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<正>古大麦病毒RNA序列揭示了十字军东征路径英国华威大学已成功完成从750年历史大麦颗粒提取的大麦条纹病毒(BSMV)的RNA序列绘制工作。这个大麦颗粒是在现代埃及尼罗河区域附近发现的。这个远古的RNA序列之前从未进行测序,原因是RNA较DNA降解速度更快。然而,在极端干燥环境下,例如Qasr Ibrim或Lower Nubia等大麦发现地,RNA得以完整保存。     

卫星病毒和卫星RNA研究近况

在RNA植物病毒中,有些病毒包含两种相关的,但在抗原上又完全不同的病毒颗粒,一种是它本身的较大的颗粒,另一种是较小的病毒颗粒;有些病毒的病毒粒子中,除包含它的基因组RNA外,还含有一种与病毒基因组一起包壳的小分子RNA。这些小病毒颗粒的RNA或与病毒基因组一起包壳的小分子RNA与各自有关的病毒基因组或寄主基因组核苷酸序列没有同源性,也不能单独侵染和复制,必须依赖它们有关的病毒复     

大麦条纹花叶病毒新疆株(BSMV-XJ)RNA2 3′端结构分析

本文利用双脱氧序列分析法对我国大麦条纹花叶病毒新疆株(BSMV-XJ)RNA2 cDNA的3′端进行序列分析,证明XJ株RNA2 3′端239个核苷酸与国外典型株3′端相应部位有高度的序列同源性。通过序列分析及使用寡核苷酸定位裂解法和分子杂交确定,在紧邻239个核苷酸的上游有一个Poly(A)结构,3′终端为一个类tRNA结构,亦与国外典型株相同。经分析认为BSMV-XJ3个基因组RNA具有相同的3′端结构。     

甲状腺激素受体在扬子鳄卵巢中的免疫组织化学定位和不同繁殖时期的mRNA表达水平变化检测

目的研究扬子鳄甲状腺激素受体(thyroid hormone receptor,TR)基因的系统进化关系和在卵巢组织中的定位,分析成年扬子鳄在不同繁殖活动期卵巢组织中甲状腺激素受体的动态变化规律。方法通过Clustal W软件对扬子鳄和其它脊椎动物TRs氨基酸序列进行序列比对,使用MEGA 6.0软件构建NJ系统发育树;应用q RT-PCR方法检测TRα和TRβm RNA在不同繁殖时期卵巢组织中的表达水平差异;应用免疫组织化学法对扬子鳄卵巢卵泡中TR进行组织定位。结果系统发育分析显示扬子鳄与鸟类亲缘关系较近;扬子鳄卵巢中TR的m RNA表达水平在繁殖期最高,在繁殖前期和繁殖后期相对较低;免疫组织化学染色显示,TR阳性反应主要位于卵泡的颗粒层细胞、卵泡膜、卵母细胞质和卵母细胞核中,其中颗粒层细胞阳性反应最明显。结论 TR基因的进化时间较早,因此序列保守性较高;TRα和TRβ对扬子鳄卵泡发育成熟具有重要作用;颗粒层细胞是TRs的功能作用主要位点。     

戊型肝炎病毒亚基因组RNA的研究

本文利用同位素代谢标记在HEV感染85～10.5,6.5～7.5h分别检测到1及2个亚基因组RNA,而感染21h后及在成熟的病毒颗粒内未能检测到亚基因组RNA。通过杂交实验,发现HEV的亚基因组RNA具有典型的共3′端的半套式结构,且基因组RNA与亚基因组RNA的5′端不存在共同的引导序列。通过紫外转录图谱发现HEV的亚基因组RNA是通过独立转录的方式产生的。利用引物延伸反应发现两种亚基因组RNA的转录起始位点分别位于RNA聚合酶区及非结构区、结构区的基因间序列。     

中国大麦叶绿体DNA和核糖体RNA基因限制性片段长度多型性

本文报道了我们对我国不同大麦区80份大麦品种叶绿体DNA和核糖体RNA基因限制性片段长度多型性的研究。结果表明:rDNA间隔序列长度存在丰富的多样性,80份材料中出现了8种长度变异炎型共组成8种表现型。长度变异类型及其表现型在地理分布上存在着明显的区域性。推测这种分布上的地区性与植物对环境的适应性有关。所用的两个叶绿体DNA克隆片段未检测到限制性片段长度多型性,说明栽培大麦叶绿体DNA变异程度低。     

美国成立了一家核酸序列银行

这家银行实际是一种核酸序列的显示系统,该系统备有一台计算机数据库,文献记载的有关DNA和RNA序列,约有20多万个残基,目前都储存在这个数据库内。     

噬菌体phi29 pRNA载体在RNA干扰中的初步应用研究

RNA干扰是在细胞胞质中双链RNA(dsR-NA)介导的序列特异性mRNA的降解[1]。这个过程是由21~25个被称为小干扰RNA(si RNA)形成的dsRNA完成[2]。目前,这一技术已经广泛应用于研究基因的功能,病毒感染治疗等方面。但是,si RNA在体内容易降解,干扰作用持续的时间不长。新的研究表明枯     

miRNA响应印度梨形孢定殖调控大麦生长发育的作用机制

【背景】内生真菌印度梨形孢(Piriformospora indica)定殖植物可以显著促进植物生长发育。miRNA已被证实在植物体的生长发育中具有调控作用。【目的】揭示印度梨形孢定殖大麦促进大麦生长发育过程中miRNA对印度梨形孢定殖的响应及对大麦生长发育的调控作用。【方法】提取大麦总RNA,实施转录组测序并进行序列比对与数据挖掘;使用高效液相色谱检测大麦生长素等激素水平变化。【结果】印度梨形孢对大麦有显著促生作用;全转录组测序结果显示：印度梨形孢侵染3 d较空白对照有18个差异表达的miRNA,其中11个miRNA上调、7个miRNA下调;侵染7 d与空白对照相比24个差异表达的miRNA,其中11个miRNA上调、13个miRNA下调;侵染3 d与侵染7 d相比有3个miRNA上调、6个miRNA下调。GO功能富集分析与KEGG通路分析显示,差异表达miRNA的靶基因主要参与转录、细胞分裂、生长素信号的感知和转导、光合作用和激素刺激响应。靶基因所参与的途径与大麦生长发育密切相关,暗示miRNA对印度梨形孢定殖过程做出了积极响应。代谢产物分析表明miRNA参与的调控路径的代谢产物发生改变。【结论】本研究以miRNA为入手点,探究了miRNA对大麦生长发育的调控机制,为揭示印度梨形孢的促生机制提供了新的研究方向。     

RNA结合蛋白与神经退行性疾病

神经退行性疾病是一类导致神经元细胞退化、功能丧失的疾病。随着RNA结合蛋白TDP-43和FUS被发现与神经退行性疾病渐冻人症(amyotrophic lateral sclerosis,ALS)密切相关,人们越来越多地关注RNA结合蛋白与神经退行性疾病的关系。大多数RNA结合蛋白都存在一个类似于prion的结构域,这个结构域使其容易发生积聚,并与神经毒性的产生相关。RNA结合蛋白参与应激颗粒的形成,应激颗粒的形成可能与神经退行性疾病相关,这进一步揭示了RNA结合蛋白在这类疾病中可能发挥作用。     

绒毛烟斑驳病毒卫星RNA的一种突变体的初步研究

用电泳检测VTMoV88感染绒毛烟后病毒特异性核酸组份,发现核酸的小分子RNA(卫星RNA)组成发生变化。提纯的病毒通过电镜观察及血清学鉴定并与VTMoV加以比较,证明两者在颗粒形态、大小及血清学关系上一致。以克隆的VTMoV—RNA3 cDNA片断为探针检测VTMonV与VTMoV88卫星RNA分子之间的核苷酸序列同源性,结果显示出两种毒源的卫星RNA具有高度同源性。据此,推测VTMoV88可能是卫星RNA发生变异的突变体,并对VTMoV 83卫星RNA突变体形成机制进行了初步探讨。     

乙型肝炎核心抗原C端154截短颗粒的三维结构

利用冷冻电子显微镜三维重构技术获得了分辨率为7.8?的乙型肝炎核心抗原于C端154aa处截短颗粒(HBcAg-154)的三维结构.结构显示,该颗粒主要由α螺旋组成,蛋白质折叠与核心抗原C端149截短颗粒(HBcAg-149)极其相似.而且二者内部均很难观察到RNA的电子密度,近乎是空的.导致该结果的原因可能是由于150~154aa的短肽仅含5个氨基酸,序列太短以致不能结合足够的RNA分子,可见核心蛋白C端的155~183aa区域对于颗粒的核酸包裹更为重要.     

大麦条纹花叶病毒新疆株血清学及基因同源性检测

在我国新疆从小麦上分离到的大麦条纹花叶病毒(Barley stripe mosaic Virus,BSMV),可以侵染大麦、小麦、玉米等重要粮食作物。主要以带毒种子传播病毒。大麦、小麦种子带毒率达70％以上。BSMV曾一度使世界主要的大麦产区减产25～30％,是影响农业生产的重要病毒。从预防病害流行和探索该种子传RNA病毒作为植物基因工程载体的可     

hvmyb,一个GAmyb同源cDNA的克隆、序列分析和表达行为

利用已发表的GAmyb序列作探针 ,筛选大麦糊粉层cDNA文库 ,得到 2个序列完全相同的阳性克隆 .序列分析发现这 2个cDNA的 5′端与GAmyb基因的 3′端有 97%的同源性 ,其 3′端与任何myb基因都没有同源性 ,所以其开放读码框编码的产物事实上拥有完整的GAmyb转录激活区 ,但没有常规的DNA结合区 ,它很可能是一个新的基因 ,被命名为hvmyb (Hordeumvulgare,myb -homologous) .Northernblot分析表明 ,在大麦糊粉层中 ,hvmyb受赤霉素 (GA)诱导后大量表达 ,并且受脱落酸 (ABA)的抑制 .研究还发现hvmyb的表达具有时空特异性 ,它只在大麦糊粉层中得到表达 ,种子发芽后该基因就不再表达 ,幼苗中检测不到hvmyb基因活性 .     

长链非编码RNA研究进展

基因组计划研究表明, 在组成人类基因组的30亿个碱基对中, 仅有1.5%的核酸序列用于蛋白质编码, 其余98.5%的基因组为非蛋白质编码序列。这些序列曾被认为是在进化过程中累积的“垃圾序列”而未予以关注, 但在随后启动的ENCODE研究计划中却发现, 75%的基因组序列能够被转录成RNA, 其中近74%的转录产物为非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA)。在非编码RNA中, 绝大多数转录本的长度大于200个碱基, 这些“长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)”能够在转录及转录后水平上调节蛋白编码基因的表达, 从而广泛地参与包括细胞分化、个体发育在内的重要生命过程, 其异常表达还与多种人类重大疾病的发生密切相关。文章综述了长链非编码RNA的发现、分类、表达、作用机制以及其在个体发育和人类疾病中的作用。     

RGD序列修饰的MS2噬菌体样颗粒的构建及表达

目的:构建并表达衣壳蛋白表面展示有精氨酸-甘氨酸-天冬氨酸(RGD)序列的MS2噬菌体样颗粒,以期获得肿瘤细胞靶向性RNA递送载体。方法:用分子克隆技术将RGD4C编码序列插入MS2衣壳蛋白编码基因,然后构建到p ETDuet-1质粒多克隆位点MCS1上;将含有MS2噬菌体包装位点的pre-let-7编码基因构建到p ETDuet-1质粒多克隆位点MCS2上;重组质粒转化大肠杆菌,表达产物纯化后经琼脂糖凝胶电泳、电子显微镜鉴定。结果和结论:采用分子克隆技术和原核细胞单质粒双表达系统获得表面展示有RGD序列,内部包装有pre-let-7 RNA的MS2噬菌体样颗粒,为体内和体外研究其肿瘤细胞靶向递送和功能奠定了基础。     

大麦与油菜种皮特异启动子表达模式的比较

启动子位于转录起始位点上游并能特异性地结合RNA聚合酶,其作为调控序列驱动外源基因在异源植物中表达,从而实现转基因的高效性,具有时空表达特异性的启动子对获得有效转基因植物及产物具有重要意义。为了解种皮特异启动子的表达模式,该研究基于前期报道的序列,通过同源克隆的方法分别从大麦和油菜中克隆获得Gerb和Bntt两个种皮特异性启动子,并对其进行生物信息学分析,构建了Gerb::GUS和Bntt::GUS植物表达载体并转化拟南芥,通过组织化学染色观察了GUS的表达情况。结果表明:两种启动子序列中都含有多拷贝种皮特异表达启动子元件以及多种胁迫诱导响应元件;转基因拟南芥幼苗期,大麦Gerb种皮特异启动子驱动GUS全株表达且子叶和下胚轴较真叶和根中表达量高;油菜Bntt种皮特异启动子表达较弱;成株期,Gerb在不同组织(叶片、茎、花序和角果)中均有表达,未显示组织特异性;Bntt仅在叶片及角果维管束中有微弱表达。在各种非生物胁迫下,Gerb表达模式未发生显著变化,而Bntt仅在盐胁迫下显示很强的角果和种子特异性表达,其他胁迫未见明显表达。以上结果显示,大麦种皮特异性启动子Gerb和油菜种皮特异性启动子Bntt在时间和空间表达模式上存在差异,这对今后选择种皮特异启动子具有参考作用,但其具体机制仍需进一步研究验证。     

嵌合中国河北株包膜蛋白基因的HCV细胞培养模型的传代分析

建立稳定的嵌合中国河北株包膜蛋白基因的丙型肝炎病毒(HCV)细胞培养体系,进行传代特性分析。本研究经体外转录获得嵌合中国河北株包膜蛋白基因的丙型肝炎病毒(HCV)全长RNA,脂质体法转染Huh7.5-CD81细胞,连续传代培养,进行Real Time RT-PCR、间接免疫荧光、Western blot、再感染试验与感染滴度检测及序列分析。结果表明:嵌合重组HCV RNA转染Huh7.5-CD81细胞后可产生感染性的病毒颗粒(HCVcc);传代过程中,Western blot可检测细胞内HCV蛋白的表达;IFA检测阳性细胞数逐渐增多,41d升至高峰,达80%~90%;Real Time RT-PCR检测传代细胞上清中HCV RNA拷贝数在104~107拷贝/mL;再感染实验嵌合HCVcc最高感染滴度为104ffu/mL。序列分析显示在传代后期嵌合的HCV包膜基因发生了适应性突变,导致6处氨基酸改变。结论嵌合中国河北株1b亚型包膜蛋白基因的HCV细胞培养体系可以产生具有感染性的嵌合HCV病毒颗粒,传代后感染性增强并且嵌合的HCV包膜基因发生了适应性突变。     

黄瓜花叶病毒坏死型卫星RNA的cDNA克隆和全序列分析

从田间发生坏死病害的番茄病株中分离得到黄瓜花叶病毒TN分离物,经研究证实TN分离物带有1株坏死型卫星RNA(TN-SatRNA).利用已知CMV卫星RNA的两端序列作引物扩增并克隆了TN-SatRNA的cDNA.序列分析显示TN-SatRNA全长为390个核苷酸.比较TN-SatRNA与富有代表性的CMV卫星RNA的结构表明,这几种卫星RNA中具有4个结构同源区(Ⅰ:1～81nt,Ⅱ:216～261nt,Ⅲ:278～338nt;Ⅳ:349～390nt),而在82～215nt的区域几种卫星RNA的结构变化较大.在TN-SatRNA的3’端具有已报道的坏死型卫星RNA特征性序列结构.经3’RACE方法确定TN-SatRNA的3’端自然序列,与PCR扩增引物有1个核苷酸的差别.     

RNA解旋酶和应激颗粒

应激颗粒（stress granules, SGs）是细胞在环境压力刺激下停止蛋白质翻译后,mRNA与多种细胞蛋白组装而成的胞质颗粒结构.RNA 解旋酶家族作为生物体内普遍存在的一类高度保守的蛋白质酶类,参与了RNA代谢各个环节,近年来其家族成员被陆续发现是一类新的SG重要组分.本文综述了RNA解旋酶参与应激颗粒形成过程,RNA解旋酶家族蛋白的结构和其参与应激颗粒形成的研究进展.