淋病奈瑟菌分型研究进展

淋病奈瑟菌(简称淋球菌)是引起淋病的病原体。淋球菌的疫苗研究工作进展缓慢,迄今未研制出有效的疫苗;近年来,淋球菌耐药性逐年上升,多重耐药性淋球菌随之出现并广泛传播,使淋病的防治越来越困难。研究表明,淋球菌分型在淋病疫苗的研究、制定流行病学控制措施和淋病的治疗中均具有极其重要的意义。淋球菌的分型方法包括血清学分型、营养分型等传统分型方法和脉冲场凝胶电泳(PFGE)、随机扩增多态性DNA分型(ARPD)、opa分型、por分型、多位序列分型(MLST)等分子生物学分型方法。本文就淋球菌的分型方法作一简要介绍。     

幽门螺杆菌PFGE基因分型方法的研究进展

幽门螺杆菌是引起人类消化性溃疡、胃腺癌和黏膜相关淋巴组织淋巴瘤等的主要原因,在世界各地人群中感染率高达50%以上。关于幽门螺杆菌感染还有很多问题没有解决,其中包括幽门螺杆菌定植和传播机制。幽门螺杆菌可以定植在人胃肠的不同部位,是否存在多克隆定植还不明确。幽门螺杆菌感染是人与人之间的传播,传播途径可能是通过口-口、粪-口或胃-口,传播方式可能以家庭内传播为主,其具体传播途径和方式尚无定论。幽门螺杆菌基因分型技术对定植类型和传播方式的研究有重要意义。幽门螺杆菌基因分型有多种技术,包括随机扩增多态性DNA技术(RAPD),扩增片段长度多态性分析(AFLP),多位点测序分型(MLST)等,这些技术可能都不是幽门螺杆菌基因分型的合适方法。本文分析了幽门螺杆菌基因分型方法现状,重点阐述了幽门螺杆菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)基因分型技术应用进展,探讨其揭示幽门螺杆菌定植和传播之谜的可能。     

辽宁省溶藻弧菌REP-PCR和 PFGE分子分型、耐药谱的研究

目的利用PFGE和REP-PCR两种分型方法对溶藻弧菌进行分子分型和亲缘关系的研究;并将两种分型方法进行对比,并结合对抗生素耐药试验结果对其关联性进行初步探讨。方法应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对辽宁省2017年食品中分离的39株溶藻弧菌进行分型,应用BN(7.6版本)软件分析同源性。以基因外重复回文序列(REP)为引物,对40株溶藻弧菌DNA进行扩增,得到DNA指纹图谱,并利用SPSS 13.0统计软件对DNA扩增图谱进行聚类分析,同时将两种聚类分析结果进行比较,并用肉汤稀释法测定对15种抗生素的耐药性。结果 PFGE和REP-PCR两种方法的聚类分析结果均可分出两种优势带型A型和B型,且包含的菌株一致。PFGE分型方法在一些菌株中出现的DNA条带更多更复杂一些,分辨力指数(DI)为0.974,REP-PCR分型方法的DI为0.936。溶藻弧菌对头孢唑啉耐药率最高达57.5%,其次是氨苄西林(20.0%)和红霉素(12.5%),三重耐药菌比例达12.5%。结论 PFGE和REP-PCR两种方法均可以对溶藻弧菌进行分型,且均具有较好的分型能力,分辨力和再现性都很好,但PFGE分型方法的分辨力更优于REP-PCR分子分型。耐药菌株间带型具有高度同源性,优势带型菌株易耐药。综上所述,PFGE和REP-PCR两种分子分型方法对于评估溶藻弧菌流行及分布规律均是有用的,并且分型结果是一致的,都可以对菌株间亲缘关系进行有效溯源,因此在溶藻弧菌所致疾病爆发流行时,在普遍缺乏昂贵的PFGE专业设备和昂贵的配套BN软件以及专业操作人员的实验室,可以应用REP-PCR方法和SPSS统计软件代替PFGE方法和BN软件对菌株进行快速有效溯源。     

军团菌分子分型及其流行病学调查中应用

在军团病爆发流行时,为了解环境水源和病人标本中分离的军团菌株的遗传关系,需要对分离的军团菌进行分型和分类,以确定军团病发生、传播和流行之间的关系。对目前用于军团菌分型的4种常用分子分型技术:随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)、脉冲场凝胶电泳(Pulsed-FieldGel Electrophoresis,PFGE)、扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)、核酸测序分型(sequence-based typing,SBT)及其分型的分辨能力、重复性、符合率和实用性作了比较分析与探讨。     

细菌分型方法研究进展

细菌分型是用于研究不同菌株之间关系的一种手段。对细菌进行分型,有助于病原菌和污染菌的定性和溯源,从而有助于监测传染病的暴发及监控食品污染的发生。近年来各种分型技术取得了长足发展,本文对目前常用的基于脉冲场凝胶电泳(PFGE)、限制性片段长度多态性(RFLP)、扩增片段长度多态性(AFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、规律成簇的间隔回文重复序列分型(CRISPR)、多位点序列分型(MLST)、全基因组测序分型(WGS)、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)等技术的细菌分型方法的原理、应用及优缺点进行了综述。     

福氏志贺菌两种血清分型方法的比较

目的评价福氏志贺菌两种血清分型方法。方法使用传统血清分型方法和多重PCR血清分型方法对255株福氏志贺菌进行血清型分析。结果传统血清分型方法的分型率为98.4%(251/255),多重PCR血清分型方法分型率为96.1%(245/255),两种方法的分型率经卡方检验,差异无统计学意义(χ2=2.644,P>0.05)。有46株菌(18.0%,46/255)通过这两种血清分型得到的结果不一致。结论两种血清分型方法的分型率差异无统计学意义,但部分结果判断有不同。多重PCR更适用于大量样本的检测,传统血清分型方法可以与其互为补充。     

广州市公共场所中央空调冷却塔水中军团菌mip基因分型

【目的】研究广州市公共场所中央空调冷却塔水中军团菌的基因特征和优势型别。【方法】采用军团菌巨噬细胞感染力增强因子(Macrophage infectivity potentiator,mip)基因分型方法。提取广州市2008-2010年分离的140株(119株嗜肺,21株非嗜肺)军团菌基因组DNA,针对mip基因进行PCR扩增并测序,将核苷酸序列上传至欧洲军团菌感染工作组(EWGLI)数据库进行比对,得到mip型别,并构建系统发育进化树。【结果】140株军团菌均可扩增出700 bp左右的目的条带。119株嗜肺军团菌分为10个mip型别,L.pneumophila-phil-1为优势型别,占52.9%(63/119);21株非嗜肺军团菌分为6个mip型别,L.feeleii-D3131为优势型别,占47.6%(10/21)。【结论】广州市公共场所中央空调冷却塔水中军团菌具有多样性,mip分型技术可用于军团菌的快速基因分型。     

HLA 抗原的DNA 分型

HLA系统定位于6p2l.3, 是人体内最复杂的遗 传多态性系统,在免疫调控过程中发挥重要作用。 HLA I类基因区域包括HLA-A, B, C, E, F, G基因 和11个假基因“‘’。HLA一A, B和C基因座编码A, B 和C抗原a链(44kd),它通过第三个功能区与受痊于 第15号染色体的月,微球蛋白链(12kd）作非共价结 合构成杭原分子,其多态性取决于。链的第一、二功能 区。HLA-E, F和G基因编码I类样产物,其功能未 明。I类抗原分布于任何有核全』饱表面,主要参与提 供外来伉原给T细胞毒细胞「’“’。HLA II类基因座在 HLA-D区,主要包括HLA-DR, DQ和DP三个}2 区。DR亚区有6个基因座：DRA, DRB1, DPB2, DRB3, DRB4和DRB5, 其中DRB2为假基因;DQ 亚区有4个居因座：DQA1, DQB1, DQA2和DQB2, 其中DQA2和DQB2未知有产物表达;DP亚区也 有4个基因座：DPA1, DPB1, DPA2和DPB2,其 中DPA2和DPB2为假基因。此外,还有DO和DN 两个新亚区,各具有DOB和DNA（注意勿与脱氧核塘 核酸的缩写DNA相混淆）,分别产生DO(链和DNa 链「‘’。11类抗原HLA-DR, DQ和DP存在于B淋巴 细胞、巨噬细胞和激活的T淋巴细胞表面, 由。链 (32-35kd）和R链(28-30kd）非共价组成。。链无 多态性或多态性程度不高,R链的第一功能区呈现高 度多态性。11类抗原参与提皇外来伉原给T辅助细 胞,后者在识别外来伉原的同时识别HLA 11类坑 原「,,’。据1987年第十届国际组织相容性试验专题会 议报道,HLA系统检出148种抗原特异性,其中A基 因座24种,B基因座52种,C基因座11种,D区26 种,DR亚区20种,DQ亚区9种和DP亚区6种。 HLA-A, B, C, DR和DQ抗原系由特异性同种异 体抗血清检出,HLA-D和DP抗原则由纯合分型细胞 (HTC)和预致敏淋巴细胞分型(PLT）方法检出,两者 是以混合淋巴细胞培养(MLC）方法为基础的。近年 发展用蛋白质化学方法研究HLA系统抗原多态性L77o 自1975年Southern印迹法〔247间世后,运用HLA系 统基因探针通过分析限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP）在DNA. 水平上进行分型。八十年代中期开始,聚合酶链反应 (Polymerase Chain Reaction, PCR）技术的创立为分 子生物学发展开辞了一个新起点。许多研完Hl.h系 统的实验室竞相运用PCR技术,结合等位基因特异的 寡核昔酸（Allele-specific Oligonucleotide, ASO)或 顺序特异的寡核普胶(Sequence-specific Oligonucleotide, SSO)探针对HLA系统进行寡核昔酸分型,2_3 也有直接利用PCR扩增产物作RFLP分沂进行DNA 分型「'6,,"' + O DNA分型方法适用于任何有核细袍, 显示的结果与血清学或细胞学分型结果高度对应,而 且能够发现血清学或细抱学方法不能检测的额外特异 性,在理论上有助于进一步研究HLA系统基因的结构 和功能。对一些无法作常规分型的病例如裸露淋巴细 胞综合征、严重联合免疫缺乏症等,DNA分型叮解决 骨髓移植供受体配型问题‘哪’。     

高通量流式荧光微球悬液芯片检测乙肝病毒基因分型

目的:建立HBV基因分型高通量液相芯片检测技术,并探讨其应用价值.方法:对GenBank中收录的明确分型的HBV基因序列进行分析,选择preS2-S区设计引物和A、B、C和D型特异性探针.与荧光编码微球偶联的特异型探针与一条引物生物素标记的PCR产物直接杂交反应,然后结合亲和素标记的藻红蛋白,用流式检测仪(Bio-Plex 200)检测荧光信号.检测182份阳性乙肝患者血清DNA,其中35份样品检测结果与测序法比较.用B、C型质粒DNA倍比稀释及混合样品检测灵敏度来评估该方法.结果:建立了HBV基因分型的快速高通量液相芯片检测方法.182份患者血清检测结果为:B型占24.2％ (44/182),C型占71.4％(130/182),D型为6.6 ％(12/182),BC混合型4.4％(8/182).其中35份样本与测序法比较,除3份混合型测序法未检出外,其它32例结果均相同本方法的灵敏度检测下线为1×103 copies/mL.结论:应用悬液芯片技术进行乙肝病毒的基因分型分析,具有较好的特异性和较高的灵敏度,并有简便、灵活和高通量等优势.该检测系统不仅在科研中有广泛的前景,也有望成为临床推广的多重分子诊断和基因分型的新方法.     

全耐药鲍曼不动杆菌分子分型和分子流行病学调查

重复片段引物PCR和随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对临床分离全耐药不动杆菌分子分型,并进行流行病学调查.从ICU病房感染多重耐药不动杆菌患者的标本分离不动杆菌,碱裂解法提取全基因组,重复片段引物PCR(Rep-PCR)和随机引物扩增(RAPD),对8株临床分离的全耐药菌基因分型,并与生物学分型和质粒分型比较,调查医院流行全耐药菌的基因型.结果显示,8株分离菌经两对重复片段引物分型可分为6种和4种基因型,经随机引物分型为4种和3种基因型,经质粒分型可分为2种基因型,生物学分型归属为1种表型.PCR方法用于全耐药不动杆菌分子分型简便易行,重复性好,适合医院感染流行病学调查,本医院同一部门出现多种基因型,各科室间不存在交叉传染.     

多杀性巴氏杆菌分子分型方法简述

多杀性巴氏杆菌是一种能感染多种动物甚至是人的重要革兰氏阴性病原菌。目前临床上用于多杀性巴氏杆菌诊断的分型方法主要包括血清学分型方法和分子分型方法。其中血清学分型方法主要基于免疫学实验技术建立,操作过程繁琐,技术要求高,工作量大,不适用于临床上大规模快速开展多杀性巴氏杆菌流行病学调查的需要;而基于分子生物学手段建立的分子分型方法相对于传统的血清学分型方法而言具有快速、简单、灵敏、灵活等特点,特别是某些分子分型方法与传统的分型方法形成了较为精确的对应关系,因而在临床上得到了广泛的应用。目前适用于临床上开展多杀性巴氏杆菌分离鉴定的分子分型方法主要包括多重PCR方法及多位点序列分型法(MLST),其中多重PCR方法又包括基于荚膜编码区及脂多糖外核编码簇建立的PCR方法。本文将重点就这3种常用的多杀性巴氏杆菌分子分型方法进行综述,介绍其建立原理、实现手段以及各自的优缺点,为临床上开展多杀性巴氏杆菌的流行病学调查特别是分子流行病学调查提供参考。     

HLA-DR和DQ cDNA亚探针减少由限制片段长度多态性作DR分型的复杂性

在DNA水平上鉴定HLA-DR等位基因是一种适用于任何有核细胞的分型技术。DNA分型的主要问题是解释Southern印迹分析中杂交片段的复杂格局,这在杂合个体尤为困难。为此,我们从DRβ、DQβ和DQα全长cDNA探针建立了亚探针,以便减少杂交片段的数目,从而降低限制片段长度多态性(RFLP)的复杂性。我们发现内切酶PvuⅡ和DRβ3'端不翻译区亚探针,而对一些DR等位基因作出鉴定。这些简化了的杂交片段格局有利于对一些杂合个体作DNA分型。     

2003～2012年北京儿童急性呼吸道感染中腺病毒监测及流行型别分析

2003~2012年连续10年对北京地区儿科急性呼吸道感染患儿腺病毒(Adenovirus,ADV)的监测,了解儿科急性呼吸道感染患儿中ADV感染状况和流行型别。收集39 214份儿科急性呼吸道感染患儿标本(包括来自住院及重症监护患儿的32 016例鼻咽分泌物标本及门诊的咽拭子标本7 198例)进行病毒分离和/或免疫荧光法进行ADV检测,对其中848份毒株和/或阳性标本提取DNA,通过两套巢式聚合酶链反应(nested-PCR)进行ADV分型。首先用3、7型2对分型引物的PCR可确定3、7型ADV,对少数扩增阴性的标本或毒株再使用2对可扩增AF各组ADV的通用引物对其DNA六邻体片段进行扩增后直接测序,并与GenBank中的序列比较以确定其型别。在39 214份呼吸道标本中,经病毒分离和/或免疫荧光法确定为ADV阳性的标本884份,总阳性率为2.25%(884/39 214),其中住院患儿ADV检测阳性率为2.08%(665/32 016),门诊患儿为3.04%(219/7 198)。以ADV年检出率统计,2003~2012年10年期间只有2010年的阳性率较高,为3.69%,其余年份均在3.0%以下。对其中848份毒株或阳性标本的分型结果显示:3型ADV占53.18%(451/848),7型ADV占36.79%(312/848),2型占3.78%(32/848),55型占2.24%(19/848),1型占2.0%(17/848),5型占0.94%(8/848),14型占0.47%(4/848),6型占0.35%(3/848),4型占0.24%(2/848)。除2012年优势型别为7型,2003年和2007年为3、7型外,占23例(88.5%)。12例诊断为扁桃体炎患儿11例为ADV3(91.7%)感染。0~3岁年龄组ADV阳性检出率高于4岁以上年龄组。男女性别比为1.9:1。近10年中ADV3和ADV7为主要的流行型别。儿童ADV重症肺炎多是由ADV7造成的。由11和14型重组的55型ADV从2006年开始在北京儿童中出现。     

EB病毒相关胃癌中病毒分型的研究

收集236例胃癌组织标本及135份健康人群咽漱液(throat washings,TWs)标本,采用原位杂交、PCR-Southern blot筛选出17例EB病毒相关胃癌(EBVaGC)(7.2%)和33例EBV阳性的TWs标本(24.4%);应用PCR-RFLP、巢式PCR及DNA测序等方法,检测EBV阳性标本病毒1/2分型、F/f分型、I/i分型及LMP1XhoI(+)/(-)等四种基因变异。EBVaGC及健康对照均为F型变异,未检测到f型变异。EBVaGC中1/2型、I/i型及LMP1XhoI(+)/(-)型的例数及比例分别为:17(100%)/0(0)、1(5.9%)/16(94.1%)及0(0)/15(88.2%);而TWs中上述分型的相应数据为25(75.8%)/8(24.2%)、11(33.3%)/19(57.6%)及12(36.4%)/18(54.5%),各位点两种基因型在EBVaGC和健康人中的分布不同(1/2:P=0.047;I/i:P=0.048;XhoI(+)/(-):P=0.012)。综合分析表明在3种基因多态性均能确定的标本中,EBVaGC均为1/i/XhoI(-)亚型(15/1...     

幽门螺杆菌的基因分型方法及其应用

近几年,有关幽门螺杆菌（ＨＰ）基因分型方法及其应用的研究取得了很大进展。基因分型方法包括：质粒分型、限制性内切酶分型（ＲＥＡ）、核糖分型、染色体ＤＮＡ脉冲场凝胶电泳（ＰＦＧＥ）分型、多聚酶链反应限制性内切酶消化（ＰＣＲ－ＲＦＬＰ）分型、任意引物ＰＣＲ（ＡＰ－ＰＣＲ）分型、ＰＣＲ单链构型多态性（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）分型和核苷酸序列分析等。基因分型方法广泛用于ＨＰ的研究,如基因图的构建、感染复发、耐药机     

IRS-PCR在鲍曼不动杆菌基因分型研究中的应用

探讨低频限制性位点聚合酶链反应(infrequent-restriction-site polym erase chain site,IRS-PCR)在鲍曼不动杆菌基因分型中的应用。用IRS-PCR分别扩增上海、哈尔滨两地各20株鲍曼不动杆菌DNA稀有限制区旁序列并分型。与RAPD法比较两种基因分型方法的分型率、分辨力、重复性。IRS-PCR可将上海株分13个型别,RAPD分为19个型别,两种方法分型的一致率为60%(12/20);IRS-PCR将哈尔滨株分成19个型别,RAPD分为20个型别,两种方法分型的一致率为90%(18/20)。与RAPD相比,IRS-PCR的条带数多,分辨力强,重复性好。故IRS-PCR可用于鲍曼不动杆菌的分型研究,也是一种有价值的分子流行病学研究工具。     

海洋生物单核苷酸多态性基因分型技术的研究进展

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是一类广泛分布于基因组中由单个碱基差异引起的DNA序列变异,SNP标记是第三代分子标记的代表。随着大规模测序技术的快速发展,大量的候选SNP位点被发现,候选SNP位点的发掘需要合适的分型技术。从等位基因分型机制、反应方式和检测等位基因方法等方面介绍当前海洋生物SNP分型技术的研究进展,以期为不同试验目的的研究选择合适的SNP分型技术提供参考。     

一种用于CYP3A5基因分型的电化学传感器阵列设计

目的:设计一种用于检测CYP3A5基因分型的电化学传感器阵列及其不同基因型的判别方法。方法:设计的电化学基体由印刷电路板(PCB)组成,该电路板包含一组金电极。每个金电极表面修饰有包含单链捕获探针的自组装单分子膜。设计中使用二茂铁做为电活性指示剂,基因分型检测是通过两种不同电势的二茂铁衍生物分别标记等位基因特异性信号探针来实现。结果:该设计能构建一种快速准确、操作简便的DNA电化学传感器阵列检测系统。结论:本文设计为使用电化学方法检测基因分型提供了一种新方法和新技术。     

鲍曼不动杆菌随机扩增多态性DNA法基因分型的研究

目的 利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对鲍曼不动杆菌进行基因分型建立DNA指纹图谱,调查该菌在各临床科室的流行情况,并将其与药敏谱进行比较.方法 随机收集中南大学湘雅二医院2007年9月到2008年9月分离出的86株鲍曼不动杆菌,采用WHO推荐的K-B法对鲍曼不动杆菌进行药物敏感试验,建立药敏谱,同时利用随机扩增多态性DNA法(RAPD)技术进行基因分型,建立DNA指纹图谱,对二者进行比较,然后结合药敏谱和指纹图谱分析各临床科室鲍曼不动杆菌的感染情况.结果 药物敏感试验将86株鲍曼不动杆菌分为47型,RAPD技术将其分为14型,其中A、F、D、B和L型为5种优势型,其菌株数分别为22、15、11、9和7株.本院ICU,老年病科,神经内科,呼吸内科,神经外科鲍曼不动杆菌检出率较高.结论 RAPD分型方法优于药敏分型,其在流行病学研究上更能证实菌株的相关性,在早期发现和预防感染暴发流行中起重要作用.     

寡核苷酸DNA Microarray用于HLA DRB1基因分型的研究

对寡核苷酸DNA Microarray用于HLA DRB1基因分型的技术进行研究。常规的酚/氯仿法提取标准血样基因组DNA,在DRB1的exon2区域设计一对引物,经PCR扩增基因组相应区段并用Cy5-dCTP进行标记。设计寡核苷酸分型探针,将探针固定在APS-PDC法制作的DNA Microarray上,用标记的PCR产物与之杂交,扫描仪对杂交效果进行扫描,Imagene软件对杂交图像进行分析。共检测了33例标准血样的HLA DRB1基因型。检测结果证明研制的DNA Microarray准确、灵敏。DNA Microarray技术可以有效地检测DRB1等位基因,对比常规的PCR-SSP和PCR-SSO方法、分型基因芯片方法更为直观,并有集成化优势。