突脐孢属Brnl基因核苷酸序列比较及系统发育研究

对所有供试突脐孢菌株的Brnl基因(1,3,8-三羟基萘还原酶基因)扩增均获得PCR产物。序列比较表明：在种内各菌株间没有核苷酸序列长度变化,存在核苷酸序列简单代换;在种间核苷酸序列长度有变化,核苷酸的缺失或插入发生在内含子区;所有菌株编码区核苷酸序列长度相同;在种内水平氨基酸序列没有差别,显示出高度的保守性。利用最大简约法(Maximum Parsimony)和邻近结合法(Neighbor-joining)构建系统发育树,两个系统发育树的拓扑结构相似,不同种在不同的分支上。Brnl基因适合突脐孢属种级水平的分子系统学研究。     

突脐孢属Brn1基因核苷酸序列比较及系统发育研究

对所有供试突脐孢菌株的Brn1基因 (1, 3, 8 -三羟基萘还原酶基因) 扩增均获得PCR产物。序列比较表明:在种内各菌株间没有核苷酸序列长度变化,存在核苷酸序列简单代换;在种间核苷酸序列长度有变化,核苷酸的缺失或插入发生在内含子区;所有菌株编码区核苷酸序列长度相同;在种内水平氨基酸序列没有差别,显示出高度的保守性。利用最大简约法(Maximum Parsimony)和邻近结合法(Neighbor-joining)构建系统发育树,两个系统发育树的拓扑结构相似,不同种在不同的分支上。Brn1基因适合突脐孢属种级水平的分子系统学研究。     

促葡萄糖转运蛋白基因家族的分子进化研究

葡萄糖转运蛋白是一个在结构上相似功能上不同的多基因家族（ＧＬＵＴ１－ＧＬＵＴ５）。由于这一组蛋白和体内的葡萄糖利用有关,因此被认为是糖尿病胰岛素抵抗（抗性）的一个候选基因。本文比较了不同种生物这一基因家族的氨基酸和核苷酸顺序;推测了亲水性和疏水性分布;计算了蛋白质和核苷酸的进化距离,并在此基础上构建了分子进化树。研究表明：这一基因家族具有高度的同源性、极为相似的亲水性和疏水性分布以及结构的对称性。提示这一基因家族起源于一个共同的祖先并可能通过基因的重复而形成。这一进化机制可能有利于氨基酸结构的稳定及抵抗突变的作用。由于邻元法构建的进化树其分支长度存在差异,提示在这一基因家族的进化过程中,各分支上的进化速率并不相同。蛋白质进化距离和核苷酸进化距离所构建进化树的差异提示了在基因组中可能存在隐匿替换。两种方法构建的进化树都提示了ＧＬＵＴ１、３、４在结构和功能上要更为保守。     

核酸都是遗传物质吗?

《遗传变异》一章是高中生物教学中的重点,而“遗传的物质基础”则是重点中的重点和难点。但教材中一些模糊的说法却会使学生乃至教师产生错误的理解。例如,前不久笔者从不同的练习册上看到两条相似的题目: 1、组成人噬菌体烟草花叶病毒中核酸的核苷酸分别有多少种? A、8,4,4 B、4,4,4 C、5,4,4 D、8,4,5 2、组成人噬菌体烟草花叶病毒中遗传物质的核苷酸分别有多少种? 供选答案相同。一些同学和老师认为这两条题目都应选A,因为教材(最     

寡聚核苷酸探针在近交系小鼠遗传检测中的应用

用两个非放射性标记的寡聚核苷酸探针(GGAT)4和(GTG)5制作BALB/c、C57BL/6J、DBA/2、C3H等4种近交系小鼠的DNA指纹图,比较了两种探针在近交系小鼠遗传检测应用中的重复性和稳定性。结果表明,两种探针对上述4种近交系小鼠产生的DNA指纹图的图带数均为8～12条,具有良好的多态性。品系内的平均DNA指纹图相似系数(-x)在0·92～1·00的范围内,具有相同指纹图的概率(P)均在0·31以上,极显著地高于品系间的相似系数(0·22～0·39)和相同指纹图的概率(P<1·07×10-4)。说明(GGAT)4和(GTG)5两种寡聚核苷酸探针均可用于制作近交系小鼠的DNA指纹图,以对其进行遗传检测。用两种不同的探针进行DNA指纹分析,可以检出基因组中更多的个体特异性信息,结果更加可靠。     

真菌RNA沉默机制研究进展

RNA沉默(RNA silencing)或者RNA干扰(RNA interference)是由dsRNA(double-stranded RNA)介导的序列特异性降解或者抑制与起始dsRNA一样或者高度相似RNA的一种机制,在进化上存在保守性,具有基因调控、防御外源核苷酸入侵的功能。真菌RNA沉默依据sRNA来源不同,分为多种途径,主要有quelling、qiRNA、MSUD。参与不同途径的主要有Argonaute、Dicer、RdRP3种核心蛋白质,并且在不同真菌中数目变化很大,反映出真菌RNA沉默的多样性。有些真菌的RNA沉默在进化的过程中丢失,在抗病毒机制上进化出"互换"的killer系统。     

山羊KAP6-1.2基因的克隆表达及分析

目的：研究角蛋白关联蛋白KAP6-1.2对不同品种羊绒和羊毛在核苷酸和氨基酸水平上的影响及在山羊皮肤中的定位表达。方法：以阿尔巴斯白绒山羊KAP6-1.2 cDNA设计特异引物,扩增5种山羊的KAP6-1.2基因的编码区,克隆并测序。制备KAP6-1.2 cRNA探针,通过组织切片原位杂交在皮肤中进行定位表达分析。结果：6种山羊的KAP6-1.2在核苷酸和氨基酸水平上高度同源,仅吐根堡奶山羊的编码区有2个碱基与其他5种山羊不同,导致编码的两个氨基酸残基也发生了改变。原位杂交结果显示,KAP6-1.2 mRNA在10月份皮肤、胚胎125d皮肤、胚胎115d皮肤初级和次级毛囊的皮质层均有强烈的表达。结论：KAP6-1.2的核苷酸序列和氨基酸序列在不同地区、不同品种山羊中高度保守,在胚胎和成年山羊皮肤的初级和次级毛囊的皮质层均有强烈的表达。     

分子克隆中使用的其他酶(续)

核酸酶BaJ31: 此酶有以下两种活性:(1)高度专一的单链脱氧核糖核苷酸内切酶与外切酶活性,催化从双链DNA3′,5′两端切除寡核苷酸片段或单核苷酸的反应(DNA两条链的降解速度几乎是相同的)。(2)与核酸酶S_1相似的单链专一内切酶活性。     

蓖麻蚕5.8S rRNA基因的结构特点

利用计算机分析已知的蓖麻蚕(Attacus ricini)5.8S rRNA顺序,发现其上有一个PstⅠ位点。因此,将rDNA上PstⅠ位点两侧的DNA片段分别克隆在pWR 13质粒上。用末端终止法测定了蓖麻蚕5.8S rRNA基因全顺序及与之相邻的上、下游部分核苷酸顺序。发现5.8SrRNA基因3′端为pGGGCCGGCT_(OH)。这个结果与Feng,Y.X.等报道的蓖麻蚕5.8S rRNA顺序3′端是pGGGCCGAUUAA_(OH)有两个明显不同:第一,从共同顺序pGGGCCG算起,5.8S rRNA基因的3′端有九个核苷酸,比Feng Y.X.等报道的rRNA顺序3′端少两个核苷酸;第二,两者在3′末端共同顺序以后的两个核苷酸是不一样的。此外,还发现在蓖麻蚕5.8S rRNA基因上游有一个约30个核苷酸的poly(A)区。     

中国胭脂鱼种群的遗传分析

采用RAPD和PCR—RFLP技术,分析了长江中游两个中国胭脂鱼群体的遗传结构。50个随机引物进行RAPD分析,有3个引物显示了多态,宜昌、金口群体内个体之间的遗传相似度分别为0．9274、0．9313,群体之间遗传相似度为0．9000。12个限制性内切酶分析了两群体线粒体DNAND-5／6基因的限制性片段长度多态性,仅内切酶Ncil的酶切图谱显示了多态,基因型间的核苷酸序列歧化距离为0．235%,核苷酸多样性为0．004。分析表明,长江中游两个中国胭脂鱼群体遗传结构较为单一,群体之间表现了较为明显的遗传分化。     

基于matK基因和ITS序列探讨大叶藻科的系统发育关系

比较分析了15种大叶藻的matK基因和ITS片段的核苷酸序列, 结果发现胞嘧啶(C)在两个目的片段上含量均较低。ITS基因片段检测到228处核苷酸替换, 表现出丰富的遗传多态性; matK基因片段上有249处核苷酸替换, 且大部分替换来自于第三密码子的同义替换, 种间在氨基酸水平上产生了一定的分化。基于matK基因和ITS片段, 利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树结果基本一致, 明显分为4大支, 大叶藻亚属、异叶藻属、拟大叶藻亚属和虾形藻属分别构成一支。大叶藻亚属和拟大叶藻亚属的核苷酸差异值在29.09%-35.51%, 超过了屈良鹄等提出的大部分被子植物ITS属间核苷酸差异值(9.60%-28.80%), 在分子数据上两亚属都达到了属的水平。研究结果支持Tomlinson和Posluszny对大叶藻科的划分结果, 建议将大叶藻科分为4个属。       

猪肠毒素源性大肠杆菌K88ac粘附抗原的核苷酸序列分析

 本文对国内流行的猪肠毒素源性大肠杆菌K88ac抗原的结构基因的核苷酸序列进行了测定。该基因由849对核苷酸组成,编码了283个氨基酸的蛋白亚单位及21个氨基酸的信号肽。与国外报道的K88ac序列的不同是我们发现一个碱基的点突变,导致在抗原决定簇内一个氨基酸的改变。从核苷酸序列推导出的氨基酸序列与另两种亚型进行了比较。     

DNA启动子的计算机识别

本文介绍了两种预测DNA顺序上的启动子位置的计算机识别方法,方法1是基于启动子部位单核苷酸的分布不均一性,方法2是基于启动子部位二核苷酸的分布不均一性。分别用这两种方法推测了质粒pBR322DNA上启动子的位置,从而验证了化学实验的结果。     

用合成的寡脱氧核苷酸作为专一位点诱变剂构建突变型

本文描述产生和分离即使在表型上是沉默的一些特定点突变的一种方法。这种方法是用一个合成的寡脱氧核苷酸(它在给定的位置上与野生型是不同的)作为特定的诱变剂,并在体外把它整合到基因组DNA中。乍看起来,这种方法比其它方法更费劲,因为它需要一个合成的寡脱氧核苷酸。但是,有一种较新的合成方法缩短了取得寡脱氧核     

SpltMNPV日本分离株gp41的克隆表达及gp41和ph的进化分析

从斜纹夜蛾核型多角体病毒(Spodopteralituramulticapsidnucleopolyhedrovirus,SpltMNPV)日本分离株(C3)基因组中克隆了gp41基因。该基因编码区含993bp核苷酸,编码分子量为36.9kDa的多肽。将该基因克隆至原核表达载体pET28a,经IPTG诱导后在大肠杆菌BL21(DE3)中获得了表达。应用CLUSTAL程序分析表明,SpltMNPV日本株(C3)gp41的核苷酸序列和氨基酸序列与SpltMNPV中国G2株相似性最高,均达99.9%。用MEGA分别构建了基于gp41和ph的聚类分析图和分子进化树,发现它们具有相似的拓扑结构。将这两个基因序列结合在一起构建进化树,该树的结构与基于gp41的进化树相似。突变率分析显示gp41的突变率高于ph,这意味着在杆状病毒进化过程中,gp41和ph面临不同的选择压力。     

SpltMNPV日本分离株gp41的克隆表达及gp41和ph的进化分析

从斜纹夜蛾核型多角体病毒(Spodopteralitura multicapsid nucleopolyhedrovirus,SpltMNPV)日本分离株(C3)基因组中克隆了gp41基因.该基因编码区含993bp核苷酸,编码分子量为36.9kDa的多肽.将该基因克隆至原核表达载体pET28a,经IPTG诱导后在大肠杆菌BL21(DE3)中获得了表达.应用CLUSTAL程序分析表明,SpltMNPV日本株(C3)gp41的核苷酸序列和氨基酸序列与SpltMNPV中国G2株相似性最高,均达99.9%.用MEGA分别构建了基于gp41和ph的聚类分析图和分子进化树,发现它们具有相似的拓扑结构.将这两个基因序列结合在一起构建进化树,该树的结构与基于gp41的进化树相似.突变率分析显示gp41的突变率高于ph,这意味着在杆状病毒进化过程中,gp41和ph面临不同的选择压力.     

中国几种剧毒鹅膏菌的ITS序列分析

测定了来自中国不同地区的9个剧毒鹅膏菌的核糖体内转录间隔区(ITS)核苷酸序列.以湖南鹅膏为外类群,用ITS序列构建了系统进化树.结果表明:两个不同产地的欧氏鹅膏存在一定的差异,但仍可聚为同一组;欧氏鹅膏与其它几种剧毒鹅膏的亲缘关系较远;两个根据形态特征鉴定为灰花纹鹅膏的标本可能是两个不同的种;欧氏鹅膏、致命鹅膏和黄盖鹅膏白色变种这3个产生白色子实体的种系统演化上不是同源的.     

《生物工程讲座》名词解释(Ⅰ-Ⅳ讲)

1.bp碱基对。DNA长度的单位。1000bp=1kb。 2.kp千碱基对。参见bp。 3.A,G,T,C DNA双链上四种脱氧核苷酸(或其碱基)的符号,A为脱氧腺嘌呤核苷酸,G为脱氧鸟便嘌呤核苷酸,T为脱氧胸腺嘧啶核苷酸,C为脱氧胞嘧啶核苷酸。在双链上。A恒与T配对,G恒与C配对。在RNA链上,四种核苷酸的符号为A,G,u,c,相应为腺嘌呤核苷酸,鸟便嘌呤核苷酸,尿嘧啶核苷酸和胞嘧啶核苷酸。     

树鼩高重复顺序TSr(Bgl-Ⅱ)-1的核苷酸顺序分析及与灵长类α-顺序的比较

为了确知树鼩高重复顺序与灵长类动物的类α顺序有无相似处,我们再次把TSr(BglⅡ)-1片段克隆在质粒pWR33上,用“双链引物测序法”测得全部核苷酸顺序为353bp。并将此顺序与灵长类动物的类α顺序进行比较,发现其中有三个对应位置上与类α顺序的“冷点”保守区序列相似,其中还有一个有碱基变异的EcoRⅠ酶切点和四个潜在的HindⅢ酶切点,另外有两个与“凉点”区一致的小顺序,对这些相似性进行了讨论。     

古菌信使RNA5'和3'非编码区特性研究

利用x2分析方法,对6种古菌起始密码子上游和终止密码子下游各50位非编码区进行了分析.结果表明,Methanopyris kandleri和Aeropyrum pernix中存在一个与大肠杆菌SD序列极为相似的高保守区(φ区).但φ区的核苷酸并不能和其16sRNA3'端序列的反SD序列很好的配对;Pyrobaculum aerophilum缺乏φ区,但在其起始密码子上游20～30核苷酸处却存在另一个高度保守的区域,该区域在大肠杆菌和酵母中均缺乏;而其它3种古菌却同时存在这2个区域.6种古菌在终止密码子下游第一位的核苷酸非常保守,存在四核苷酸终止信号;在终止密码子后约20个核苷酸范围内保守性相对较高,其中某些核苷酸在翻译终止过程中可能发挥调控作用.