基于序列特征的人类PolⅡ启动子理论预测

基于已知的人类PolII启动子序列数据,综合选取启动子序列内容和序列信号特征,构建启动子的支持向量机分类器．分别以启动子序列的6-mer频数作为离散源参数构建序列内容特征。同时选取24个位点的3-mer频数作为序列信号特征构建PWM,将所得到的两类参数输入支持向量机对人类启动子进行预测．用10折叠交叉检验和独立数据集来衡量算法的预测能力,相关系数指标达到95％以上,结果显示结合了支持向量机的离散增量算法能够有效的提高预测成功率,是进行真核生物启动子预测的一种很有效的方法．     

拟南芥和线虫基因序列及剪切位点的理论预测

将拟南芥(A．thaliana)和线虫(C．elegans)基因组按外显子、内含子及基因间序列区分为3类。分别选取64、40、20种三联体的概率作为信号参数构建离散源,根据离散增量预测序列所属类型。结果表明：拟南芥各条染色体标准集总预测成功率达到82．19％,检验集为87．95％;线虫各条染色体标准集总预测成功率达到79．67％,检验集达到81,93％。另外,将两种基因序列中的外显子分别划分成3类,用外显子剪切位点、翻译起始和结束位点附近的三联体的3个位点作为3条子链,以各条子链的12个参数构建离散源,用离散增量对3种序列类型进行预测,预测成功率都达80％以上。     

基于二次判别的果蝇启动子识别

通过对果蝇polⅡ启动子和非启动子的序列特征分析,计算了序列每个位点单碱基保守性M1(l)值和六联体保守性M6(l)值。从而分别选取两个区域的六联体频数作为离散源参数,利用离散增量结合二次判别函数(IDQD)对启动子进行了预测。对于从编码区和内含子中选取的非启动子数据集,启动子的预测成功率分别达到93%和89%。比较结果显示IDQD模型能够有效地提高启动子预测成功率。     

用离散量预测蛋白质的结构型

基于蛋白质的结构类型决定了它的二级结构序列的概念,用二级结构序列参数Nα,Nβ,Nβaβ,N(βαβ）构成离散源,并计算离散量D（Xα）,D（Xβ）,D（Xα＋β）,利用离散增量预测蛋白质的结构类型,它是由这个蛋白质的离散量D（Xn）与四个标准离散D（Xα）,D（Xβ）,D（Xα／β）,D（Xα＋β）之间离散增量的最小值所决定的,预测结果表明,准确率分别达到84．8％（标准集）和83．3％（检验集）。     

理论预测果蝇polⅡ启动子

基于果蝇polⅡ启动予的序列特征,利用结合了离散增量和位置权重矩阵的贝叶斯判别函数对果蝇启动予进行了预测。对预测算法进行10交叉检验。通过比较不同大小训练集对结果的影响,说明了参数选取的合理性和算法的预测能力。同时比较了不同参数的选取对预测结果的影响,从而获得最佳启动子预测结果。预测结果显示成功率达到93％,相互关联系数达到83％。     

翅果油树叶面积和叶重的预测模型

数学模型对于非破坏性地研究和预测植物的生长状况非常方便有效。以山西省翅果油树自然保护区翅果油树（Elaeagnus moles）叶片为研究对象,利用简单易测的叶长（L）、叶宽（w）和叶绿素含量（SPAD）及其不同的组合作为模型拟合参数,建立了关于叶面积（LA）、叶饱和鲜重（SFW）和叶干重（DW）的预测模型共10个,选择拟合度最好的模型作为LA、SFW和DW的预测模型,这3个模型分别为：LA=3．647＋0．383LW＋0．001LWS（R=0．968）,SFW=-0．464＋0．081L＋0．00008LV／S（R=0．963）,DW=-0．094＋0．032W＋0．0001LS（R=0．960）,并用实测值对模型进行了验证,结果表明LA、SFW和DW的预测值与实测值分别达到了高度一致,能够用于对实际未知叶片LA、SFW和DW的预测。     

全反式维甲酸联合替莫唑胺对胶质瘤U251细胞增殖与凋亡的影响

目的：研究全反式维甲酸（ATRA）联合替莫唑胺（TMZ）对胶质瘤细胞株U251增殖及凋亡的影响。方法：体外培养胶质瘤细胞株U251,分为ATRA组、TMZ组、ATRA＋TMZ组和空白对照4组,应用MTT法测定U251细胞生长抑制率,流式细胞仪检测细胞周期分布和细胞凋亡率,westernblot法检测细胞维甲酸受体β（RARβ）蛋白和凋亡相关蛋白Caspase．3蛋白的表达情况。结果：对照组、ATRA组、TMZ组及ATRA＋TMZ组的细胞生长抑制率分别为（1．72±0．12）％、（9．87±0．87）％、（23．87＋1．32）％及（35．74±1．44）％,ATRA＋TMZ组的细胞生长抑制率显著高于单独应用TMZ（P〈0．01）。对照组、ATRA组、TMZ组及ATRA＋TMZ组的细胞凋亡率分别为（1．32±0．11）％、（4．16±0．35）％、（8．44±0149）％、（15．27±1．03）％,ATRA＋TMZ组的凋亡率显著高于单独应用TMZ有更高的凋亡率（P〈0．01）。对照组、ATRA组、TMZ组及ATRA＋TMZ组RARp蛋白相对表达量分别0．452±0．054、0．837±0．068、0．195±0．021、0．376±0．039,ATRA＋TMZ组RARβ蛋白相对表达量显著高于TMZ组（P〈0．01）。ATRA＋TMZ组Caspase．的3蛋白表达相对水平为（0．832±0．059）,明显高于ATRA组（0．334±0．041）及TMZ组（0．521＋0．032）,差异具有统计学意义（P〈0．01）。结论：全反式维甲酸联合替莫唑胺能更有效抑制U251细胞的增殖,增加其凋亡率,这可能与其增加RARβ和Caspase-3蛋白的表达抑制U251细胞增殖、诱导细胞凋亡有关。     

用支持向量机识别 β-发夹模体

基于蛋白质序列,提出了一种新的超二级结构模体β-发夹的预测方法。利用离散增量构成的向量来表示序列信息,并将6个离散增量输入支持向量机,在六维向量空间中寻找最优超平面,将β-发夹和非β-发夹进行分类。计算结果表明,利用所设计的算法预测β-发夹,有较高的预测能力。对于训练集,5-交叉检验的预测总精度为81.24％,相关系数为0．57,β-发夹敏感性为83．06％;对于独立的检验集,预测总精度为78．34％,相关系数0．56,β-发夹敏感性为77．24％。将此预测模型应用于CASP6的63个蛋白质进行检验,得到较好结果。     

利用分组重量编码预测细胞凋亡蛋白的亚细胞定位

从氨基酸的物化特性出发,利用物理学中“粗粒化”和“分组”的思想,提出了一种新的蛋白质序列特征提取方法——分组重量编码方法。采用组分耦合算法作为分类器,从蛋白质一级序列出发对细胞凋亡蛋白的亚细胞定位进行研究。针对Zhou和Doctor使用的数据集,Re—substitution和Jackknife检验总体预测精度分别为98、O％和85．7％,比基于氨基酸组成和组分耦合算法的总体预测精度提高了7．2％和13．2％;针对陈颖丽和李前忠使用的数据集,Re—substitution和Jackknife检验总体预测精度分别为94．0％和80、1％,比基于二肽组成和离散增量算法的总体预测精度提高了5．9％和2、0％。针对我们自己整理的最新数据集,通过Re—substitution和Jackknife检验,总体预测精度分别为97．33％和75、11％。实验结果表明蛋白质序列的分组重量编码对于细胞凋亡蛋白的定位研究是一种有效的特征提取方法。     

巨紫荆幼胚再生体系的建立

1植物名称巨紫荆（（Cercls gtgantea Cheng et Keng f．）,植株来源于本校校园内。2材料类别9月上旬巨紫荆荚果中未成熟种胚。3培养条件幼胚萌发与无菌苗生长的培养基：（1）-（3）1／2MS＋6-BA0．5mg．L-1（单位下同）＋蔗糖（2％、2．5％、3％）;（4）-（6）1／2MS0＋6-BA0．5＋蔗;膪（2％、2．5％、3％）;（7）～（8）1／2MS＋6-BA0．5＋维生素C（Vc,0．5、1．0）;（9）-（10）1／2MS0＋6-BA0．5＋Vc（0．5、1．0）。芽增殖培养基：（11）MK＋6-BA0．5＋NAA0．1;（12）MK＋6-BA0,75＋NAA0．1;（13）MK＋6-BA0．5＋NAA0．25;（14）MK＋6-BA0．75＋NAA0．25;（15）MK＋6-BA1．0＋NAA0．25;（16）MK＋6-BA1．5＋NAA0．25;壮苗培养基：（17）MK＋6-BA0．75＋NAA0．1＋1．0g．L-1水解酪蛋白（CH）;08）MK＋6．BA1．O＋NAA0．1＋1．0g．L-1CH;（19）MK＋6-BA0．75＋NAA0．25＋1．0g．L-1CH;（20）MK＋6-BAl．0＋NAAO．25＋1．0g．L-1 CH;（21）MK＋6．BA1．5＋NAA0．25＋1．0g．L-1CH。生根培养基：（22）MK＋IBA0．5＋NAA1．O;（23）MK＋IBA1．O＋NAA0．5;（24）MK＋IBA1．0＋NAA1．O;（25）MK＋IBA1．5＋NAA0．5;（26）MK＋IBA1．5＋NAA1．0。培养基（7）-（26）添加2．5％的蔗糖。     

大花茉莉的组织培养和植株再生

王植物名称大花茉莉（Jasminu。peand～m）。2材料类别茎节、叶片。3培养条件3．五诱导培养基（l）MS＋6－BA0．2～50mg／L（单位下同）;（2）MS＋6－BA0．2～5．0＋KT0．2～2．0＋IAA0．l～1．0;（3）SH＋6－BA0．2～5．0＋NAA0．l～1．0;（4）改良White＋KT02～2．0＋NAAof～1．co3．2生根培养基（回）l／2MS＋IBA0．l～1．0;（2）1／2MS＋IAA0．回～回．0;（3）1／2MS＋NAA0．1～1．0＋2,4－D0．0］十活性炭0．l％。以上均采用固体培养,琼脂06％,蔗糖2％,PH58。诱导培养基中附加少量的水解酪蛋白0．2％～05…     

基于离散增量结合支持向量机方法的果蝇启动子预测

目的：改进真核生物启动子的理论预测方法。方法：基于启动子序列的信号特征和内容特征,构建6个标准离散源,计算每条序列相对于标准离散源的离散增量;构建信号特征的启动子位置权重矩阵,计算其对应位置的位置权重打分函数,将所得到的两类参数输入支持向量机对果蝇启动子进行预测。结果：利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明五种转录因子结合位点的预测成功率均超过91%。结论：结果显示结合了支持向量机的离散增量算法能够有效的提高预测成功率,是进行真核生物启动子预测的一种很有效的方法。     

基于支持向量机的枯草杆菌启动子预测方法

启动子预测是研究基因转录调控的重要环节,但现有算法的预测正确率偏低．在深入分析启动子生物特征的基础上,提出了一种基于支持向量机的枯草杆菌启动子预测算法,在启动子序列的组成特征、信号特征和结构特征中选取9种典型特征作为预测的依据,对于信号特征,除了利用保守模式的一致序列,还考虑了间隔距离的分布信息．首先通过特征描述模型分别计算每种特征在启动子序列和非启动子序列中的得分,将特征得分组合成9维特征向量,再利用支持向量机在特征向量集上进行训练和判别．对实际数据集进行的刀切法测试验证了算法的有效性．对σ启动予的预测,平均正确率达到了90．7％;对几种其它σ因子启动子的预测,平均正确率也超过了80％．算法不但有广泛的适用性,还有良好的可扩展性,能够方便的容纳新特征,使识别性能不断提高．     

千年健的组织培养和快速繁殖

1植物名称千年健（Homalomenaocculta）,别名翡翠宝石。2材料类别茎段。3培养条件基本培养基为MS。（1）诱导不定芽培养基：MS＋6－BA2．0mg·L-1（单位下同）＋NAA0．5;（2）芽增殖培养基：MS＋6－BA1．5＋NAA0．1;（3）生根培养基：1／2MS＋IBA0．5＋NAA0．5。附加3．0％蔗糖（生根培养基2．0％）,0．65％琼脂,pH5．8～6．0。培养温度28～30℃,光照10～12h·d－1,光照度1500～2000lx。4生长与分化情况4．1不定芽的诱导取生长健壮的植株,剥去叶片、叶柄,留下茎段,冲洗干净后用75％酒精消毒20S,然后放在0．回％的Hg…     

高压氧联合化疗药物对结肠腺癌细胞 T 26 小C鼠移植瘤生长的影响

目的：探讨高压氧联合化疗药物对结肠腺癌细胞CT26小鼠移植瘤生长的影响。方法：建立小鼠结肠腺癌移植瘤模型,观察0．2MpaHBO及联合化疗药物5．FU或紫杉醇对荷瘤小鼠肿瘤生长的影响,计算肿瘤抑制率;用流式细胞仪观察0．2MpaHBO对CT26细胞周期的影响。结果：动物实验结果显示：HBO组小鼠肿瘤体积抑制率为：22．39％,肿瘤质量抑制率为：25．77％;5-Fu组分别为：42.38％,43．61％;5-FU＋HBO组分别为：72．10％,71．47％;紫杉醇组分别为：26．31％,23．04％;紫杉醇＋HBO分别为：33．24％。30．96％,5-FU＋HBO组与5-FU组及HB0组相比较有显著性差异（p〈0．01）;紫杉醇＋HB0组与紫杉醇组及HBO组相比差异不明显。流式细胞仪检测结果显示：0,2MpaHBO诱导CT26细胞在S期积蓄（G0／G1期（55．89％）、S期（40．79％）、G2／M期（3-32％））。结论：0．2MpaHBO可抑制了CT26结肠腺癌小鼠移植瘤的生长。并能增强细胞周期特异性化疗药物的敏感性。     

已建株鼻咽癌细胞的PLUNC基因启动子区序列多态性分析

目的检测人类标准鼻咽癌细胞中是否存在已知的PLUNC基因启动子-437bp-＋87bp区域的单核苷酸多态性（SNP）。以便进一步探索SNP与鼻咽癌的关系。方法采用PCR产物直接测序的方法,对7株体外培养的鼻咽癌细胞基因组DNA的PLUNC基因启动子区进行序列分析。结果发现7株PLUNC基因的启动子区皆存在已知的3个SNP位点（1888、2128和N2）和未知一个突变位点（N1）,其测观杂合度分别为85．7％、100％、100％和28．6％。其中3个已知SNP位点在筛查的细胞株中均存在T-C的突变,而且SUNE-1鼻咽癌细胞株的1888位点基因型为突变纯合子CC型。结论体外培养的标准鼻咽癌细胞株中存在已知的3个SNP位点（1888、2128和N2）的突变现象,且突变率为100％;1888位点鼻咽癌易患型（CC型）已在体外稳定建株;首次发现启动子-195bp区域N1突变位点。     

大金牛草的组织培养和快速繁殖

1植物名称大金牛草（Polygala glomerata Lour．）,别名：肥儿草、大金不换。2材料类别嫩梢。3培养条件（1）原球茎诱导增殖培养基：MS＋6-BA2．0mg．L-1（单位下同）＋NAA0．2;（2）原球茎分化培养基：1／2MS＋6．BA0．2;（3）生根培养基：1／2MS＋6．BA0．5＋0．1％活性碳。以上培养基均添加蔗糖30g-L。和琼脂5．0g·L-1,pH5．5-5．8,固化培养,培养温度为（24±2）℃,环境湿度60％-80％,光照强度30-50μmol．m-2．s-1,光照时间12h．d-1。     

白背三七的组织培养和高频再生

以白背三七不同生长时间的叶片及茎段作为实验材料,利用含有多种不同植物生长调节剂及其浓度配比的MS培养基分别诱导愈伤组织、不定芽和根,建立了组织培养和高频离体再生体系。结果表明：（1）最适外植体为生长15d的叶片和茎段;（2）诱导愈伤组织的最适植物生长调节剂及其浓度配比为0．5mg·L-1 2,4．D、0．8mg·L-1 6-BA和0．1mg·L～NAA,茎段和叶愈伤组织的诱导率分别为95．6％和97．8％;（3）诱导不定芽的最适植物生长调节剂及其配比为1．0mg·L-1 6-BA、0．2mg·L-1 NAA和0．1mg·L-1 TDZ,诱导率可达87．4％;（4）以MS＋0．2mg·L-1 NAA作为生根培养基可获得100％的生根率。将生长良好的的植株进行移栽,存活率可达95％。     

花烛的组织培养与快速繁殖

1植物名称花烛（Anthuriumandraeanum）,别名红掌、安祖花。2材料类别叶柄、叶片。3培养条件基本培养基为改良MS[NH4NO3改为412mg·L-1（单位下同）,FeSO4·7H2O改为9．3],简称ZS。诱导愈伤组织培养基：（1）ZS＋6－BA4。芽分化培养基：（2）ZS＋6-BA1＋KT1;（3）ZS＋6-BA2;（4）ZS＋6－BA0．5＋KT0．1;（5）ZS＋6－BA0．5。诱导生根培养基：（6）1／3ZS＋IBA0．5。以上培养基均加0．65％琼脂,3％蔗糖（根培养为2％）,pH5．8～60。培养温度28～30℃,光照度1000～1500lx,光照10～12h·d－1。4生长与分化情况4．1…     

毛蕊铁线莲的组织培养与植株再生

1植物名称毛蕊铁线莲（Clematis lasiandra Maxim．）,别名小木通、丝瓜花。2材料类别带芽茎段、节间和叶片。3培养条件诱导培养基：（1）MS＋6-BA0．5mg．L-1（单位下同）＋NAA0．05＋3％蔗糖;（2）MS＋6-BA0．5＋NAA0．1＋2,4-D0．1＋3％蔗糖;（3）MS＋6-BA2．O＋NAA0．1＋3％蔗糖。增殖分化培养基：（4）MS＋6-BA1．0＋NAA0．1＋3％蔗糖;（5）MS＋6．BA2．0＋NAA0．1＋2,4-D0．01＋3％蔗糖;（6）MS＋6．BA2．0＋NAA0．05＋3％蔗糖。生根培养基：（7）1／4MS＋NAA0．5＋0．1％活性炭＋15％蔗糖。所有培养基均附加0．6％琼脂粉,pH5．8-6．0,培养温度为（25±2）℃,光照强度为3040gm01．m-2．S-1,光照时间为14h．d-1。