蚕豆核酮糖1，5-二磷酸羧化酶／加氧酶大亚基基因5’区域核苷酸顺序的分析

核酮糖1,5～二磷酸羧化酶／加氧酶大亚基基因存在于叶绿体DNA中,它的转录作用能受光诱导。我们从蚕豆重组DNA中制备得到该基因片段后,应用Maxam和Gilbert的化学法分析了该基因5’端区的核苷酸顺序。结果表明叶绿体中光诱导基因的启动区具有一些共同特征。同时该大亚基肽链N端在进化过程中具有相当的守恒性。     

DNA序列测定的化学断裂法

Maxam和Gilbert化学断裂测定DNA序列法最近巳发表(PNAS,vol.74:2,p.560-564,1977)。此法利用四组不同化学反应,在一个末端以~(32)p标记的DNA分子上专一的破坏一种碱基,使DNA链部分地断裂,以形成一系列在该碱基重复出现的部位断开的、长短不一的带~(32)p标记末端的DNA片段。在聚丙烯酰胺凝胶电泳中,这些片段根据大小依次被分离,并显示出该碱基在链上断裂的位置。以分别对腺嘌     

DNA序列分析的具体方法（化学法）

DNA是生物遗传的物质基础。生物的遗传信息 包含在DNA分子的核普酸排列顺序之中。要深入了 解各种遗传规律及其相互关系,就应了解DNA的核 昔酸排列顺序。因此,作DNA序列分析是必要的。根 据Maxam和Gilbert的化学分析法,我们分析了土拨 鼠乙型肝炎病毒(Woodchuck hepatitis virus,简称 WHV) DNA序列。本文介绍具体的分析方法     

DNA序列分析新进展

自从生物学家发现DNA是生命的遗传物质之后,便迫切地想知道它是如何携带信息及控制遗传的.这取决于对DNA分子中的碱基序列的分析.序列分析对于发现旧的基因,促进基因工程的发展有着重大意义.本世纪七十年代,世界上许多生物实验室相继进行这方面的研究.1977年,英国的Sanger序列测定的末端终止法,随后,Maxam和Gilbert等人提出     

寡聚核苷酸诱导突变法改造φ×174噬菌体A基因蛋白的DNA识别序列

 为了进一步研究φX174噬菌体A基因蛋白的复制功能与其所识别的30核苷酸保守序列的关系,我们采用寡聚核苷酸诱导的定点突变法成功地改造了这30核苷酸保守序列。将此保守序列重组到M_(13)mp9噬菌体后,以其单链为模板,在14或16寡聚核苷酸的诱导下,合成共价闭环DNA。经转化到E.coli JM103菌株,用点印迹(Dot blot)杂交法筛选,得到两种重组突变株。一种突变株其30核苷酸保守序列正链的第22碱基由A改为G。另一突变株为其第10碱基A改为C,第11碱基T改为A。突变效率约为5％。制备了此突变株单链及双链DNA,分别做了双脱氧末端终止法及Maxam和Gilbert法序列分析鉴定。     

用载体pUR222分析乙型肝炎病毒基因片段的DNA顺序

将含有乙型肝炎病毒核心抗原(HBcAg)的基因片段用核酸外切酶BAL-31消化,加EeoR Ⅰ接头,插入载体pUR222的多克隆接头的EcoR Ⅰ位点,转化受体菌Ecoli K12 BMH 71-18,取3个产生HBcAg水平不一的克隆株重组子作DNA顺序分析,用Sal Ⅰ从接头当中靠近Pst Ⅰ位点一端将重组DNA切开,用(α-~(?)P)dCTP和DNA聚合酶Ⅰ klenow片段,标记3＇末端,并将粘性末端补平,再用pst Ⅰ从靠近此位点(~(?)P)标记的3＇末端切掉四个核苷酸,使只保留一个标记末端,采用Maxam和Gilbert的方法化学降解,由互补链3＇端阅读DNA顺序,发现HBcAg表达水平与mRNA的起始密码前保留发卡结构的长短有很大关系。     

人类基因组图谱分析进展

1953年,当Watson和Crick提出了DNA分子的双螺旋结构模型时,人们意识到认识人类自己的遗传结构不再是梦想,而1973年由Berg等人发明的DNA重组技术,使得分离某个特定基因成为可能,这个伟大的革命促使Maxam和Gilbert及Sanger等人发明了DNA     

RNA序列分析新方法

自从Maxam,Gilbert和Sanger分别建立了化学法及“加”、“减”法等DNA序列分析技术之后,使核酸结构与功能方面的研究取得了重大的进展,同时,也推动了RNA序列分析新技术的发展。开始,是结合凝胶电泳技术,利用一系列碱基专一性核糖核酸酶分别部分降解RNA,而建立了所谓酶法直读技术。后来,又创造了RNA的化学修饰以及化学修饰与酶相结合的直读技术。这些新技术的发展,使人们得以     

Maxam-Gilbert DNA序列分析实验方法

核酸的一级结构的阐明,对于了解基因的结构、调控和表达有着重要的意义。Sanger和Coulson建立的加减法和Maxam和Gilber建立的化学断裂法使DNA序列分析技术有了革命性的突破。以后Sanger等人又发展了双脱氧核苷酸末端终止法,M13单链噬菌体     

用于DNA无性繁殖的EcoRI接头的化学合成

利用二酯法化学合成了一个脱氧八核苷酸(d-G-G-A-A-T-T-C-C)。此八核苷酸片段自身互补形成双链DNA片段,能被限制性内切酶EcoRI酶解。利用双向同系层析测定了它的核苷酸序列,证明这一片段的序列符合实验设计要求。     

测定RNA序列的化学裂解直读法

1979年Peattie在Maxam和Gilbert的DNA化学裂解序列测定直读法的基础上,建立了RNA的化学裂解直读法。该法利用几种不同化学试剂,在~(32)P末端标记的RNA链上进行碱基特异性的、限制性的修饰。经苯胺作用后,RNA分子在修饰部位断裂。凝胶电泳分离和放射自显影后,可以从G.A>G、C>U和U四组区带上直接读出RNA的序列。该法快速、微量、不需特殊酶试剂。不受被测RNA二级结构影响,因而比较准确,现已逐     

聚丙烯酰胺凝胶技在DNA序列分析中的应用

序列胶 在Maxam-Gilbert化学限制降解及Sanqer的阻断合成序列测定技技中,凝胶电泳按分子大小把寡聚核苷酸片段分开。由两种方法所得到的标记DNA片段都是一端相同而在另一端长短不一。任一片段与其相邻的较小片段相比,总是在其可变端多一个核苷酸。     

小球菌核酸酶对裸露DNA分子和染色质的水解作用

鸡成年型β-珠蛋白基因5′端延伸区域的裸露DNA分子,经小球菌核酸酶水解后,按Maxam和Gilbert顺序分析方法,分析酶水解的位点。结果表明,此酶专一性地水解A和T硷基位点,优先水解由多聚A和/或T碱基构成的顺序以及排列在多聚C后面的T碱基位置。但是,当此DNA分子存在于鸡红细胞染色质结构中时,小球菌核酸酶的水解特性明显地与染色质结构有关。     

用简并寡核苷酸探针筛选对虾白斑综合征病毒DNA多聚酶基因片段

根据一些病毒的DNA多聚酶氨基酸序列中特有的保守序列VYGDTD设计的简并寡核苷酸 ,经地高辛标记后与对虾白斑综合征病毒基因库克隆杂交 ,筛选出一段长度为 70 7bp的EcoRI基因片段 ,该片段在一个开放阅读框内。并含DNA多聚酶B家族特有的保守序列YGDTDS。经与基因库比较 ,其氨基酸序列与藻类DNA病毒科 (Phycodnaviridae)的几株藻类病毒的DNA多聚酶片段有部分相似 ,因此推测该核苷酸片段为对虾白斑综合征病毒DNA多聚酶基因的部分序列。     

用简并寡核苷酸探针筛选对虾白斑综合征病毒DNA多聚酶基因片段

根据一些病毒的DNA多聚酶氨基酸序列中特有的保守序列VYGDTD设计的简并寡核苷酸,经地高辛标记后与对虾白斑综合征病毒基因库克隆杂交,筛选出一段长度为707 bp的EcoR I基因片段,该片段在一个开放阅读框内.并含DNA多聚酶B家族特有的保守序列YGDTDS.经与基因库比较,其氨基酸序列与藻类DNA病毒科(Phycodnaviridae)的几株藻类病毒的DNA多聚酶片段有部分相似,因此推测该核苷酸片段为对虾白斑综合征病毒DNA多聚酶基因的部分序列.     

谷氨酸棒状杆菌启动子在枯草芽孢杆菌中的克隆及其序列分析

利用枯草芽孢杆菌启动子探针质粒pPL 603为载体,从谷氨酸棒状杆菌1014—6染色体DNA上克隆到一个有较强启动功能的DNA片段。生物素标记的DNA—DNA分子杂交实验证明该片段确实来自谷氨酸棒状杆菌1014—6染色体DNA。在绘制该片段限制酶酶切图谱的基础上,经另一个启动子探针质粒pPL 703的亚克隆,将其启动子功能区定位在Bamm酶切片段中。对后者进行了核苷酸序列分析,发现它具有棒状杆菌类启动子的－35区和－10医序列。     

拟南芥JR1基因片段的克隆及分析

根据拟南芥CBF基因序列的保守区设计合成一对特异引物,以菠菜基因组DNA为模板,采用PCR扩增的方法扩出一条DNA特异片段并克隆到pUC18载体中。用酶切和测序分析法对克隆片段进行鉴定并进一步进行核苷酸序列分析。序列测定该片段长为430bp。OMIGA2.0软件分析结果表明,该片段与已报道的拟南芥JR1序列的一致性为99.1%。     

一个巴西橡胶树钙调素基因假基因的识别

以巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)基因组DNA为模板,根据胶乳钙调素基因HbCaM序列设计引物,利用PCR方法克隆获得了1 319 bp和447 bp的两个DNA片段.序列分析表明,1 319 bp的DNA长片段为胶乳钙调素基因HbCaM的DNA片段,含有两个外显子(77 bp和373 bp)和1个内含子(869 bp),包含了HbCaM cDNA编码区447 bp的全部序列;447 bp的DNA小片段与HbCaM cDNA核苷酸序列同源性高达98%,ORF分析发现,位于406?bp处的碱基C突变为T,即三联体密码CAG突变为终止子TAG使翻译提前终止,其余5个差异碱基都不影响或改变正常的翻译.推测此447 bp的DNA片段为巴西橡胶树钙调素HbCaM基因的假基因,命名为HbCaMP1.     

菠菜CBF转录因子基因片段的克隆及序列分析

根据拟南芥CBF基因序列的保守区设计合成一对特异引物,以菠菜基因组DNA为模板,采用PCR扩增的方法扩出一条DNA特异片段并克隆到pMD18-T载体中。用PCR法和酶切分析法对克隆片段进行鉴定并进一步进行核苷酸序列分析。序列测定该片段长为423bp。OMIGA2.0软件分析结果表明,该片段的推断氨基酸序列与黑麦(AAL35759)、小麦(AAL37944)、拟南芥(AAC78646)、大麦(AAL84170)的同源性分别为33.8%、33.1%、30.8%和30%。     

枯草芽孢杆菌渗透压调节基因proB的克隆和表达

用PCR扩增的方法从耐盐的枯草杆菌中克隆出一个13kb长的DNA片段,经功能检测,证明正向插入片段与大肠杆菌的脯氨酸营养缺陷特性(proB-)能够营养互补。含有该重组质粒的大肠杆菌DH5α在基本培养基上的耐盐能力从2%提高至4%。通过引物步行法测定了该插入片段的核苷酸序列。利用DNAsis软件进行序列分析发现,该片段第122～1235bp核苷酸编码一个由370个氨基酸组成的蛋白质分子,其上游存在非典型的-10区,典型的-35区和核糖体结合位点,起始密码子处有最佳翻译起始效率的侧翼核苷酸序列。将其与Genebank中的已知基因的序列和编码的氨基酸序列进行同源性比较,结果表明该片段与枯草杆菌168的核苷酸序列、氨基酸序列的同源性分别为81%和90%。证明该基因确实是一个proB基因。通过与三十个不同种属微芽生物proB基因的氨基酸序列比较,发现该蛋白存在有可能与形成酶的活性中心和三维结构有密切关系的几个绝对保守的区域。