium spp. (five strains), Actinomyces odontolyticus (one strain), Prevotella bivia (one strain) and Clostridium bifermentans (one strain) and nimB genes from five strains of Bacteroides fragilis. nimA genes were predominant in propionibacteria indicating a potential nimA gene source in anaerobic environments.     

广东地区两种兰花病毒病害的分子鉴定及检测

根据已报道的建兰花叶病毒(CyMV)和齿兰环斑病毒(ORSV)基因组核苷酸序列,在其cp基因上下游设计PCR引物。CyMV预计扩增产物784bp,ORSV预计扩增产物604bp。以采集自广东省顺德的墨兰和文心兰表现病毒病症状的病株叶组织总RNA为模板,进行RT—PCR扩增。对预期大小的5个扩增产物进行克隆和测序,结果表明,来源于不同兰种或同一兰种不同兰场的病样CyMV引物扩增产物核苷酸序列存在少量差异,但均与世界各地的CyMV分离物cp基因高度同源;而来源于不同兰种的病样ORSV引物扩增产物核苷酸序列完全相同,与世界各地的ORSV分离物cp基因高度同源。因此可将侵染广东兰花的两种病毒鉴定为CyMV和ORSV。混合上述两种病毒的PCR引物,采用双重RT—PCR扩增,对采自广东顺德23个兰场共153份样品进行病毒检测,76份(49．7％)检出CyMV,52份(34．0％)检出ORSV,2份(1．3％)同时检出CyMV和ORSV。     

套式RT-PCR检测猪繁殖和呼吸综合征病毒的研究

参照ATCC VR-2332株及LV株保守区段设计了3条引物,以此建立了检测猪繁殖和呼吸综合征病毒的套式RT-PCR方法。利用其分别对ATCC VR-2332株、LV株及B13株进行套式RT-PCR,结果从3个不同地区分离的毒株中均能特异性的扩增出相应的片段,大小分别约为430bp(预期片段为430bp)、410bp(预期片段为413bp)及410bp(预期片段为413bP),而3个非PRRSV的病毒(猪瘟病毒、细小病毒及伪狂犬病毒)均未扩增出相应的片段。其敏感性可达到10^-2TCI     

不同来源的肾综合征出血热病毒对Vero细胞的致病变作用

前文报道,肾综合征出血热病毒76-118株能使Vero细胞产生病变。本文报道76-118株和另11株不同来源的肾综合征出血热病毒(H537、A9、H5、R178、HB55、R22、Z10,沟3、L99、A16和J10)对Vero细胞的致病变作用(CPE )。其中除沟3株外,大部分毒株在感染Vero细胞后的第一代即可见明显的CPE。CPE的特点与76-118株相似,主要是感染细胞粘聚、融合,形成网状结构。CPE能被特异性抗HFRS病毒血清和型特异性单克隆抗体所中和抑制,但不能被特异性抗呼肠孤病毒Ⅲ型免疫血清所中和抑制。HFRS病毒对Vero细胞的致病变作用,对进一步研究HFRS病毒的某些生物学特性及实验方法等均有重要意义。     

小菜蛾碱性磷酸酶基因cDNA片段的克隆及其序列分析

利用DNAman设计简并引物,通过反转录一多聚酶链式反应(RT-PCR)克隆小菜蛾Plutella xylostella(L.)抗性、敏感种群中可能与苏云金芽孢杆菌(Bt)抗性相关的碱性磷酸酶基因。琼脂糖电泳结果显示扩增条带与预期片段长度一致,阳性克隆经测序获得了403bp的基因片断。经blast比较得出所克隆基因属于碱性磷酸酶基因。与敏感种群相比,抗性种群中该基因片段有18个碱基发生变化,有1个氨基酸发生替换(缬氨酸转变为苏氨酸)。研究结果对于进一步研究小菜蛾全基因结构、功能有重要的意义。     

对虾白斑综合征病毒中国地方株变异区基因的比较

对虾白斑综合征病毒(White spot syndromevirus,WSSV)是对虾养殖的主要病原之一,它是目前发现的基因组最大的动物病毒,为环状双链DNA病毒[1,2],全基因组序列分析结果显示,对虾白斑综合征病毒和其他杆状病毒相差甚远,最新病毒分类报告已将该病毒划归新建立的线头病毒科(Nima-viridae)白斑病毒属(Whispovirus)[3,4]。目前Gen-Bank公布有3个版本的WSSV全序列[1,2],其基因组大小的测定结果相差较大。不同的WSSV毒株可能在形态结构、理化性质上无法区分,但病毒基因组限制酶切片段长度多态性(RFLP)可以将之区分开来,Marks等[6,7]通过计…     

单纯疱疹病毒的PCR直接基因分型

本文利用ＰＣＲ技术建立一种对ＨＳＶ直接基因分型的方法。在ＨＳＶ－Ⅰ、Ⅱ两型的ＤＮＡ多聚酶基因上设计了一条两型共同的上游引物（ＨＤＰ－Ｂ）和两条型特异的下游引物（ＨＤＰ－１、ＨＤＰ－２）。三条引物共同组成一个扩增反应体系,在ＨＳＶ－Ⅰ产生５４３ｂｐ条带,ＨＳＶ－Ⅱ产生３７２ｂｐ条带,据此在基因水平上对ＨＳＶ进行分型。５株不同来源的ＨＳＶ（２株Ⅰ型,３株Ⅱ型）分型结果与病毒分离及血清学方法完全一致。该反应体系与其它来源的ＤＮＡ不产生特异反应,敏感性可达１ｆｇ。应用该法对１５１份临床可疑ＨＳＶ感染的标本进行检测并分型,结果与免疫学方法完全一致。