卵巢高/低级别浆液性癌的定量蛋白质组学比较研究

目的:探讨卵巢高级别浆液性癌和低级别浆液性癌的差异表达蛋白,为阐明卵巢癌发生机制及寻找诊断和预后标志物的提供线索。方法:收集卵巢癌新鲜组织标本冻存于液氮中,经病理学确诊为高级别浆液性癌和低级别浆液性癌,两种类型各收集15例。应用i TRAQ定量蛋白质组学技术筛选及鉴定高/低级别浆液性癌的差异表达蛋白,并进行生物信息学分析。结果:卵巢高级别和低级别浆液性癌组织的定量蛋白质组学比较研究鉴定出差异表达蛋白314个,其中与低级别浆液性癌组比较,高级别浆液性癌组上调蛋白有97种,下调蛋白有217种。GO分析显示这些差异蛋白在分子功能、生物学功能、细胞成分方面均具有一定分布特点。KEGG分析显示这些差异蛋白涉及复杂的信号通路。结论:高/低级别浆液性癌之间存在差异表达蛋白,这些蛋白涉及复杂的功能和信号通路可能在两型卵巢癌发生机制及肿瘤生物学行为差异中具有重要意义。     

基于蛋白质组学对螺旋藻在高温胁迫下响应机制的初步研究

本实验以螺旋藻为材料,通过i TRAQ对螺旋藻细胞在高温胁迫下的全蛋白进行定量分析。结果表明:40oC是螺旋藻可恢复的最大耐受胁迫温度,并在此温度胁迫条件下启动响应机制。差异表达蛋白的筛选结果确定了18 523个独特的肽和2 085个蛋白质,此外,在Uni Prot KB/Swiss-Prot数据库中注释了142种独特的蛋白质。GO功能注释中,共有207条蛋白序列被793条GO功能条目注释,平均GO层次为6.545。KEGG通路注释中,检测到呈现显著差异性表达的注释蛋白117个,涉及光合作用、能量代谢、RNA的转录和翻译等方面。荧光定量PCR结果显示,测序结果与i TRAQ实验相一致,光合系统I P700叶绿素脱辅基蛋白A1、果糖1,6-二磷酸酶、核酮糖二磷酸羧化酶大侧链、光合系统I反应中心亚基XI下调;顺反异构酶、热激蛋白70、热激蛋白90、磷酸甘油酸激酶、二磷酸核苷酸激酶上调。由此可知,螺旋藻经高温胁迫后,与光合作用和遗传信息相关的蛋白是影响螺旋藻热应激的关键。     

HDAC1蛋白在乳腺癌中的表达及临床意义及与ER、PR的关系

目的:探讨乳腺癌组织中组蛋白去乙酰化酶1(HDAC1)的表达及临床意义。方法:应用免疫组织化学SP法检测78例乳腺癌组织和20例癌旁组织中HDAC1蛋白的表达情况并分析其与ER、PR之间的关系。结果:(1)HDAC1蛋白在78例乳腺癌中的阳性表达率为78.2%(61/78),在癌旁组织中的阳性表达率为5%(1/20),两组差异有统计学意义(P<0.01)(2)乳腺癌组织中的HDAC1蛋白在ER或PR阴性乳腺癌组织中的表达分别高于其在ER或PR阳性乳腺癌组织中的表达(P<0.01)结论:乳腺癌组织中的HDAC1蛋白过度表达与肿瘤发生发展密切相关。     

催乳素处理的乳腺癌T-47D细胞lncRNA和mRNA表达谱差异分析

目的:观察催乳素处理引起乳腺癌T-47D细胞中长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱的变化。方法:利用转录组测序技术检测催乳素处理前后乳腺癌T-47D细胞中lncRNA和mRNA的表达谱;通过数据库KEGG、GO富集对有差异表达且具有统计学意义的mRNA进行通路分析,得到mRNA参与的生物学途径;运用荧光定量PCR(q RT-PCR)技术对部分差异表达的lncRNA(lnc-AK4-2、XLOC_075541、XLOC_093371、XLOC_081110、XLOC_047068、XLOC_006637、XLOC_064063、XLOC_086865、XLOC_099517、XLOC_106798、lnc-ZNF639-1)进行验证,并利用生物信息学方法预测其靶基因,通过数据库KEGG、GO富集对差异lncRNA的靶基因进行通路分析。结果:分析得到3564个差异lncRNA和477个差异mRNA(差异倍数2,P0.05),差异表达的mRNA主要富集在134条不同的信号通路,其中包括催乳素/催乳素受体信号通路相关的MAPK信号通路、p53信号通路和JAK-STAT信号通路;选取的11条lncRNA的变化趋势(XLOC_093371、XLOC_006637、XLOC_064063、XLOC_086865、lnc-ZNF639-1表达上调,lncAK4-2、XLOC_075541、XLOC_081110、XLOC_047068、XLOC_099517、XLOC_106798表达下调)经q RT-PCR技术得到验证;lncRNA靶基因富集的信号通路同样包括MAPK信号通路。结论:催乳素处理前后T-47D细胞中lncRNA的表达存在明显差异,为进一步研究与乳腺癌发病机制相关的关键lncRNA分子提供了基础,并为寻找乳腺癌潜在的诊疗方法提供理论支持。     

HDAC1蛋白在乳腺癌中的表达及临床意义及与ER、PR的关系

目的：探讨乳腺癌组织中组蛋白去乙酰化酶1（HDAC1）的表达及临床意义。方法：应用免疫组织化学SP法检测78例乳腺癌组织和20例癌旁组织中HDAC1蛋白的表达情况并分析其与ER、PR之间的关系。结果：（1）HDAC1蛋白在78例乳腺癌中的阳性表达率为78.2%（61/78）,在癌旁组织中的阳性表达率为5%（1/20）,两组差异有统计学意义（P〈0.01）（2）乳腺癌组织中的HDAC1蛋白在ER或PR阴性乳腺癌组织中的表达分别高于其在ER或PR阳性乳腺癌组织中的表达（P〈0.01）结论：乳腺癌组织中的HDAC1蛋白过度表达与肿瘤发生发展密切相关。     

定量蛋白质组学筛选及分析山慈菇酯提物抗4T1乳腺癌的新启示

探讨山慈菇酯提物(ethyl acetate extract of Cremastra appendiculata,Cr Ap)作用于4T1乳腺癌癌组织中差异蛋白的表达变化,筛选Cr Ap抗4T1乳腺癌的靶点。采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对Cr Ap作用的4T1乳腺癌癌组织进行检测,并筛选4T1组织中发生显著变化的差异蛋白。利用多重数据库对Cr Ap/CON差异蛋白进一步进行生物信息学分析,QPCR检测癌组织中Ly6G、S100a8、S100a9、Tmsb4x和GADPH的mRNA表达量。蛋白质组学共获得15个上调蛋白,1个下调蛋白,其中有4个上调差异蛋白与免疫调节功能密切相关。胸腺素β-4下调,而Toll 4受体结合蛋白、Toll样受体结合蛋白、肥大细胞表达膜蛋白1上调,基因本体论注释分析和功能聚类分析显示这些差异蛋白可能与Cr Ap产生抗乳腺癌作用相关;S100-a8、S100-a9蛋白上调可能与Cr Ap产生促凋亡作用和免疫调节过程相关。此外,KEGG富集通路多与免疫调控过程相关,其中癌症的转录失调通路、IL-17信号通路可能与Cr Ap抗4T1作用和免疫调节机制密切相关。QPCR结果显示Cr Ap能显著提高乳腺癌组织中Ly6G、S100a8、S100a9的表达,而降低Tmsb4x。TMT定量蛋白质组学能有效筛选Cr Ap抗4T1的差异蛋白,其中Cr Ap抗4T1乳腺癌机制和相关的免疫调控作用有望成为新的研究方向。     

基于iTRAQ技术筛选水稻根尖甲基汞胁迫响应差异蛋白及其生物信息学分析

为了解水稻(Oryza sativa L.)对甲基汞胁迫响应的分子机制,采用两优302为实验材料,利用同位素相对标记与绝对定量技术(i TRAQ),联合液相色谱-串联质谱技术(LCMS/MS),筛选水稻甲基汞胁迫下的根尖蛋白组差异表达蛋白,并结合生物信息学对差异蛋白进行分析。结果表明,对照组与处理组共定量了3508个蛋白质,在差异倍数(fold change)≥1.20或≤0.83,且P0.05条件下,筛选出88个差异蛋白,其中32个蛋白表达上调,56个蛋白表达下调,其中15个差异蛋白(包括类萌发素蛋白和脂氧合酶等12个已知蛋白和3个未知蛋白)具有与金属离子结合相关属性。基因本体(gene ontology,GO)分子功能提示,差异性蛋白主要涉及催化活性、结合和转运活性等生物学过程,京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析显示,差异蛋白显著富集于内质网蛋白加工、氧化磷酸化、淀粉与蔗糖代谢和苯丙素生物合成等代谢通路。研究结果为今后调控水稻中MeHg的吸收提供依据。     

乳腺癌患者新辅助化疗后ER、PR、HER2、Ki67表达变化及临床意义

目的:研究乳腺癌患者在新辅助化疗后ER、PR、HER2、Ki67的变化及临床意义。方法:选择2012年1月-2017年12月至我院进行乳腺癌新辅助化疗的患者176例进行临床研究。所有患者化疗前及术后行经B超引导下核芯针穿刺取病理活检,检测ER、PR、Ki67、HER2的表达,分析其变化情况。结果:176例乳腺癌患者新辅助化疗前ER阳性为57例,新辅助化疗后ER阳性为69例,新辅助化疗前ER阴性为119例,新辅助化疗后ER阴性107例;新辅助化疗前后状态改变了34例(19.32%),其中12例新辅助化疗前ER阴性转变为ER阳性,22例新辅助化疗前ER阳性转变为新辅助化疗后ER阴性,化疗前后患者ER表达变化有统计学差异(x~2=8.044,P=0.037);176例乳腺癌患者新辅助化疗前PR阳性为83例,新辅助化疗后PR阳性为89例,新辅助化疗前PR阴性为93例,新辅助化疗后PR阴性87例;新辅助化疗前后状态改变了82例(46.59%),其中45例新辅助化疗前PR阴性转变为PR阳性,37例新辅助化疗前PR阳性转变为新辅助化疗后PR阴性,化疗前后患者PR表达变化有统计学差异(x~2=6.311,P=0.049);176例乳腺癌患者新辅助化疗前HER2阳性为31例,新辅助化疗后HER2阳性为30例,新辅助化疗前HER2阴性为145例,新辅助化疗后HER2阴性146例;新辅助化疗前后状态改变了3例(1.70%),其中1例新辅助化疗前HER2阴性转变为HER2阳性,2例新辅助化疗前HER2阳性转变为新辅助化疗后HER2阴性,化疗前后患者HER2表达变化无统计学差异(x~2=0.522,P=0.945);176例乳腺癌患者新辅助化疗前Ki67阳性为104例,新辅助化疗后Ki67阳性为95例,新辅助化疗前Ki67阴性为72例,新辅助化疗后Ki67阴性81例;新辅助化疗前后状态改变了109例(61.93%),其中54例新辅助化疗前Ki67阴性转变为Ki67阳性,55例新辅助化疗前Ki67阳性转变为新辅助化疗后Ki67阴性,化疗前后患者Ki67表达变化有统计学差异(x~2=2.936,P=0.048),经过新辅助化疗后,Ki67出现上调表达最高,为23.86%,同时也是下调表达最高,为38.07%。HER2表达保持不变最高,为98.30%。结论:新辅助化疗会对乳腺癌患者ER、PR、Ki67的表达造成影响,其中对Ki67的影响最为显著。     

基于皮肤组织转录组学和蛋白质组学测序揭示影响羊毛性状的关键基因（英文）

目的 羊毛是高档纺织原料,羊毛的物理性质直接关系到羊毛品质。本研究旨在挖掘影响羊毛性状的基因,探索影响羊毛性状的复杂分子机制。方法 本研究选取萨福克羊和小尾寒羊各3只作为试验样本,取背部皮肤组织,采用转录组学（RNA-seq）和蛋白质组学测序分析造成羊毛性状差异的基因、蛋白质及相关信号通路。结果 转录组测序表明：测序完成后,共得到230 406 674个原始数据和222 049 370个干净数据,其中Q20碱基百分比为99.9%以上,Q30碱基百分比为98%以上。以差异倍数FC≥1.4或FC≤0.714且P<0.05作为标准,由此筛选出1 213个差异表达基因（DEGs）,其中萨福克羊与小尾寒羊相比,上调基因有644个,下调基因有569个。GO富集发现中间丝、钙离子结合、角蛋白丝显著富集,表明其可能与羊毛性状相关。KEGG富集发现,影响羊毛性状的信号通路可能是ECM-受体相互作用。蛋白质组测序表明：以差异倍数FC≥1.4或FC≤0.714且P<0.05作为标准,由此筛选出99个差异表达蛋白（DEPs）,其中萨福克羊与小尾寒羊相比,上调蛋白有47个,下调蛋白有52个。GO富集...     

蛋白质组学技术对不同性别中国美利奴细毛羊(军垦型) 皮肤差异蛋白的筛选

旨在了解性别因素对绵羊毛性状的影响。以周岁雄性和雌性中国美利奴羊（军垦型）为研究对象,利用液相色谱-串联质谱联用技术和数据非依赖性采集策略的定量蛋白质组学技术筛选皮肤组织差异表达蛋白,并对筛选获得的差异蛋白进行基因本体（gene ontology,GO）功能注释、京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）代谢通路和蛋白互作分析。结果显示,共计筛选获得差异表达蛋白674种,其中,280种蛋白表达上调,394种蛋白表达下调;通过进一步分析发现,与皮肤毛囊发育及羊毛表型相关的差异蛋白有43种,上调差异蛋白30种,下调差异蛋白13种。GO注释结果显示,在分子功能方面,差异蛋白在氧结合、硫酸软骨素结合、亚铁血红素结合、谷胱甘肽过氧化物酶活性和转运活性等37个过程显著富集;在生物过程方面,差异蛋白在细胞氧化解毒作用、肌肉收缩调节、Notch信号通路、钙离子跨膜转运和谷胱甘肽新陈代谢等120个过程显著富集;在细胞组分方面,主要富集在肥大细胞颗粒、细胞核、肌质网状组织和内质网等31个过程。KEGG通路结果表明,这些差异蛋白涉及16条信号通路,其中,MAPK、P53信号通路和羊毛生长发育密切相关。蛋白质网络互作结果显示,COL1A1蛋白与MMP2、SPARC、THBS1等差异表达蛋白联系较为紧密,其可能在羊毛生长发育过程中发挥着关键作用。本研究为揭示不同性别绵羊毛性状的分子机制积累了基础数据。     

Possible target‐related proteins and signal network of bufalin in A549 cells suggested by both iTRAQ‐based and label‐free proteomic analysis

Bufalin (BF) exhibited antiproliferation and antimigration effects on human A549 lung cancer cells. To search its target‐related proteins, protein expression profiles of BF‐treated and control cells were compared using two quantitative proteomic methods, iTRAQ‐based and label‐free proteomic analysis. A total of 5428 proteins were identified in iTRAQ‐based analysis while 6632 proteins were identified in label‐free analysis. The number of common identified proteins of both methods was 4799 proteins. By application of 1.20‐fold for upregulated and 0.83‐fold for downregulated cutoff values, 273 and 802 differentially expressed proteins were found in iTRAQ‐based and label‐free analysis, respectively. The number of common differentially expressed proteins of both methods was 45 proteins. Results of bioinformational analysis using Metacore^TM showed that the two proteomic methods were complementary and both suggested the involvement of oxidative stress and regulation of gene expression in the effects of BF, and fibronectin‐related pathway was suggested to be an important pathway affected by BF. Western blotting assay results confirmed BF‐induced change in levels of fibronectin and other related proteins. Overexpression of fibronectin by plasmid transfection ameliorated antimigration effects of BF. Results of the present study provided information about possible target‐related proteins and signal network of BF.     

炭样小单孢菌中抗生素生物合成相关蛋白的筛选

目的：筛选一株具有广谱抗菌活性的炭样小单孢菌JXNU-1中核苷类抗生素生物合成相关蛋白。方法：通过iTRAQ定量蛋白质组学技术对JXNU-1菌体生长期（36h）和产物合成期（108h）的差异蛋白进行鉴定和功能分析。结果：基于iTRAQ定量蛋白质组学技术共鉴定出炭样小单孢菌总蛋白质2390个,差异表达蛋白172个,在产物合成期（108h）表达上调76个、表达下调96个。通过蛋白GO和COG注释等功能分析,筛选出12个与抗生素合成密切相关蛋白和5个生物合成基因簇。结论：利用iTRAQ技术筛选出炭样小单孢菌JXNU-1的抗生素合成相关蛋白,为阐明该抗生素的生物合成机制奠定实验依据。     

茶足柄瘤蚜茧蜂滞育和非滞育蛹中与能量代谢相关的差异表达蛋白

【目的】本研究旨在从蛋白质组整体层面阐明茶足柄瘤蚜茧蜂Lysiphlebus testaceipes蛹滞育背后的多蛋白调控,重点筛选与能量代谢相关的滞育关联蛋白并分析其功能,有助于更好地理解茶足柄瘤蚜茧蜂蛹滞育的代谢机制。【方法】利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification, iTRAQ)技术比较了茶足柄瘤蚜茧蜂滞育蛹与非滞育蛹的蛋白含量;利用GO, KEGG网络数据库等生物信息学方法分析鉴定茶足柄瘤蚜茧蜂滞育蛹与非滞育蛹中差异表达蛋白(differentially expressed proteins, DEPs)。【结果】分析得到茶足柄瘤蚜茧蜂滞蛹与非滞育蛹DEPs有135个,包括滞育蛹中上调表达蛋白有38个,下调表达蛋白有97个。GO和KEGG富集分析表明,与天冬氨酸转运、L-谷氨酸转运、胆碱脱氢酶活性和胆碱生物合成甘氨酸甜菜碱条目以及氧化磷酸化通路相关的蛋白上调表达。【结论】氧化磷酸化通路相关蛋白在茶足柄瘤蚜茧蜂滞育过程中呈显著上调表达,说明能量代谢与该蜂滞育密切相关,并推测氧化磷酸化过程除为滞育蛹提供维持生命基本活动的主要能量外,还提供热能。     

Proteins differentially expressed during limonene biotransformation by <Emphasis Type="Italic">Penicillium digitatum</Emphasis> DSM 62840 were examined using iTRAQ labeling coupled with 2D-LC–MS/MS

This study focused on the differences in protein expression at various periods during limonene biotransformation by Penicillium digitatum DSM 62840. A total of 3644 protein-species were quantified by iTRAQ during limonene biotransformation (0 and 12 h). A total of 643 proteins were differentially expressed, 316 proteins were significantly up-regulated and 327 proteins were markedly down-regulated. GO, COG, and pathway enrichment analysis showed that the differentially expressed proteins possessed catalytic and binding functions and were involved in a variety of cellular and metabolic process. Furthermore, the enzymes involved in limonene transformation might be related to cytochrome P-450. This study provided a powerful platform for further exploration of biotransformation, and the identified proteins provided insight into the mechanism of limonene transformation.     

Protein Expression Profiles Characterize Distinct Features of Mouse Cerebral Cortices at Different Developmental Stages

The proper development of the mammalian cerebral cortex requires precise protein synthesis and accurate regulation of protein expression levels. To reveal signatures of protein expression in developing mouse cortices, we here generate proteomic profiles of cortices at embryonic and postnatal stages using tandem mass spectrometry (MS/MS). We found that protein expression profiles are mostly consistent with biological features of the developing cortex. Gene Ontology (GO) and KEGG pathway analyses demonstrate conserved molecules that maintain cortical development such as proteins involved in metabolism. GO and KEGG pathway analyses further identify differentially expressed proteins that function at specific stages, for example proteins regulating the cell cycle in the embryonic cortex, and proteins controlling axon guidance in the postnatal cortex, suggesting that distinct protein expression profiles determine biological events in the developing cortex. Furthermore, the STRING network analysis has revealed that many proteins control a single biological event, such as the cell cycle regulation, through cohesive interactions, indicating a complex network regulation in the cortex. Our study has identified protein networks that control the cortical development and has provided a protein reference for further investigation of protein interactions in the cortex.     

Urinary proteome alterations in HER2 enriched breast cancer revealed by multipronged quantitative proteomics

Globally, breast cancer is the second most common cancer among women. Although biomarker discoveries through various proteomic approaches of tissue and serum samples have been studied in breast cancer, urinary proteome alterations in breast cancer are least studied. Urine being a noninvasive biofluid and a significant source of proteins, it has the potential in early diagnosis of breast cancer. This study used complementary quantitative gel‐based and gel‐free proteomic approaches to find a panel of urinary protein markers that could discriminate HER2 enriched (HE) subtype breast cancer from the healthy controls. A total of 183 differentially expressed proteins were identified using three complementary approaches, namely 2D‐DIGE, iTRAQ, and sequential window acquisition of all theoretical mass spectra. The differentially expressed proteins were subjected to various bioinformatics analyses for deciphering the biological context of these proteins using protein analysis through evolutionary relationships, database for annotation, visualization and integrated discovery, and STRING. Multivariate statistical analysis was undertaken to identify the set of most significant proteins, which could discriminate HE breast cancer from healthy controls. Immunoblotting and MRM‐based validation in a separate cohort testified a panel of 21 proteins such as zinc‐alpha2‐glycoprotein, A2GL, retinol‐binding protein 4, annexin A1, SAP3, SRC8, gelsolin, kininogen 1, CO9, clusterin, ceruloplasmin, and α1‐antitrypsin could be a panel of candidate markers that could discriminate HE breast cancer from healthy controls.