猴血中SFV病毒基因PCR检测方法的建立及应用

针对猴泡沫病毒SFV（Simian Foany Virus）多聚酶区（pol区）设计两对引物,以猴血DNA为模板者嵌套式PCR扩增,得到500bp左右基因片段,克隆进入pUC-19载体,经测序鉴定为SFV465bp的pol区基因片段,将此段序列与SFV各型425bp的pol区基因片段进行同源性比较,它与SFV－1型的同源性最高,为92.00%。在此基础上,用这两对引物对158例猴血DNA进行检测,阳性54例,阳性率为34.2%,发现猴群中有较高的SFV病毒的感染。     

猴泡沫病毒SFV-1前病毒pol基因克隆及序列分析

采用nested-PCR从猕猴肾组织细胞中获得同源性较高、具有高度保守序列的、长度为465 bp 大小的猴泡沫病毒SFV-1的 pol 基因的cDNA,将其克隆到pMD18-T载体中,并对其进行序列分析,分析结果表明所克隆的基因片断为猴泡沫病毒SFV-1 pol 基因片段,与文献中已发表的来源于灵长类动物SFV-1、SFV-1A、SFV-1B、SFV-2、 SFVmac、SFVkm的 pol 基因核苷酸序列进行比对,显示SFVkm1与上述病毒 pol 基因核苷酸同源性分别为91.06%、90.59%、90.82%、90.21%、89.41%、91.53%.对 pol 基因克隆和序列分析是了解和掌握SFV病毒分子流行病学及其变异趋势的重要手段,7 种不同基因型的泡沫病毒的系统进化树分析显示了SFVkm1与它们之间的相互联系.     

猴泡沫病毒（SFV）RT-nestedPCR检测方法的建立及初步应用

目的建立实验猴群及相关生物制品猴泡沫病毒（SFV）的PCR检测方法。方法选择SFV-1、SFV-3、SFVCPZ前病毒序列的pol基因同源性较高的区域设计嵌套引物对SFV-1毒种进行RT-nestedPCR扩增并克隆测序,以确定其准确性,通过验证方法的特异性和敏感性,初步应用该方法对恒河猴外周血淋巴细胞（PBLs）,常用猴肾传代细胞及猴源性生物制品进行检测。结果经RT-nestedPCR扩增出的片断与SFV-1 cDNA序列同源性达到99%,对10只恒河猴的检测结果为5只阳性,5只阴性,对常用猴肾传代细胞及脊髓灰质炎疫苗的检测结果均为阴性。结论所建立的SFV RT-nestedPCR检测方法能准确的检测出恒河猴SFV的感染情况,对控制实验猴群的质量具有重要意义。该方法可用于检测猴源性生物制品中SFV的污染情况,为保证生物制品应用的安全性提供一定依据。     

Nested-PCR检测恒河猴泡沫病毒

目的用nested-PCR检测恒河猴泡沫病毒SFV的前病毒形式。方法从SFV-1的pol区域选择两对引物分别对原代猴肾细胞（rhesus monkey kidney,RMK）及猴外周血淋巴细胞（peripheral blood lymphocytes,PBLs）进行体外扩增,扩增产物经1.0%的琼脂糖凝胶电泳,证实其特异性。阳性对照使用具有典型泡沫样病变的RMK377细胞株的前病毒DNA,阳性对照的PCR扩增产物经测序证实,阴性对照为恒河猴的SRV-1cDNA。结果nested-PCR能快速灵敏的直接从猴外周血淋巴细胞检出SFV的前病毒形式,与RMK细胞培养结果基本相一致。结论本实验所建立的检测SFV的nested-PCR法能快速准确的检测猴群中的SFV的带毒情况,对于提高实验猴的质量具有重要意义。     

巢式PCR检测食蟹猴和猕猴中SRV和SFV

目的利用巢式PCR方法检测圈养的食蟹猴（Macaca fascicularis）和猕猴（Macaca mulatta）中猴D型逆转录病毒（Simian Type D Retrovirus SRV）和猴泡沫病毒（Simian foamy virus SFV）。方法针对SRV-env和SFV-pol基因的保守区序列设计特异性外引物,然后再设计特异性内引物。将外引物扩增出的片段克隆到PJET1.2blunt载体中作为阳性对照,运用NCBI中BLAST软件比对测序结果。用巢式PCR方法分别检测食蟹猴和猕猴中SRV和SFV。结果发现食蟹猴中SFV感染率为65.2%,SRV感染率为9.5%,猕猴中SFV感染率为60.5%,SRV感染率为12.8%。结论圈养的食蟹猴和猕猴SFV的感染率均较高,SRV感染率很低。     

SPF鸡胚中内源性白血病病毒全基因序列鉴定与分析

摘要:以国内某3家SPF鸡场的SPF鸡胚成纤维细胞提取的基因组DNA为模板,参照已发表的序列,设计合成了4对检测内源性白血病病毒引物,分别检测gag基因、pol基因、env基因和LTR片段,结果显示4者检出阳性率很高(gag,29/46;pol,27/46;env,24/46;LTR,31/46).设计合成了8对引物,选取4片段检测均为阳性的样品之一,经PCR成功扩增出了8段连续的、相互部分重叠的目的DNA片段,分别连接入T载体进行克隆测序.用DNAstar软件对测序结果进行拼接,从一个鸡胚得到了内源性白血病病毒前病毒全基因组序列.比较分析发现,该序列env基因与已知的E亚群内源性病毒代表株env基因的核苷酸序列同源性在98.5%以上,全基因组序列同源性在99.1%以上,而与其他亚群代表株同源性相对较低,env基因同源性仅为56.3%～91.5%.     

印度尼西亚源食蟹猴干扰素-γ基因的克隆和序列分析

目的获得印度尼西亚食蟹猴的干扰素-γ基因,为常用实验猕猴干扰素-γ的基因工程生产奠定基础。方法根据GenBank上公布的恒河猴干扰素-γ基因序列设计特异性引物,从印度尼西亚食蟹猴的外周血液中分离单核淋巴细胞,利用Trizol试剂,提取淋巴细胞的总RNA,通过RT-PCR的方法获得干扰素-γ基因片段,并对该片段进行克隆、鉴定和序列分析。结果扩增到一498bp的目的片段,经序列测定证实为印度尼西亚食蟹猴的干扰素-γ基因,与恒河猴、人及狒狒的干扰素-γ基因相比,同源性分别为100%、96%、99%。结论常用的两种实验猕猴食蟹猴与恒河猴的干扰素-γ基因完全相同。     

猴B病毒PCR检测方法的建立

目的　建立检测猴血B病毒的PCR方法。方法　根据MakotoH报道的引物 ,用PCR方法直接扩增猴血B病毒及扩增经Vero细胞培养后的猴血B病毒 ,扩增产物连于pGEM T载体。结果　这四对引物可同时对猴血B病毒及经Vero细胞培养后的猴血B病毒进行扩增 ,扩增结果一致 ,对扩增片段克隆测序的结果证实 ,其与美国猴B病毒E2 4 90株同源性为 10 0 %。结论　建立了从血样中直接检测猴B病毒DNA的PCR方法。     

藏酋猴达菲抗原/趋化因子受体基因的克隆与序列分析

利用GenBank公布的恒河猴达菲抗原/趋化因子受体基因(FY)核苷酸序列设计2对特异引物,采用PCR方法克隆藏酋猴Macaca thibetana FY基因,分别得到1.0kb和1.1kb的DNA片段,通过DNA测序和序列拼接获得藏酋猴FY基因1491bp片段,该片段包含2个外显子(21bp和990bp)和1个内含子(480bp)。该基因开放阅读框长1011bp,编码336个氨基酸,该蛋白等电点是5.77,分子量是35.52kDa,分子半衰期30h,不稳定指数是39.84,总平均疏水性是0.689,是疏水性蛋白。拓扑结构预测显示该基因编码氨基酸有15个潜在的功能位点:3个N-糖基化位点,2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,10个N-肉豆蔻酰化位点。整个蛋白质多肽链含有7个跨膜螺旋区,4个细胞外区和4个细胞内区。同源性比较结果显示,与人、恒河猴、牛、兔、犬、大熊猫6个物种FY基因编码区核苷酸序列间同源性分别为94.7%、99%、75.2%、80.2%、74.5%、71.7%,氨基酸序列间同源性分别为92%、99%、89.8%、78.2%、90%、89.3%。系统进化树结果表明:藏酋猴与恒河猴亲缘关系最近,与人类亲缘关系较近。     

杧果LEAFY同源基因的分离及序列分析

分析在植物开花过程中起重要作用的LEAFY(LFY)基因的保守区序列,设计1对长度均为23bp的PCR引物,以杧果基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出长为822bp的DNA片段,克隆入pGEM-T Easy载体。测序和序列分析表明,获得了杧果LFY同源基因(miLFY)3’端的1个片段,该片段有1个415bp的内含子,编码区共编码135个氨基酸,其序列已经在GenBank中登记(登录号AY189684)。在GenBank中进行同源性检索,发现其氨基酸序列与其它植物LFY同源基因的氨基酸序列同源性高达74%~97%,推测它们具有相似的功能。     

PCR技术在附红细胞体感染模型中的应用

目的以猪附红细胞体(E.suis)为例,建立套式PCR方法,定性测定E.suis感染大鼠血液中DNA,检验套式PCR方法在其动物模型应用中的实用性和可操作性。方法用阳性血液样品分别经腹腔、皮下及肌肉感染大鼠,定期采血,进行常规血涂片染色,并从血液中分离纯化E.suis,提取DNA,进行套式PCR法扩增,凝胶电泳定性。结果套式PCR经扩增后得到了一长度为498bp的特异条带,测序鉴定确为目的片段;在整个实验过程中未见感染大鼠明显的临床症状。结论可以用大鼠建立猪附红细胞体动物感染动物模型;附红细胞体的感染方式有以下几种:腹腔、皮下及肌肉感染。在隐性感染的整个阶段,PCR方法依靠其高敏感性,作为猪附红细胞体感染大鼠模型检测指标之一,有其必要性和重要性。     

恒河猴Fas基因的克隆

目的研究猴艾滋病发病机制中细胞凋亡的作用,克隆凋亡相关基因Ｆａｓ的ｃＤＮＡ序列。方法从恒河猴腹股沟淋巴结中提取总ＲＮＡ,根据人的Ｆａｓ ｃＤＮＡ序列设计上、下游引物,通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增出目的ｃＤＮＡ片段,将这一片段克隆到ｐＧＦＭ－Ｔ Ｅａｓｙ载体中,筛选阳性克隆并进行序列测定。结果首次克隆了恒河猴Ｆａｓ基因,编码序列为１００５ ｂｐ,将其序列提交ＧｅｎＢａｎｋ,收录号为ＡＹ００７５７２。结论克隆的新序列与ＧｅｎＢａｎｋ已收录的人和食蟹猴的Ｆａｓ基因在编码序列的长度上稍有区别,人的编码序列为１００８ｂｐ,食蟹猴的为９９６ ｂｐ。     

Anaplasma phagocytophilum infection in a fallow deer (Dama dama) population in a preserve of central Italy

From autumn 2004 to spring 2005, 70 fallow deer (Dama dama), 27 female and 43 male, living in a natural preserve of central Italy were examined by indirect immunofluorescence assay (IFA) to detect specific antibodies to Anaplasma phagocytophilum. Thirty-one (44.28%) sera scored positive: in particular 10 fallow deer (8 male and 2 female) scored positive at 40 antibody titer, 21 deer (8 male and 13 female) at > or = 80 titer. EDTA anticoagulated blood samples collected from 29 of the 70 deer examined were tested by a nested-PCR assay to disclose a 546 bp fragment, specific of A. phagocytophilum 16S rRNA gene. Twenty (72.41%) blood samples (8 male and 13 female deer) resulted positive. Fifteen PCR-positive deer also resulted positive to IFA, whereas the remaining six did not show specific antibodies. Three serologically positive animals gave negative results at the nested PCR. Five deer scored negative both to serological tests and PCR.     

Sequence of human DNA polymerase beta mRNA obtained through cDNA cloning

A cDNA library from polyA+ RNA of a human teratocarcinoma cell line in phage lambda gt11 was screened with a fragment of the rat beta-polymerase cDNA, lambda pol beta-10, as probe. Five positive phage were identified and plaque purified. The cDNA of one positive clone selected for detailed study was 1257 bp. This insert was sequenced and found to contain the coding region for beta-polymerase, as well as 163 bp and 137 bp from the 5' and 3' untranslated regions, respectively. The primary structure of human beta-polymerase (318 amino acids, Mr = 36, 133) deduced from the cDNA was similar to rat beta-polymerase (95% matched residues). The greatest difference between the sequences of the human and rat cDNAs was in the 3' untranslated regions (64% matched base residues). These results provide necessary sequence information for study of the human beta-polymerase gene.     

恒河猴红细胞免疫功能的研究

本文应用花环法测定了健康恒河猴红细胞上C_(3b)受体和免疫复合物的数量。恒河猴红细胞上C_(3b)受体花环率的数量为12.83±1.95％,免疫复合物花环率为6.37±1.25％。研究结果表明恒河猴的红细胞,除了具有携氧、运输气体等功能外,还具有重要的免疫功能。     

猕猴逆转录病毒多重套式PCR检测方法的建立

分别针对编码STLV-1和SRV/D-1两种逆转录病毒膜蛋白的env基因进行引物设计,通过优化、调整PCR条件,建立一种能同时检测猕猴STLV-1和SRV/D-1两种逆转录病毒的多重PCR方法,用于猕猴种群逆转录病毒的常规监测。结果显示多重套式PCR产物片段大小与预期结果一致,进一步测序证实为目的产物,说明建立的多重套式PCR方法能同时检测出猕猴体内可能存在的STLV-1和SRV/D-1两种逆转录病毒。这种方法具有灵敏度高、特异性强、省时、试剂用量少和检测费用低等优点,因此可以作为一种新方法用于猕猴种群逆转录病毒的定性监测。